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Ulrike Wittig Biologische Datenbanken. Einteilung der Datenbanken Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes viele verschiedene sehr spezielle.

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Präsentation zum Thema: "Ulrike Wittig Biologische Datenbanken. Einteilung der Datenbanken Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes viele verschiedene sehr spezielle."—  Präsentation transkript:

1 Ulrike Wittig Biologische Datenbanken

2 Einteilung der Datenbanken Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes viele verschiedene sehr spezielle Datenbanken Verknüpfungen zwischen den meisten Datenbanken fast ausschließlich in englischer Sprache

3 Verknüpfung der Datenbanken Chemische DatenbankenGenomdatenbanken Literatur- datenbanken Stoffwechseldatenbanken Enzymdatenbanken Proteindatenbanken

4 Genomdatenbanken Nukleinsäuresequenzen Komplette Erbinformation eines Organismus Funktionen der Gene

5 Genomdatenbanken GenBank EMBL Database DDBJ - DataBank of Japan Zwischen diesen drei Datenbanken besteht eine internationale Zusammenarbeit. Jede der drei Datenbanken sammelt weltweit Daten und Änderungen und Neueinträge werden täglich ausgetauscht.

6 Proteindatenbanken Informationen über Proteine Funktionen und Eigenschaften der Proteine Proteinsequenzen Struktur der Proteine (Aktive Zentren, 3D Struktur) SWISS-PROT PDB - Protein Data Bank

7 SwissProt

8 Enzymdatenbanken Sequenzen und Eigenschaften von Proteinen mit enzymatischer Activität Informationen über Gene, die die Enzyme codieren Anwesenheit der Enzyme in Stoffwechselwegen ExPASy–ENZYME BRENDA

9 Stoffwechseldatenbanken graphische Darstellung von Stoffwechselwegen Eigenschaften von Reaktionspartnern (chemische Verbindungen, Enzyme, Gene) Beziehungen zwischen Genen, Proteinen/Enzymen und Reaktionen

10 Stoffwechseldatenbanken KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes EcoCyc /MetaCyc ExPASy-Biochemical Pathways

11 KEGG

12 Chemische Datenbanken Eigenschaften von chemischen Verbindungen Struktur, Molekulargewicht etc. Beilstein ChemFinder

13 Literaturdatenbanken Informationen über wissenschaftliche Literatur Verknüpfung zu den original Zeitschriften Medline /PubMed

14 SRS (Sequence Retrieval System) Abfrage von mehreren Datenbanken gleichzeitig möglich SRS

15 SRS

16 BioBrowser am EML entwickeltes Datenbanksystem zur Analyse und Darstellung von Stoffwechselwegen Möglichkeit, komplexe Abfragen an die Datenbank zu stellen

17 BioBrowser


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