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Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Microarrays – Prinzip Prozessiertes Microarray: Fluoreszierende Moleküle machen die Information.

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Präsentation zum Thema: "Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Microarrays – Prinzip Prozessiertes Microarray: Fluoreszierende Moleküle machen die Information."—  Präsentation transkript:

1 Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Microarrays – Prinzip Prozessiertes Microarray: Fluoreszierende Moleküle machen die Information sichtbar Probenzugabe: Probenvorbereitung aus Blut, Gewebeproben, etc., Einwirkung der Probe Unprozessiertes Microarray: Belegung mit Molekülen (Spots )

2 Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Microarrays – Aktivierung der Oberfläche Amino-Slides mit primären Aminogruppen auf der Oberfläche für nicht-kovalente Immobilisierung von Biomolekülen. Reaktive Gruppen (Epoxy- sowie Aldehyd-Gruppen) ermöglichen das kovalente Binden von Bio- molekülen: dadurch reproduzierbare Ergebnisse bei der Immobilisierung, kein Abwaschen der Sonden.

3 Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Microarrays – Quantifoil Produkte Quantifoil- Produkteignung Oligo- nukleotide PCR- Produkte ProteinePeptideZellen mit NH 2 - Link ohne NH 2 - Link mit NH 2 - Link ohne NH 2 - Link Epoxy-Slides / Aldehyde-Slides / Amino-Slides // Quantifoil Slides – Anwendungsfelder +++ sehr gut geeignet, ++ gut geeignet, + geeignet, - nicht geeignet, / bisher nicht getestet

4 Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Spotting-Roboter Mögliche Dispensierwerkzeuge: Piezodüsen Nadeln Ring-and-Pin ex situ Synthese -Spotten

5 Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Einflussparameter beim Spotten: Art der Oberflächenaktivierung (Epoxy-, Aldehyd-, Amino-Gruppe etc., Herstellungsverfahren) Konzentration und Zusammensetzung des Spottingspuffers (pH-Wert, Ionenstärke, Art des Pufferions, Detergenzien, Viskosität, Dampfdruck) Benetzungsverhalten der Oberfläche (Hydrophobizität) Spotting-Technologie (kontaktfrei, mit Kontakt) Eintrocknungsverhalten der abgesetzten Tropfen (Spottingpuffer, Umgebungstemperatur, Luftfeuchte, Immobilisierungsschritte) Einfluss der Linkermodifikation ( z.B. mit bzw. ohne Aminolink) SpottenSpotten

6 Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH + Aminoallyl-dUTP, dGTP, dATP, dCTP RNA (total RNA, mRNA), Primer, Reverse Transkriptase NH 2 + aminoreaktiver Fluoreszenzfarbstoff (z.B. N-hydroxysuccinimid- Fluoreszein) Indirekte Markierung durch reverse Transkription NH 2 + RNAse H Hybridisierung cDNA-Synthese MarkierungsmethodenMarkierungsmethoden

7 Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Direkte chemische Markierung der Nukleinsäure Pt Beispiel: Reaktion eines fluoreszenzmarkierten Platin-Komplexes mit N7 von Guanin Nukleinsäure (DNA) (modifiziert auch für das Markieren von Proteinen anwendbar) MarkierungsmethodenMarkierungsmethoden

8 Quantifoil Micro Tools GmbH © 2002 Quantifoil Micro Tools GmbH Microarrays – Expressionsanlyse mit DNA-Microarrays Oligonukleotid, PCR-Produkt, cDNA (Sonde/probe) Microarray Hybridisierung Detektion/Auswertung mRNA Kontrolle (gesundes Gewebe, Normalbedingung) Testprobe (krankes Gewebe, Stressbedingung etc. Probe/target mRNA Amplifikation, Markierung


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