Online Datenbanken für Bioinformatiker Einführung Bioinformatik Einführung Bioinformatik Oktober 2003.

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2 Online Datenbanken für Bioinformatiker Einführung Bioinformatik Einführung Bioinformatik Oktober 2003

3 Inhaltsverzeichnis 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen 2.2. Proteindatenbanken 2.3. Enzym - und Metabolismusdatenbanken 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen 2.5. Bibliographische Datenbanken und Faktendatenbanken

4 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen Annotation: verbale Kommentierung von Sequenz-Daten Gemeinschaftsprojekt von: National Center for Biotechnology Information (NCBI, Bethesda bei Washington), European Bioinformatics Institute (EBI, Hinxton bei Cambridge), Teil des EMBL National Institute of Genetics (in Mishima, Japan)

5 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (2) Datenbanken enthalten DNA- und RNA- (d.h. cDNA)-Sequenzen, vollständige Genome, einzelne Gene und ESTs Neue Einträge in Reihenfolge: Ohne Annotation vorläufiger Eintrag ungeprüfter Eintrag Standard

6 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (3) GenBank (USA) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/GenbankSearch.html

7 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (4) EMBL (Europa) http://www.ebi.ac.uk/embl/

8 2.1. Datenbanken für Nukleotidsequenzen (5) DDBJ = DNA Data Bank of Japan http://www.nig.ac.jp/index-e.html

9 Textdateien mit genau festgelegtem Format. Identifier Aspergillus niger phosphofructokinase 4658 Basenpaare Fungi In EMBL: Jede Zeile beginnt mit 2 Großbuchstaben. ID ANPFKA standard; DNA; FUN; 4658 BP.

10 Genom von H. influenzae: ID L42023 standard; circular DNA; CON; 1830138 BP.. SQ Sequence 1830138 BP; 567623 A; 350723 C; 347436 G; 564241 T; 115 other; tatggcaatt aaaattggta tcaatggttt tggtcgtatc ggccgtatcg tattccgtgc 60 agcacaacac cgtgatgaca ttgaagttgt aggtattaac gacttaatcg acgttgaata 120 catggcttat atgttgaaat atgattcaac tcacggtcgt ttcgacggca ctgttgaagt 180 gaaagatggt aacttagtgg ttaatggtaa aactatccgt gtaactgcag aacgtgatcc 240 agcaaactta aactggggtg caatcggtgt tgatatcgct gttgaagcga ctggtttatt 300 cttaactgat gaaactgctc gtaaacatat cactgcaggc gcaaaaaaag ttgtattaac 360 tggcccatct aaagatgcaa cccctatgtt cgttcgtggt gtaaacttca acgcatacgc 420...................... Bakterien haben ringförmige DNA! ggattaaaat gggatgcttt tatcacatca atcatcgact gattttnctc ttttgcagcc 47640 Nicht identifizierte Nukleotide (n)

11 Sequence Retrieval System (SRS) http://srs.ebi.ac.uk Suche mit Booleschen Operatoren & [und], | [oder] und ! [nicht] Mit Quick search sehr viele, unspezifische Treffer. Besser Standard search. Unterhalten am EBI. Man kann auch in anderen Datenbanken als EMBL suchen. ?? Zuerst auf Start a temporary project klicken.

12 Sequence Retrieval System (SRS)

13 Suchmaske

14 Nn

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16 Spezielle Genomdatenbanken Entrez Genome (NCBI)

17 TIGR-Genom-Datenbank

18 Gen - Namen Phosphoglucoisomerase: g6p, Isoformen g6p1, g6p2, g6pA,... Phosphofruktokinase: k6p (früher pfk), Isoformen k6p1, k6P2,... Transaldolase: tal

19 2.2. Proteindatenbanken Swiss-Prot - am Schweizer Institut für Bioinformatik (SIB) http://us.expasy.org/sprot

20 2.2. Proteindatenbanken (2) PROSITE http://www.expasy.org/prosite/

21 2.2. Proteindatenbanken (3) TrEMBL http://www.ebi.ac.uk/trembl/index.html

22 2.2. Proteindatenbanken (3) Entrez Protein ( am NCBI )

23 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken ENZYME ( Teil von Swiss-Prot )

24 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (2) BRENDA

25 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (3) KEGG = Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

26 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (3b) Zu KEGG

27 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (4) WIT

28 2.3. Enzym - und Metabolismus - Datenbanken (5) BioCyc

29 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen PDB = Protein Data Bank http://www.resp.org/pdb

30 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen

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32 Entrez Structure

33 2.4. Datenbanken für Protein - Raumstrukturen SWISS -3DIMAGE

34 2.5. Bibliographische Datenbanken und Faktendatenbanken