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MOL.504 Analyse von DNA- und Proteinsequenzen Übungsaufgaben Datenbanken und Informationssysteme 23.04.2012.

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Präsentation zum Thema: "MOL.504 Analyse von DNA- und Proteinsequenzen Übungsaufgaben Datenbanken und Informationssysteme 23.04.2012."—  Präsentation transkript:

1 MOL.504 Analyse von DNA- und Proteinsequenzen Übungsaufgaben Datenbanken und Informationssysteme

2 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü1 – Tutorial für NCBI NCBI – Nucleotide: Suche nach cellobiose dehydrogenase fungi

3 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü1 – Tutorial für NCBI NCBI – Nucleotide: Suche nach cellobiose dehydrogenase fungi Welche Taxonomic Groups (bzw. Untergruppen) werden gefunden? Siehe Liste oder Tree rechts im Fenster – für Überblick Wieviele Einträge gibt es zu jeder Gruppe? Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum (ein Basidiomycete)

4 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü1 – Tutorial für NCBI Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum und suche dazu Informationen zur: Molekül- und Sequenztyp, Proteinsequenz und –ID/Accession Taxonomy Literatur (Pubmed) Related Sequences

5 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü1 – Tutorial für NCBI Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum und suche dazu Informationen zur: Starte auch eine Blastn-Suche dazu (gegen nr/nt) und finde Highly similar sequences More dissimilar sequences Somewhat similar sequences

6 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü2 – NCBI-Nucleotide Suche nach soluble epoxide hydrolase plants Welche Taxonomic Groups (bzw. Untergruppen) werden gefunden? Siehe Liste oder Tree rechts im Fenster – für Überblick Wieviele Einträge gibt es zu jeder Gruppe? Wähle die soluble epoxide hydrolase aus Arabidopsis thaliana (Tipp: eudicots) und suche dazu Informationen zur: Molekül- und Sequenztyp, Proteinsequenz und – ID/Accession Taxonomy Literatur (Pubmed) Related Sequences Anmerkung: In der Ergebnis-Liste keine kompletten Chromosomen und keine putative-Einträge wählen Starte auch eine Blastn-Suche dazu (gegen nr/nt) und finde Highly similar sequences More dissimilar sequences Somewhat similar sequences Acker-Schmalwand Arabidopsis thaliana (Bild: Wikipedia) z.B.: Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase (SEH) mRNA, complete cds NCBI Reference Sequence: NM_

7 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü3 – NCBI-Nucleotide/Protein Suche nach der Nukleotidsequenz mit der Accession-NummerNC_ : Um welche Sequenz handelt es sich? Organismus, Molekül- und Sequenztyp, PubMed-ID ? Suche in der Genomsequenz (mit Strg+F) nach einem Sub-Eintrag yqjM Sichere die CDS dieser Gensequenz als.txt-Datei im FASTA-Format Auf CDS klicken

8 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü3 – NCBI-Nucleotide/Protein Suche in der Genomsequenz (mit Strg+F) nach einem Sub-EintragyqjM Sichere die CDS dieser Gensequenz als.txt-Datei im FASTA-Format Auf CDS klicken Gib Informationen zu diesem Gen-Eintrag an: Sequenzstart und -ende im Genom Name des Translationsprodukts der CDS Gib die Accession-Nr. des korrespondierenden Proteins an und gehe mit Hilfe der Protein-ID zum Protein-Eintrag(NCBI Reference Sequence: NP_ ) Verwende die Optionen rechts auf der Seite (All links from this record): Welches ist die nächste, verwandte Sequenzen die nicht aus Bacillus subtilis stammt? (BLink) Suche konservierte Domänen (Conserved Domains)

9 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü4 – ExPASy/ProSite Suche in ExPASy (UniProt KB) nach: Prunus dulcis hydroxynitrile lyase Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase Notiere die 3 UniProt KB Accession-Nummern Gehe auf der jeweiligen Seite des Eintrags zum Abschnitt Sequences und verwende das Tool Compute pI/MW - Isoelektrischer Punkt ? Molekulargewicht ? Gehe über das ExPASy-Menu (oder direkt: zum Scan ProSite-Eingabeformular und gebe die jeweilige UniProt KB Accession-Nummer ein: Anmerkung: Checkbox Exclude motifs deaktivieren! – Welche Glykosilierungs-Stellen werden vorgeschlagen? Wie sieht das consensus pattern aus?

10 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü4 – ExPASy/ProSite Suche in ExPASy (expasy.org (DB: UniProt KB) oder uniprot.org nach: Prunus dulcis hydroxynitrile lyase Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase Notiere die 3 UniProt KB Accession-Nummern Gehe Scan ProSite-Eingabeformular (http://prosite.expasy.org/scanprosite/) und gebe die jeweilige UniProt KB Accession-Nummer ein: – Welche Glykosilierungs-Stellen werden vorgeschlagen? Anmerkung: Checkbox Exclude motifs deaktivieren! Wenn Server nicht funktionert: Alternative: check correct patterns

11 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü5 – ExPASy/ProSite

12 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü4 – ExPASy/ProSite

13 MOL.504 – Übungsaufgaben I Ü4 – ExPASy/ProSite Prunus dulcis hydroxynitrile lyase - Glykosilierungsstellen check correct patterns

14 MOL.504 – Übungsaugaben I Ü5 – BRENDA Suche in der BRENDA-DB nach Aldose Reductase welche E.C.-Nummer hat dieses Enzym? welche Reaktion(en) wird/werden katalysiert? (Geben Sie die erste in der Liste an). welcher Kofaktor wird benötigt? aus welchen Organismen sind Aldose-Reduktasen bekannt (nennen Sie 5) ? Reduzieren Sie den Eintrag auf den Organismus Homo sapiens gibt es Aminosäure-Sequenzen und Strukturen (linkes Menü) ? – welche Sequenzlänge hat die menschliche Aldose-Reduktase? wo wurde die höchste Turnover Number, wo die höchste spezifische Aktivität beschrieben (linkes Menü) ? – Angabe der Werte – Angabe der vollständigen Referenz


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