VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch Annkatrin Bressin Freie Universität Berlin 1

Vorlesungsthemen 2 Part 5: Secondary Structures (4) 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures (4) 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships Part 7: Cells and Organisms (6) 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology Part 1: Background Basics (4) 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases Part 2: Sequence Alignments (3) 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments Part 3: Evolutionary Processes (3) 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees Part 4: Genome Characteristics (4) 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 2 2

Wiederholung der Vorlesungsthemen Gliederung Blöcke: Heute Wiederholung der Vorlesungsthemen Gliederung Blöcke: Part 1: Background Basics Part 2: Sequence Alignments Part 3: Evolutionary Processes Part 4: Genome Characteristics Part 5: Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures Part 7: Cells and Organisms Pro Block: Themen / Mind-Maps der zugrundeliegenden Buchkapitel Wichtigste Stichwörter der jeweiligen Vorlesungen als Word-Cloud Beispiel-Fragen der Probeklausur Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Block 1 Background Basics Kapitel 1,2,3 Topics: 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases 4

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 1 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 2 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 3 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Einführung Woche 1 - Montag 8 8 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 8 8

Molekular-Biologische Grundlagen Woche 1 - Mittwoch Wiederholung: Molekular-Biologische Grundlagen Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 9 9

Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken Woche 2 - Montag Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 10 10

Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava Woche 2 - Mittwoch Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 11 11

Beispiel-Fragen

Block 2 Sequence Alignments Kapitel 4,6 Topics: 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments 13

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 4 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 6 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Wiederholung: Sequence Alignment Woche 3 - Montag Wiederholung: Sequence Alignment Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 16 16

Einführung: Patterns & Profiles Woche 3 - Mittwoch Einführung: Patterns & Profiles Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 17 17

Beispiel-Fragen

Evolutionary Processes Block 3 Evolutionary Processes Kapitel 7,8 Topics: 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees 19

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 7 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 8 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Einführung: Phylogenetische Bäume Woche 4 - Mittwoch Einführung: Phylogenetische Bäume Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 22 22

Vertiefung: Phylogenetische Bäume Woche 5 - Montag Vertiefung: Phylogenetische Bäume Evolutionary Distances, Generating Single Trees Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 23 23

Vertiefung: Phylogenetische Bäume Woche 5 - Mittwoch Vertiefung: Phylogenetische Bäume Generating Multiple Tree Topologies, Tree Evaluation Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 24 24

Vertiefung: Phylogenetische Bäume Woche 5 - 3 Vertiefung: Phylogenetische Bäume Statistical Methods for Tree Evaluation Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 25 25

Beispiel-Fragen

Genome Characteristics Block 4 Genome Characteristics Kapitel 9,10 Topics: 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation 27

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 9 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 10 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Einführung: Gene Finding Woche 6 - Montag Einführung: Gene Finding Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 30 30

Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes Woche 6 - Mittwoch Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 31 31

Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes Woche 7 - Montag Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 32 32

Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison Woche 7 - Donnerstag Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 33 33

Beispiel-Fragen

Block 5 Secondary Structures Kapitel 11,12 Topics: 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures 35

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 11 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 12 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Einführung: Secondary Structure from Sequence Woche 8 - Montag Einführung: Secondary Structure from Sequence Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 38 38

Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction Woche 8 - Mittwoch Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 39 39

Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert) Woche 9 - Montag Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert) Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 40 40

Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction Woche 9 - Mittwoch Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 41 41

Woche 10 - Montag Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction, Prediction Methods for Special Secondary Structures Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 42 42

Vertiefung: RNA Secondary Structure Prediction Woche 10 - Mittwoch Vertiefung: RNA Secondary Structure Prediction Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 43 43

Beispiel-Fragen

Block 6 Tertiary Structures Kapitel 13,14 Topics: 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships 45

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 13 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 14 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Woche 11 - Montag Einführung: Modeling Protein Structures, Potential Energy, Force Fields, Threading Homology Modeling Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 48 48

Vertiefung: Homology Modeling Woche 11 - Mittwoch Vertiefung: Homology Modeling Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 49 49

Vertiefung: Threading Woche 12 - Montag Vertiefung: Threading Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 50 50

Vertiefung: Structure Comparison Woche 12 - Mittwoch Vertiefung: Structure Comparison Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 51 51

Vertiefung: Binding Site Detection, Docking Woche 13 - Montag Vertiefung: Binding Site Detection, Docking Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 52 52

Beispiel-Fragen

Block 7 Cells and Organisms Kapitel 15,17 Topics: 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology 54

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 15 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Kapitel 17 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

Einführung: Gene / Microarray Expression Analysis Woche 13 - Mittwoch Einführung: Gene / Microarray Expression Analysis Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 57 57

Woche 14 - Montag Vertiefung: Gene / Microarray Expression Analysis; Quality Control, Preprocessing, Normalization, Self-organizing Maps for clustering and classification Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 58 58

Einführung: Protein Expression Analysis, 2D GE, Mass Spectrometry Woche 14 - Mittwoch Einführung: Protein Expression Analysis, 2D GE, Mass Spectrometry Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 59 59

Woche 15 - Montag Vertiefung: Protein Expression Analysis; Mass Spectrometry, Algorithms for analysing MS data Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 60 60

Woche 15 - Mittwoch Vertiefung: Protein Expression Analysis, Peptide Mass Fingerprinting; Einführung: Systems Biology Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 61 61

Vertiefung: Systems Biology Woche 16 - Montag Vertiefung: Systems Biology Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 62 62

Beispiel-Fragen