isobaric tag for relative and absolute quantitation iTRAQ isobaric tag for relative and absolute quantitation
iTRAQ Methode zur absoluten und relativen Quantifizierung von Proteinen Einsatz von isobaren Reagenzien, die an N-Terminus und Lysin-Seitenketten binden Erhalt von MS/MS-Spektren, anhand derer quantifiziert werden kann
Ablauf der Analyse
iTRAQ Reagenzien
iTRAQ-Reaktion
MS/MS
Einsatzbereiche Vergleich von gesunden und kranken Zellen Vergleich der Proteinexpression in verschiedenen Bakterienstämmen absolute Quantifizierung von Proteinen
Absolute Quantifizierung
Beispiel: Nonsense-mediated mRNA decay NMD ist der Abbau fehlerhafter mRNA Vergleich von funktionsfähigen und defekten Hefezellen
Signale der Reporterionen
Vorteile 4 unterschiedliche Proben können in einem Experiment analysiert werden jedes Protein mit einer freien Aminofunktion kann gemessen werden reproduzierbar
Reproduzierbarkeit
Vorteile Tags haben optimale Massen, da diese sonst nicht im Spektrum auftreten Peakübelappung wird reduziert absolute Quantifizierung einzelner Proteine möglich
Nachteile Notwendigkeit der MS/MS-Analyse kein quantitatives Labeling enzymatische Spaltung erhöht Komplexität der Probe
Literatur Philip L. Ross, Multiplexed Protein Quantitation in Saccharomyces cerevisiae Using Amine-reactive Isobaric Tagging Reagents, Molecular & Cellular Proteomics 3.12, 2004, 1154-1169 Sebastian Wiese, Kai A. Reidegeld, Helmut E. Meyer and BettinaWarscheid, Protein labeling by iTRAQ: A new tool for quantitative mass spectrometry in proteome research, Proteomics 2006, 6, 1-11 Lottspeich, Fr., Engels J. W., Bioanalytik, 2. Auflage, Elsevier GmbH, München, 2006, S. 1012