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Termin Thema 20. Okt Microarray-Technologien, Grundlagen der Datenanalyse 27. Okt Normalisierung von Microarrays I 3. Nov Normalisierung von Microarrays.

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1 Termin Thema 20. Okt Microarray-Technologien, Grundlagen der Datenanalyse 27. Okt Normalisierung von Microarrays I 3. Nov Normalisierung von Microarrays II 10.Nov Varianzanalyse I (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 17. Nov Varianzanalyse II (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 24. Nov Varianzanalyse III (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 1. Dez Clusterverfahren 8. Dez Klassifikation I 15. Dez Klassifikation II 22. Dez Bayessche Netzwerke/MCMC I 5. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC II 12. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC III 19. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC IV 26. Jan Modellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen I 2. Feb Modellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen II 9. Feb Zusammenfassung, Wiederholung, Ausblick 16. Feb Klausur

2 Zellen isolieren mRNA isolieren und cDNA synthetisieren Transkript mit Anchor Enzym schneiden Taggen Ligieren der Tags Sequenzierung Quantifizierung SAGE – Serial Analysis of Gene Expression

3 Trends in Biotech Hess et al, 19(11),2001 -> Schätzung für Hintergrund und Signal cDNA-Arrays: Bildanalyse

4 Affy-Arrays: Signalabhängigkeit vom Sequenzgehalt Mittlere Rohintensität Analyse von mRNA C-,U- Markierung Analyse von DNA Endmarkierung

5 Affy-Arrays: Bildanalyse Lokal verschiedener Hintergrund Artefakte

6 Northern Blot

7 Unterschiede in den Promotoren

8 Regulation der Transkription

9 Regulation der mRNA-Stabilität

10 cDNA DNA-RNA-Hybrid Doppelsträngige cDNA cRNA Biotin markierte cRNA ~100 ng Poly-A - RNA RNase-H Verdau ~1 ng Poly-A - RNA Reverse Transkription mit Oligo-dT-T7 - Primern Reverse Transkription Mit Random-Hexamer - Primern Invitro - Transkription Invitro – Transkription mit Biotin markierten dCTPs und dUTPs Zweitstrangsynthese AAA… TTT…T7 AAA…T7 TTT…T7 TTT… **


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