MOL.504 Analyse von DNA- und Proteinsequenzen Übungsaufgaben Datenbanken und Informationssysteme 23.04.2012

Ü1 – Tutorial für NCBI MOL.504 – Übungsaufgaben I NCBI – Nucleotide: Suche nach ‚cellobiose dehydrogenase fungi‘ MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü1 – Tutorial für NCBI MOL.504 – Übungsaufgaben I NCBI – Nucleotide: Suche nach ‚cellobiose dehydrogenase fungi‘ Welche ‚Taxonomic Groups‘ (bzw. Untergruppen) werden gefunden?  Siehe Liste oder Tree rechts im Fenster – für Überblick Wieviele Einträge gibt es zu jeder Gruppe? Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum (ein Basidiomycete) MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü1 – Tutorial für NCBI MOL.504 – Übungsaufgaben I Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum und suche dazu Informationen zur: Molekül- und Sequenztyp, Proteinsequenz und –ID/Accession Taxonomy Literatur (Pubmed) Related Sequences MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü1 – Tutorial für NCBI MOL.504 – Übungsaufgaben I Wähle die cellobiose dehydrogenase aus Myriococcum thermophilum und suche dazu Informationen zur: Starte auch eine Blastn-Suche dazu (gegen nr/nt) und finde Highly similar sequences More dissimilar sequences Somewhat similar sequences MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü2 – NCBI-Nucleotide MOL.504 – Übungsaufgaben I Suche nach ‚soluble epoxide hydrolase plants‘ Welche ‚Taxonomic Groups‘ (bzw. Untergruppen) werden gefunden?  Siehe Liste oder Tree rechts im Fenster – für Überblick Wieviele Einträge gibt es zu jeder Gruppe? Wähle die soluble epoxide hydrolase aus Arabidopsis thaliana (Tipp: eudicots) und suche dazu Informationen zur: Molekül- und Sequenztyp, Proteinsequenz und – ID/Accession Taxonomy Literatur (Pubmed) Related Sequences Anmerkung: In der Ergebnis-Liste keine kompletten Chromosomen und keine „putative“-Einträge wählen Starte auch eine Blastn-Suche dazu (gegen nr/nt) und finde Highly similar sequences More dissimilar sequences Somewhat similar sequences Acker-Schmalwand Arabidopsis thaliana (Bild: Wikipedia) z.B.: Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase (SEH) mRNA, complete cds NCBI Reference Sequence: NM_128231.2 MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü3 – NCBI-Nucleotide/Protein Suche nach der Nukleotidsequenz mit der Accession-Nummer ‚NC_000964‘ : Um welche Sequenz handelt es sich? Organismus, Molekül- und Sequenztyp, PubMed-ID ? Suche in der Genomsequenz (mit Strg+F) nach einem Sub-Eintrag „yqjM“ Sichere die CDS dieser Gensequenz als .txt-Datei im FASTA-Format  Auf CDS klicken MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü3 – NCBI-Nucleotide/Protein Suche in der Genomsequenz (mit Strg+F) nach einem Sub-Eintrag „yqjM“ Sichere die CDS dieser Gensequenz als .txt-Datei im FASTA-Format  Auf CDS klicken Gib Informationen zu diesem Gen-Eintrag an: Sequenzstart und -ende im Genom Name des Translationsprodukts der CDS Gib die Accession-Nr. des korrespondierenden Proteins an und gehe mit Hilfe der Protein-ID zum Protein-Eintrag(NCBI Reference Sequence: NP_390263.1) Verwende die Optionen rechts auf der Seite („All links from this record“): Welches ist die nächste, verwandte Sequenzen die nicht aus Bacillus subtilis stammt? (BLink) Suche konservierte Domänen (Conserved Domains) MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü4 – ExPASy/ProSite MOL.504 – Übungsaufgaben I http://expasy.org/ http://uniprot.org Suche in ExPASy (UniProt KB) nach: Prunus dulcis hydroxynitrile lyase Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase Notiere die 3 UniProt KB Accession-Nummern Gehe auf der jeweiligen Seite des Eintrags zum Abschnitt „Sequences“ und verwende das Tool „Compute pI/MW“ - Isoelektrischer Punkt ? Molekulargewicht ? Gehe über das ExPASy-Menu (oder direkt: http://prosite.expasy.org/scanprosite/) zum „Scan ProSite“-Eingabeformular und gebe die jeweilige UniProt KB Accession-Nummer ein: Anmerkung: Checkbox „Exclude motifs“ deaktivieren! – Welche Glykosilierungs-Stellen werden vorgeschlagen? Wie sieht das ‚consensus pattern‘ aus? MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü4 – ExPASy/ProSite MOL.504 – Übungsaufgaben I Suche in ExPASy (expasy.org (DB: UniProt KB) oder uniprot.org nach: Prunus dulcis hydroxynitrile lyase Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase Arabidopsis thaliana soluble epoxide hydrolase Notiere die 3 UniProt KB Accession-Nummern Gehe „Scan ProSite“-Eingabeformular (http://prosite.expasy.org/scanprosite/) und gebe die jeweilige UniProt KB Accession-Nummer ein: – Welche Glykosilierungs-Stellen werden vorgeschlagen? Anmerkung: Checkbox „Exclude motifs“ deaktivieren! Wenn Server nicht funktionert: Alternative: http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/ check correct patterns http://www.expasy.org/prosite/PDOC00001 MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü5 – ExPASy/ProSite MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü4 – ExPASy/ProSite MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü4 – ExPASy/ProSite MOL.504 – Übungsaufgaben I Prunus dulcis hydroxynitrile lyase - Glykosilierungsstellen check correct patterns http://www.expasy.org/prosite/PDOC00001 MOL.504 – Übungsaufgaben I

Ü5 – BRENDA MOL.504 – Übungsaugaben I Suche in der BRENDA-DB nach „Aldose Reductase“ welche E.C.-Nummer hat dieses Enzym? welche Reaktion(en) wird/werden katalysiert? (Geben Sie die erste in der Liste an). welcher Kofaktor wird benötigt? aus welchen Organismen sind Aldose-Reduktasen bekannt (nennen Sie 5)? Reduzieren Sie den Eintrag auf den Organismus Homo sapiens gibt es Aminosäure-Sequenzen und Strukturen (linkes Menü)? – welche Sequenzlänge hat die menschliche Aldose-Reduktase? wo wurde die höchste Turnover Number, wo die höchste spezifische Aktivität beschrieben (linkes Menü)? – Angabe der Werte – Angabe der vollständigen Referenz MOL.504 – Übungsaugaben I