Arbeitsgruppe Medizinische Informatik Stefan Schulz

AG-MI: Mitarbeiter –Haushaltsfinanzierte Mitarbeiter: Stefan Schulz (1/1) Andreas Hauss (Erziehungsurlaub) –Projektfinanzierte Mitarbeiter: Martin Boeker (1/2) Susanne Hanser (1/5) Jan Paetzold (1/1) Daniel Schober (1/1), vorauss. ab 2/2009 Thorsten Seddig Holger Stenzhorn (1/2) HiWis Gastwissenschaftler (Brasilien, 180 T) –Spin-Off AVERBIS GmbH (Förderung bis 3/2010) Kornél Markó (1/2) Philipp Daumke (1/2)

laufende und bewilligte Projekte – (Integrated Biomedical Informatics for the Management of Cerebral Aneurysms): tasks: ontology development, interface ontologies / information models 2006 – 2009: BOOTStrep (Bootstrapping Of Ontologies and Terminologies STrategic REsearch Project): tasks: cross-language terminology retrieval, bio-ontologies 2008 – 2011: DebugIT (Detecting and Eliminating Bacteria UsinG Information Technologies) tasks: text mining, ontology development 2007 – 2009: Semantic Retrieval in Clinical Documentation Systems (Wissenschaftleraustausch mit Brasilien) 2007 – 2009: Gr ü nderbeihilfe (Bad-W ü rtt.) f ü r Spin-Off AVERBIS GmbH 2008: Arztbrief-Mining (Abt. Medzin-Controlling) ab 2009: Ontology for rare tropical diseases (Wissenschaftleraustausch mit Brasilien)

AG-MI: Plan 2009 (I) Konsolidierung bisheriger Aktivitäten auf den Gebieten –Terminologien und Ontologien –Informationsextraktion und Text Mining –eLearning (in Kooperation mit dem Studiendekanat der Medizinischen Fakultät) Ausrichtung auf neuen Schwerpunkt: Methoden der Medizinischen Informatik zur Unterstützung Klinisch- Epidemiologischer Fragestellungen

Wissenschaftliche Fragestellungen: 2008 (I) Können entscheidungsunterstützende Systeme anhand klinischer Routinedaten trainiert werden und ergibt sich hieraus eine Qualitätsverbesserung der Patientenversorgung? (EU-IP: DEBUG-IT) Wieweit können komplexe Real-Life Fragestellungen mit Ontologien dargestellt werden? Können Ontologien auch technisch im Rahmen verteilter System genutzt werden, um semantische Interoperabilität zu vermitteln? Lassen sich unterschiedliche Top-Level-Ontologieansätze im Rahmen einer formalen Referenzontologie der Biomedizin harmonisieren und ergibt sich hierbei ein Nutzen bezüglich der Annotation von Daten zu Proteinen und E.coli – Genregulation (EU-STREP: BOOTStrep) Lassen sich Vorteile Ontologie-basierter Terminologiesysteme gegenüber Thesaurus-basierten empirisch belegen? (geplante Kooperation mit Univ. Rostock)

Wissenschaftliche Fragestellungen: 2008 (II) Kann eine standardisierte klinische Dokumentation auf SNOMED CT abgebildet werden? Kann eine Kombination aus Informationsmodell und Ontologie mit OpenEHR Archetypes und SNOMED CT formalisiert werden? (K.-Steinbuch-Stipendium) Wie gut ist die Abbildung klinischer Freitexte auf das Terminologiesystem SNOMED CT, und lässt sich hierbei ein Effekt der formal-logischen SNOMED-Konzeptdefinitionen nachweisen? (lfd. Kooperation mit PUC Paraná, Brasilien) Eignen sich freitextliche Medikationsangaben in klinischen Textdokumenten als Prädiktoren für Diagnosen? Kann hierdurch die Qualität der Diagnosenkodierungen verbessert werden? (geplante Kooperation mit Abt. Klin. Controlling) Wie können elektronische Medien effektiv und wirkungsvoll in der Medizinischen Lehre eingesetzt werden? Ist ein Mehrwert von computergestützter Lehre gegenüber konventionellen Lehr- szenarien nachweisbar ? (diverse Projekte mit klin. Partnern)

Lehre Fortbildung von M. Boeker zum Master of Medical Education (Bern) (Kooperation mit dem Studiendekanat) Mitarbeit bei zentralen Aufgaben der Curriculum-Entwicklung (Kooperation mit dem Studiendekanat) Weiterführung und Umstrukturierung des "fachfremden Wahlmoduls" Medizin für Informatiker Mitbetreuung 3 nichtmed. Doktoranden Betreuung 2 med. Doktoranden

Erfolgsparameter 2009 Publikationsleistung: –mindestens 15 Impact-Punkte 2009 Mitteleinwerbung –2 erfolgreiche DFG - Anträge Mitbetreuung Bachelor-, Master- und Doktorarbeiten