isobaric tag for relative and absolute quantitation

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 Präsentation transkript:

isobaric tag for relative and absolute quantitation iTRAQ isobaric tag for relative and absolute quantitation

iTRAQ Methode zur absoluten und relativen Quantifizierung von Proteinen Einsatz von isobaren Reagenzien, die an N-Terminus und Lysin-Seitenketten binden Erhalt von MS/MS-Spektren, anhand derer quantifiziert werden kann

Ablauf der Analyse

iTRAQ Reagenzien

iTRAQ-Reaktion

MS/MS

Einsatzbereiche Vergleich von gesunden und kranken Zellen Vergleich der Proteinexpression in verschiedenen Bakterienstämmen absolute Quantifizierung von Proteinen

Absolute Quantifizierung

Beispiel: Nonsense-mediated mRNA decay NMD ist der Abbau fehlerhafter mRNA Vergleich von funktionsfähigen und defekten Hefezellen

Signale der Reporterionen

Vorteile 4 unterschiedliche Proben können in einem Experiment analysiert werden jedes Protein mit einer freien Aminofunktion kann gemessen werden reproduzierbar

Reproduzierbarkeit

Vorteile Tags haben optimale Massen, da diese sonst nicht im Spektrum auftreten Peakübelappung wird reduziert absolute Quantifizierung einzelner Proteine möglich

Nachteile Notwendigkeit der MS/MS-Analyse kein quantitatives Labeling enzymatische Spaltung erhöht Komplexität der Probe

Literatur Philip L. Ross, Multiplexed Protein Quantitation in Saccharomyces cerevisiae Using Amine-reactive Isobaric Tagging Reagents, Molecular & Cellular Proteomics 3.12, 2004, 1154-1169 Sebastian Wiese, Kai A. Reidegeld, Helmut E. Meyer and BettinaWarscheid, Protein labeling by iTRAQ: A new tool for quantitative mass spectrometry in proteome research, Proteomics 2006, 6, 1-11 Lottspeich, Fr., Engels J. W., Bioanalytik, 2. Auflage, Elsevier GmbH, München, 2006, S. 1012