V11B SBML und Modell- Erstellung 22. Januar 2015.

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1 V11B SBML und Modell- Erstellung 22. Januar 2015

2 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Übersicht 2 Austausch und Archivierung von biochemischen Modellen => SBML Diffusion plus Reaktionen => Virtual Cell Komplexität der Modelle => BioNetGen

3 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Systems Biology Markup Language 3 XML-Dialekt für Speicherung und Austausch biochemischer Modelle => Archivierung => Transfer von Modellen in andere Softwaretools von http://sbml.org/Acknowledgments

4 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 SBML <= XML 4 XML = eXtensible Markup Language hierarchische Baumstruktur: => Schachtelung von … oder genau ein Wurzelobjekt: Aktuelle Dialekte: SBML Level 1, Version 2 SBML Level 2, Version 4, Release 1 Level: globale Zielrichtung, Sprachumfang Version: Features und Definitionen Release: Bug-fixes siehe http://sbml.org/Documents/Specifications http://precedings.nature.com/documents/2715/version/1 http://www.sbml.org/specifications/sbml-level-1/version-2/sbml-level-1-v2.pdf

5 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Was ist enthalten? 5 http://sbml.org/More_Detailed_Summary_of_SBML beginning of model definition list of function definitions (optional) list of unit definitions (optional) list of compartment types (optional) list of species types (optional) list of compartments (optional) list of species (optional) list of parameters (optional) list of initial assignments (optional) list of rules (optional) list of constraints (optional) list of reactions (optional) list of events (optional) end of model definition

6 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Ein Beispiel 6 E + S ES => E + P k on k off k cat http://www.sbml.org/sbml/level2/version3 cytosol kon E S koff ES http://www.w3.org/1998/Math/MathML cytosol kcat ES

7 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Nochmal: 7 http://www.sbml.org/sbml/level2/version3 : : E + S ES => E + P k on k off k cat

8 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Details: Einheiten 8 per_seconds := s –1 litre mol s

9 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 9

10 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Import nach Copasi 10

11 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Interoperabilität? 11

12 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Details: eine Reaktion 12 : http://www.w3.org/1998/Math/MathML cytosol kcat ES E + S ES => E + P k on k off k cat lokaler Parameter!

13 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 SBML lesbar machen 13 http://webservices.cs.uni-tuebingen.dehttp://webservices.cs.uni-tuebingen.de/ Dräger A, Planatscher H, Wouamba DM, Schröder A, Hucka M, Endler L, Golebiewski M, Müller W, and Zell A: “SBML2LaTeX: Conversion of SBML files into human-readable reports”, Bioinformatics 2009

14 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Drei Minuten später: 14

15 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 15

16 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 16

17 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 17

18 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 18

19 Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 es gibt bereits sehr viele Modelle 19