V11B SBML und Modell- Erstellung 22. Januar 2015

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Übersicht 2 Austausch und Archivierung von biochemischen Modellen => SBML Diffusion plus Reaktionen => Virtual Cell Komplexität der Modelle => BioNetGen

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Systems Biology Markup Language 3 XML-Dialekt für Speicherung und Austausch biochemischer Modelle => Archivierung => Transfer von Modellen in andere Softwaretools von

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 SBML <= XML 4 XML = eXtensible Markup Language hierarchische Baumstruktur: => Schachtelung von … oder genau ein Wurzelobjekt: Aktuelle Dialekte: SBML Level 1, Version 2 SBML Level 2, Version 4, Release 1 Level: globale Zielrichtung, Sprachumfang Version: Features und Definitionen Release: Bug-fixes siehe

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Was ist enthalten? 5 beginning of model definition list of function definitions (optional) list of unit definitions (optional) list of compartment types (optional) list of species types (optional) list of compartments (optional) list of species (optional) list of parameters (optional) list of initial assignments (optional) list of rules (optional) list of constraints (optional) list of reactions (optional) list of events (optional) end of model definition

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Ein Beispiel 6 E + S ES => E + P k on k off k cat cytosol kon E S koff ES cytosol kcat ES

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Nochmal: 7 : : E + S ES => E + P k on k off k cat

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Details: Einheiten 8 per_seconds := s –1 litre mol s

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 9

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Import nach Copasi 10

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Interoperabilität? 11

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Details: eine Reaktion 12 : cytosol kcat ES E + S ES => E + P k on k off k cat lokaler Parameter!

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 SBML lesbar machen 13 Dräger A, Planatscher H, Wouamba DM, Schröder A, Hucka M, Endler L, Golebiewski M, Müller W, and Zell A: “SBML2LaTeX: Conversion of SBML files into human-readable reports”, Bioinformatics 2009

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 Drei Minuten später: 14

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 15

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 16

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 17

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – V 11 – Teil 2 18

Softwarewerkzeuge WS 14/15 – Teil 2 es gibt bereits sehr viele Modelle 19