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W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J1 Kapitel 2: Image J 1.Software für digitale Bilder 2.Eigenschaften von Image J 3.Weitere Informationen zu ImageJ.

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1 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J1 Kapitel 2: Image J 1.Software für digitale Bilder 2.Eigenschaften von Image J 3.Weitere Informationen zu ImageJ und Java

2 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J2 1. Software für digitale Bilder Früher: Software für Bildverarbeitung -Zugang zu teuren Werkzeugen oder -Eigenbau für einfache Anwendungen -Problem: firmenspezifische Dateiformate Heute: -Wenige Standards für Bildformate -Basisunterstützung durch Programmbibliotheken mit Standard- APIs Software zur Bildbearbeitung -Beispiele: Adobe Photoshop, Corel Paint,.. -Manipulation von Bildern -Eigene Komponenten programmieren: umständlich Software zur Bildverarbeitung -Beispiele: MatLab, ImageMagick, IDL, … -Algorithmen programmieren -Unterstützung durch Bibliotheken

3 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J3 2. Eigenschaften von ImageJ Mischung beider Welten -Fertige Werkzeuge zur Manipulation -Erweiterung durch eigene Softwarekomponenten Implementiert in Java: Plattformunabhängig Eigene Komponenten über Plugins: on-the-fly übersetzen und ausführen Frei verfügbar ohne Lizenzkosten Entwickler: Wayne Rasband am U.S. National Institute of Health (NIH)

4 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J4 2.1 Features ImageJ optional mit Java-Runtime Eigenständige Anwendung oder Applet Satz von fertigen Werkzeugen: -Erzeugen, Visualisieren, Editieren, Verarbeiten, Analysieren von Bildern -In mehreren Dateiformaten -Bildfolgen (Stacks) Plugin- Mechanismus -Erweiterung der Funktionalität -Plugins im Plugin-Verzeichnis Zusätzlich: Makro-Sprache -Ohne Java-Kenntnisse -Im Folgenden nicht betrachtet

5 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J5 2.2 Fertige Werkzeuge

6 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J6 Details Unterstützte Formate: TIFF (nur unkomprimiert), JPEG, GIF, PNG, BMP, sonstige Spezialformate Öffnen einer Bilddatei erzeugt zusätzlichen Frame Vielzahl von Beispielbildern Operationen werden auf dem aktuell selektierten Bild ausgeführt Undo-Mechanismus für einen Bearbeitungsschritt, auch für eigene Plugins Beschreibung der Funktionen:

7 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J7 2.3 ImageJ-Plugins In Java geschriebene Softwaremodule, die in ImageJ eingebunden werden Plugin erweitert Funktionalität von ImageJ Verwaltung über Plugin-Menü Zwei Arten von Plugins -PlugIn: keine Argumente, d.h. kein Bild -PlugInFilter: beim Start wird aktuelles Bild übergeben von uns verwendet int setup(String arg, ImagePlus img): Initial ausgeführt void run(ImageProcessor ip): –Tatsächliche Arbeit –ip: das zu verarbeitende Bild

8 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J8 Softwarestruktur

9 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J9 Beispiel: „inverter“-Plugin 8-Bit-Grauwertbild invertieren Typische Punktoperation (Kapitel 5) Unser Bild (z.B. Dot_Blot.jpg) -Grauwerte: Pixel: M (Breite) x N (Höhe) I‘(u,v) = 255 – I(u,v) für -u = 0..M-1 -v = 0..N-1 Hinweise: -Konvention: Klassennamen enden mit _ -DOES_8G: 8-Bit-Grauwertbilder werden bearbeitet

10 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J10 Quellcode

11 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J11 Erläuterung getWidth(), getHeight(): Breite, Höhe int getPixel(int x, int y): Wert an Position (x,y) putPixel(int x, int y, int value): Pixelwert setzen Quellcode-Datei: MyInverter_.java Verzeichnis: /plugins/ oder Unterordner Erstellen und übersetzen mit eingebautem Editor und JDK Besser: eclipse Originalbild wird potentiell verändert Edit -> Undo zum Rückfall Plugin-Tutorial:

12 W. Lux, FH Düsseldorf BV: Kap 2 Image J12 Literatur Homepage zum Buch: Homepage zu ImageJ: Beispielbilder: Kurzreferenz: Kurzreferenz.pdf Plugin-Tutorial:


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