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Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in internationalen Netzwerken Anton Güntsch Botanischer Garten.

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Präsentation zum Thema: "Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in internationalen Netzwerken Anton Güntsch Botanischer Garten."—  Präsentation transkript:

1 Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in internationalen Netzwerken Anton Güntsch Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem Abt. Biodiversitätsinformatik u. Labors

2 Primäre Biodiversitätsdaten
Wissenschaftliche Namen Taxa Autoren Referenzen Sammlungsdaten Metadaten

3 Biologische Sammlungen
Naturhistorische Sammlungen (Museen, Universitäten) Lebendsammlungen (z.B. Botanische und Zoologische Gärten, Bakterienstämme) DNA Banken Multimedia Sammlungen Beobachtungsdatenbanken

4 Nutzen von biologischen Sammlungen
Belege ( z.B. für Namensgebung) Ausbildung Kommerzieller Nutzen Umweltmonitoring Historische und gegenwärtige Verbreitungen von Organismen Voraussage von Verbreitungen

5 Sammlungs-Objektdaten
Wer Wann Wo Was

6 Sammlungsdaten im Jahr 2000

7 Schaffung eines globalen Netzwerks
Global Biodiversity Information Facility (GBIF) Biological Collection Access Service for Europe (BioCASE)

8 Spezifikation auf 2 Ebenen
Protokoll-Ebene  abstrakte Anfragesprache für heterogene Datenquellen Datenebene  Spezifikation eines Datenschemas

9 BioCASe Protokoll Spezifikation der Struktur von Anfragen und Antworten im Netzwerk.

10 BioCASe - <capabilities>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <request xmlns="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3 <header> <sendTime> T09:30:47-05:00</sendTime> <source> </source> <type>capabilities</type> </header> </request>

11 BioCASe - <scan>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <request xmlns="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3 <header> <sendTime> T09:30:47-05:00</sendTime> <source> </source> <type>scan</type> </header> <scan> <requestFormat>http://www.tdwg.org/schemas/abcd/1.2</requestFormat> <concept>/DataSets/[…]/ScientificNameAtomized/Botanical/Genus</concept> </scan> </request>

12 BioCASe - <search>
<request> <header> [...] <type>search</type> </header> <search> <requestFormat>http://www.tdwg.org/schemas/abcd/1.2</requestFormat> <responseFormat start="0" limit="50">http://www.tdwg.org/schemas/abcd/1.2</responseFormat> <filter> <and> <like path="/DataSets/DataSet/[...]/TaxonIdentified/NameAuthorYearString">Abies*</like> <or> <like path="/DataSets/[...]/TaxonIdentified/HigherTaxa/HigherTaxon">Pinace*</like> <like path="/DataSets/DataSet/[...]/GatheringSite/Country/CountryName">*Russia*</like> <greaterThan path="/DataSets/DataSet/[...]/ISODateTimeBegin"> </greaterThan> </and> </or> </filter> <count>false</count> </search> </request>

13 Access to Biological Collection Data
Datendefinition für alle biologischen Sammlungen (lebend, konserviert, Beobachtungen). Behutsamer Umgang mit kontrollierten Vokabularen und regulären Ausdrücken. Strukturierte Elementbeschreibungen. Variable Atomisierung.

14 Strukturierte Elementbeschreibung
<xs:element name="FullScientificNameString" type="String"> <xs:annotation> <xs:documentation>Concatenated scientific name, preferrably formed in accordance with a Code of Nomenclature, i. e. a monomial, bionomial, or trinomial plus author(s) or author team(s) and - where relevant - year, or the name of a cultivar or cultivar group, as fully as possible. </xs:documentation> <xs:appinfo> <sea:FullName>Full scientific name</sea:FullName> <sea:Audience>BioCASE</sea:Audience> <sea:Audience>CODATA TDWG</sea:Audience> <sea:Reviewer/> <sea:ExistingStandard>Darwin Core 2: Scientific Name.</sea:ExistingStandard> <sea:Content/> <sea:Example>Acipenser gueldenstadti Linnaeus 1758</sea:Example> <sea:Rule/> <sea:EditorialNote/> </xs:appinfo> </xs:annotation> </xs:element>

15 Variable Atomisierung (1)
   <site>  <country>Afghanistan</country>   <place>Tangi Gharuh</place>   <lat>34.16</lat>   <long>69.48</long>   </site>  <date>    <day>21</day>   <month>8</month>   <year>1952</year>   </date>

16 Variable Atomisierung (2)
   <site> <text> BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nas casca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt m. </text>   </site>  <date> 16 Apr. 1993 </text> </date> 

17 ABCD - Überblick Datasets Dataset Collection Metadata
(description of dataset, contact information, intellectual property rights,... ) Collection Unit Data (observation or specimen records) Dataset ...

18 ABCD - Metadaten Collection Metadata
Original source incl. collection identifier (Source ID) Dataset derivation (data propagation history) Supplier information (organisation, contact) Intellectual Property Rights (IPR) Acknowledgements, Disclaimer, URL etc.

19 ABCD - Überblick Datasets Dataset Collection Metadata
(description of dataset, contact information, intellectual property rights,... ) Collection Unit Data (observation or specimen records) Dataset ...

20 ABCD - Unitebene Collection Unit Data
Unit identifier (ID), IPR, Acknowledgements,... Identifications Unit collection domain (domain-specific subtypes) Unit state domain (physical state-specific subtypes) Specimen unit Observation unit Gathering event and site characteristics + Digital images, Associations, Assemblages, Measurements, Facts,...

21 Verfügbare Software PyWrapper BioCASe Configuration-Tool
BioCASe Query-Tool UnitLoader: API für BioCASe-konforme Anfragen User-Interface Software SchemaViewer, SchemaProcessor, etc.

22 Eingesetzt von … BioCASE GBIF-D GBIF-International
Species EuroCAT Euro+Med BioCASE Metadata Network AlgaTerra

23 GBIF-D & BioCASE Prototyp

24 GBIF-D & BioCASE Prototyp
Unit Data Provider Domain Internet User interface client (Servlet) Portal Domain ? Client CORM JDBC http Query XML ! Unit wrapper http Response XML SQL BioCASE protocol Config. files Java API UnitLoader C

25 BioCASe-Statistik (Stand: 4/2005)
> 65 Provider Installationen weltweit > 150 Datenbanken abfragbar > Datensätze zugreifbar

26 Vielen Dank!


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