Bakterien PCR

Überblick Epidemiologie 16s Bakterien PCR

Bakterienquelle Spender Haut Inapparente Spender Bakteriämie Kontamination während der Spende Umgebung (Staub usw.) Equipment

Frequenz von Bakterienkontamination bei Blutprodukten American Red Cross Kultur positive Einheiten RBC 0 - 0,2% SDP 0 – 10%

Transfusionsreaktionen Berichte an die FDA 77/694 1987-1999 BaCon national study 34 Fälle davon 9 mortal 1998-2000 Johns Hopkin study 23 Fälle davon 4 mortal 1987-1998

BaCon study (US CDC) Nationale Studie Stringente Sepsis-Definition AABB, ARC, DoD und CDC (~60% US Blut) Stringente Sepsis-Definition Fieber, Tachykardie, 2 fache Blutkulturen Kuehnert et al, Transfusion 2001,41:1493-1499

BaCon study I RBC SDP RDP Distributed 23.711.169 1.804725 1.033.671 (6/tx) Distributed 23.711.169 1.804725 1.033.671 cases (deaths) 5 (3) 18 (4) 11 (2) cases/10E6 0,21 9,98 10,64 deaths/10E6 0,13 2,22 1,94

BaCon study II Product Contaminant Store Endotoxin RBC S. liquefaciens yes 35d S. epidermidis 22d no RDP S. marcescens 2d SDP E. cloacae 3d P. rettgeri E. coli Gp B Strep. 4d

Risikovergleich Septic Fatalities (platelets) HIV HBV HCV 1:1000 1:10 000 HBV Septic Fatalities (platelets) 1:100 000 HCV 1:1 000 000 1984 1986 1988 1990 1992 1994 1996 1998 2000 Goodnough LT e t al. NEJM 1999

Erregerspektrum Yersinia enterocolitica 50% Bacillus cerus 6% Pseudomonas putida 4% Pseudomonas fluorescens 25% Escherichia Coli Streptococcus sp 4% Serratia marcescens 10% Salmonella choleraesuis 13% ...................................... Bacillus cerus 6% Clostridium sporogenes Enterococcus faecalis Lactobacillus fermentum Salmonella choleraesuis Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus 6% Staphylococcus epidermidis 25%

Methoden Fluoreszenz Färbung /image analysis Immunologische Detektion (antigens) Detektion von 16s RNA Metabolische Änderungen Kultivierung

70S-Ribosomen [Prokaryoten] PCR Target Homologe DNA Sequenzen bei Bakterien 16s RNA 23s RNA 16s-23s RNA interspace Region   70S-Ribosomen [Prokaryoten] 50S-Untereinheit 30S-Untereinheit Bestandteile 23S rRNA 5S rRNA 16S rRNA 33 Proteine (L1 – L36) 21 Proteine S1 – S21

Strukturvergleich von 16s RNA

16s DNA Alignment

Realtime Technik System geschlossen Qualitative Ergebnisse Quantitative Ergebnisse Schnelle Ergebnisse Computergestützte Auswertung

16s PCR-Screening Anforderungen Sensitivität Spezifität Automatisierung Ergebnisse in 8h € Probleme Kontaminierte Enzyme Exogene Kontamination Spezifität (alle Bags)

Extraktion von Bakterien MagNA Pure LC 32 Extraktionen in 1,5 Stunden Mgrade Chemie für Bakterien und Pilze

PCR Amplifikation

16s PCR BLZ Linz E.Coli aus BacTAlert Flaschen 100cfu 10cfu 1cfu NTC

Sequenzierung Erregeridentifizierung Positive PCR-Reaktionen werden Sequenziert. Sequenz BLAST

ENDE