SciFinder-Webversion Release 16. November 2008 Stand : 8. Dezember 2008 SciFinder Dr. Ina Weiß,Biologisch-Pharmazeutische Fakultät, Wissenschaftliche.

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2 SciFinder-Webversion Release 16. November 2008 Stand : 8. Dezember 2008 SciFinder Dr. Ina Weiß,Biologisch-Pharmazeutische Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät

3 Übersicht Die Datenbanken in SciFinder Suchmöglichkeiten in SciFinder Zugang zu SciFinder über einen Browser Die neue Version auf einen Blick: Vorteile und Nachteile Registrierung bei CAS Einstellungen vor Recherchebeginn, History-Button Tips zu Recherchestrategien Thematische Recherchen mit Research Topic Auswahl passender Konzepte Zugriffe auf Volltexte in SciFinder Analysis, Refine Suche nach Autoren Speichern der Suchergebnisse, Keep Me Posted, Drucken Suche nach chemischenSubstanzen über den Namen oder mit der Registry - Nummer Suche nach chemischen Substanzen mit einer Strukturrecherche Substruktursuche, Strukturähnlichkeitssuche Reaktionssuche Web-SciFinder: Ausführliche Anleitung im Internet Weitere Materialien, Hilfeseiten bei CAS Ansprechpartner

4 CAplus Bibliografische Datenbank > 28 Mio. Einträge ab 1840 und mehr als 44.000 Einträge aus Publikationen ab 1840 MEDLINE Biomedizinische Informationen > 16 Mio Einträge ab 1949 CASreact > 14,4 Mio. Einstufen- und Mehrstufen Reaktionen ab 1840 Registry > 33,6 Mio. organische und anorganische Verbindungen mit mehr als 1 Mrd. predicted property values und mehr als 2 Mio. experimental properties > 59,6 Mio. Sequenzen Chemcats > 19 Mio Käufliche Substanzen > 1000 Kataloge, > 900 Produzenten Chemlist Regulated CHEMicals LISTing > 246.000, Informationen zu chemischen Substanzen aus nationalen, US-amerikanischen und internationalen Verzeichnissen und Regelwerken Die Datenbanken der SciFinder-Webversion

5 Suchdiagramm für die Datenbanken in SciFinder Chemlist ist derzeit nicht in der Webversion enthalten. Faktendatenbanken Bibliographische Datenbanken für die Suche nach Literaturstellen

6 Datenbanken und Suchmöglichkeiten in Bibliographische Datenbanken Nachweise von Zeitschriftenartikeln, Patenten, Büchern, Dissertationen, etc. Chemische Reaktionen Reaktionsdatenbank Chemische Verbindungen Substanzdatenbank

7 Suchmöglichkeiten in Scifinder Forschungsgebiete (Thematische Suchen) Autoren Firmen, Einrichtungen Document Identifier (Patentnummern, CA-Referate-Nummern) Chemische Verbindungen über –Namen –CAS-Registry-Nummern –Summenformeln –Strukturen / Substrukturen Chemische Reaktionen (Struktursuche)

8 Zugang zu SciFinder über einen Browser SciFinder kann man auch direkt über einen Browser nutzen Sign In: https://scifinder.cas.org/scifinder Abmeldung über Sign Out

9 Die bisherige Webersion von SciFinder auf einen Blick Vorteile (es gibt natürlich noch mehr davon!) Man kann von allen Computern mit SciFinder einfach über einen Browser arbeiten und hat immer die neueste SciFinder-Version zur Verfügung. Von allen Computern innerhalb der Einrichtung oder über VPN hat man Zugriff auf eine personalisierte Version mit den eigenen gespeicherten Antworten und den Keep Me Posted-Ergebnissen Es stehen alle Funktionalitäten der früheren Industrieversion (mit Ausnahme von BLAST ) zur Verfügung. Im Summary-Format können bis zu 500 Antwortsätze in 1 Datei gespeichert werden. Antworten werden automatisch analysiert.

10 Release 16. November 2008 Was ist neu? Bei der Suche in den Literaturdatenbanken CAPlus und Medline können nun auch in der Webversion die Dubletten eliminiert werden. Combine steht bei gespeicherten Antwortsätzen zur Verfügung (gibt es in der Clientversion seit sfs2007) Speicherung von Ergebnissen beim Export ist jetzt auch als rtf-Datei möglich (in der Client-Version gibt es allerdings mehr Exportformate für rtf-Dateien)

11 Material von CAS zum Release 16. November 2008

12 Registrierung bei CAS Die fettgedruckten Felder müssen ausgefüllt werden. Dieser Link führt zur Registrierung bei CAS: https://scifinder.cas.org/registration/... Für Username und Password bitte keine Umlaute verwenden!

13 Registrierung bei CAS (2) Die Registrierung und die anschließende Verifizierung (nach Erhalt eines E-Mail-Links) müssen innerhalb von 48 h und am selben PC gemacht werden!

14 Gleichzeitiger Zugriff auf SciFinder / Timeout Wenn man bei SciFinder eingeloggt ist, aber einige Zeit nicht mit dem Programm arbeitet, dann erfolgt ein Timeout. Bei Überschreitung der Anzahl gleichzeitiger Nutzer bekommt man eine Fehlermeldung.

15 Start der Suche / Einstellungen vor Recherchebeginn Lizenzbestimmungen bitte aufmerksam durchlesen! Festlegen der zukünftigen Startseite. Die Einstellungen bleiben für den jeweiligen Nutzer permanent erhalten!

16 History: Previous Sessions Maximal 10 Previous Sessions werden angezeigt. Die Anzeige des Suchverlaufs der jeweilig letzten Recherche in der History ermöglicht die Rückkehr zu den Schritten dieser letzten Rechercheanfrage.

17 Stellen Sie die richtigen Fragen bei der Suche mit SciFinder Explore References/Research Topic Man kann in SciFinder (im Gegensatz zu anderen Datenbanken!) mit nahezu natürlichsprachigen Suchanfragen arbeiten Recherchetips: Thema in einzelne Komponenten (Hauptgedanken) zerlegen Begriffe durch geeignete Präpositionen (of, in, with, by) trennen. redundante und zu allgemeine Worte (wie z.B.control,analysis, determination, examination, test, detection, search, study) besser weglassen: statt: steroid analysis with hplc besser: hplc of steroids mit einer mehr allgemeinen/umfassenden Suche starten und anschließend mit Refine by verfeinern (Eingeben weiterer oder speziellerer Suchworte) Schrittweise Suchen!

18 Häufige Fehler bei Suche mit SciFinder Explore References/Research Topic Beim Suchstart werden zu spezielle Fragen gestellt. Zu viele Begriffe (Konzepte) werden eingegeben. Nutzer kann die große Vielfalt der möglichen Suchworte für sein Suchthema nicht richtig einschätzen und sucht folglich nicht mit genügend Synonymen. Adjektive in der Suchanfrage, die für mehrere Substantive gelten sollen, werden nur einmal eingegeben. (falsch: I am interested in chiral reduction or hydrogenation) (richtig: I am interested in chiral reduction or chiral hydrogenation) Suchworte werden mit AND verknüpft, obwohl eigentlich OR gemeint ist (HPLC of steroids and alkaloids statt HPLC of steroids or alkaloids) Formulieren von Fragestellungen zu Patenten, Firmen, Zeiträumen, Dokumententypen schon bei der Start-Suchfrage (I am interested in Patente zum Thema A von Autor B) Zu frühes Einschränken anstatt bei großer Treffermenge mit Analysis bzw. /Refine by zu arbeiten

19 Recherchestrategien in SciFinder SciFinder sucht automatisch nach Synonymen, alternativen Schreibweisen, Pluralformen und verwendet Trunkierungen: - Vorteile: einfach - Nachteile: Kenntnisse der Regeln sind notwendig Synonymecancer, neoplasm, carcinoma, tumor, carcinogenesis Alternative Wortformen freeze, froze, frozen, freezing Irreguläre Pluralformen woman, women mice, mouse, mouses CAS Standard- abkürzungen oxidation, oxidn preparation, prep Amerikanische und britische Schreibweisen synthesize, synthesise color, colour Trunkierung bei bestimmten Wortstämmen Wörter mit mindestens 5 Buchstaben, die auf –tion enden: depletion = deple… Wörter mit der Nachsilbe (Suffix –able, -ed, - ing: solvable =solv… Wörter, die mit –e enden: game = gam… (daraus wird dann z.B. gamma)

20 Start einer thematischen Suche (Explore References) Das Logo fungiert gleichzeitig als Link zum Start einer neuen Suche. Die Pfeiltasten des Browsers sollte man dagegen möglichst nicht benutzen! Die Suche kann gleich am Anfang eingeschränkt werden. Mehrfachangaben sind möglich!

21 Auswahl passender Konzepte und Anzeige des Suchverlaufs (breadcrumbs) Anzeige des Suchverlaufs einer Suche, bezeichnet als Brotkrumen (breadcrumbs) Detailanzeige zum jeweiligen Suchschritt - per Maus aktivierbar

22 Thematische Recherchen mit Research Topic An dieser Stelle fehlt leider noch der Button für die Vollanzeige der Zusammenfassung. Es werden bisher nur maximal 600 Zeichen vom Abstract angezeigt…

23 Dubletteneliminierung - Remove Duplicates Entfernung doppelter Treffer bei den Textstellen- nachweisen Doppelte Einträge in den Antwortsätzen können bei bis zu 10000 Dokumenten entfernt werden. Auch bei Combine und Keep me posted" können Dubletten vermieden werden.

24 Trefferliste im Standard - Format Die Detailanzeige kann man durch Anklicken des jeweiligen Titels aktivieren. Mit Keep Selected kann man sich eine Trefferliste mit ausgewählten Dokumenten erstellen.

25 Vollständiger Nachweis einer Textstelle

26 Links bei Index Terms Neue Ansicht der Links bei den Index-Terms

27 Combine Gibt es bereits in der Client-Version. Ein Combine ist leider nur mit bei CAS gespeicherten Antwortsätzen möglich. Akademische Nutzer können maximal 20 Antwortsätze speichern….

28 Combine: was ist neu? Es gibt leider kein zurück… Verknüpfung mehrerer Suchschritte mit or bzw. and ist möglich.

29 Zugriffe auf Volltexte in SciFinder Der Zugriff auf Volltexte ist über Full Text bei der Trefferliste oder Get Full Text aus der Detailanzeige zu einer Referenz möglich.

30 Analysis Sample Analysis: basiert auf einem 1000-Antworten-Beispiel des jeweiligen Antwortsatzes und ist nicht interaktiv!

31 Analysis: Show More Full Analysis: erfolgt automatisch bei bis zu 1,000 Antworten und mit Show More bis maximal 20.000 Antworten!

32 Refine Einschränkungen sind entweder gleich zu Beginn der jeweligen Suche oder jederzeit mit Refine by möglich.

33 Refine (2)

34 Refine Document Type / Patent

35 Suche nach Autoren 1 2 Beispiel: Publikationen von Stefan Schuster

36 Autorensuche mit verschiedenen Schreibweisen 1 2 Nicht zutreffende Autoren bei Schuster S und Schuster Stefan vorhanden. Daher schließt sich nun ein Analyze Company/Organization an.

37 Neue Funktion im SciFinder: Link Diese URL kann man kopieren und als Lesezeichen im Browser verwenden in einen Text bzw. ein Protokoll zur späteren Benutzung einfügen oder per E-Mail versenden und untereinander austauschen. Mit Link kann man Ergebnisse eines Keep Me Posted, gespeicherte Trefferlisten oder einzelne Dokumente an andere Nutzer von SciFinder schicken. Erzeugt URL:

38 Link zu Ergebnissen Nach Eingabe des Links im Browser wird entweder die aktuelle Suche in SciFinder beendet oder man muss sich erst einmal einloggen. Man kommt direkt zum Treffer (Antwortsatz/Substanz/Reaktion), der mit dem Link verknüpft ist.

39 Suche nach Einrichtungen, mit Dokument Identifier, nach Zeitschriftenartikeln oder Patenten AN-Nummer (Accession Number) Suche nachAngaben zu einer Publikation: Zeitschrift, Titel oder Autor Suche nach Angaben zu Patenten: Patentnummer, Erfinder, Anmelder Suche nach Einrichtungen (Institute, Firmen, Universitäten etc.)

40 Aufnahme von Patenten Es gibt mehr als 6 Mio Patente in SciFinder Von 9 Patentstellen weltweit werden die bibliographischen Daten schon innerhalb von 2 Tagen aufgenommen http://www.cas.org/expertise/cascontent/caplus/patcoverage/

41 Export-Formate Es gibt jetzt wieder ein rtf-Format! Und man kann Ergebnislisten auch im Detailformat speichern! Das gibt es alles schon in der Client-Version von SciFinder!

42 Export: Summary Content Das Summary Format besteht zwar aus den vollständigen bibliographischen Angaben, aber weiterhin leider nur aus maximal 600 Zeichen bei der Zusammenfassung…

43 Export: Speichern der Suchergebnisse Pro Login-ID können maximal 20 Antwortsätze gespeichert werden. Export dient zum lokalen Speichern von Suchergebnissen, dabei gibt es unterschiedliche Export-Formate.

44 Drucken der Suchergebnisse im Summary-Format Hochformat Bitte vor dem Drucken auswählen: Querformat oder Hochformat Es gibt jetzt wieder die Möglichkeit beim Format zwischen Summary und Detail zu wählen (das gilt auch für den Export!)

45 Drucken der Suchergebnisse im Detail-Format Querformat

46 Keep Me Posted Mit Keep Me Posted kann man nur in der Webversion von SciFinder arbeiten! 1.Suchanfrage stellen 2.Keep Me Posted einrichten

47 Keep Me Posted erstellen (1) Beim Profilnamen sind auch Umlaute erlaubt. Aktivierung der Benachrichtigung über Keep Me Posted- Ergebnisse per E-Mail bei Preferences im Startbildschirm einstellen.

48 Keep Me Posted erstellen (2) Keep Me Posted Profile können jetzt nicht nur beim ersten Schritt einer Suchanfrage erstellt werden, sondern auch z.B. von Antworten die aus einem Refine resultieren!

49 Ergebnisse eines Keep Me Posted (1) Benachrichtigung per E-Mail Nach Anklicken des Links in der E-Mail kommt man zum Anmeldebildschirm von SciFinder Nach der Anmeldung wird der Link aktiviert. Wenn ein weiterer Link in der E-Mail angeklickt wird, dann endet die aktuelle Suche/Anzeige. Mit OK bestätigt man dies zuvor oder kehrt über die Suchverlaufsanzeige zur bisherigen Recherche zurück.

50 Ergebnisse eines Keep Me Posted (2) IN PROCESS bedeutet, das dieser Eintrag ganz neu und noch in Bearbeitung ist. Stand: 18.11.2008

51 Ergebnisse eines Keep Me Posted (3) Benachrichtigung bei weiteren Einträgen zum Dokument (hier: Indexierung) Keep Me Posted-Ergebnisse, die noch nicht angesehen wurden, sind fett markiert. Hinweis: Diese Folie muß noch entsprechend der vorigen Folie aktualisiert werden, sobald das Dokument mit der AN 2008684227 indexiert ist!!! Stand: 25.11.2008

52 Ergebnisse eines Keep Me Posted (4) Bearbeitung eines Keep Me Posted Profils

53 Keep Me Posted mit Anzeige der Suchschritte Nach einem Combine und auch nach Verwendung des Links vom Link-Button kann man leider kein Keep Me Posted Profil einrichten…

54 Suche nach chemischen Substanzen über den Namen oder mit der Registry-Nummer Gesucht: Biosynthese von Ochratoxin A oder D mit Aspergillus-Spezies

55 Liste der gefundenen Substanzen Namen, Summenformel, Eigenschaften dieses Treffers ansehen Zugang zu den Abstracts, zu den Reaktionen bzw. zu den Anbietern der Substanz

56 Beispiele: Predicted and Experimental Properties Hyper- links zu den verfüg- baren Eigen- schaften

57 Weitere Ansichtsmöglichkeiten bei den Substanztreffern Textstellen dieser Verbindung in CAPlus und Medline Reaktionen aus der Datenbank CASREACT Lieferanten dieser Verbindung

58 Textstellen zur Herstellung von Ochratoxin A mit Get References a) b)

59 Trefferliste im Standard - Format Herstellung von Ochratoxin A mit Get References nach Einschränken mit aspergillus über Refine by Research Topic

60 Nachweise zur Herstellung von Ochratoxin A mit Get Reactions

61 Suche nach chemischen Substanzen mit einer Strukturrecherche Findet konkrete chemische Verbindungen aber auch deren Derivate

62 Voraussetzung zum Zeichnen chemischer Strukturen: Installation eines Java-Plug-ins http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp http://www.cas.org/misc/downloads/jreplugin.html 3. 2. 1. Anklicken

63 Hilfen beim Zeichnen von Strukturen (1) Auswählen und Einfügen von vorgefertigten Strukturfragmenten Voreinstellungen für das Zeichnen von Strukturen vornehmen

64 Hilfen beim Zeichnen von Strukturen (2) Bindungsauswahl Stereobindungen Vorauswahl einiger Atome Radiergummi Shortcuts (OMe, i-Bu, Ph...) Definiert R-Gruppen (erlaubte Substituenten) Variable Point of Attachement Vorgefertigte Strukturfragmente (Templates) Lasso zum Auswählen Verhindert Substitution am Atom _ Spiegelt die Struktur Negative Ladung Zeichenstift Atome auswählen Variable Atome Structure Repeating Unit Zeichnet Ketten Verschiebt Atome Verhindert Ringbildung Dreht die Struktur Positive Ladung Zeichnet 3-15-gliedrige Ringe

65 Zeichnen einer Strukturformel

66 Suche nach der exakten Struktur Begrenzung der Suche auf Stoffklassen Präzisionsanalyse sollte bei der Suche nach Stereo- verbindungen, Komplexen bzw. Tautomeren aktiviert sein Trefferliste

67 Substruktursuche

68 Substruktursuche ohne Bildung neuer Ringe Verhindert Ringbildung

69 Strukturähnlichkeitssuche

70 Reaktionssuche über die Struktur

71 Hilfen beim Zeichnen von Reaktionen Die Strukturen für Reaktionssuche-Anfragen werden mit den schon beschriebenen Hilfsmitteln generiert. Zusätzlich stehen diese Tools zur Verfügung: Reaction Mapping - Nachdem Sie Ausgangsstoff und Produkt gezeichnet und mit ihrer Rolle" in der Reaktion versehen haben, können Sie mit diesem Button zusammengehörende Atompaare aus Edukt und Produkt definieren (Atom 1 im Edukt entspricht Atom 1 im Produkt). Klicken Sie dazu nacheinander die entsprechenden Atome an. Beide Atome erhalten die selbe Nummer. Reaction Arrow - Zum automatischen Erteilen der Rollen in einer Reaktion klicken Sie auf den Reaktionspfeil und positionieren Sie ihn auf dem Zeichenbrett rechts neben den Ausgangsstoff, klicken und ziehen Sie bei gedrückter linker Maustaste bis vor das Reaktionsprodukt. Die Etiketten" Reactant or Reagent/ Material/ Product erscheinen. Reaction Role - Klicken Sie diesen Button an und weisen Sie damit den gezeichneten Strukturen ihre Rolle bei der Reaktion zu. Tippen Sie eine Teilstruktur an, im sich öffnenden Fenster, wählen Sie die entsprechende Rolle aus und gehen auf OK". Die (Teil)struktur hat nun ein Etikett". Funktional Groups Über diesen Button kann man ohne Zeichnen von Strukturen Reaktionen von Substanzklassen suchen. Reaction Site Marking - Markieren Sie damit eine oder mehrere Bindungen im Ausgangsstoff, die bei der Reaktion geändert/gebrochen werden bzw. Bindungen im Produkt, die sich ändern/entstehen (eine Doppellinie kennzeichnet nun diese Bindungen).

72 Beispiel einer Reaktionssuche: Herstellung von Alkenen aus Alkoholen durch Dehydratisierung

73 Suche mit Funktionellen Gruppen

74 Zu viele Treffer? Refine by Reaction Structure

75 Refine by Chemical Structure: Mapping + Reaction Site

76 Einschränken über Ausbeute, Ein/Mehrstufenreaktion, Reaktionsklassifizierung

77 Alle Schritte einer Reaktion auf einen Blick

78 Interaktive Anzeigen bei Reaktionen Klicken Sie in der Anzeige der Reaction details auf die für Sie interessante Verbindung und wählen dann die gewünschte Information aus. Hervorragende Möglichkeit zur Suche nach mehrstufigen Synthesen (Retrospektive Syntheseplanung)

79 Exportieren von Reaktionen

80 Speichern der zu den Reaktionen gehörenden Quellen und Abstracts

81 Suche nach Herstellungsvorschriften im SciFinder Suche nach chemischen Substanzen über den Namen oder mit der Registry-Nummer (Locate Substances) Suche nach chemischen Verbindungen mit einer Strukturrecherche (Explore Substances Chemical Structure) 1) Textstellen zur Herstellung mit Get References Preparation Substanztreffer 2) Nachweise zur Herstellung mit Get Reactions -> Role: Product 3) Reaktionssuche über Explore Reactions (Strukturrecherche) Vollständige Suche: 1+2+3Zur Ergänzung auch im Beilstein CrossFire suchen! oder

82 Suche nach Reaktionen Suche nach chemischen Substanzen über den Namen oder mit der Registry-Nummer (Locate Substances) Suche nach chemischen Verbindungen mit einer Strukturrecherche (Explore Substances Chemical Structure) 1) Textstellen zu Reaktionen mit Get References Reactant or Reagent Substanztreffer 2) Nachweise zu Reaktionen mit Get Reactions -> Role: Reactant/Reagent/ Any Role 3) Reaktionssuche über Explore Reactions (Strukturrecherche Edukt Produkt) Vollständige Suche: 1+2+3Zur Ergänzung auch im Beilstein CrossFire suchen! oder

83 CAS-Hilfen für die Web-Version des SciFinder http://www.cas.org/support/scifi/howto/sfwebhow/index.html

84 Web-SciFinder – Hilfeseiten bei CAS https://www.cas.org/help/scifinder/index.htm

85 Weitere Materialien zur Web-Version des SciFinder http://pinguin.biologie.uni-jena.de/fachinformationsportal

86 Web-SciFinder– Ausführliche Anleitung im Internet http://www.uni-jena.de/Web_SciFinder.html

87 Ansprechpartner bei Fragen