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Ben Stöver WS 2012/2013 Kommandozeile und Batch-Dateien Molekulare Phylogenetik – Praktikum.

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Präsentation zum Thema: "Ben Stöver WS 2012/2013 Kommandozeile und Batch-Dateien Molekulare Phylogenetik – Praktikum."—  Präsentation transkript:

1 Ben Stöver WS 2012/2013 Kommandozeile und Batch-Dateien Molekulare Phylogenetik – Praktikum

2 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Die Kommandozeile 1 Kommandozeile 2 Alternative zur grafischen Oberfläche (GUI) eines Betriebssystems Vorteile: Sich wiederholende Befehle können gespeichert werden Aufruf eines Programms durch andere Programme ist möglich Erfahrene Benutzer können hier ggf. schneller arbeiten Nachteile: Befehle und Optionen müssen bekannt sein (oder aufwendiger anzeigt werden als in der GUI)

3 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Benutzung 3 1 Kommandozeile Eine Eingabe besteht aus einem Befehl in einer Liste von Parametern. Befehl: Name einer ausführbaren Datei (z.B. winword.exe) Standardbefehle (z.B. cd für change directory) Parameterliste: Durch Leerzeichen getrennt Gibt aufgerufenem Programm weitere Informationen z.B. Name einer zu öffnenden Datei BefehlParameter abgetrennt durch Leerzeichen

4 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Arbeitsverzeichnis 4 1 Kommandozeile Vor dem Eingabefeld wird immer das aktuelle Arbeitsverzeichnis angezeigt Dateien dort können ohne Pfad angegeben werden Der Befehl cd wechseln das Arbeitsverzeichnis BefehlPfad relativ zu aktuellem Verzeichnis (C:\) als Parameter Neues Arbeitsverzeichnis

5 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Pfadangaben (1) 5 1 Kommandozeile Dateinamen (egal ob Befehl oder Parameter) können unterschiedlich angegeben werden Anwendung und Dokument liegen im Arbeitsverzeichnis (beides relative Pfade) Anwendung liegt im Arbeitsverzeichnis, Dokument wird über relativen Pfad angegeben.. bedeutet eine Ebene nach oben

6 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Pfadangaben (2) 6 Anwendung im Arbeitsverzeichnis, Datei über absoluten Pfad Anwendung über absoluten Pfad, Datei im Arbeitsverzeichnis Da Pfad zu Anwendung Leerzeichen enthält, muss er in Anführungszeichen stehen Sonst wäre C:\Program der Befehl und es gäbe 4 Parameter: Files (x86)\Editoren\Microsoft Office\Office14\winword.exe Dokument.docx Natürlich können auch Anwendung und Dokument absolut angegeben werden 1 Kommandozeile

7 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Wichtige Befehle 7 1 Kommandozeile cd Wechselt in das angebene Verzeichnis dir Listet den Inhalt des Arbeitsverzeichnisses auf del Löscht die angegebene Datei (oder alle Dateien im angegebenen Ordner) md Erstellt eine neues Verzeichnis rd Löscht das angegebene Verzeichnis copy Kopiert eine Datei move Verschiebt eine Datei exit Beendet die Konsole

8 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Batch-Dateien 8 1 Kommandozeile Befehle für die Kommandozeile können in Textdateien gespeichert werden Wiederkehrende Abläufe können so gespeichert werden Dateien werden mit der Endung bat abgespeichert Jede Zeile enthält eine Eingabe (mit Befehl und evtl. Parametern) Beispiel: Setzt das Arbeitsverzeichnis auf die Eigenen Dateien von BenStoever und startet Word Zum Aufruf den Namen der Batch-Datei als Befehl eingeben

9 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Java Virtual Machine 2. Java Technologie 9 Java-Programme sind nicht direkt ausführbar Sie müssen von einer virtuellen Maschine interpretiert werden Die virtualle Maschine ist eine ausführbare Datei auf dem jeweiligen Betriebssystem Das Java-Programm liegt in einer JAR-Datei und läuft auf allen Betriebssystemen (wenn es dort eine JVM gibt) Vorteil: Java-Programme sind von Betriebssystem unabhängig und müssen nicht jeweils angepasst werden Nachteil: Es muss eine JVM vorhanden sein, Komplexe Berechnungen können länger dauern

10 Kommandozeile und bioinformatische Dateiformate Ben StöverFortgeschrittenenmodul Molekulare Phylogenetik – Praktikum WS 2012/ Aufruf von Java-Programmen 10 Der Befehl (ausführbare Datei) ist hier die JVM Der erste Parameter ist immer -jar Das Java-Programm (JAR-Datei) ist der zweite Parameter Weitere Parameter werden von der JVM an das Java-Programm übergeben 2. Java Technologie Befehl (JVM) Java- Anwendung Parameter für die Java-Anwendung


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