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Termin Thema 20. Okt Microarray-Technologien, Grundlagen der Datenanalyse 27. Okt Normalisierung von Microarrays I Normalisierung von Microarrays II 3. Nov Varianzanalyse I (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 10.Nov Varianzanalyse II (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 17. Nov 24. Nov Varianzanalyse III (Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen) 1. Dez Clusterverfahren 8. Dez Klassifikation I 15. Dez Klassifikation II 22. Dez Bayessche Netzwerke/MCMC I Bayessche Netzwerke/MCMC II 5. Jan 12. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC III 19. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC IV Modellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen I 26. Jan 2. Feb Modellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen II 9. Feb Zusammenfassung, Wiederholung, Ausblick 16. Feb Klausur
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SAGE – Serial Analysis of Gene Expression
Zellen isolieren mRNA isolieren und cDNA synthetisieren Transkript mit Anchor Enzym schneiden „Taggen“ Ligieren der Tags Sequenzierung Quantifizierung
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cDNA-Arrays: Bildanalyse
Trends in Biotech Hess et al, 19(11),2001 -> Schätzung für Hintergrund und Signal
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Affy-Arrays: Signalabhängigkeit vom Sequenzgehalt
Analyse von mRNA C-,U- Markierung Analyse von DNA Endmarkierung Mittlere Rohintensität Mittlere Rohintensität
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Affy-Arrays: Bildanalyse
Artefakte Lokal verschiedener Hintergrund
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Northern Blot
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Unterschiede in den Promotoren
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Regulation der Transkription
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Regulation der mRNA-Stabilität
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* * ~100 ng Poly-A - RNA Reverse Transkription
Mit Random-Hexamer - Primern ~1 ng Poly-A - RNA 5‘ AAA… Reverse Transkription mit Oligo-dT-T7 - Primern cDNA DNA-RNA-Hybrid 3‘ TTT…T7 5‘ AAA… 3‘ TTT… 5‘ RNase-H Verdau cRNA Zweitstrangsynthese 3‘ Doppelsträngige cDNA TTT…T7 5‘ AAA…T7 Invitro – Transkription mit Biotin markierten dCTP‘s und dUTP‘s Invitro - Transkription 3‘ * * TTT… 5‘ Biotin markierte cRNA
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