Miriam Böhm Anne Weiland. BioGRID: Biological General Repository for Interaction Datasets beinhaltet Interaktion zwischen Proteinen Was sind Protein-Protein-

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1 Miriam Böhm Anne Weiland

2 BioGRID: Biological General Repository for Interaction Datasets beinhaltet Interaktion zwischen Proteinen Was sind Protein-Protein- Interaktionen? Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen beispielsweise wird ein Signal außerhalb der Zelle in die Zelle über Protein-Protein-Wechselwirkungen der Signalmoleküle weitergeleitet Bsp.: G-Proteine

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4 The Samuel Lunenfeld Research Institute of Mount Sinai Hospital,Toronto Link zu dieser Seite: http://www.mshri.on.ca/ erste veröffentlichte Ausgabe im Juli 2002, zu der Zeit unter dem Namen The GRID bekannt Protein Interaktionen, welche durch high-troughput- Verfahren (HTP), wie two-hybrid oder massenspektrometrisch in der Hefe Saccharomyces cerevisiae entdeckt wurden ursprünglich für den Gebrauch im Labor gedacht um Interaktionsdaten, die durch HTP gewonnen werden, zu verwalten

5 heute sind weitere Spezies vertreten: Caenorhabditis elegans Drosophila melanogaster Homo sapiens Arabidopsis thaliana Bos taurus Canis familiaris Danio rerio Mus musculus Rattus norvegicus Schizosaccharomyces pombe Takifugu rubripes Xenopus laevis frei zugängliche Datenbank, Daten frei downloadbar als tab- delimited text-file oder im PSI-MI XML Format

6 http://thebiogrid.org/

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8 HPRD ID: 05100 LocusID: NM_006572 Entrez-Gene ID: 10672 SwissProt: Q 14344 Uniprot: Q 14344 PIR: I57490 RefSeq: NM_006572 MIM: 604406 HGNC: 4381 Wormbase: - Flybase ID: - RATMAP: - NCBI CDNA Accession NCBI CDNA GI NCBI Protein Accession NCBI Protein GI MGD RGD ZFIN Trembl SGD ID NREF Identifier, mit denen Proteininteraktionen in BioGRID gesucht werden können:

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10 PSI: Proteomics Standard Initiative MI: molecular interaction PSI beabsichtigt, einen gemeinschaftlichen Standard für die Repräsentation von Daten in der Proteomik zu definieren, um das Verständis, den Vergleich und den Austausch der Daten zu erleichtern PSI-MI XML Format

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16 PSI-MI XML Version 2.5 vs. PSI-MI XML Version 1 Änderungen in den Bereichen: experiment Description interaction protein Interactor protein Participant interactor participant feature feature Range Administrative changes mehr dazu unter dem Link: http://www.psidev.info/index.php?q=node/31

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18 http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index

19 MySQL Osprey Network Visualization System PHP Proteomics Standards Initiative Pubmed Rat Genome Database RatMap Saccharomyces Genome Database Samuel Lunenfeld Research Institute Sun Microsystems Swiss-Prot / TrEMBL SystemsX The International Molecular Exchange Consortium (IMEx) WormBase Zebrafish Information Network Arabidopsis Information Resource BioPIXIE Database of Interacting Proteins Entrez-Gene Flybase Gene DB Gene Ontology Germ Online Hugo Gene Nomenclature Committee Human Protein Reference Database IntAct Project MIPS: MPact Molecular Interactions Database Mount Sinai Hospital Mouse Genome Informatics BioGRID Links

20 Verwendung ermöglicht die Suche nach Interaktionen eines Proteins/Gens mit anderen sehr spezielles Einsatzgebiet Protein/Gen sollte gut bekannt sein Verlinkung mit anderen Datenbanken

21 Ursprung der Daten 1) HTP-Verfahren –hohe Anzahl von Interaktionen erkannt –fehlerbehaftet –Grundlage zur Weiterarbeit 2) aus der Primärliteratur –oft wenige Interaktionen pro Publikation –hohe Genauigkeit der Daten

22 Ursprung der Daten z.B. Proteindaten von Saccharomyces cerevisiae

23 Beispiel GNA13: codiert eine alpha-Untereinheit eines menschlichen G-Proteins www.thebiogrid.org

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33 Ausblick mehr Modellorganismen artübergreifende Vorhersagen BLAST-basierte Alignment-Suche Vereinfachung der Installation lokaler Versionen Regulation des Einlesens von LC Daten bessere Visualisierung

34 - http://www.thebiogrid.org/ - http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/ - http://www.psidev.info/index.php?q=node/60 - http://www.informatik.uni- rostock.de/~lin/WinterSim2006/Talks/Kerrien.pdf - http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index - http://de.wikipedia.org/ - BioGRID: a general repository for interaction datasets, C. Stark et al.; Nucleic Acids Res, 34 (Database issue): D535-9, 2005 - The GRID: the General Repository for Interaction Datasets. Breitkreutz et al.; Genome Biol, 4 (3): R23, 2003 Quellen