Paarweises Sequenz-Alignment

Slides:

Advertisements

Ähnliche Präsentationen

Algorithmen und Datenstrukturen

Advertisements

Algorithmentheorie 08 – Dynamische Programmierung (4) Editierdistanz Approximative Zeichenkettensuche Sequence Alignment Prof. Dr. Th. Ottmann WS

Eine dynamische Menge, die diese Operationen unterstützt,

Paarweises Sequenz Alignment

Zerlegung von Graphen.

Indizierung von Graphen durch häufige Subgraphen (2)

SST - Sequence Search Tree

Genetische Algorithmen für die Variogrammanpassung

Simulated Annealing Marco Block & Miguel Domingo Seminar : Maschinelles Lernen und Markov KettenSommersemester 2002.

1 Whole Genome Alignment mit Suffixbäumen Fortgeschrittene Algorithmische Bioinformatik SoSe 2005 Emre Kutbay.

Übersicht DIALIGN = DIagonal ALIGNment

Sortieren mit Binären Bäumen

V2 Paarweises Sequenzalignment

V2 Paarweises Sequenzalignment

Algorithmentheorie 04 –Hashing

Bau effizienter und effektiver Metasuchmaschinen

Bioinformatik-Seminar

Proseminar BioVis A. Brück & K. Scheiffele 1 / 81 Visualisierung von Sequenzvergleichen.

Secondary Structure Prediction for Aligned RNA Sequences

Analyse von DNA-Sequenzen

Algorithmen und Komplexität

2. Vorlesung WS 2004/05Softwarewerkzeuge der Bioinformatik 1 Paarweises Sequenzalignment Methoden des Sequenzalignments Áustauschmatrizen Bedeutsamkeit.

Paarweises Sequenzalignment

2. Vorlesung SS 2009Softwarewerkzeuge der Bioinformatik 1 V2 Paarweises Sequenzalignment Methoden des Sequenzalignments Austauschmatrizen Bedeutsamkeit.

ExKurs B_ERICvarianten 1/10 Dr. Barbara Hoffmann LiteraturKompetenz Varianten der gleichen Datenbank: ERIC Seit 1966 besteht die vom Education.

Relevanz Ranking Bisher: Sind wir davon ausgegangen, dass das Ergebnis des Rankings des statistischen Verfahrens in den Index geschrieben wird und dem.

Relevanz Ranking Bisher:

nach Signalen und Genen in DNA

Hauptseminar Automaten und Formale Sprachen

Teil 5: Kollisionsvermeidung & Wegplanung

On the Power of Profiles for Transcription Factor Binding Site Detection Sven Rahmann* Tobias Müller Martin Vingron * Computational Molecular Biology,

Phylogenetic Footprinting

T A T A C G A A T C T A A A PosACGT Wie oft matcht das Profil ?

Matrixsuche bei orientierenden Datenbankrecherchen Entwicklung und Anwendung eines optimierten Online-Tools Martin Gerken, Volker Buschmann, Monika Lelgemann.

Design and analysis of GUI test-case prioritization using weight-based methods Samra Khan.

Effiziente Algorithmen Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Effiziente Algorithmen Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Quantum Computing Hartmut Klauck Universität Frankfurt WS 05/

Quantum Computing Hartmut Klauck Universität Frankfurt WS 04/

Quantum Computing Hartmut Klauck Universität Frankfurt WS 04/

Effiziente Algorithmen Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Effiziente Algorithmen Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Effiziente Algorithmen Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Effiziente Algorithmen

Effiziente Algorithmen Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Quantum Computing Hartmut Klauck Universität Frankfurt WS 05/

Information und Kommunikation Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Information und Kommunikation Hartmut Klauck Universität Frankfurt SS

Dynamische Programmierung mit Anwendung auf Sequence Alignment Problem

Input 1: Gelspots (MALDI/TRAP) I. Bioinformatik Platform MPI/OVGU: Übersicht Input 2: Gelfrei (MALDI/TRAP) mgf.-file Aktualisieren der DB Spektren/ Spotdatenbank+

K-SAT: Ein heuristischer Algorithmen- Vergleich Kann man den Brute Force Search Algorithmus schlagen?

Using latent semantic analysis to find different names for the same entity in free text Präsentation und Diskussion des Papers Im Rahmen des PS Web-Information.

Proseminar GMA Web Suche und Information Retrieval (SS07)

Rekonstruktion phylogenetischer Bäume.

1 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg Rechnernetze und Telematik Prof. Dr. Christian Schindelhauer Informatik III Christian Schindelhauer Wintersemester.

Vergleich von RNA Strukturen A General Edit Distance between RNA Structures von Sebastian Juenemann.

WohlfühlgedankenErnst Ferstl

The PicSOM Retrieval System 1 Christian Steinberg.

Sequenzvergleiche.

Vom Neuron bis zur Boltzmann Maschine Miguel Domingo & Marco Block Seminar : Maschinelles Lernen und Markov KettenSommersemester 2002.

Gene Prediction Marco Block Jonas Heise Nima Keshvari Michael Schreiber.

Unscharfe Anfragen in Multimedia- Datenbanksystemen Seminar Multimedia-Datenbanken WS 2001/2002 Silvana Runow.

K-SAT: Ein heuristischer Algorithmen- Vergleich Kann man den ‚Brute Force Search‘ Algorithmus schlagen?

5.1 5 Retrieval auf Bildern (.... in a nutshell)  Bedeutung.... ... im Zusammenhang mit Information Retrieval ... für Anwendungen Medizin: "Finde ähnliche.

Niko Zenker1 Besondere Aspekte in Multimedia-Datenbanken Methoden zur iterativen Anfrageverfeinerung (Relevanz Feedback)

Yue Lu and Sing-Hoi Sze Hauptseminar

Wie verwende ich Suchmaschinen richtig?

Suchen und Finden Wie verwende ich Suchmaschinen richtig?

Zitierungen - einige Vorbemerkungen

Präsentation transkript:

Paarweises Sequenz-Alignment Variante: Lokales Alignment. Sinnvoll, wenn Sequenzen nur lokale Homologie haben. Seq1 CTAATTAATGCACAGTTAGGAATTAGAAATGA Seq2 GGGACATGGCAGTGACTGACCATGA

Paarweises Sequenz-Alignment Variante: Lokales Alignment. Sinnvoll, wenn Sequenzen nur lokale Homologie haben. Seq1 CTAATTAATG-CACAGTTAGGAATTAGAAATGA Seq2 GGGAC ATGGCA--GTGACTGACCATGA Aligne Paar von Segmenten der Sequenzen; ignoriere den Rest.

Paarweises Sequenz-Alignment Ziel beim lokalen Alignment: Finde Paar von Segmenten, so dass Alignment der Segmente maximalen Score hat. Wichtigste Anwendung: Datenbank suche: Finde Sequenzen in der Datenbank, die zu gegebener Sequenz (Anfrage-Sequenz, query sequence) ähnlich sind.

Paarweises Sequenz-Alignment Exaktes lokales Alignment zu zeitaufwendig. Schnelles Datenbank-Suchprogramm: BLAST - Basic Local Alignment Search Tool Stephen Altschul et al, JMB, 1990 21.778 Zitate in der Literatur ! Wichtigstes Werkzeug in der Bioinformatik!

Paarweises Sequenz-Alignment

Paarweises Sequenz-Alignment NCBI – National Center of Biotechnological Information

Paarweises Sequenz-Alignment BLAST - Basic Local Alignment Search Tool Idee: Finde lokale Alignments ohne Gaps (HSPs – high scoring segment pairs). Suche kurze Wort-Paare (feste Länge) Dehne Wort-Paare aus, bis Score abfällt Berechne Wahrscheinlichkeit, HSP per Zufall zu finden: e-value, p-value

Paarweises Sequenz-Alignment Suche nach Wort-Paaren: Seq1 CTAATTAATGCACAGTTAGGAATTAGAAATGA Seq2 GGGACATGGCAGTGACTGAATACACACCATGA

Paarweises Sequenz-Alignment Suche nach Wort-Paaren: Seq1 CTAATTAATGCACAGTTAGGAATTAGAAATGA Seq2 GGGACATGGCAGTGACTGAATACACACCATGA

Paarweises Sequenz-Alignment Ausdehnung gefundener Wort-Paare: Seq1 CTAATTAATGCACAGTTAGGAATTAGAAATGA Seq2 GGGACATGGCAGTGACTGAATACACACCATGA

Paarweises Sequenz-Alignment Ausdehnung gefundener Wort-Paare: Seq1 CTAATTAATGCACAGTTAGGAATTAGAAATGA Seq2 GGGACATGGCAGTGACTGAATACACACCATGA

Paarweises Sequenz-Alignment Ausdehnung gefundener Wort-Paare: Seq1 CTAATTAATGCACAGTTAGGAATTAGAAATGA Seq2 GGGACATGGCAGTGACTGAATACACACCATGA

Paarweises Sequenz-Alignment Ausdehnung gefundener Wort-Paare: Seq1 CTAATTAATGCACAGTTAGGAATTAGAAATGA Seq2 GGGACATGGCAGTGACTGAATACACACCATGA TTAATGCACA TGAATACACA High-scoring segment pair (HSP)

Paarweises Sequenz-Alignment

Paarweises Sequenz-Alignment

Paarweises Sequenz-Alignment

Paarweises Sequenz-Alignment Verbesserung: PSI-BLAST – Position Specific Iterative BLAST: (18.708 Zitate in der Literatur!)

Paarweises Sequenz-Alignment PSI-BLAST – Position Specific Iterative BLAST: “normale” DB-Suche mit BLAST Bilde Positions-Gewichts-Matrix (PWM) aus “Treffern” Suche mit PWM nach neuen “Treffern” Bilde verbesserte PWM … u.s.w.

Paarweises Sequenz-Alignment