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Arbeitskreis Wissenschaftliches Rechnen Universität Duisburg-Essen 01.06.2007 Der Dortmunder Linuxcluster LiDO AK Wiss. Rechnen, Essen, 01.06.2007 © Universität.

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1 Arbeitskreis Wissenschaftliches Rechnen Universität Duisburg-Essen Der Dortmunder Linuxcluster LiDO AK Wiss. Rechnen, Essen, © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

2 AK Wiss. Rechnen, Essen, LiDO stellt sich vor 2.Die Systemarchitektur 3.Systemwerkzeuge 4.Das Batchsystem 5.Das Anmeldeverfahren 6.Auslastung des Linux-Clusters 7.Weitere Informationen / Fragen? 0. Übersicht © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

3 AK Wiss. Rechnen, Essen, LiDO stellt sich vor (1) HPC Linux Cluster an der Universität Dortmund Regelbetrieb seit 05/2006 Lieferant ClusterVision BV (Niederlande) Rechenknoten Knotentyp 1 (starke Knoten) 8 Stück, 4x Opteron 2,6 GHz, 16 GB Memory, 1x 160 GB lokale FP Knotentyp 2 (Standardknoten) 144 Stück, 2x Opteron 2,4 GHz, 4 GB Memory, 1x 80 GB lokale FP Knotentyp 3 (stark vernetzte Knoten) 72 Stück, 2x Opteron 2,4 GHz, 8 GB Memory, 1x 80 GB lokale FP 464 Einzelprozessoren in 224 Rechenknoten © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

4 AK Wiss. Rechnen, Essen, LiDO stellt sich vor (2) Netzwerk Interconnect 1 = Gbit Ethernet (alle 224 Knoten) Interconnect 2 = Infiniband (72 stark vernetzte Knoten) Servicenetz = Gbit Ethernet (alle 224 Knoten) 11,2 TB (netto) SAN Speicher mit NFS und GPFS Betriebssystem Rechen- und Serviceknoten: SuSE 10 (64bit) Systemsoftware: ClusterVision OS Software Compiler für Fortran, C und C++: Portland, Intel, Pathscale, gcc Debugger Etnus Total View, Allinea ddt und Optimizer opt Wiss. Anwendungssoftware: Matlab ANSYS CFX Abaqus Gaussian © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

5 AK Wiss. Rechnen, Essen, LiDO stellt sich vor (3): Die Anlieferung © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

6 AK Wiss. Rechnen, Essen, LiDO stellt sich vor (4): Der Aufbau © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

7 AK Wiss. Rechnen, Essen, Knotentyp 1 (AIC) 4 Opteron CPU 16 GB RAM 160 GB HD Anzahl = 8 Knotentyp 2 (Supermicro) 2 Opteron CPU 4 GB RAM 80 GB HD Anzahl = 144 … Knotentyp 3 (Supermicro) 2 Opteron CPU 8 GB RAM 80 GB HD Anzahl = 72 … Fileserver (GPFS) Management- server m a s t e r Gateway- server 4 Opteron CPU 16 GB RAM 2x 160 GB HD Internet 5,6 TB RAID HD 5,6 TB RAID HD … gebündelt 4x FC 2 Gbit sync Interconnect 1 (1 Gbit): 5x Nortel BayStack Servicenetz (1 Gbit): 6x HP Procurve Interconnect 2 (Infiniband): - Infiniscale III Switch - Mellanox Karten 2. Die Systemarchitektur © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

8 AK Wiss. Rechnen, Essen, ClusterVision OS: Trinity (Übersicht) 3. Systemwerkzeuge (1) © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

9 AK Wiss. Rechnen, Essen, ClusterVision OS: Trinity (Einzelkomponente) 3. Systemwerkzeuge (2) © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

10 AK Wiss. Rechnen, Essen, Steuerung der Steckdosen (APCs) 3. Systemwerkzeuge (3) © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

11 AK Wiss. Rechnen, Essen, Die p-Tools © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg, Systemwerkzeuge (4)

12 AK Wiss. Rechnen, Essen, © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg, Arbeitsumgebungen nach Maß (Module) 3. Systemwerkzeuge (5) > module avail /usr/local/Cluster-Config/modulefiles OpenMPI/ib/intel/64/1.1.4 gaussian/03.D.02 jdk/1.5.0_08 3ware/ OpenMPI/ib/pgi/64/1.1.2 gcc/3.2.3 lam/ge/gcc/64/7.1.1 GotoBLAS/1.00 OpenMPI/ib/psc/64/1.1.2 gcc/3.3.6 lam/ge/intel/64/7.1.1 GotoBLAS/1.05 OpenMPI/ib/psc/64/1.1.4 gcc/3.4.6 matlab/ GotoBLAS/1.07 OpenMPI/ib/sunstd/64/1.1.2 gcc/4.0.2 maui/3.2.6p14 GotoBLAS/1.11 R/2.4.0 gcc/4.1.1 mpich/ge/gcc/64/1.2.7 OpenMPI/ge/g95/64/1.1.4 SunStudio/11alpha gmv/3.8 mpich/ge/intel/64/1.2.7 OpenMPI/ge/gcc/32/1.1.1 abaqus/6.6-1 gmv/4.0 mpiexec/0.80 OpenMPI/ge/gcc/64/1.0.2 ansys/10.0 gpfs/2.3.0 mvapich/gcc/0.9.7 OpenMPI/ge/gcc/64/1.1.2 binutils/32/2.17 hpl/1.0a mvapich/intel/0.9.7 OpenMPI/ge/gcc/64/1.1.4 cfx/10.0 icem/10.0 mvapich/pathscale/0.9.7 OpenMPI/ge/intel/64/1.1.2 cluster-tools/2.0.5 installer-tools/0.0.1 mvapich/pgi/0.9.7 OpenMPI/ge/intel/64/1.1.4 ddt/1.10 intel/cc/ ofed/1.1 OpenMPI/ge/pgi/64/1.1.2 ddt/1.9.2 intel/cce/ pathscale/2.5 OpenMPI/ge/psc/64/1.1.2 default-ethernet intel/fc/ pgi/6.1.5 OpenMPI/ge/psc/64/1.1.4 default-infiniband intel/fce/ pgi/6.2.5 OpenMPI/ge/sunstd/64/1.1.2 devisor/grid/ intel/idb/ scm-adf/mpi/adf OpenMPI/ib/g95/64/1.1.4 devisor/grid/ intel/idbe/ torque/2.0.0p8 OpenMPI/ib/gcc/64/1.1.2 firefox/2.0 intel/mkl/8.0 totalview/7.2.0 OpenMPI/ib/gcc/64/1.1.4 g95/int32bit/0.9 jdk/1.4.2_13 version OpenMPI/ib/intel/64/1.1.2 g95/int64bit/0.9 jdk/1.5.0_06

13 AK Wiss. Rechnen, Essen, © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg, Das Batchsystem (1) Torque und Maui werden als Batchsystem verwendet Die aktuellen Queues sind: short_ib: node145 - node CPUs med_ib: node145 - node CPUs long_ib: node145 – node CPUs short_eth: node033 - node CPUs med_eth: node033 - node CPUs long_eth: node033 – node CPUs neternal_eth: node001 - node CPUs short_quad: node217 - node CPUs med_quad: node217 - node CPUs long_quad: node217 - node CPUs

14 AK Wiss. Rechnen, Essen, © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg, Das Batchsystem (2) > qsub job.pbs Ein Beispiel für ein PBS-Script (job.pbs) Ausführen des Scripts #!/bin/sh ### Hello_mpi via Gigabit Ethernet #PBS -N hello_mpi #PBS -q short_eth #PBS -M #PBS -l walltime=00:10:00,nodes=32 ###PBS -m e # This job's working directory cd $PBS_O_WORKDIR cat $PBS_NODEFILE > pbs-machine # Run the parallel MPI executable mpiexec hello_mpi exit 0

15 AK Wiss. Rechnen, Essen, © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg, Das Anmeldeverfahren (1) Antrag auf eine Benutzerkennung für LiDO schriftlich im Kundenbüro des HRZ der Uni Dortmund stellen Maria Pefferkuch, Tel Campus Süd, GB V, Raum 108 Dem LiDO-Team eine Kurzbeschreibung des Vorhabens zukommen lassen Die Accountdaten gibt es persönlich vom Kundenbüro Login-ID Passwort

16 AK Wiss. Rechnen, Essen, © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg, Das Anmeldeverfahren (2) Mit den Account-Daten einfach einloggen und loslegen Zugang per ssh auf einen der Gatewayserver lido1.hrz.uni-dortmund.de lido2.hrz.uni-dortmund.de LiDO ist nur im Intranet der Uni-Dortmund frei erreichbar. Externe Zugänge werden vom LiDO-Team auf Anfrage individuell konfiguriert. Nach abgeschlossen Arbeiten / Projekten ist die Verwendung von LiDO als Werkzeug für die Forschung in Form eines Berichtes dem LiDO-Team und der Nachwelt zu dokumentieren

17 AK Wiss. Rechnen, Essen, Auslastung des Linux-Clusters © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg,

18 AK Wiss. Rechnen, Essen, © Universität Dortmund / HRZ / Zentrale Server, jg, Weitere Informationen / Fragen? Die LiDO Webseiten: Noch Fragen? Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit


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