Biologische Datenbanken Ulrike Wittig

Einteilung der Datenbanken Klassifizierung der Datenbanken entsprechend des Inhaltes viele verschiedene sehr spezielle Datenbanken Verknüpfungen zwischen den meisten Datenbanken fast ausschließlich in englischer Sprache

Verknüpfung der Datenbanken Stoffwechseldatenbanken Enzymdatenbanken Literatur- datenbanken Proteindatenbanken Genomdatenbanken Chemische Datenbanken

Genomdatenbanken Nukleinsäuresequenzen Komplette Erbinformation eines Organismus Funktionen der Gene

Genomdatenbanken GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ EMBL Database http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html DDBJ - DataBank of Japan http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Zwischen diesen drei Datenbanken besteht eine internationale Zusammenarbeit. Jede der drei Datenbanken sammelt weltweit Daten und Änderungen und Neueinträge werden täglich ausgetauscht.

Proteindatenbanken Informationen über Proteine Funktionen und Eigenschaften der Proteine Proteinsequenzen Struktur der Proteine (Aktive Zentren, 3D Struktur) SWISS-PROT http://www.ebi.ac.uk/swissprot/index.html PDB - Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/

SwissProt

Enzymdatenbanken Sequenzen und Eigenschaften von Proteinen mit enzymatischer Activität Informationen über Gene, die die Enzyme codieren Anwesenheit der Enzyme in Stoffwechselwegen ExPASy–ENZYME http://www.expasy.ch/enzyme/ BRENDA http://www.brenda.uni-koeln.de/

Stoffwechseldatenbanken graphische Darstellung von Stoffwechselwegen Eigenschaften von Reaktionspartnern (chemische Verbindungen, Enzyme, Gene) Beziehungen zwischen Genen, Proteinen/Enzymen und Reaktionen

Stoffwechseldatenbanken KEGG - Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html EcoCyc /MetaCyc http://ecocyc.pangeasystems.com/ecocyc/ ExPASy-Biochemical Pathways http://expasy.proteome.org.au/cgi-bin/search-biochem-index

KEGG

Chemische Datenbanken Eigenschaften von chemischen Verbindungen Struktur, Molekulargewicht etc. Beilstein http://www.chemweb.com/databases/beilstein/ ChemFinder http://www.chemfinder.com/

Literaturdatenbanken Informationen über wissenschaftliche Literatur Verknüpfung zu den original Zeitschriften Medline /PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

SRS (Sequence Retrieval System) Abfrage von mehreren Datenbanken gleichzeitig möglich SRS http://srs6.ebi.ac.uk

SRS

BioBrowser am EML entwickeltes Datenbanksystem zur Analyse und Darstellung von Stoffwechselwegen Möglichkeit, komplexe Abfragen an die Datenbank zu stellen

BioBrowser