Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in internationalen Netzwerken Anton Güntsch Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem Abt. Biodiversitätsinformatik u. Labors

Primäre Biodiversitätsdaten Wissenschaftliche Namen Taxa Autoren Referenzen Sammlungsdaten Metadaten

Biologische Sammlungen Naturhistorische Sammlungen (Museen, Universitäten) Lebendsammlungen (z.B. Botanische und Zoologische Gärten, Bakterienstämme) DNA Banken Multimedia Sammlungen Beobachtungsdatenbanken …

Nutzen von biologischen Sammlungen Belege ( z.B. für Namensgebung) Ausbildung Kommerzieller Nutzen Umweltmonitoring Historische und gegenwärtige Verbreitungen von Organismen Voraussage von Verbreitungen …

Sammlungs-Objektdaten Wer Wann Wo Was

Sammlungsdaten im Jahr 2000

Schaffung eines globalen Netzwerks Global Biodiversity Information Facility (GBIF) Biological Collection Access Service for Europe (BioCASE)

Spezifikation auf 2 Ebenen Protokoll-Ebene  abstrakte Anfragesprache für heterogene Datenquellen Datenebene  Spezifikation eines Datenschemas

BioCASe Protokoll Spezifikation der Struktur von Anfragen und Antworten im Netzwerk.

BioCASe - <capabilities> <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <request xmlns="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3 http://www.bgbm.org/biodivinf/schema/protocol.xsd"> <header> <sendTime>2001-09-11T09:30:47-05:00</sendTime> <source>198.14.7.54</source> <type>capabilities</type> </header> </request>

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Access to Biological Collection Data Datendefinition für alle biologischen Sammlungen (lebend, konserviert, Beobachtungen). Behutsamer Umgang mit kontrollierten Vokabularen und regulären Ausdrücken. Strukturierte Elementbeschreibungen. Variable Atomisierung.

Strukturierte Elementbeschreibung <xs:element name="FullScientificNameString" type="String"> <xs:annotation> <xs:documentation>Concatenated scientific name, preferrably formed in accordance with a Code of Nomenclature, i. e. a monomial, bionomial, or trinomial plus author(s) or author team(s) and - where relevant - year, or the name of a cultivar or cultivar group, as fully as possible. </xs:documentation> <xs:appinfo> <sea:FullName>Full scientific name</sea:FullName> <sea:Audience>BioCASE</sea:Audience> <sea:Audience>CODATA TDWG</sea:Audience> <sea:Reviewer/> <sea:ExistingStandard>Darwin Core 2: Scientific Name.</sea:ExistingStandard> <sea:Content/> <sea:Example>Acipenser gueldenstadti Linnaeus 1758</sea:Example> <sea:Rule/> <sea:EditorialNote/> </xs:appinfo> </xs:annotation> </xs:element>

Variable Atomisierung (1)    <site>  <country>Afghanistan</country>   <place>Tangi Gharuh</place>   <lat>34.16</lat>   <long>69.48</long>   </site>  <date>    <day>21</day>   <month>8</month>   <year>1952</year>   </date>

Variable Atomisierung (2)    <site> <text> BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nas casca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt. 1200 m. </text>   </site>  <date> 16 Apr. 1993 </text> </date> 

ABCD - Überblick Datasets Dataset Collection Metadata (description of dataset, contact information, intellectual property rights,... ) Collection Unit Data (observation or specimen records) Dataset ...

ABCD - Metadaten Collection Metadata Original source incl. collection identifier (Source ID) Dataset derivation (data propagation history) Supplier information (organisation, contact) Intellectual Property Rights (IPR) Acknowledgements, Disclaimer, URL etc.

ABCD - Überblick Datasets Dataset Collection Metadata (description of dataset, contact information, intellectual property rights,... ) Collection Unit Data (observation or specimen records) Dataset ...

ABCD - Unitebene Collection Unit Data Unit identifier (ID), IPR, Acknowledgements,... Identifications Unit collection domain (domain-specific subtypes) Unit state domain (physical state-specific subtypes) Specimen unit Observation unit Gathering event and site characteristics + Digital images, Associations, Assemblages, Measurements, Facts,...

Verfügbare Software PyWrapper BioCASe Configuration-Tool BioCASe Query-Tool UnitLoader: API für BioCASe-konforme Anfragen User-Interface Software SchemaViewer, SchemaProcessor, etc.

Eingesetzt von … BioCASE GBIF-D GBIF-International Species2000 - EuroCAT Euro+Med BioCASE Metadata Network AlgaTerra

GBIF-D & BioCASE Prototyp

GBIF-D & BioCASE Prototyp Unit Data Provider Domain Internet User interface client (Servlet) Portal Domain ? Client CORM JDBC http Query XML ! Unit wrapper http Response XML SQL BioCASE protocol Config. files Java API UnitLoader C

BioCASe-Statistik (Stand: 4/2005) > 65 Provider Installationen weltweit > 150 Datenbanken abfragbar > 5.000.000 Datensätze zugreifbar

Vielen Dank! www.biocase.org