isobaric tag for relative and absolute quantitation

Präsentation zum Thema: "isobaric tag for relative and absolute quantitation"—  Präsentation transkript:

1 isobaric tag for relative and absolute quantitation
iTRAQ isobaric tag for relative and absolute quantitation

2 iTRAQ Methode zur absoluten und relativen Quantifizierung von Proteinen Einsatz von isobaren Reagenzien, die an N-Terminus und Lysin-Seitenketten binden Erhalt von MS/MS-Spektren, anhand derer quantifiziert werden kann

3 Ablauf der Analyse

4 iTRAQ Reagenzien

5 iTRAQ-Reaktion

6 MS/MS

7 Einsatzbereiche Vergleich von gesunden und kranken Zellen
Vergleich der Proteinexpression in verschiedenen Bakterienstämmen absolute Quantifizierung von Proteinen

8 Absolute Quantifizierung

9 Beispiel: Nonsense-mediated mRNA decay
NMD ist der Abbau fehlerhafter mRNA Vergleich von funktionsfähigen und defekten Hefezellen

10 Signale der Reporterionen

11 Vorteile 4 unterschiedliche Proben können in einem Experiment analysiert werden jedes Protein mit einer freien Aminofunktion kann gemessen werden reproduzierbar

12 Reproduzierbarkeit

13 Vorteile Tags haben optimale Massen, da diese sonst nicht im Spektrum auftreten Peakübelappung wird reduziert absolute Quantifizierung einzelner Proteine möglich

14 Nachteile Notwendigkeit der MS/MS-Analyse kein quantitatives Labeling
enzymatische Spaltung erhöht Komplexität der Probe

15 Literatur Philip L. Ross, Multiplexed Protein Quantitation in Saccharomyces cerevisiae Using Amine-reactive Isobaric Tagging Reagents, Molecular & Cellular Proteomics 3.12, 2004, Sebastian Wiese, Kai A. Reidegeld, Helmut E. Meyer and BettinaWarscheid, Protein labeling by iTRAQ: A new tool for quantitative mass spectrometry in proteome research, Proteomics 2006, 6, 1-11 Lottspeich, Fr., Engels J. W., Bioanalytik, 2. Auflage, Elsevier GmbH, München, 2006, S. 1012