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Biologische Datenbanken
Ulrike Wittig
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Einteilung der Datenbanken
Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes viele verschiedene sehr spezielle Datenbanken Verknüpfungen zwischen den meisten Datenbanken fast ausschließlich in englischer Sprache
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Verknüpfung der Datenbanken
Stoffwechseldatenbanken Enzymdatenbanken Literatur- datenbanken Proteindatenbanken Genomdatenbanken Chemische Datenbanken
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Genomdatenbanken Nukleinsäuresequenzen
Komplette Erbinformation eines Organismus Funktionen der Gene
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Genomdatenbanken GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
EMBL Database DDBJ - DataBank of Japan Zwischen diesen drei Datenbanken besteht eine internationale Zusammenarbeit. Jede der drei Datenbanken sammelt weltweit Daten und Änderungen und Neueinträge werden täglich ausgetauscht.
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Proteindatenbanken Informationen über Proteine
Funktionen und Eigenschaften der Proteine Proteinsequenzen Struktur der Proteine (Aktive Zentren, 3D Struktur) SWISS-PROT PDB - Protein Data Bank
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SwissProt
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Enzymdatenbanken Sequenzen und Eigenschaften von Proteinen mit enzymatischer Activität Informationen über Gene, die die Enzyme codieren Anwesenheit der Enzyme in Stoffwechselwegen ExPASy–ENZYME BRENDA
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Stoffwechseldatenbanken
graphische Darstellung von Stoffwechselwegen Eigenschaften von Reaktionspartnern (chemische Verbindungen, Enzyme, Gene) Beziehungen zwischen Genen, Proteinen/Enzymen und Reaktionen
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Stoffwechseldatenbanken
KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes EcoCyc /MetaCyc ExPASy-Biochemical Pathways
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KEGG
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Chemische Datenbanken
Eigenschaften von chemischen Verbindungen Struktur, Molekulargewicht etc. Beilstein ChemFinder
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Literaturdatenbanken
Informationen über wissenschaftliche Literatur Verknüpfung zu den original Zeitschriften Medline /PubMed
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SRS (Sequence Retrieval System)
Abfrage von mehreren Datenbanken gleichzeitig möglich SRS
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SRS
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BioBrowser am EML entwickeltes Datenbanksystem zur Analyse und Darstellung von Stoffwechselwegen Möglichkeit, komplexe Abfragen an die Datenbank zu stellen
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BioBrowser
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