Online Datenbanken für Bioinformatiker Einführung Bioinformatik Einführung Bioinformatik Oktober 2003.

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2 Online Datenbanken für Bioinformatiker Einführung Bioinformatik Einführung Bioinformatik Oktober 2003

3 Inhaltsverzeichnis 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen 2.2. Proteindatenbanken 2.3. Enzym - und Metabolismusdatenbanken 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen 2.5. Chemische Faktendatenbanken 2.6. Bibliographische Datenbanken

4 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen Annotation: verbale Kommentierung von Sequenz-Daten Gemeinschaftsprojekt von: National Center for Biotechnology Information (NCBI, Bethesda bei Washington), European Bioinformatics Institute (EBI, Hinxton bei Cambridge), Teil des EMBL National Institute of Genetics (in Mishima, Japan)

5 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (2) Datenbanken enthalten DNA- und RNA- (d.h. cDNA)-Sequenzen, vollständige Genome, einzelne Gene und ESTs Neue Einträge in Reihenfolge: Ohne Annotation vorläufiger Eintrag ungeprüfter Eintrag Standard

6 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (3) GenBank (USA) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.html

7 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (4) EMBL (Europa) http://www.ebi.ac.uk/embl/

8 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (5) DDBJ = DNA Data Bank of Japan http://www.nig.ac.jp/index-e.html

9 Textdateien mit genau festgelegtem Format. Identifier Aspergillus niger phosphofructokinase 4658 Basenpaare Fungi In EMBL: Jede Zeile beginnt mit 2 Großbuchstaben. ID ANPFKA standard; DNA; FUN; 4658 BP.

10 Genom von H. influenzae: ID L42023 standard; circular DNA; CON; 1830138 BP.. SQ Sequence 1830138 BP; 567623 A; 350723 C; 347436 G; 564241 T; 115 other; tatggcaatt aaaattggta tcaatggttt tggtcgtatc ggccgtatcg tattccgtgc 60 agcacaacac cgtgatgaca ttgaagttgt aggtattaac gacttaatcg acgttgaata 120 catggcttat atgttgaaat atgattcaac tcacggtcgt ttcgacggca ctgttgaagt 180 gaaagatggt aacttagtgg ttaatggtaa aactatccgt gtaactgcag aacgtgatcc 240 agcaaactta aactggggtg caatcggtgt tgatatcgct gttgaagcga ctggtttatt 300 cttaactgat gaaactgctc gtaaacatat cactgcaggc gcaaaaaaag ttgtattaac 360 tggcccatct aaagatgcaa cccctatgtt cgttcgtggt gtaaacttca acgcatacgc 420...................... Bakterien haben ringförmige DNA! ggattaaaat gggatgcttt tatcacatca atcatcgact gattttnctc ttttgcagcc 47640 Nicht identifizierte Nukleotide (n)

11 Sequence Retrieval System (SRS) http://srs.ebi.ac.uk Suche mit Booleschen Operatoren & [und], | [oder] und ! [nicht] Mit Quick search sehr viele, unspezifische Treffer. Besser Standard search. Unterhalten am EBI. Man kann auch in anderen Datenbanken als EMBL suchen. ?? Zuerst auf Start a temporary project klicken.

12 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (9) Sequence Retrieval System (SRS)

13 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (10) Suchmaske

14 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (11) Standard Search

15 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (12) Suchergebnis

16 Spezielle Genomdatenbanken Entrez Genome (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Genome

17 Spezielle Genomdatenbanken (2) TIGR-Genom-Datenbank http://www.tigr.org/tdb/

18 Gen - Namen Phosphoglucoisomerase: g6p, Isoformen g6p1, g6p2, g6pA,... Phosphofruktokinase: k6p (früher pfk), Isoformen k6p1, k6P2,... Transaldolase: tal

19 2.2. Proteindatenbanken Swiss-Prot - am Schweizer Institut für Bioinformatik (SIB) http://us.expasy.org/sprot

20 2.2. Proteindatenbanken (2) PROSITE http://www.expasy.org/prosite/

21 2.2. Proteindatenbanken (3) TrEMBL http://www.ebi.ac.uk/trembl/index.html

22 2.2. Proteindatenbanken (4) Entrez Protein ( am NCBI ) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Protein

23 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken ENZYME ( Teil von Swiss-Prot ) http://www.expasy.org/enzyme/

24 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (2) BRENDA

25 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (3) KEGG ( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ) http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html

26 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (3b) Anzeige zu Citrate Cycle

27 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (4) WIT ( What Is There ) http://www-unix.mcs.anl.gov/compbio/

28 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (5) BioCyc http://biocyc.org/

29 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen PDB = Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb

30 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen (2) Ergebnis der Suche nach : Deoxy Human Hemoglobin

31 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen (3)

32 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen (4) Entrez Structure http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Structure

33 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen (5) SWISS -3DIMAGE http://www.expasy.org/sw3d/

34 2.5. Chemische Faktendatenbanken BEILSTEIN

35 Beilstein (2)

36 Beilstein (3)

37 2.5. Chemische Faktendatenbanken (2) REGISTRY

38 Registry (2) Suche

39 Registry (3) Kurzeintrag aus SciFinder Scholar

40 Registry (4) Dokument aus Registry

41 Registry (5) Vollanzeige

42 2.6. Bibliographische Datenbanken Web of Science Chemical Abstracts und Medline in SciFinder Scholar weitere Datenbanken

43 Web of Science die Datenbank ist auch unter dem Namen Science Citation Index bekannt

44 Titelanzeige im Web of Science Bibliographische Angaben, Abstract

45 Chemical Abstracts und Medline in SciFinder Scholar Zugang zu SciFinder Scholar an der FSU Jena Direktzugang alphabetische oder systematische Liste der ThULB

46 SciFinder Scholar für Bioinformatiker SciFinder Scholar im Fachinformationsportal

47 Internetanleitung zu SciFinder Scholar Weitere Materialien

48 Chemical Abstracts http://www.cas.org/

49 CA in SciFinder Scholar

50 CA in SciFinder Scholar (2)

51 CA in SciFinder Scholar (3)

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53 Medline http://www.dimdi.de/de/db/gui/gui-freeinfo.htm

54 Medline beim DIMDI

55 Medline in SciFinder Scholar

56 Medline in SciFinder Scholar (2)

57 Medline in SciFinder Scholar (3)

58 Medline bei PubMed http://www4.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/