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für Biochemiker und Biologen

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Präsentation zum Thema: "für Biochemiker und Biologen"—  Präsentation transkript:

1 für Biochemiker und Biologen
Recherche in fachspezifischen Literatur – und Faktendatenbanken für Biochemiker und Biologen Stand : 3. Mai 2011 Das vorliegende Material bietet einen Gesamtüberblick im Sinne einer Einführung zum Thema Elektronische Fachinformationen für Biochemiker und Biologen. Sie lernen den Umgang mit den wichtigsten Datenbanken für die Suche nach biochemischer/biologischer Fachliteratur kennen und erfahren, wie und wo man schnellstmöglich wissenschaftliche Publikationen bekommen kann. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle

2 Ablaufplan Sommersemester 2011: Blockkurs
Es besteht die Möglichkeit zum Erwerb eines Leistungsscheins. Voraussetzung dafür ist die Teilnahme an den o.g. Veranstaltungen und die Abgabe einer komplexeren Rechercheaufgabe zu Medline/WOS bzw. SciFinder sowie von Aufgaben zur Volltextbeschaffung und zu Patenten zum jeweils vereinbarten Termin. Zur Lehrveranstaltung gibt es ein Begleitmaterial und eine umfangreiche Anleitung zur SciFinder- Webversion als Ausdruck.

3 Inhaltsverzeichnis 0. Einführung
Übersicht zu den Veranstaltungen Modalitäten zu den Abgabeaufgaben Einführung zu Recherchestrategien Beispielrecherche bei STN International 1. Fachinformationen für Biochemiker/Biologen : ein Überblick 1.1. Die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik 1.2. Fachportale an der Uni Jena - das Portal Naturwissenschaften - das Portal Bioinformatik 2. Einführung in die Suche nach wissenschaftlicher Literatur 2.1. Recherchestrategien oder: wo und wie suche ich nach wissenschaftlicher Literatur? 2.2. Reichen NCBI-Literaturdatenbanken, Google oder vergleichbare Angebote im Internet? 2.3. GoPubMed und Semedico 3. Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung 3.1. Elektronische Zeitschriftenbibliothek 3.2. Zeitschriftendatenbank ( ZDB Subito ) Sie bekommen einen Überblick über den Zugriff auf Fachinformationen für Biochemiker/biologen an der Friedrich-Schiller-Universität. Neben den verschiedenen Fachportalen wird zunächst auf die frei im Internet verfügbare Datenbank PubMed / Medline eingegangen. Am Beispiel der Datenbank Medline werden grundlegende Kenntnisse zum Aufbau einer bibliographischen Datenbank vermittelt. Über Suchmaschinen wird nur kurz am Beispiel von Google gesprochen. Anschließend wird erläutert, wie man ausgehend von einer Literaturrecherche zum Volltext gelangen kann. Die Datenbanken im Uni–Netz findet man in den Fachinformationsportalen und auf den Seiten der Thüringer- Universitäts- und Landesbibliothek. Als Beispiel wird die Literaturdatenbank Web of Science näher vorgestellt.

4 Inhaltsverzeichnis (2)
4. Datenbanken im Uni-Netz 4.1. Übersicht 4.2. Datenbanken unter OVID 5. Web of Science 6. SciFinder 6.1. Registrierung und Neuigkeiten 6.2. Die Datenbanken in SciFinder und Recherchestrategien 7. Faktendatenbanken 7.1. Reaxys 7.2. Registry und Strukturrecherchen in SciFinder 8. Zusammenfassung SciFinder beinhaltet sowohl bibliographische Datenbanken (mit Patenten) als auch Faktendatenbanken und stellt eine sehr wichtige Quelle für wissenschaftliche Informationen für Biochemiker dar. Zu SciFinder gibt es eine ausführliche Anleitung als Begleitmaterial zu dieser Veranstaltung. Informationen und Materialien zur Vorlesung und den Übungen findet man hier:

5 0. Einführung: Ein Stück „Vorlesung“ am Anfang
Zweifellos sind die heutigen Studierenden auf selbständiges Erarbeiten auch neuen Wissens durch Suchen, Browsen und Navigieren im Internet und durch die Beteiligung in oft mehreren sozialen Diensten, Mail-List-Servern, Blogs, Wikis etc., vorbereitet. Jedoch hieraus ergibt sich gerade die Verantwortung der „Lehrenden“….in das häufig genug planlose, orientierungslose, beliebig „Information“ ohne Qualitätskontrolle aufgreifende Browsing-Verhalten vorsichtig steuernd einzugreifen. Woher sollen Studierende, die mit dem Blick auf den Erwerb wissenschaftlich fundierten Wissens erst am Anfang stehen, zumindest nicht in einem weit fortgeschrittenen Stadium sind, über die Urteilskraft verfügen, die nötig ist, um Relevanz (also Einschlägigkeit) und Validität (Gültigkeit…) der auf sie einströmenden Informationen einschätzen zu können? Zitat aus: Information, Wissenschaft und Praxis 2008, 59 (1), 3-6. Rainer Kuhlen (Leiter des Lehrstuhls für Informationswissenschaft an der Universität Konstanz: Die Vorlesung „Recherche in fachspezifischen Literatur- und Faktendatenbanken für Biochemiker“ soll Ihnen helfen, bei der Suche nach wissenschaftlicher Literatur die geeigneten Quellen zu finden und diese effizient nutzen zu können. Sie lernen daher die für Ihr Fachgebiet wichtigsten Literatur – und Faktendatenbanken kennen. In Übungen werden Recherchestrategien an konkreten Beispielen aus der Biochemie vertieft. Es wird auch auf die unterschiedliche Herangehensweise bei der Recherche in den verschiedenen Datenbanken eingegangen. Sie erfahren, wie man auf unterschiedlichen Wegen zu den Volltexten der wissenschaftlichen Publikationen kommt.

6 Suche nach wissenschaftlicher Literatur…bis hin zum Volltext!
Literaturdatenbanken: Bei Datenbankanbietern (ein Beispiel) Datenbanken im Uni-Netz Medline (PubMed) Web of Science SciFinder Recherchestrategien - unter Berücksichtigung der Besonderheiten der einzelnen Datenbanken In der Veranstaltung „Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker“ soll es im Wesentlichen um die Arbeit mit Literaturdatenbanken gehen. Die Datenbanken stehen unter unterschiedlichen Oberflächen zur Verfügung und es sind z.T. unterschiedliche Recherchestrategien anzuwenden. Die einzelnen Datenbanken bieten zudem verschiedene weitere Möglichkeiten an, um die Rechercheergebnisse zu verfeinern oder zu erweitern. Außerdem sind statistische Auswertungen möglich. Je besser man mit einer Datenbank vertraut ist, desto besser kann das Rechercheergebnis ausfallen. In jedem Fall sind aber eine Vertrautheit mit dem Thema bzw. reifliche Vorüberlegungen sehr hilfreich.

7 Die Übungsaufgaben werden vor der jeweiligen Übung ins Netz gestellt.
Zu den Übungen Die Übungsaufgaben werden vor der jeweiligen Übung ins Netz gestellt. Es gibt 2 Voraussetzungen für einen effizienten Ablauf der Übungen: 1. Sie bereiten sich auf das Thema der jeweiligen Übung durch das Studium der entsprechenden Seiten im Begleitmaterial vor. 2. Sie verfolgen aufmerksam die Einführung in die Thematik zu Beginn der jeweiligen Veranstaltung. Die Übungsaufgaben werden zu einem Teil gemeinsam besprochen und diskutiert. Ein anderer Teil der Übungsaufgaben ist zum Selbststudium gedacht. Zu den Übungsaufgaben wird es Musterlösungen geben. Bei den Musterlösungen ist jeweils das aktuelle Datum zu beachten. Ein paar Tage früher oder später können die Ergebnisse hinsichtlich der Treffer ganz anders aussehen. Mit einer anderen Recherchestrategie kann man auch zu unterschiedlichen Ergebnissen kommen. Daher ist der Begriff „Musterlösungen“ wörtlich zu nehmen!

8 Generelle Bemerkungen zu den Abgabeaufgaben
Bitte lesen Sie sich die Aufgaben gut durch! Alle Ergebnisse sind zu protokollieren und mit Screenshots und ggf. den Suchverlaufsanzeigen aus den Datenbanken (z.B. einer History) zu belegen. Ergebnisse ohne nachvollziehbaren Weg werden nicht gewertet. Bitte geben Sie die Recherchestrategie bei den komplexen Rechercheaufgaben zu Medline/WOS und SciFinder immer separat an (sonst gibt es Punktabzug!!!), ein Screenshot reicht hier nicht! Bitte beachten Sie auch die Spezifika der verschiedenen Datenbanken bei Ihren Lösungsansätzen. Fassen Sie die Ergebnisse kurz in Ihren eigenen Worten zusammen. Wenn bei den Antworten neben der richtigen Lösung auch noch eine falsche Antwort steht, gibt es ebenfalls Punktabzug. Die Ergebnisse sollten so präsentiert werden, das der genaue Ablauf der Recherche nachvollziehbar ist. Das gilt ganz besonders für die komplexen Rechercheaufgaben in Teil 1 und 2! Daher ist es unbedingt notwendig, das Sie die Recherchestrategie in Textform angeben. Ein einfacher Screenshot reicht hier nicht, weil die Ergebnisse ja nachgeprüft werden müssen.

9 Recherchen bei Datenbankanbietern
STN International (Scientific and Technical Information Network) Chemie, Pharmazie, Physik, Biowissenschaften, Mathematik; Medizin, Umwelt, Agrar, Geowissenschaften; Elektronik, Telekommunikation, Werkstoffe; Patente, Zeitschriften, Firmeninformation DIMDI (Deutsche Institut für Medizinische Dokumentation und Information) Behörde des Bundesministeriums für Gesundheit Medizin, Gesundheitswesen; Biowissenschaften, Biotechnologie; Pharmakologie; Agrar, Ernährung; Psychologie, Sozialwissenschaften DIALOG/DATASTAR Finanzen, Recht, Wirtschaft; Pharmazie, Medizin, Gesundheitswesen, Umwelt; Chemie, Biotechnologie; Patente, Marken, Europäische Zeitungen (Volltext) Vorteile eines Hosts gegenüber einzelnen Datenbankherstellern: Datenbanken zu verschiedenen Themen vorhanden, aber mit Spezialisierung auf bestimmte Themen Es gibt einheitliche Suchoberfläche und Sytax für Daten verschiedener Informationslieferanten. - Der Nutzer braucht nur ein Login. Die Daten sind gegenüber der Einzelabfrage bei verschiedenen Herausgebern schneller verfübgar und doppelte Einträge können gleich bei der Recherche entfernt werden. Beachtet werden muß: - Die Daten sind kostenpflichtig. Die recherchierende Person muss mit den Inhalten der verfügbaren Datenbanken vertraut sein. - Die Hosts verwenden unterschiedliche Abfragesprachen.

10 Online Datenbankrecherchen an der FSU Jena
im Rahmen eines Landesvertrages mit dem Datenbankanbieter STN International (www.stn-international.de ) - für die Hochschulen des Freistaates - Recherchen für Studenten, Doktoranden und Mitarbeiter - Recherchen für Seminararbeiten, Diplomarbeiten, Doktorarbeiten, etc. die Recherchen erfolgen in der Wissenschaftlichen Informationsstelle, bitte Termin vereinbaren und Stichworte in Englisch mitbringen Recherchen in den Datenbanken von STN International im Rahmen des Landesvertrages sind aus Kostengründen nicht für Endnutzerrecherchen zugelassen. Das bedeutet, das Interessenten sich an die jeweiligen Einrichtungen ihrer Hochschule wenden müssen, die Recherchen innerhalb des Landesvertrages durchführen dürfen. An der Friedrich-Schiller-Universität Jena werden Recherchen für Diplomanden, Doktoranden und Mitarbeiter der Uni in den Informationsstellen der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät und der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät, in der Patentinformationsstelle und in der ThULB durchgeführt.

11 Beispielrecherche bei einem Datenbankanbieter
STN International (Scientific and Technical Information Network) STN International wird gemeinsam vom Fachinformationszentrum Karlsruhe, dem Chemical Abstracts Service (CAS) in Columbus (Ohio) und der Japan Association for International Chemical Information (JAICI) in Tokio betrieben. Suchsprache MESSENGER STN Express als Rechercheprogramm (Vorbereitung, Durchführung und Nachbereitung von Recherchen Es gibt auch eine browserbasierte Suchmöglichkeit: STN on the Web / STN Easy STN International bietet über 200 Datenbanken aus Wissenschaft und Technik an. Bei STN International kann man Zitationsanalysen durchführen: science_citation_index_ber_stn_international/ Zitat: „Für die Erfassung der Publikationen, für die die Zitierhäufigkeiten ermittelt werden sollen, können somit auch andere fachlich geeignete Literaturdatenbanken (z.B. Chemical Abstracts, Medline) hinzugezogen werden. Erst dadurch wird es überhaupt möglich, von einem bestimmten Autor die Zitierungen aller seiner Publikationen zu ermitteln, unabhängig davon, ob die entsprechende Publikation im SCI selbst indexiert ist. „ SCI=Science Citation Index Bei Recherchen in Datenbanken von STN International sind auch umfangreiche statistische Analysen möglich. Dazu gibt es mittlerweile auch eine Analyse- und Visualisierungs-Software STN AnaVist : STN AnaVist bietet die Möglichkeit, Beziehungen zwischen neun unterschiedlichen Feldern aus Datenbankdokumenten - z.B., Firmen, Erfindern, Veröffentlichungsjahren und Konzepten - darzustellen.

12 Beispielrecherche bei STN International
Thema: Optimalitätsprinzipien in der Evolution OPTIMAL?(3A)PRINCIP? AND EVOLUTION? ? steht für beliebig viele Zeichen nach dem Wortstamm (3a) bedeutet maximal 3 Wörter dazwischen, Reihenfolge ist egal Suche erfolgt automatisch im Basic Index, d.h. im Titel , im Abstract und in den Stichwortfeldern (z.B. IT, CT, ST, STP- es gibt unterschiedliche Stichwortfelder in den verschiedenen Datenbanken) STN Messenger ist eine Kommandozeilen orientierte Suchsprache, die vielfältige Befehle für den Zugriff auf die Datenbestände von STN International bietet und somit komplexe Recherchen ermöglicht. Häufig benutzte Befehle in STN Messenger lassen sich meist durch die Eingabe des Anfangsbuchstabens oder durch die ersten drei Buchstaben abkürzen. Die wichtigsten Kommandos sind: Fil(e) Aufruf einer Datenbank, z. B. "FILE CAPLUS" - die Datenbank CAplus wird geöffnet. E(xpand) In Daten- und Indexfeldern prüfen, ob ein Suchbegriff in einer Datenbank bzw. bestimmten Indexfeldern einer Datenbank enthalten ist, z. B. "EXPAND ETHANOL/TI" - es wird geprüft ob der Begriff "Ethanol" im Indexfeld "Title" (TI) der aktuell geöffneten Datenbank vorkommen S(earch) Suchbefehl, z. B. "SEARCH CHROMATOGRAPHY" - Suche nach dem Begriff "Chromatography“ D(isplay) Anzeige von Suchergebnissen (Datensätzen), z. B. "DISPLAY L3 7" - der siebte Datensatz im Ergebnis der dritten Suche (L3) wird angezeigt.

13 Beispielrecherche bei STN International: Voreinstellungen
SET-Kommandos: set spellings perm on set abb perm on set plural perm on Britische und amerikanische Schreibweise, Plural und Abkürzungen (kommen nicht in allen Datenbanken vor) werden automatisch berücksichtigt. STN Messenger unterscheidet bei der Eingabe von Befehlen zwischen der Anfänger- und Expertenversion (NOVICE bzw. EXPERT) der Kommandos. Ausgeschriebene Kommandos (mindestens vier Buchstaben) werden der Anfängerversion zugeordnet, abgekürzte Kommandos (maximal drei Buchstaben) gehören der Expertenversion an. Bei der Verwendung von NOVICE-Kommandos erfragt STN Messenger alle fehlenden Parameter. Fehlen Parameter bei der Verwendung von EXPERT-Kommandos, so werden diese nicht erfragt, sondern durch vordefinierte Standard-Parameter (Default) für das jeweilige Kommando ergänzt.

14 Beispielrecherche bei STN International: Trefferermittlung
Zur Trefferermittlung wird zunächst eine Index-Recherche durchgeführt. STN Index ist kostengünstig, erlaubt aber nur die Angabe der Datenbanken und der dazugehörigen Treffer. Die eigentliche Recherche muß anschließend in den Datenbanken selbst durchgeführt werden. Alle Datenbanken mit Treffern ruft man mit file hits auf. Damit brauchen die einzelnen Datenbanken nicht alle erst mühsam per Hand eingetippt werden. Anschließend wird die Suche in den oben ermittelten Datenbanken durchgeführt (fil hits).

15 Beispielrecherche bei STN International: Rechercheergebnis
L FILE SCISEARCH = Web of Science L FILE PASCAL L FILE BIOSIS L FILE MEDLINE L FILE EMBASE L FILE HCAPLUS = Chemical Abstracts L FILE ESBIOBASE L FILE DISSABS L FILE CABA L FILE LIFESCI L FILE AGRICOLA TOTAL FOR ALL FILES L L1 => dup rem L14 L DUP REM 14 (140 DUPLICATES REMOVED) Stand: 30.August 2010 Bibliographische Datenbanken in Scifinder Eine Suche in nur 1 Datenbank ergibt kein vollständiges Ergebnis! Nach der Multifile-Recherche müssen noch die doppelten Einträge entfernt werden, da die Datenbanken sich zum Teil inhaltlich überschneiden. In wenigen Ausnahmefällen werden doppelte Einträge zuweilen nicht erkannt, weil die Daten durch die verschiedenen Hersteller unterschiedlich aufgenommen werden können (siehe das Beispiel dazu bei SciFinder).

16 Beispielrecherche bei STN International: Treffer ansehen (d kwic)
Mit d kwic (kwic steht dabei für keywords in context) kann man sich einen Überblick über die Treffer verschaffen. Die Stichworte können ja in unterschiedlichen Feldern und in einem unterschiedlichen Sinnzusammenhang erscheinen.

17 Beispielrecherche bei STN International: Recherche optimieren
Die Suche ergibt auch (aus Medline bzw. Embase): TI Peritoneal dialysis prescription in children: bedside principles for optimal practice. CT Humans und TI Methods of quantitative analysis applied to vascular corrosion casts: A literature review. CT Medical Descriptors: *blood vessel 2. Schritt: Begriffe ausschließen (OPTIMAL?(3A)PRINCIP? AND EVOLUTION?) NOT (HUMAN OR BLOOD) Man hat bei einer Recherche immer die Möglichkeit, Begriffe nachträglich auszuschließen. Dies geschieht mit dem Operator NOT. Wenn auch das Ausschließen von einzelnen Begriffen zu keinen guten Ergebnis führt, ist über eine neue Recherche mit neuen Stichworten nachzudenken.

18 Beispielrecherche bei STN International: Rechercheergebnis
L FILE SCISEARCH L FILE PASCAL L FILE BIOSIS L FILE HCAPLUS L FILE MEDLINE L FILE EMBASE L FILE ESBIOBASE L FILE CABA L FILE DISSABS L FILE LIFESCI L FILE AGRICOLA TOTAL FOR ALL FILES L L16 => dup rem L28 L DUP REM L28 (119 DUPLICATES REMOVED) Neues Rechercheergebnis nach Ausschluß von Begriffen. Leider gibt es in der Biologie, Biochemie, Bioinformatik und vielen anderen Fachgebieten auch, keine allumfassende Datenbank. Um ein vollständigeres Ergebnis anzustreben, muß daher in vielen Datenbanken recherchiert werden.

19 Beispielrecherche bei STN International: Ein Beispieldokument
L18 ANSWER 4 OF 137 SCISEARCH COPYRIGHT (c) 2010 The Thomson Corporation AN 2010: SCISEARCH GA The Genuine Article (R) Number: 601MV TI The evolutionary optimality principle as a tool to model structured biological systems AU Razzhevaikin, V. N. (Reprint) CS RAS, Dorodnicyn Comp Ctr, Ul Vavilova 40, Moscow , Russia (Reprint) CS RAS, Dorodnicyn Comp Ctr, Moscow , Russia CYA Russia SO ZHURNAL OBSHCHEI BIOLOGII, (JAN-FEB 2010) Vol. 71, No. 1, pp ISSN: PB MEZHDUNARODNAYA KNIGA, 39 DIMITROVA UL., MOSCOW, RUSSIA. DT Article; Journal LA Russian AB Suggested are some ways to use the theory of evolutionary optimality for modelling of structured biological communities. The functionals to be optimized are constructed for communities with age, with space, and with age-space continuous structures. The functionals are calculated on the basis of information available on steady-state distributions and are optimized over parameters essential from the from the viewpoint of evolutionary selection. … Die bibliographischen Datenbanken bestehen u.a. aus den vollständigen bibliographischen Angaben, einer Zusammenfassung und verschiedenen Stichwortfeldern. Mit STN Express und auch mit Literaturverwaltungsprogrammen kann man sich die Anzeige so bearbeiten lassen, das die Feldbezeichnungen ausgeschrieben werden oder gar nicht mehr vorhanden sind.

20 Beispielrecherche bei STN International: Noch ein Beispieldokument
TI Is maximization of molar yield in metabolic networks favoured by evolution?. AU Schuster Stefan; Pfeiffer Thomas; Fell David A CS Section of Bioinformatics, Faculty of Biology and Pharmaceutics, Friedrich Schiller University Jena, Ernst-Abbe-Platz 2, D Jena, Germany. SO Journal of theoretical biology, (2008 Jun 7) Vol. 252, No. 3, pp Electronic Publication: Journal code: E-ISSN: AB One approach of calculating unknown fluxes (frequently called flux balance analysis) is based on the optimality principle of maximizing the molar yield of biotransformations. Die bei der Recherche verwendeten Stichwörter erscheinen hier rot markiert. TI = Titel AU= Autor(en) CS= Adresse des Erstautors SO=Quelle AB=Zusammenfassung Bei den bibliographischen Datenbanken handelt es sich nicht um Volltextdatenbanken, d.h., man muß sich den Originaltext als elektronische Version oder in der gedruckten Ausgabe beschaffen.

21 1. Fachinformationen für Biochemiker/Biologen : ein Überblick
1.1.Die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik Angebote der Wissenschaftlichen Informationsstelle Schulungen zu Datenbanken Datenbankrecherchen bei Datenbankanbietern ( z.B. STN International ) Informationen zu Datenbanken, Fachinformationen allgemein und Volltextbestellungen Die Wissenschaftliche Informationsstelle besteht seit 1991 und gehört seit Mai 2003 zum Lehrstuhl Bioinformatik der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät. Schulungen zu Datenbanken und Recherchen bei Datenbankanbietern werden jedoch nach wie vor für die gesamte Fakultät angeboten. Das Angebot zur Durchführung von Recherchen beim Datenbankanbieter STN International ist an die Existenz des Landesvertrages gekoppelt. Für die Recherchen werden Stichworte in Englisch benötigt und es muss ein Termin mit der Wissenschaftlichen Informationsstelle vereinbart werden. Termine werden in der Regel kurzfristig vergeben. Und so erreichen Sie die Wissenschaftliche Informationsstelle : Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biologisch – Pharmazeutische Fakultät Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Dr. Ina Weiß Ernst - Abbe –Platz 2 ( Raum 3402, 4. Etage ), Jena Tel. : / Fax : /

22 Lehrstuhl Bioinformatik ( Prof. Schuster )
Der Lehrstuhl Bioinformatik bietet folgende Lehrveranstaltungen für Bioinformatiker an (Auswahl): Vorlesung Einführung in die Bioinformatik (Teil 1 und 2) Proseminar Recherche in molekularbiologischen Datenbanken Vorlesung und Praktikum Metabolische und regulatorische Netzwerke Vorlesung 3D-Strukturen biologischer Makromoleküle (gemeinsam mit Herrn Sühnel ) -Vorlesung Optimalitätsprinzipien in der Evolution - Verschiedene Seminare An den Vorlesungen können gern auch Studenten anderer Fachrichtungen teilnehmen. Einzelne Veranstaltungen sind auch Teil von Modulen, die zur Auswahl stehen. So ist z.B. das Proseminar „Recherche in molekularbiologischen Datenbanken“ Bestandteil des Moduls Bioinformatik (BBCM3. A11) Literaturhinweis: Nicola Gaedeke Biowissenschaftlich recherchieren: über den Einsatz von Datenbanken und anderen Ressourcen in der Bioinformatik Basel [u.a.]: Birkhäuser, 2007 ISBN:

23 1.2. Fachportale an der Uni Jena
Das Portal Naturwissenschaften Das Fachportal Naturwissenschaften erreicht man von den Uni - Seiten über Fakultäten / Biologisch - Pharmazeutische Fakultät / Fachinformationsportal. Das Fachinformationsportal kann man auch unter der oben angegebenen Adresse direkt aufrufen. Die meisten Materialien im Fachinformationsportal sind allgemein verfügbar. Die Seiten des Portals Naturwissenschaften sind eine Gemeinschaftsarbeit der Informationsstellen der Biologisch-Pharmazeutischen und der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät und werden regelmäßig aktualisiert. Das Elektronische Informationssystem für Fachinformationen an der Friedrich-Schiller-Universität versucht, einen Überblick über die Möglichkeiten der Nutzung von Fachinformationen zu schaffen. Von dieser Seite des Fachinformationsportals erreicht man auch das Portal Bioinformatik.

24 1.2. Fachportale an der Uni Jena ( 2 )
Das Portal Bioinformatik Das Portal Bioinformatik existiert seit Juni 2003. Es soll eine Plattform für Fachinformationen in der Bioinformatik werden und die Fülle der Informationen für Bioinformatiker unter dem Aspekt der Lehre an der Friedrich-Schiller-Universität Jena übersichtlich präsentieren. Einige Menüpunkte werden nach und nach ergänzt bzw. umgestaltet. Anregungen zum Ausbau des Portal sind jederzeit sehr willkommen!

25 2. Einführung in die Suche nach wissenschaftlicher Literatur
2.1. Recherchestrategien oder: wo und wie suche ich nach wissenschaftlicher Literatur? Was genau man sucht, ist entscheidend für die Auswahl von geeigneten Datenbanken ! Datenbanktypen Bibliographische Datenbanken bibliographische Angaben ( Autor, Titel, Quelle) Zusammenfassung Faktendatenbanken : REGISTRY, Reaxys Patentdatenbanken Definition Datenbank (Quelle: Horn/Kerner/Forbrig: Lehr- und Übungsbuch Informatik. Bd. 1, Fachbuchverlag Leipzig) Eine Datenbank ist eine systematisch strukturierte, langfristig verfügbare Sammlung von Daten einschließlich der zur sicheren Manipulation dieser Daten erforderlichen Software. In einer Datenbank werden große Mengen an Informationen in Tabellen zusammengefaßt und kategorisiert. Die Unterteilung der Datensätze in einzelne Felder erfolgt zur Strukturierung der Daten und um diese später einzeln abfragen oder miteinander in Relation setzen zu können. Weit verbeitete Softwarelösungen für Datenbanken sind z. B. Oracle, MYSQL, PostgreSQL, mSQL und SQL.

26 Recherchestrategien: Einfache Vorüberlegungen
1. Was suche ich ? Verwendungszweck, Umfang Stichworte 2. Wo suche ich ? Welche Datenbanken sind geeignet ? Wie vollständig muß die Recherche sein? Medien, Zeitraum 3. Wie suche ich ( dort ) ? Kenntnisse von Datenbanken Recherchestrategie ( in Anhängigkeit von der Datenbank ) 4. Die Recherche - pro Suchschritt möglichst wenige Suchbegriffe verwenden Überblick wahren ggf. Index- und Thesaurussuche nutzen Auswertung Sind die Treffer relevant? Zuviel oder zu wenige Literaturstellen? Wichtig: Datenbankspezifische Suche unter Ausschöpfung der Möglichkeiten der jeweiligen Datenbank! Textdatenbanken : RECHERCHEZIEL RECHERCHESTRATEGIE Schnell etwas Freitextorientiert, 1 Datenbank Schnell viel Suche mit kontrolliertem Vokabular Möglichst viel Kombiniert Möglichst alles Datenbank – übergreifend "alles" überhaupt Host – übergreifend Die Recherche kann zu jedem Zeitpunkt abgebrochen werden (z.B. wenn das Ziel vorfristig erreicht wurde oder wenn Suchaspekte bzw. Herangehensweise nicht zum gewünschten Ergebnis geführt haben). Kein Ergebnis ist auch ein Ergebnis ! Mehrere Hauptaspekte erfordern mehrere Recherchestrategien.

27 Synonyme beachten und Relevanz prüfen !
Was suche ich ? - Stichworte Deutsche, englische oder lateinische Begriffe ? die meisten Datenbanken sind in Englisch, daher benötigt man Stichworte in Englisch manchmal gibt es für einen Begriff kein englisches Wort ( ist zwar eher die Ausnahme, kommt aber vor ) Beispiel : stammzellen, zeitgeber, aufwuchs entscheidungsproblem lateinische Begriffe sollten immer mit verwendet werden ( zuweilen werden nur die lateinischen Begriffe verwendet ) bei deutschen Begriffen sind Umlaute zu beachten, generell ist es vom Verlag oder von der Datenbank abhängig, ob Umlaute verwendet werden ( z.B. bei Autorennamen ) oder nicht im Zweifelsfall also beide Scheibweisen anwenden : mueller or muller bzw. boecker or bocker Synonyme beachten und Relevanz prüfen ! Suchmaschine Eine Suchmaschine ist eine Webseite welche eine Funktionalität zum Durchsuchen des Internets bereitstellt. Eine Suchmaschine besteht in der Regel aus einem Spider (auch Robot genannt) und aus einem Frontend (Oberfläche) welches dem Besucher die Suche ermöglicht und die Ergebnisse präsentiert. Je nach Größe der Suchmaschine läuft diese auf einem einzelnen Server oder aber auf einem Cluster. Gerade internationale Suchmaschinen haben einen sehr großen Datenbestand und laufen daher auf vielen tausend zusammengeschalteten Rechnern. Je nach Einsatzgebiet und Funktionsumfang unterscheidet man bei einer Suchmaschine zwischen einer Seitensuchmaschine (diese erlaubt es eine einzelne Webseite zu durchsuchen), einer Meta-Suchmaschine (diese durchsucht den Datenbestand anderer Suchmaschinen und besitzt selbst keinen eigenen Datenbestand) und einer regulären Suchmaschine.

28 2.2. Reichen NCBI-Literaturdatenbanken, Google oder vergleichbare Angebote im Internet?
PubMed Central PubMed Central ist ein Archiv von kostenfreien naturwissenschaftlichen Zeitschriften. PubMed Central wird vom U.S. National Institute of Health betrieben. Einige NCBI Literaturdatenbanken: OMIA: OMIA ist ein Katalog von Genen, Erbkrankheiten und Merkmalen inanderen Tierarten als Mensch und Maus. OMIM: OMIM ist ein Katalog von menschlichen Genen und genetischen Erkrankungen. PubMed: PubMed ist ein Service der NationalLibrary of Medicine (NLM), der den Zugang zu mehr als 17 Millionen Zitierungen von Medline und zusätzlichen naturwissenschaftlichen Datenbanken.

29 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ PubMed/Medline
Hersteller : U.S. National Library of Medicine ( NLM ) MEDLINE = MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE Die Datenbank entspricht dem gedruckten Index Medicus, Index to Dental Literature und International Nursing Index. Enthält seit August 2001 auch In-Process-Einträge, d.h. neueste Einträge bereits bevor sie für die Aufnahme in Medline indexiert sind. Quellen sind Zeitschriften, Buchkapitel und Konferenzbeiträge. MEDLINE enthält mehr als 20 Millionen Aufsatzzitate aus über laufenden biomedizinischen Zeitschriften seit 1949 und einige ältere Daten. Die Datenbank enthält seit August 2001 auch In-Process-Einträge, also die neuesten Dokumente bevor sie vollständig für die Aufnahme in MEDLINE indexiert sind.

30 Hersteller : U.S. National Library of Medicine ( NLM )
Medline Hersteller : U.S. National Library of Medicine ( NLM ) MEDLINE = MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE Die Datenbank entspricht dem gedruckten Index Medicus, Index to Dental Literature und International Nursing Index Enthält seit August 2001 auch In-Process-Einträge, d.h. neueste Einträge bereits bevor sie für die Aufnahme in Medline indexiert sind Quellen sind Zeitschriften, Buchkapitel und Konferenzbeiträge Medline ist eine medizinische Datenbank, deckt aber nicht den gesamten Bereich der Medizin ab. Es gibt z.B. noch die Datenbank EMBASE ( Excerpta Medica Database )- eine Datenbank zu weltweit erscheinender Literatur in den Bereichen Biomedizin und Pharmazie, einschließlich Biowissenschaften, Biochemie, Humanmedizin etc mit Schwerpunkt auf Europa. Die geographische Abdeckung erklärt auch, warum viele Publikationen der Humanmedizin und ihren Randgebieten z.T. nur in Medline oder nur in Embase verzeichnet sind. Hersteller der Datenbank EMBASE ist Elsevier Science. Die Datenbank ist nicht frei im Internet verfügbar. Die kostenlose Verfügbarkeit von Medline trägt sehr zur Beliebtheit der Datenbank bei. Dennoch ist es für die Biologie oder Biochemie nur eine von vielen angebotenen Datenbanken. Eine Recherche in Medline allein ist selbst bei einem medizinisch relevanten Thema u.U. keineswegs vollständig.

31 Erläuterungen zur Medline Trefferliste
Beispiel: Suche nach der Registry-Nummer von Geranylkaffeat Anzeige im Format Abstract Auszug aus Medline-Format Advanced search für eine erweiterte Suche, z.B. mit Einschränkungen. Zeitschriftentitel, Jahr; Band (Heft), Seitenzahlen Titel der Publikation Man findet 1 Artikel, aber nicht die Registrynummer (RN ) von Geranylkaffeat. Dermatitis Sep;16(3): Evaluation of the main contact allergens in propolis (1995 to 2005). Hausen BM. Dermatology Center, Elbeklinikum Buxtehude, Germany. Zeitschrift : Dermatitis Jahr: 2005 Band : 16 Heft : 3 Seitenzahlen : Registry-Nummer

32 PubMed / Medline Ein Medline – Eintrag ( Citation – Format )
Medical Subject Headings ( MESH ) Eines der wichtigsten Felder für die Suche nach hochqualitativen Artikeln ist das Publication Type- Feld. Mit Hilfe der Angaben in diesem Feld können Sie Ihre Suche z.B. auf klinische Studien beschränken oder aber auf Reviews = Übersichtsartikel. Bei jeder Art von Literaturrecherche ist es unabdingbar, den Unterschied zwischen Stichwort und Schlagwort genau zu kennen und zu verstehen. Stichwörter sind Wörter, die im Titel des Aufsatzes, im Abstract, in der Autorenangabe etc. vorkommen. Darunter befinden sich viele Synonyme, die ein und dieselbe Sache bezeichnen. (heart cancer, heart tumor, cardiac cancer, cardiac tumor, ...) Schlagwörter dagegen gibt es nur wenige und vor allem nur ein genau definiertes für jeden Sachverhalt. Schlagwörter stehen nicht im Titel oder Abstract, sondern in einem speziellen Feld - dem MeSH-Feld (heart neoplasms = heart/cardiac cancer/tumor, ...). Die Abkürzung MeSH steht für Medical Subject Headings. Hierbei handelt es sich um einen Thesaurus, den die National Library of Medicine (NLM), USA, erstellt und fortlaufend pflegt.

33 Feldbezeichnungen in MEDLINE
Eine Erläuterung der Feldbezeichnungen in Medline finden Sie hier : pubmedhelp.T44 Medline – Dokument ( Auswahl von Feldern ): PMID IS (Print) VI TI - Endogenous timing in competitive interactions among relatives. AB - Most evolutionary game theory models solve for equilibrium levels of some behaviour on the restrictive assumptions that players choose their actions simultaneously, and that a player cannot change its action … AD - Department of Zoology, University of Cambridge, Downing Street, Cambridge CB2 3EJ, UK. FAU - Cant, Michael A FAU=Full Author Name AU - Cant MA FAU - Shen, Sheng-Feng AU - Shen SF LA - eng PT - Journal Article PL - England MH - Competitive Behavior/*physiology MH - EvolutionMH - Game TheoryMH - *Models, Biological MH - Reproduction/physiology MH - Research Support, Non-U.S. Gov'tMH - Time Factors SO - Proc Biol Sci Jan 22;273(1583):171-8.

34 PubMed Help PubMed Help: Changing the citation display format
Was sind Medical Subject Headings (MeSH) Medline baut auf einem ausgefeilten Vokabular von Schlagwörtern auf - den Medical Subject Headings, abgekürzt MeSH. Diese werden jedem Artikel dezidiert zugeordnet und beschreiben möglichst genau das Thema des Aufsatzes. Während die Treffermenge einer Stichwortsuche auch Artikelzitate enthält, die nur entfernt oder gar nicht mit dem gesuchten Thema zu tun haben, verläuft eine Recherche über die MeSH-Schlagwörter sehr viel einfacher und gezielter ab. Eine Suche ohne MeSH, nur über Stichwörter, wird in der Regel mit dem Nicht-Finden von wichtigen Artikeln bestraft. MeSH-Schlagwörter und ihre Definitionen findet man im Thesaurus. Dieser ist in PubMed über den MeSH-Browser zugänglich. Wie sind die MeSH-Begriffe strukturiert? Das MESH-Register von 1998 enthält über Stichwörter, die in Bäumen von A wie Anatomy bis Z wie Geographical Locations aufgeteilt sind. In der Ansicht : Details kann man sich die genaue Suchstrategie anzeigen lassen. Mit MESH-Schlagwörtern wird automatisch gesucht. Eine Suche nur mit Stichworten ist möglich, wenn man das explizit eingibt , z.B. : bioinformatics[Text Word]

35 PubMed : Send to Clipboard, Limits und Details
Erstellung einer eigenen Trefferliste Mit der Option „ Display Settings/Sort by: Recently Added „ kann man sich aus einer Treffermenge durch markieren von Einträgen eigene Treffermengen zusammenstellen. Mit Limits kann man diverse Einschränkungen für die Suche eintragen. So kann die Suche z.B. auf verschiedene Dokumententypen ( Clinical Trial, Review etc.), Sachgebiete, Sprachen etc. beschränkt werden. Bei Search Details wird die genaue Suchstrategie angezeigt. Verfeinerung der Recherche durch bestimmte Einschränkungen Anzeige der Suchstrategie

36 PubChem http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
Mit PubChem kann man nach biologischen Aktivitäten von kleinen Molekülen suchen. Es stehen die Datenbanken PubChem Compound, PubChem Substance und PubchemBioAssay zur Verfügung. Die PubChem Substance Datenbank enthält chemische Strukturformeln, Synonyme, Register IDs und Beschreibungen. Die PubChem Compounds Datenbank enhält validierte chemische Informationen um die Einträge der Substanzen in der PubChem Substance Datenbank zu beschreiben. Die PubChem Datenbank BioAssay enthält Daten von Bioaktivitäts-Screenings von chemischen Verbindungen der PubChem Substance Datenbank. Alle drei Datenbanken sind mit den anderen Datenbanken des Entrez Portals wie z.B. PubMed verlinkt. Diese Möglichkeiten ersetzen jedoch nicht die klassischen Struktur – und Faktendatenbanken wie Registry (in Verbindung mit den Chemical Abstracts in SciFinder) und Reaxys.

37 GoPubMed und Semedico www.semedico.org http://www.gopubmed.com
Die bibliographische Datenbank MEDLINE ist Grundlage von GoPubMed und Semedico. Artikel der MEDLINE-Datenbank sind bereits von der NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE mit Dokument-Metadaten versehen. MEDLINE verfügt über einen Thesaurus (MESH). GoPubMed wurde von einer Arbeitsgruppe um Michael Schroeder an der Technischen Universität Dresden und Transinsight, einer Firmenausgründung der TU, entwickelt. GoPubMed nutzt sowohl das Medical Subject Headings (MeSH), ein internationales medizinisches Fachvokabular als auch die Ressourcen der Gene Ontology (GO). Die Gene Ontology wird als eine Art Inhaltsverzeichnis benutzt, um die Millionen Artikel der Datenbank MEDLINE zu strukturieren. Bei Semedico wird zusätzlich die Bedeutung der Wörter einbezogen, daher kann man Semedico als semantische Suchmaschine bezeichnen. Direkt nach der Eingabe der ersten beiden Buchstaben des Suchbegriffs beginnt das System, mögliche Suchanfragebegriffe zu berechnen und schlägt diese dem Nutzer in einem Drop-down-Menü vor.

38 http://scholar.google.de http://www.google.de/
Suchmaschinen Google Scholar Google Google bietet seit November 2004 einen Suchdienst für wissenschaftliche Inhalte an. Google Scholar soll es ermöglichen nach wissenschaftlicher Literatur, sowie Büchern, Preprints, Auszügen und technischen Berichten in allen Bereichen der Forschung zu suchen. Google Scholar soll sich auf Dokumente aus dem wissenschaftlichen Bereich beschränken. Meist sind es Citations, d.h. Offline-Nachweise. Volltexte sind nur zu einem geringen Teil enthalten. Open Access Journals sind nicht vollständig nachgewiesen…. Die meisten Dokumente in Google Scholar stammen von kommerziellen und wissenschaftlichen Verlagen. Insgesamt eignet sich Google Scholar aber eher als Google bedingt (!) für die Suche nach Volltexten zu wissenschaftlicher Literatur. Stand: 20. September 2010

39 Sucheinstellungen bei Google
Sprachauswahl beeinflusst die Sortierung der Treffer. Sprache der Benutzeroberfläche Suchsprache Formatierung der Trefferliste: max. 100 Treffer pro Seite sind anzeigbar Zum Umgang mit den Trefferlisten bei Google und dem Webprotokoll: Maximale Anzahl der ausgegebenen Treffer: 1000 Dokumente Die über dem Suchergebnis angezeigte Trefferzahl stellt eine grobe Schätzung dar. Für alle Nutzer: Webprotokoll seit Dezember Empfehlung: Abschalten!

40 Eingrenzen der Suche Auch bei Suchmaschinen lohnt sich die kurze Beschäftigung mit der Suchsprache. So ist es möglich, die Suche effizienter zu gestalten. Verschiedene Suchmaschinen oder unterschiedliche Datenbanken haben mitunter verschiedene Suchsprachen, was sich in unterschiedlicher Verwendung von Zeichen ausdrückt. Literatur: Handbuch Internet-Suchmaschinen von Dirk Lewandowski (Hrsg.) Akademische Verlagsgesellschaft AKA GmbH 1. Auflage Oktober 2008 ISBN: Band 2 soll im Frühjahr/Sommer 2011 erscheinen.

41 Position a) intitle / allintitle
Position b) inurl / allinurl Mit der Eingrenzung der Suche auf den Titel oder bezogen auf eine URL kann man die Suche mit einer Suchmaschine viel effektiver gestalten. Mit Suchmaschinen kann man nicht nur suchen, sondern z-B. auch Rechnen:

42 3. Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung
3.1. Elektronische Zeitschriftenbibliothek Im Fachinformationsportal an der FSU Jena findet man unter dem Menüpunkt Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung auch den Zugang zur Elektronischen Zeitschriftenbibliothek der FSU Jena. Elektronische Zeitschriftenbibliothek der FSU - Volltexte von Zeitschriften elektronisch verfügbar - bestimmte Zeitschriften, abhängig von den jeweiligen Lizenzverträgen der ThULB - unterschiedliche Jahrgänge verfügbar Ob eine Zeitschrift elektronisch verfügbar ist, muß von Zeit zu Zeit überprüft werden, da sich Lizenzverträge immer mal ändern. Nationallizenzen: Für eine Reihe von älteren Zeitschriftenjahrgängen besteht seit Sommer 2006 der elektronische Zugriff über eine Nationallizenz. Nationallizenzen gibt es darüber hinaus u.a. auch für bibliographische Datenbanken ( z.B. BIOSIS bis 2004).

43 The Journal of Biological Chemistry ( JBC online )
Wenn man den Link zur Zeitschrift in der Elektronischen Zeitschriftenbibliothek ( oder in der Zeitschriftendatenbank / Regensburger Liste ePub für die jeweilige Zeitschrift) anklickt, kommt man auf die entsprechende Verlagsseite. Der verfügbare Zeitraum für Volltexte ist von Zeitschrift zu Zeitschrift unterschiedlich. Beim JBC Online kann man derzeit auf Volltexte ab 1905 zurückgreifen ! Stand: 13. September 2010

44 3. Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung
3.2. Zeitschriftendatenbank ( ZDB Subito ) Zur Nutzung muß man sich bei Subito registrieren Wie nutzt man SUBITO ? Unter der Adresse muß man sich als Nutzer registrieren lassen und kann dann die Dienste von Subito nutzen. Eingeschränkte Möglichkeiten der Nutzung (keine Bestellung möglich, aber Ermittlung von Zeitschriftenstandorten) hat man mit dem ehemaligen Gastzugang: Login: subito Passwort: subito Man kann in der Zeitschriftendatenbank recherchieren und anschließend die bibliographischen Daten des gewünschten Artikels in ein Bestellformular eintragen. Die Dokumente bekommt man über SUBITO per , Post oder Fax. Im Normaldienst kostet ein Artikel per Post oder Fax 6,50 EUR und 5,- bzw. 6,- EUR per (die Preise können sich auch ändern!).

45 Recherche in der Zeitschriftendatenbank ( ZDB )
Suche nach Zeitschriften und nach Büchern möglich sowie Bestellung von Kopien aus Zeitschriften bzw. Teilkopien aus Büchern Die Zeitschriftendatenbank kann man als registrierter Nutzer völlig kostenlos nutzen, um z.B. Zeitschriftenstandorte zu ermitteln und Artikel aus Zeitschriften zu bestellen. Bestellungen von Artikeln sind in jedem Fall kostenpflichtig ! Hinweis : Bei Stichwort (Titel) in der Suchmaske ist der Titel der Zeitschrift gemeint (nicht zu verwechseln mit dem Titel des Artikels)! Man kann u.a. mit Stichworten aus dem Zeitschriftentitel suchen, mit der ISSN, Zeitschriftentitel wortweise, Zeitschriftentitel vollständig Wenn man mit der ISSN bei einer aktuellen Zeitschrift keine Angaben zu einer elektronischen Publikation bekommt, dann unbedingt weiter suchen ( z.B. mit dem Zeitschriftentitel ). Die Recherche in der ZDB dient zur Standortermittlung ( wo finde ich welche Zeitschrift bundesweit ). Neben der Zeitschriftensuche ist auch eine Büchersuche möglich. Man kann Aufsätze aus Büchern als Teilkopie bestellen oder auch die Bücher selbst ausleihen.

46 Zeitschriftendatenbank: Trefferliste
Man kommt bei der Suche entweder direkt zur gesuchten Zeitschrift oder zu einer Liste. Aus dieser Liste kann man dann die gewünschte Zeitschrift auswählen. Bei elektronischen Zeitschriften wählt man die „ Regensburger Liste „ :

47 Detailansicht für Zeitschriften und E-Mail-Lieferungen
Negativbeispiel: Für jede Zeitschrift gibt es neben der Normalanzeige auch die Vollanzeige. Bei der Vollanzeige bekommt man umfangreiche Angaben zur jeweiligen Zeitschrift, z.B. zur Sprache der Zeitschrift etc.. Das Neue Urheberrecht seine Konsequenzen und Auswirkungen Das zweite Gesetz zur Regelung des Urheberrechts in der Informationsgesellschaft („2. Korb“) wurde vom Bundesrat am 21. September 2007 gebilligt und tritt zum 1. Januar 2008 in Kraft. Mit dem Inkrafttreten des Gesetzes wird subito die Dokumentlieferung den neuen gesetzlichen Bestimmungen anpassen. In Deutschland ist dann auf gesetzlicher Basis für alle Kundengruppen grundsätzlich nur noch die Dokumentlieferung auf dem Post- und Faxwege möglich. Die Lieferung einer Grafik-Datei (PDF-Datei) ist nur noch dann zulässig, wenn der Verlag keinen Onlinezugang zu diesem Artikel anbietet. Maßgeblich verantwortlich für diese Einschränkung ist der neu gefasste Artikel 53a UrhG, der zur Regelung der Privatkopie (§53 UrhG) ergänzt wurde. Erweiterung: Seit dem 4. Feburar 2008 können Aufsatzkopien einzelner Verlage wieder als PDF über das DRM-System (Digital Rights Management) geliefert werden. Dafür wurden entsprechende Lizenzverträge mit den Verlagen abgeschlossen. Eine Übersicht über die aktuellen Lizenzverträge findet man hier:

48 Elektronische Zeitschriften beim MPI / Materialien zur Volltextbeschaffung im Portal Naturwissenschaften Wenn man bei Staats - und Landesbibliotheken die Thüringer Universität - und Landesbibliothek nicht findet, dann verfügt die Uni nicht über eine Lizenz für den elektronischen Zugriff auf die entsprechende Zeitschrift. In so einem Fall lohnt sich der Blick zu Max-Planck-Gesellschaften. Datenbankrecherche und dann? Als Ergebnis der Datenbankrecherche haben Sie Literaturstellen (vollständige bibliographische Angaben, ggf. mit Zusammenfassungen) erhalten. Wie kommt man zum Volltext? 1. Ist die Zeitschrift oder Monographie an der Friedrich-Schiller-Universität vorhanden? dazu im Online-Katalog der ThULB recherchieren oder für Zeitschriften besser in der Zeitschriftendatenbank (ZDB Subito ) 2. Wenn die Zeitschrift oder Monographie nicht in Jena vorhanden ist: Fernleihe über die ThULB Bestellung bei SUBITO (schneller, aber teurer als Fernleihe) Im Internet suchen an den Autor

49 http://www.zeitschriftendatenbank.de/ ZDB (OPAC)
Die Zeitschriftendatenbank (ZDB) ist eine der weltweit größten Datenbanken für den Nachweis von Zeitschriften, Zeitungen, Schriftenreihen und andere periodisch erscheinende Veröffentlichungen aus allen Ländern, in allen Sprachen, ohne zeitliche Einschränkung, in gedruckter, elektronischer oder anderer Form. Sie wird in Kooperation von Bibliotheken erstellt. Die Bestandangaben sind nach Bundesländer geordnet. Die Thüringer Universitäts– und Landesbibliothek hat das Sigel 27, mit Schrägstrich getrennt stehen dahinter die Zweigbibliotheken, z.B.: 21. 27/9 [THU] Jena: Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek, Zweigbibliothek Anatomie 22. 27/11 [THU] Jena: Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek, Zweigbibliothek Chirurgische Klinik 23. 27/12 [THU] Jena: Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek, Zweigbibliothek Allgemeine Botanik und Ökologie 24. 27/13 [THU] Jena: Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek, Zweigbibliothek Herbarium Haussknecht 25. 27/14 [THU] Jena: Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek, Zweigbibliothek Chemie 26. 27/16 [THU] Jena: Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek, Zweigbibliothek Physik 27. 27/19 [THU] Jena: Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek, Zweigbibliothek Astronomie 28. 27/20 [THU] Jena: Thüringer Universitäts- und Landesbibliothek, Zweigbibliothek Geowissenschaften

50 Suche nach Volltexten im Internet
Es lohnt sich ! Gesucht wurde folgender Artikel : Where are Bottlenecks in NK Fitness Landscapes? Sebastien Verel, Philippe Collard and Manuel Clergue Evolutionary Computation, 2003, Die Uni hat keine Lizenz für die elektronische Ausgabe dieser Zeitschrift und das MPI in Jena ebenfalls nicht. Die Suche mit Google ergibt einen Link zum Volltext bei arXiv.org, der Artikel ist somit frei verfügbar.

51 Suche in Zeitschriftenarchiven der Verlage
Beispiel : Science Direct Die Verlage bieten die Möglichkeit der Suche in ihrem Datenbestand, z.B. Zeitschrifteninhaltsverzeichnisse, Bücher oder spezielle Datenbanken. Bei Science Direct kann man zwischen einer Einstiegsuche ( Quick Search ), einer einfachen Suche ( Basic Search ) oder einer erweiterten Suche ( Advanced Search ) wählen. Vorteilhaft ist, das man bereits Publikationen findet, die sich noch im Druck befinden. Allerdings ist der Datenbestand in jedem Fall auf das entsprechende Verlagsangebot beschränkt.

52 Literaturverwaltungsprogramme
Es gibt auch kostenfreie Literaturverwaltungsprogramme, z.B.: Citavi Free Litw3 JabRef Citavi-Landeslizenz: Citavi_LV.html Kurzanleitung zu Endnote X1: EndNoteWeb-Anleitung von Heike Hotzel (ThULB) Programme wie Citavi dienen nicht nur zur Literaturverwaltung, sonder darüber hinaus auch zur Wissensorganisation. Literatur – und andere Sammlungen werden verwaltet und strukturiert. Der Anwender wird in allen Schritten bis hin zur Publikation unterstützt. Aus einzelnen Programmen sind auch Recherchen in entsprechenden Datenbanken oder Katalogen möglich. Citavi ist für Dissertationen, Publikationen und auch für anspruchsvolle Examensarbeiten geeignet. Es unterstützt Studierende und Forschende bei Vorarbeiten (Recherche, Titelerfassung, Auswertung der Texte) und erleichtert kreative Arbeit: die Wissensorganisation, die Ordnung von Ideen und Zitaten und den flexiblen Auf- und Ausbau der inhaltlichen Struktur. (Zitat der Universität Zürich zur Campuslizenz für Citavi)

53 Jabref Open-Source-Literaturverwaltungsprogramm, es setzt das BibTeX-Format ein, welches das Standardformat für Literaturdatenbanken für LaTeX darstellt. JabRef bietet eine bedienerfreundliche Oberfläche zur Bearbeitung von BibTeX-Dateien, zum Import von Daten aus wissenschaftlichen Online-Datenbanken und zum Verwalten und Suchen in BibTeX-Dateien. JabRef wird unter der GNU General Public License veröffentlicht. Die Anwendung ist in JAVA programmiert und wird für Windows, Linux und Mac bereitgestellt. Die erste Version von JabRef wurde 2003 veröffentlicht JabRef bietet unter anderem folgende Funktionen: Erzeugt BibTeX-kompatible Ausgabe Einfaches Bearbeiten, Suchen und Anzeigen von Einträgen Moderne Gruppierfunktion zum Organisieren von Einträgen basierend auf festen Vorgaben oder durch Suche nach Schlüsselworten (auch mithilfe von regulären Ausdrücken) Automatische Erzeugung des BibTeX-Schlüssels, Formatierung vom Benutzer einstellbar Importfilter anderer Bibliotheksverwaltungen, derzeit 15 Formate (u. a. Endnote, Medline, SciFinder) Direkte Suche und Download aus PubMed und IEEEXplore. Direkter Download aus CiteSeer Export in Standardformate wie DokBook, HTML oder Open Office sowie durch den Anwender anpassbare Exportfilter Deutsches Handbuch: Stand:

54 Zitieren in wissenschaftlichen Arbeiten
Zitieren nach DIN 1505 physik/didaktik_physik/materialien/ materialschlichting/ zitierregeln.pdf Zu den Tutorial in LOTSE sind Skripte in der LOTSE Toolbox vorhanden: So gibt es z.B. das Skript zu den Zitierregeln: Außerdem findet man hier eine sehr schöne Übersicht zu verschiedenen hilfreichen Programmen rund um das Thema Literaturarbeit.

55 Zugriff mit VPN-Client der Uni
Fachinformationsportal/ Datenbanken im Uni-Netz / Installationshinweise und VPN-Zugang: Wenn man als Uni-Angehöriger Artikel von außerhalb des Uni-Netzes herunterladen möchte, dann muss man sich über die Uni einwählen, z.B. über VPN ( Virtuell Private Network ). Seit steht ein VPN-Concentrator 'stargate.uni-jena.de' mit neuem Betriebsregime (sog. Hybridmode und neuen Zertifikaten) zur Verfügung. Hinweis: Bitte deinstallieren Sie die evtl. vorhandene alte Version des VPN Client komplett. Rebooten Sie den Computer anschließend nach der Aufforderung. Installieren Sie die neue Version entsprechend den angebotenen Paketen.

56 Zugriff mit VPN-Client der Uni
Installation des VPN-Client für das jeweilige Betriebssystem Verbindungsaufbau durch Provider VPN starten (vpngui.exe ) VPN-Client installiert und … es geht nicht. Mögliche Fehlerquellen : Keine Verbindung zum Provider hergestellt - die eigene Hardware ist nicht vollständig oder fehlerhaft installiert - Loginname endet nicht - eine alte VPN-Installation wurde vor der Neuinstallation nicht entfernt Abhilfe : Experten aus den eigenen Reihen befragen oder Notebooksprechstunde Das Universitätsrechenzentrum/Multimediazentrum bietet Hilfe bei Problemen an. Notebooksprechstunde: Universitätsrechenzentrum,  Am Johannisfriedhof 2,  R.28,  Donnerstag Uhr Multimedia-Zentrum I,  Ernst-Abbe-Platz 8, Raum  R.214   Mittwoch Uhr Multimedia-Zentrum I,  Ernst-Abbe-Platz 8, Raum  R Donnerstag Uhr Multimedia-Zentrum II,  Ernst-Abbe-Platz 4,  Raum 1226 Montag Uhr

57 4. Datenbanken im Uni-Netz
4.1. Übersicht Ausgewählte Datenbanken : Web of Science BIOSIS/Biological Abstracts Reaxys Die Datenbanken erreicht man über das Fachinformationsportal oder von der Startseite der ThULB über Datenbanken. Im Fachinformationsportal findet man auch den Zugang zur Elektronischen Zeitschriftenbibliothek ( EZB ), Zeitschriftendatenbank ( ZDB ) und zur Digitalen Bibliothek Thüringen bzw. UrMEL. Die Fachdatenbanken kann man bei der ThULB im Datenbank-Infosystem (DBIS) über eine alphabetische Übersicht oder nach Fachgebieten geordnet bei der Fachübersicht aufrufen.

58 Wo finde ich geeignete Literaturdatenbanken?
DBIS Fachgebiet Biologie Auswahl Datenbanken im Uni-Netz Das Datenbank-Infosystem (DBIS) ist ein kooperativer Service zur Nutzung wissenschaftlicher Datenbanken. Dieser Dienst wurde mit finanzieller Unterstützung des Bayerischen Staatsministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst und der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) von der Universitätsbibliothek Regensburg entwickelt. Inzwischen wird das Datenbank-Infosystem als Nutzerservice in 239 Bibliotheken genutzt. PubMed: PubMed  Medline  SciFinder Stand:

59 Erläuterungen zu Datenbanken
Datenbanken haben bei verschiedenen Anbietern oder auf unterschiedlichen Oberflächen z.T. unterschiedliche Namen Beispiele : Uni-Netz STN International Web of Science = SCISEARCH SciFinder = Chemical Abstracts, Medline, Registry, Casreact, Chemcats, Chemlist Biological Abstracts/ BIOSIS = BIOSIS Leider gibt es für Biologen, Bioinformatiker und eben auch Biochemiker nicht die allumfassende Literaturdatenbank. Und (leider) ist auch Medline ( PubMed ) keine gute alleinige Alternative … Daher ist es meist erforderlich, verschiedene Datenbanken zu nutzen.

60 4.2. Datenbanken unter OVID
Einige Datenbanken im Uni-Netz können unter der Oberfläche von OVID genutzt werden. Im Uni-Netz stehen eine Reihe von Datenbanken über OVID zur Verfügung , z.B. BIOSIS, CAB Abstracts, INSPEC, Zoological Records Tipps zum Suchen Bei Eingabe eines einfachen Suchbegriffs werden alle Felder durchsucht. - Suchen Sie in bestimmten Feldern, um präzisere Ergebnisse zu erzielen.· Verwenden Sie Maskierungen und Joker, um Varianten Ihres Suchbegriffs zu finden. Verwenden Sie Klammern, um in komplexen Suchanweisungen Mehrdeutigkeiten zu vermeiden. Verwenden Sie Bindestriche, wenn Sie nach Suchbegriffen mit Bindestrich suchen. Verwenden Sie Operatoren, um mehrere Begriffe innerhalb einer einzigen Suchanfrage zu kombinieren. Wenn Sie eine komplexe Suche ausführen oder die gleiche Suche immer wieder ausführen müssen, speichern Sie das Suchprofil, so dass Sie es in künftigen Sitzungen erneut verwenden können. BIOSIS, Biological Abstracts, CAB Abstract, Zoological Record

61 4.2. Datenbanken unter OVID (2)
Auswahl für den gesamten Zeitraum zu BIOSIS/ Biological Abstracts Für die Biological Abstracts/ BIOSIS stehen unterschiedliche Jahresscheiben zur Verfügung. Wenn man in der ganzen Datenbank suchen will, so sollte man BIOSIS auswählen (hier stehen die Jahrgänge bis 2004 zur Verfügung) und die Biological Abstracts ab 2005. BIOSIS besteht aus: Biological Abstracts® (1969-jetzt) Biological Abstracts/RRM® (1980-jetzt) Für die älteren Jahrgänge gibt es Archivdatenbanken.

62 5. Web of Science Für die Uni Jena sind im Web of Science freigeschaltet: Science Citation Index Expanded (1945-jetzt) Social Sciences Citation Index (1956-jetzt) Arts & Humanities Citation Index (1975-jetzt) Der Web of Science umfaßt den Zeitraum ab 1900, die Uni hat den Web of Science aber nur für die o.g. Zeiträume erworben! Die Datenbank „ Web of Science „ kann man im Direktzugriff nutzen. Man erreicht sie unter folgender Adresse : Unter dieser Adresse hat man außerdem die Möglichkeit, in den ISI Proceedings (ab 1990) oder dem Journal Citation Report zu recherchieren. Eine Anleitung zur Recherche im Web of Science findet man hier : Beim Web of Science handelt es sich im eine bibliographische Datenbank, d.h. sie beinhaltet bibliographische Angaben, eine Zusammenfassung zu jeder Literaturstelle und Stichwortfelder. Wenn vorhanden, findet man Links zum Volltext des entsprechenden Artikels. Aber: wenn man aus dieser (oder anderen) Datenbank(en) nicht zum Volltext gelangt, dann bedeutet dies nicht unbedingt, das ein Volltext für die jeweilige Einrichtung nicht vorhanden ist.

63 Ausschnitt aus der Gesamtanzeige eines Dokuments im Web of Science
Bibliographische Angaben, Zusammenfassung, Link zum Volltext Möglichkeiten der Recherche im Web of Science: Search Die Suchmaske besteht aus mindestens 3 Zeilen, diese können beliebig ergänzt werden (Add Another Field) Topic (Suche im Aufsatztitel, in der Zusammenfassung und den Stichwörtern) Title Author (Nachname Leertaste Initiale, bis zu 5) Group Author Publication Name Year Published ( Unterschied zu Zeitraum auf der Einstiegsseite ! ) Adress (Institution, häufig in abgekürzter Form ) Language (es erscheint eine Auswahlmaske) Dokument Type (es erscheint eine Auswahlmaske)

64 Create Citation Report / H-Index
Der H-Index ist ein bibliometrisches Maß, welches auf Zitationen der Publikationen eines Autors beruht Er wurde 2005 von Jorge E. Hirsch vorgeschlagen:Jorge E. Hirsch (2005): An index to quantify an individual's scientific research output - Der H-Index beinhaltet eine Aussage zu der Anzahl der Publikationen eines Autors, die mindestens die gleich hohe Anzahl von Zitierungen aufweisen. Die Zitierhäufigkeit wird, neben dem Impact-Faktor für Zeitschriften, bei Stellenbewerbungen im akademischen Umfeld oft als 1 aspekt zum Vergleich der einzelnen Kandidaten herangezogen. Man darf die Ergebnisse solcher Analysen aber keineswegs überbewerten. So sind z.B. verschiedenen Zeitschriften nicht mit Impact-Faktoren versehen oder bei den Zitierungen werden zuweilen die Eigenzitierungen nicht herausgenommen. Ausführliche Informationen zu dieser Thematik findet man z.B. bei Ben Bowman/Max Werner: Bibliometrie in der Forschungsevaluierung: Forschungsevaluierung.pdf

65 Beispiel: H-Index von Stephen F. Altschul
Autorensuche nach Altschul SF Zur Ermittlung des H-Indexes von S.F. Altschul wurde zunächst eine Autorensuche mit dem Namen altschul sf gemacht. Da der Autor 2 Vornamen hat, ist die Autorensuche in diesem Fall recht eindeutig. Man bekommt eine Trefferliste und kann dann Create Citation Report auswählen.

66 Beispiel: H-Index von Stephen F. Altschul (2)
Es wurde ein H-Index von 34 ermittelt…. Durch die 35. Publikation wird die kleinste maximale Zitierhäufigkeit der vorangegangenen Publikationen unterschritten, folglich ist der H-Index für S.F. Altschul 34. Mit der Funktion Create Citation Report wird automatisch eine Analyse der Zitierungen des jeweiligen Autors gemacht und tabellarisch dargestellt. Der H-Index wird ermittelt und in der Übersicht rechts oben angezeigt.

67 6. SciFinder Release April 2011: was ist neu? Markush-Struktursuche Die gesamte SciFinderWeb-Anleitung findet man ab August 2010 unter dieser Adresse! Seit Februar 2008 kann an der Uni Jena mit der browserbasierten Ausgabe von SciFinder gearbeitet werden. Der Nutzer braucht keine Software zu installieren (wie vordem noch bei der Clientversion von SciFinder) und kann von überall Zugriff auf „seine“ SciFinder-Oberfläche haben. Aktualisierungen erfolgen automatisch, werden aber immer in der internationalen SciFinder-Liste (SciFinderTalk: und den Internet-Seiten des Chemical Abstract Service (http://www.cas.org/products/scifindr/index.html) angekündigt. Der Zugang zu SciFinder ist neben den zur Verfügung stehenden Plätzen für den gleichzeitigen Zugriff auf die Arbeit im Uni-IP-Adressbereich beschränkt. Außerhalb des Uni-Netzes muß daher der VPN-Client verwendet werden.

68 SciFinder-Portal in Jena
Die Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät und die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät bieten in diesem neuen Portal alle Materialien zu SciFinder unter einer Oberfläche und Linkadresse an. Das Angebot ist gegliedert nach der entsprechenden SciFinder-Version: SciFinder- Web und SciFinder-Client. Das Portal soll natürlich nur einen ersten Überblick bieten, z.B. zu der Thematik: wo und wie kann sich der Nutzer für die SciFinder-Webversion registrieren lassen. Der Punkt zur Registrierung gilt natürlich speziell (was den Link betrifft) für Angehörige der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Es sind aber auch allgemeine Informationen dazu vorhanden.

69 SciFinder - Anleitungen im Internet
Zwei sehr schöne Anleitungen von Heike Göbel ( IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät der Friedrich-Schiller-Universität Jena ) stehen unter den oben genannten Adressen als Webversion zur Verfügung. Diese Anleitungen beinhalten u.a. ausführliche Beispiele zu Reaktionssuchen und Struktursuchen.

70 Die 50millionste Substanz in Registry:
SciFinder-Webversion Die 50millionste Substanz in Registry: (5Z)-5-[(5-Fluoro-2-hydroxyphenyl)methylene]-2-(4-methyl-1-piperazinyl)-4(5H)-thiazolone SciFinder Release Herbst 2010 Teil 1: Einführung Teil 2: Weitere Funktionen in SciFinder + Hilfen Teil 3: Suche von Strukturen und Reaktionen Teil 4: Markush-Strukturen und Patente Stand: 10. März 2011 SciFinder     Datenbankrecherchen für Alle!   Mit SciFinder kann ohne Kenntnis einer speziellen Suchsprache in mehreren naturwissenschaftlichen Datenbanken recherchiert werden. Ein Substrukturmodul erlaubt den schnellen Zugriff auf Substanzen über chemische Strukturen. Links zum Volltext der gefundenen Artikel sind ebenfalls möglich. Die SciFinder-Anleitung besteht aus 4 Teilen. Die gesamte Anleitung findet man hier: bzw.: SciFinder Dr. Ina Weiß,Biologisch-Pharmazeutische Fakultät, Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 70

71 Die Datenbanken in SciFinder
SciFinder-Webversion Die Datenbanken in SciFinder CAplus Bibliografische Datenbank > 33 Mio. Einträge ab ca.1800 (inkl. Patente) MEDLINE Biomedizinische Informationen > 20 Mio Einträge ab 1949 CASreact > 42 Mio. Einstufen- und Mehrstufen-Reaktionen ab 1840 Registry > 56 Mio. organische und anorganische Verbindungen mit mehr als 1 Mrd. „predicted property values“ und mehr als 2 Mio. „experimental properties“ > 62 Mio. Sequenzen Chemcats > 44 Mio Käufliche Substanzen > 1215 Kataloge, > 1100 Produzenten Chemlist Regulated CHEMicals LISTing > , Informationen zu chemischen Substanzen aus nationalen, US-amerikanischen und internationalen Verzeichnissen und Regelwerken Informationsquellen für die CAS-Datenbanken Artikel aus über Zeitschriften: - rund 1500 wichtige chemische Zeitschriften werden cover - to - cover ausgewertet . CAplus Core Journal Coverage List: CAPlus enthält auch Patente von mehr als 61 Patentämtern, Informationen zu den Modalitäten der Patentaufnahme findet man hier: index.html Artikel sind in ca. 60 Sprachen publiziert Artikel aus verschiedenen Medien (Bücher, Hochschulschriften, Elektronische Zeitschriften, E-Preprints etc.) täglich werden ca neue Referenzen in CAplus eingetragen Medline wird 4 x pro Woche aktualisiert Eine Übersicht über die aktuellen Inhalte der einzelnen CAS-Datenbanken bekommt man hier : 71 Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät

72 6.1. Recherchestrategien in SciFinder
Synonyme cancer, neoplasm, carcinoma, tumor, carcinogenesis Alternative Wortformen freeze, froze, frozen, freezing Irreguläre Pluralformen woman, women mice, mouse, mouses CAS Standard-abkürzungen oxidation, oxidn preparation, prep Amerikanische und britische Schreibweisen synthesize, synthesise color, colour Trunkierung bei bestimmten Wortstämmen Wörter mit mindestens 5 Buchstaben, die auf –tion enden: depletion = deple… Wörter mit der Nachsilbe (Suffix –able, -ed, - ing: solvable =solv… Wörter, die mit –e enden: game = gam… (daraus wird dann z.B. gamma) SciFinder sucht automatisch nach Synonymen, alternativen Schreibweisen, Pluralformen und verwendet Trunkierungen: - Vorteile: einfach - „Nachteile“: Kenntnisse der Regeln sind notwendig Im Gegensatz zur Recherche in anderen Datenbanken (wie z.B. Web of Science, Biological Abstracts etc.) braucht man sich bei der Recherche im SciFinder keine Gedanken über Maskierungen, Abkürzungen, Synonyme oder verschiedene Schreibweisen im britischen und amerikanischen Englisch zu machen. Bei der Auswahl eines allgemeinen Konzepts (also nicht „as entered“) muß man allerdings beachten, das manchmal auch ganz andere Begriffe aus einem Wortstamm entstehen können. Das Ergebnis der Recherche sollte daher unbedingt immer auf Relevanz geprüft werden! Ein Bespiel: Verwendung des Suchbegiffs „MENTION“ „mention as entered“: mention The concept „mention“: findet auch, z.B. -MeNQ / mental / mentioned / mensurated / Mendelian / Mendeleje men Aber: men not mention- the concept men, but not the concept mention ist nicht = Null, man findet z.B. man - Menthol / menopause / Michaelis-Menten / Meniere‘ disease Mentolum / Mentha haplocalyx / meningioma / meningitis MEND-CABG - Menkes / Menthfuran / mensiscus / menu

73 7. Faktendatenbanken Im Internet gibt es unzählige Faktendatenbanken zur Chemie, Molekularbiologie oder Bioinformatik. Viele Datenbaken sind frei verfügbar, aber nicht immer handelt es sich um geprüfte oder vollständige Informationen. Daher ist ein kritischer Blick auf die Fakten und der Vergleich mit anderen Quellen oder Standardlehrbüchern in jedem Fall empfehlenswert. Bei kommerziellen Angeboten handelt es sich um geprüfte Fakten, der Hersteller kontrolliert hier die Richtigkeit der Daten. Faktendatenbanken enthalten Primärinformationen, z.B. konkrete Angaben zu Substanzen (wie Dichte, Löslichkeit, Schmelzpunkt, Spektren etc.)

74 7.1. Reaxys Zugang zu Reaxys: https://www.reaxys.com/
Reaxys ist eine Faktendatenbank, die chemische Verbindungen und Reaktionen enthält. Es ist eine webbasiertes System der organischen (Beilstein-Crossfire) und anorganischen Chemie (Gmelin) und enthält ebenso Welt-, Europa-und US-Patente aus Life Sciences und organischer Chemie.. Durch die Verschmelzung dieser Einzeldatenbanken findet man in Reaxys derzeit >18,5 Millionen Verbindungen mit ihren Strukturen, chemischen und physikalischen Daten, >29 Millionen Reaktionen dieser Verbindungen sowie die zugehörigen Literaturzitate ab 1771 und Patente. (Quelle: Reaxys-Kurzanleitung von Heike Hotzel, Seite 11, Zahlen aktualisiert, Stand: Juli 2010) Die aktuellen Zahlen findet man hier: https://www.reaxys.com/documentation/about_query.htm Reaxys-Anleitung:

75 7.2. Registry und Strukturrecherchen in SciFinder
Die Faktendatenbank REGISTRY ist beim Datenbankanbieter STN International verfügbar und auch innerhalb von SciFinder. REGISTRY weist chemische Strukturen und Substanznamen nach, wobei jeder Nachweis einer Substanz entspricht, die vom CAS-Registry-System identifiziert wurde. SciFinder enthält mehr als 54 Millionen organische und anorganische Substanzen und mehr als 62 Millionen Sequenzen.

76 Auszüge aus : http://www.copat.de/
8. Patentinformationen Auszüge aus : Um eine Erfindung durch ein Patent beim Deutschen Patent- und Markenamt schützen zu lassen, müssen folgende Voraussetzungen erfüllt sein (§1 PatG): Die Erfindung muß neu sein, d.h. sie darf aus dem Stand der Technik nicht bekannt sein (§ 3 PatG). Die Erfindung muß auf einer erfinderischen Tätigkeit beruhen, d.h. sie muß deutlich über dem Stand der Technik herausragen (§ 4 PatG). Die Erfindung muß gewerblich anwendbar sein (§ 5 PatG). Auf den Seiten des Deutschen Patent – und Markenamtes ( DPMA ) kann man sich ausführlich zum Thema Patente informieren und selbst nach Patenten suchen : Hier werden auch häufig gestellte Fragen zum Thema Patentanmeldung beantwortet, z.B. : Muß ein Patentanwalt hinzugezogen werden? Wer ein Schutzrecht anmelden will, kann dies grundsätzlich selbst tun. Die Entscheidung, ob man sich dabei der Hilfe eines Anwalts bedienen will, ist jedem selbst überlassen. Wer jedoch keinen Wohnsitz im Inland hat, muß sich bei der Anmeldung durch einen im Inland bestellten Anwalt vertreten lassen. Wo kann ich nach Patenten recherchieren? In den Auslegehallen des DPMA in München und Berlin sowie in den Patentinformationszentren besteht für jedermann die Möglichkeit, Recherchen nach veröffentlichten Patenten (Anmeldungen werden i.d.R. nach 18 Monaten publiziert) und Gebrauchsmustern durchzuführen. Online-Recherchen sind beispielsweise möglich in DEPATISnet (http://depatisnet.dpma.de/ ). Diese Datenbank ist die Online-Version des amtsinternen deutschen Patentinformationssystems DEPATIS und gestattet die Suche in z.Zt. ca. 30 Millionen Patentdokumenten aus aller Welt.

77 Patenterteilung Wird nach Stellen des Prüfungsantrages die angemeldete Lehre zum technischen Handeln vom Prüfer des Patentamtes für neu und erfinderisch gehalten, so erfolgt die Erteilung eines Patents. Nach der Patenterteilung können Dritte gegen das Patent innerhalb von 3 Monaten ab der Veröffentlichung schriftlich Einspruch einlegen. Nach Ablauf der Einspruchsfrist kann jeder beim Bundespatentgericht gegen das Patent eine Nichtigkeitsklage erheben (§ PatG). Für das Patent sind ab dem dritten Jahr Jahresgebühren zu entrichten. Ein Patent kann auch beim Europäischen Patentamt in München, als Internationale Patentanmeldung (PCT) oder als einzelstaatliche Auslandsanmeldung beantragt werden. Schutzdauer maximal 20 Jahre Auszug aus : PCT-Patentanmeldung Eine Internationale Patentanmeldung (PCT) führt nicht zu einem Internationalen Patent sondern ist nur eine Art Option auf Auslandsanmeldungen. Sie hat den Vorteil, dass erst verhältnismäßig spät entschieden werden muss, welche Länder aus insgesamt über 100 Mitgliedsstaaten tatsächlich gewünscht werden. Sie hat damit auch den Vorteil, dass die hohen Kosten von Auslandsanmeldungen erst sehr viel später entstehen. Seit dem 1. Juni 1978 können Internationale Patentanmeldungen nach dem Patentzusammenarbeitsvertrag (Patent Cooperation Treaty - PCT-) u.a. in deutscher Sprache beim Deutschen Patent- und Markenamt, beim Europäischen Patentamt und beim internationalen Büro (WIPO) eingereicht werden.

78 Titelseite eines Patents
Im Fachinformationsportal finden Sie unter Patente/Erläuterungen zu Patentvolltexten zahlreiche Informationen zu Patentschriften, z.B. Dokumentenarten-Code ( A1, A2, C3 etc. ) 2-Buchstaben-Code ( z.B. EO, AT, PL etc. ) Beim DPMA findet man umfangreiche Informationen zu den recherchierbaren Daten eines Patents

79 Patentverwertung an der FSU Jena:
Servicezentrum Forschung und Transfer Patentinformationsstelle Patente gewähren einen zeitlich ( üblicherweise 20 Jahre ) und räumlich begrenzten Schutz des Patentinhabers vor Nutzung und Verwertung der Erfindung durch Dritte. Die Gebühren für Patentanmeldungen sind für deutsche und internationale Patentanmeldungen verschieden und unterscheiden sich auch für das Anmeldejahr und die Folgejahre. Aktuelle Informationen zu Patentanmeldungen an der FSU Jena bekommt man im Servicezentrum Forschung und Tansfer der Universität. In der Patentinformationsstelle wird man umfangreich zum Thema Patente beraten und kann in Patentdatenbanken recherchieren. Die Patentinformationsstelle arbeitet eng mit dem Servicezentrum Forschung und Transfer und mit den Informationsstellen in den naturwissenschaftlichen Fakultäten zusammen.

80 Marken, Gebrauchsmuster und Geschmacksmuster
Auszug aus einer Markenrecherche beim Datenbankanbieter GBI : Schutzdauer 10 Jahre, Verlängerung um jeweils 10 Jahre möglich Marken sind …Zeichen…die geeignet sind, Waren oder Dienstleistungen eines Unternehmens von denjenigen anderer Unternehmen zu unterscheiden Geschmacksmuster Betreffen Farb – und Formgestaltung gewerblich nutzbarer Gegenstände Maximal 20 Jahre Schutzdauer Auszug aus den Informationen des PIZ Darmstadt : Zu Marken : Anmeldbar sind:  Wortmarke - Bildmarke - Wort-/Bildmarke - 3D-Marke - Hörmarke – Geruchsmarke Schutzdauer: 10 Jahre und dann unbeschränkt alle 10 Jahre verlängerbar Innerhalb von 6 Monaten Anmeldung auch als internationale (IR-)Marke Zu Geschmacksmustern : Schutzvoraussetzung: Das Design muss neu und gewerblich verwertbar sein sowie  Eigentümlichkeit aufweisen, d. h. eine persönliche, schöpferische Leistung muss erkennbar sein. Anmeldung von 1 Muster bis maximal 50 Muster, die alle derselben Warenklasse angehören müssen   Als Fotografie oder andere graphische Darstellung, die schutzfähigen Bestandteile müssen deutlich sichtbar sein (ohne Beiwerk, vor neutralem Hintergrund, gute Bildqualität). In Ausnahmefällen und mit zusätzlichen Kosten verbunden, kann auch ein 3D-Modell beim DPMA hinterlegt werden.   Schutzdauer: 5 Jahre - maximal 3x um 5 Jahre verlängerbar (insgesamt 20 Jahre)   Innerhalb von 6 Monaten Anmeldung auch in anderen Ländern - Prioritätsbeanspruchung

81 Marken, Gebrauchsmuster und Geschmacksmuster (2)
- „kleines Patent“: kein Schutz von Verfahren Geringere Anforderungen an die Erfindungshöhe Maximal 10 Jahre Schutz Das beim Deutschen Patent- und Markenamt eingetragene Gebrauchsmuster gilt für die Bundesrepublik Deutschland. Im Unterschied zum Patent gibt es keine europäische Gebrauchsmusteranmeldung. Eine Internationale Gebrauchsmusteranmeldung ist ebenfalls nicht möglich. Zudem gibt es nicht in allen Ländern die Möglichkeit des Gebrauchsmusterschutzes. So kennt die Schweiz zum Beispiel kein Gebrauchsmuster. Das Gebrauchsmuster ist ein reines Registerrecht. Es werden bei der Beantragung lediglich die formalen Antragskriterien geprüft, sowie ein evtl. Verstoß gegen die öffentliche Ordnung und die guten Sitten. Wenn die formalen Schutzvoraussetzungen erfüllt sind, nimmt das Patentamt die Eintragung vor. Materielle Voraussetzung ist jedoch – ebenso wie beim Patent – das Vorliegen einer gegenüber dem Stand der Technik neuen Problemlösung und die erfinderische Höhe. Vom Schutzumfang her unterscheidet sich das Gebrauchsmuster nicht vom Patent. Ebenso wie beim Patent ist nur der Inhaber befugt, den Gegenstand des Gebrauchsmusters zu benutzen. Jedem Dritten ist es verboten, ohne seine Zustimmung ein Erzeugnis des Gegenstandes oder des Gebrauchsmusters herzustellen, anzubieten, in Verkehr zu bringen, oder zu gebrauchen oder zu den genannten Zwecken entweder einzuführen oder zu besitzen. Eine Ausnahme bilden nur – wie auch beim Patent – Handlungen zum privaten Gebrauch und zu Versuchszwecken.

82 Europäisches Patentamt
Seite in deutscher Sprache: Im September 2005 umfaßte Daten zu 59 Mio. Patenten aus 72 Ländern. Von diesen Patenten weisen insgesamt 28,8 Mio. einen Titel und 17,3 Mio. eine Zusammenfassung in englischer Sprache auf. Auf den Seiten des Europäischen Patentamtes kann man in verschiedenen Datenbanken suchen : In der EP-Datenbank können Sie nach Patentanmeldungen suchen, die das Europäische Patentamt in den letzten 24 Monaten veröffentlicht hat. Wenn Sie EP-Patente suchen, die älter als 24 Monate sind, sollten Sie eine Suche in der weltweiten Datenbank starten. In der weltweiten Datenbank können Sie nach Informationen zu veröffentlichten Patentanmeldungen aus über 72 Ländern und Regionen recherchieren.

83 Espacenet: Kurzsuche Dokumentenbestand in der weltweiten Datenbank Die weltweite Datenbank basiert auf dem PCT-Mindestprüfstoff , der von der WIPO als Mindestanforderung für Patentsammlungen festgelegt wurde, die der Ermittlung des Stands der Technik zur Beurteilung von Neuheit und erfinderischer Tätigkeit dienen. Das EPA hat den Bestand seiner internen Datenbank über den PCT-Mindestprüfstoff hinaus auf Daten aus weiteren Ländern und Zeiträumen ausgedehnt. Außerdem werden im Rahmen der Prüfertätigkeit zusätzliche Informationen zu anderen Feldern hinzugefügt, wie z. B. ECLA -Symbole und Verweise auf zitierte Dokumente . Seit Februar 2005 werden europäische und britische Anmeldungen stets sofort am Veröffentlichungsdatum bereitgestellt. Die Kurzhilfe gibt Auskunft über den aktuellen Datenbestand in den einzelnen Datenbanken.

84 Espacenet : Suche nach Patenten
Es wurde eine erweiterte Suche in der weltweiten Datenbank gestartet und nach dem Erfinder Bernhard O Palsson gesucht. Aus der Trefferliste wurde ein Patent ausgewählt, welches man als Originaldokument herunterladen wollte. Dazu klickt man auf „Vollständiges Dokument speichern“. Man muß die angegebene Zeichenkombination (derzeit sind es Zahlen) eingeben.

85 Espacenet : Beispielpatent
Man bekommt anschließend das vollständige Patent zum Herunterladen als pdf-Datei. Das Patent hat man somit kostenfrei erhalten und kann es auch ausdrucken.

86 Vergleich DEPATISnet und Espacenet
Die Suchmöglichkeiten in den Datenbanken der verschiedenen Patentämter unterscheidet sich durchaus. Daher ist es vorteilhaft, wenn man sich mit den einzelnen Recherchemöglichkeiten vor einer Patentrecherche vertraut macht.

87 Vergleich DEPATISnet und Espacenet (2)
Eine Patentrecherche in einer einzelnen Patentdatenbank ist u.U. nicht hinreichend. Für eine umfassende Patentrecherche sollte man die Leistungen von Spezialisten auf dem Gebiet der Patentrecherche in Anspruch nehmen. ELFI2010/VergleichDepatisnetEspacenet.pdf Quelle: WissensWert, Frau Dr. Gabriele Kirch-Verfuß, Vortrag am in Jena (AIT e.V.)

88 9. Zusammenfassung Recherche nach wissenschaftlicher Literatur
in Datenbanken im Uni-Netz Online Datenbankrecherche in der Wissenschaftlichen Informationsstelle Recherche im Internet ( z.B. bei Verlagen ) Ergebnis : bibliographische Angaben ggf. mit Abstract Zugriff auf den Volltext aus der Datenbank heraus z.T. möglich Volltextbeschaffung Zeitschriftendatenbank ( ZDB ) : Standortermittlung Elektronische Zeitschriftenbibliothek bei Standorten auch nach MPI schauen ! Bestellung bei Dokumentenlieferdiensten ( z.B. Subito ) Checkliste für die Recherche nach wissenschaftlicher Literatur 1. Auswahl geeigneter Stichworte anhand des Themas 2. Recherche in SciFinder: CAPlus und Medline (natürlichsprachige Eingabe in Englisch möglich) – SciFinder ermittelt automatisch Synonyme, berücksichtigt unterschiedliche Schreibweisen, benötigt keine Maskierungen (ggf. müssen aber nichtzutreffende, automatisch ausgewählte Begriffe wieder ausgeschlossen werden) = Vorrecherche zur Erweiterung der Stichwortliste 3. Recherche in Datenbanken von STN International durchführen lassen - Termin in der Wissenschaftlichen Informationsstelle vereinbaren - Stichworte in Englisch mitbringen 4. Weitere eigene Recherchen in geeigneten Datenbanken, z.B. BIOSIS/Biological Abstracts, CAB Abstracts, Web of Science, Zoological Record 5. Volltextbeschaffung - Direkt aus den bibliographischen Datenbanken (Volltext-Buttons) - In der Elektronischen Zeitschriftenbibliothek (EZB) - In der Zeitschriftendatenbank (ZDB): auch Bestände des MPI berücksichtigen Suche mit Titel des Artikels im Internet (Suchmaschine) zum Auffinden frei verfügbarer Artikel (Open Access oder ältere Artikel, die frei verfügbar sind) 6. Übertragen der Rechercheergebnisse in Literaturverwaltungsprogramme (z.B. Citavi, EndNoteWeb etc.) notwendig: Speichern der Ergebnisse aus den Datenbanken in geeigneten Formaten (z.B: Tagged-Format in SciFinder) Oder direkte Speicherung aus der Datenbank heraus, z.B. Web of Science  EndNote/ EndNoteWeb


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