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ABCD Data Provider Workshop Berlin - january 2004 M.Döring, A. Hahn, W. Lipp & J. de la Torre Dept. of Biodiversity Informatics and Laboratories Botanical.

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2 ABCD Data Provider Workshop Berlin - january 2004 M.Döring, A. Hahn, W. Lipp & J. de la Torre Dept. of Biodiversity Informatics and Laboratories Botanical Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem, Freie Universität Berlin BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics

3 Provider Training - Ziele Lernen Sie … Wie BioCASE funktioniert, Wo Hilfstexte zu finden sind, Wo sich die benötigte Software befindet, Was wie installiert werden soll, Und wen Sie fragen können.

4 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Provider Training – System Überblick BioCASE Datenfluss Provider Software Merkmale Software Voraussetzungen Einführung in ABCD Fragen

5 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Provider Training – Demo Installation Python Installation Webserver Konfiguration Installation der Provider Software und benötigter Python Bibliotheken Wrapper Konfiguration Testen der Software Anschluss an das BioCASE Netzwerk Fragen

6 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Die BioCASE System Architektur

7 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics BioCASE consumer view

8 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics BioCASE provider view

9 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Provider Software - Kompatibilität Läuft unter Windows und Unix System (Linux, Mac OS X) Arbeitet mit vielen relationalen SQL Datenbank Systemen z.Z.: Access, Filemaker, MySQL, Oracle, PostgreSQL, SQL Server Generisches Software Design erlaubt die Unterstützung beliebiger Datenformate neben ABCD, z.B. Darwin Core Unterstützt Unicode

10 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Software Voraussetzungen 1.Ein dauerhaft ans Internet angeschlossener Webserver (e.g. Apache or Microsoft IIS) 2.Eine SQL fähige Sammlungs Datenbank...

11 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Provider Software Homepage Unter finden Sie Provider Software User Guide BioCASE Provider Software (aktuell v1.5) Einführende Texte Für detailiertere Beschreibungen aller BioCASE Software Module:

12 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics A ccess to B iological C ollection D ata (1) Beinhaltet Daten zu: Einzelnen Belegen oder Beobachtungen Bestimmung(en) samt wissenschaftlicher Namen Der Sammlung als Ganzes Herkunft, Eigentümer und IPR

13 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics A ccess to B iological C ollection D ata (2) Grundsätzliche Design Prinzipien: Umfasst alle biologischen Sammlungen (lebende, konservierte sowie Beobachtungen) Variable Atomisierung schafft Flexibilität bei Bereitstellung unterschiedlich stark strukturierter Daten

14 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Provider Software Demo Installation

15 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Installation, Überblick (1) 1.Installation von Python Version Konfiguration des Webservers für Python CGIs 3.Installation der Provider Software auf dem Webserver and Einstellung der Sicherheitsrechte 4.Testen der Python Installation mit dem cgi-test Paket der Provider Software 5.Installation benötigter Python Bibliotheken und optionaler Datenbank Treiber

16 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Installation, Überblick (2) 6.Vorbereitung der Datenbank für ABCD. Evtl Anlegen einer Datenbank Kopie nur zur Veröffentlichung 7.Konfiguration des Datenbak Wrappers mit Hilfe des Konfigurations Tools. 8.Testen der neuen ABCD Datenquelle. 9.Anpassen des lokalen query-tools (optional).

17 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Software Installation Demo [1-5]

18 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Datenbank Vorbereitungen für ABCD (1) Auswahl der zu veröffentlichen Datensätze Konkatenierung von Daten Konvertierung von Datentypen, z.B. Datumsformate Erzeugung von Views oder einer statischen Tabelle Erwägen Sie es eine Kopie der Datenbank anzulegen, um Ihre Daten zu veröffentlichen!

19 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Datenbank Vorbereitungen für ABCD (2) Erzeugen der obligatorischen und empfohlenen ABCD Konzepte: Metadaten Unit ID NameAuthorYearString RecordBasis Country

20 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Vorbereiten der Datenbank Demo [6]

21 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Die Konfigurations Dateien Globale Konfiguration: Das Wrapper Configuration File Datenbank spezifische Konfiguration(en): Das Provider Setup File (PSF) Daten Standard spezifische Konfiguration(en): Das Concept Mapping File (CMF) Alle Konfigurationen sind XML Dateien, die manuell oder mit dem configuration-tool editiert werden können

22 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Das Wrapper Configuration File Angaben zu: Config-tool Passwort Debug Einstellungen Log Verhalten Limit der maximal zurückgegebenen Datensätze

23 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Das Provider Setup File - PSF Angaben zu: Parameter der Datenbank Verbindung Tabellen und deren Aliase Primär Schlüssel(n) Fremd Schlüssel(n) Text Kodierung

24 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Das Concept Mapping File - CMF Dient als alternative Darstellung aller potentiellen ABCD Konzepte and definiert die Struktur der zurückgegebenen XML Dokumente. Enthälz Angaben zu: allen ABCD Elementen Ihre XML Datentypen Ihre Wiederholbarkeit Und Bemerkungen Neben diesen festen Angaben zur ABCD Struktur beinhaltet es auch die mappings – welche Datenbank Attribute gehören zu welchem ABCD Konzept …

25 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Konfiguration eines CMF Verknüpfe Datenbank Attribute mit ABCD Konzepten mit Hilfe des Konfigurations Tools: 1.Lokalisieren der passenden Konzepte mit dem CMF lister 2.Hinzufügen der Konzepte zum CMF 3.Angabe der entsprechenden Datenbank Attribute für jedes Konzept 4.Angabe des Datentyps für jedes Datenbank Attribut

26 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Konfiguration eines CMF - Beispiel

27 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Wrapper Konfiguration Demo [7]

28 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Testen der Datenquelle mit Hilfe von … Query-Tool HTML Formularen Registrierung der Datenquelle … Bitte senden Sie die URLs der aktiven Wrapper an das BioCASE Sekretariat oder den Support.

29 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Häufige Konfigurations Probleme Berechtigungen nicht richtig gesetzt. Schreibfehler bei DB Attributen. Tabellen Namen anstelle von Alias namen benutzt. Falsche Datentypen angegeben. Falsche Text Kodierung angegeben. Kreisförmige Tabellen Struktur angegeben.

30 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Testen der Datenquelle Demo [8]

31 BioCASE - Resource Development for a Biological Collection Information Service in Europe – BGBM Biodiversity Informatics Danke!


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