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Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in internationalen Netzwerken Anton Güntsch Botanischer Garten.

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Präsentation zum Thema: "Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in internationalen Netzwerken Anton Güntsch Botanischer Garten."—  Präsentation transkript:

1 Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in internationalen Netzwerken Anton Güntsch Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem Abt. Biodiversitätsinformatik u. Labors

2 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Primäre Biodiversitätsdaten Wissenschaftliche Namen Taxa Autoren Referenzen Sammlungsdaten Metadaten

3 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Biologische Sammlungen Naturhistorische Sammlungen (Museen, Universitäten) Lebendsammlungen (z.B. Botanische und Zoologische Gärten, Bakterienstämme) DNA Banken Multimedia Sammlungen Beobachtungsdatenbanken …

4 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Nutzen von biologischen Sammlungen Belege ( z.B. für Namensgebung) Ausbildung Kommerzieller Nutzen Umweltmonitoring Historische und gegenwärtige Verbreitungen von Organismen Voraussage von Verbreitungen …

5 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Sammlungs-Objektdaten Wer Wann Wo Was

6 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Sammlungsdaten im Jahr 2000

7 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Schaffung eines globalen Netzwerks Global Biodiversity Information Facility (GBIF) Biological Collection Access Service for Europe (BioCASE)

8 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Spezifikation auf 2 Ebenen Protokoll-Ebene abstrakte Anfragesprache für heterogene Datenquellen Datenebene Spezifikation eines Datenschemas

9 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten BioCASe Protokoll Spezifikation der Struktur von Anfragen und Antworten im Netzwerk.

10 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten BioCASe T09:30:47-05: capabilities

11 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten BioCASe T09:30:47-05: scan /DataSets/[…]/ScientificNameAtomized/Botanical/Genus

12 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten BioCASe - [...] search Abies* Pinace* *Russia* false

13 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Access to Biological Collection Data Datendefinition für alle biologischen Sammlungen (lebend, konserviert, Beobachtungen). Behutsamer Umgang mit kontrollierten Vokabularen und regulären Ausdrücken. Strukturierte Elementbeschreibungen. Variable Atomisierung.

14 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Strukturierte Elementbeschreibung Concatenated scientific name, preferrably formed in accordance with a Code of Nomenclature, i. e. a monomial, bionomial, or trinomial plus author(s) or author team(s) and - where relevant - year, or the name of a cultivar or cultivar group, as fully as possible. Full scientific name BioCASE CODATA TDWG Darwin Core 2: Scientific Name. Acipenser gueldenstadti Linnaeus 1758

15 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Variable Atomisierung (1) Afghanistan Tangi Gharuh

16 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Variable Atomisierung (2) BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nas casca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt m. 16 Apr. 1993

17 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten ABCD - Überblick Datasets Dataset Collection Metadata (description of dataset, contact information, intellectual property rights,... ) Collection Unit Data (observation or specimen records) Dataset...

18 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten ABCD - Metadaten Collection Metadata Original source incl. collection identifier (Source ID) Dataset derivation (data propagation history) Supplier information (organisation, contact) Intellectual Property Rights (IPR) Acknowledgements, Disclaimer, URL etc.

19 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten ABCD - Überblick Datasets Dataset Collection Metadata (description of dataset, contact information, intellectual property rights,... ) Collection Unit Data (observation or specimen records) Dataset...

20 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten ABCD - Unitebene Collection Unit Data Unit identifier (ID), IPR, Acknowledgements,... + Digital images, Associations, Assemblages, Measurements, Facts,... Identifications Gathering event and site characteristics Unit collection domain (domain-specific subtypes) Unit state domain (physical state-specific subtypes) Specimen unit Observation unit

21 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Verfügbare Software PyWrapper BioCASe Configuration-Tool BioCASe Query-Tool UnitLoader: API für BioCASe-konforme Anfragen User-Interface Software SchemaViewer, SchemaProcessor, etc.

22 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Eingesetzt von … BioCASE GBIF-D GBIF-International Species EuroCAT Euro+Med BioCASE Metadata Network AlgaTerra

23 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten GBIF-D & BioCASE Prototyp

24 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Internet Unit Data Provider Domain GBIF-D & BioCASE Prototyp Config. files BioCASE protocol SQL User interface client (Servlet) Portal Domain Unit wrapper UnitLoader Java API CORM JDBC http Response XML http Query XML ? Client !

25 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten BioCASe-Statistik (Stand: 4/2005) > 65 Provider Installationen weltweit > 150 Datenbanken abfragbar > Datensätze zugreifbar

26 A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten Vielen Dank!


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