Hauptbibliothek Seite 1 PubMed für Naturwissenschaftler HBZ, Informationskompetenz

Hauptbibliothek Seite 2 Kursablauf 1.(NCBI) 2.Allgemeines zu PubMed PubMed effizient und effektiv nutzen 3.Suchfunktionen, -operatoren 4.Suche mit MeSH Terms 5.Von der Referenz zum Volltext (SFX) 6.Persönliches Profil anlegen (My NCBI) PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 3 NCBI NCBI (USA): National Center for Biotechnology Information seit 1988 zentrales Institut für Datenverarbeitung und -speicherung molekularbiologischer Daten  Wichtigsten Nukleotid- und Proteindatenbanken  Softwares der Bioinformatik –datenbankübergreifende Suchmaschinen: Entrez-… (z.B. Entrez-Proteins) –Programm zur Sequenzanalysen: BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) –GenBank: Sequenzdatenbank der NIH (National Institutes of Health), Sammlung aller öffentlich zur Verfügung stehender Nukleotid-sequenzen PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 4PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 5 Europäisches Äquivalent: EMBL-EBI EMBL-EBI (EU): European Bioinformatics Institute Zentrum für Forschung und Dienstleistungen auf dem Gebiet der Bioinformatik EMBL: European Molecular Biology Laboratory  europäisches Äquivalent zum NCBI (USA) u.a. auch Patent Data Resources: patent abstracts, patent chemical compounds, patent sequences and patent equivalents PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 6 Allgemeines zu PubMed PubMed – public access to MEDLINE database  produziert von der US National Library of Medicine (NLM)  programmiert von der NLM-Abteilung NCBI (National Center for Biotechnology Information)  frei zugängliche bibliographische Datenbank  > 5‘500 biomedizinische Zeitschriften  Ab ca (OLDMEDLINE Data ca – 1965) PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 7 Allgemeines zu PubMed Fortsetzung…  Referenzen total: ca. 20 Mio  Zuwachs pro Jahr: > 0,5 Mio  Aktualisierung täglich (2‘000 bis 4‘000) direkt durch Verlage und NLM  beschlagwortet mit MeSH* *PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process PubMed - indexed for MEDLINE* PubMed - OLDMEDLINE PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 8 Zugriff  Recherche-Portal / Datenbanken Vorteil: SFX-Verlinkung PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek 15. Februar 2006, Neue Zürcher Zeitung Antidepressiva - ein Risiko in der Schwangerschaft Antidepressiva vom Typ selektive Serotonin-Wiederaufnahme-Hemmer (SSRI) erhöhen laut einer neuen Studie in der zweiten Hälfte der Schwangerschaft das Risiko, dass das Neugeborene eine ernste Gesundheitsstörung entwickelt. Dabei handelt es sich um einen Bluthochdruck im Lungenkreislauf, der zwar insgesamt selten ist, aber oft tödlich verläuft. Das Team von Christina Chambers von der University of California in San Diego hatte 377 Mütter von Kindern mit Lungenhochdruck nach deren Medikamentenkonsum in der Schwangerschaft gefragt. Aufgabe A Seite 9PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek 26. April 2011, Der Landbote Multiple Sklerose: Schlüsselfaktor entdeckt Zürcher Forscher haben einen Schlüsselfaktor für die Entstehung der multiplen Sklerose gefunden... Die Wissenschaftler hatten bei genetisch veränderten Mäusen sechs Jahre lang per Eliminationsverfahren nach einem Faktor gesucht, der bei der Entstehung von autoimmuner Enzephalomyelitis, einer MS-ähnlichen Krankheit, essentiell ist – viele möglichen Botenstoffe mussten sie dabei von ihrer Liste streichen… Fündig wurden die Zürcher Forscher beim Botenstoff Granulozyten- Makrophagen-Kolonie stimulierender Faktor, wie sie im Fachmagazin „Nature immunology“ berichten. Aufgabe A Seite 10PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 11 Allgemeines zur Recherche Allgemeines Vorgehen bei thematischen Suchen: –Für die Fragestellung essentielle Themenbereiche identifizieren –Relevante Suchbegriffe für diese Themenbereiche festlegen (evtl. kontrollierte Begriffe, Synonyme, Wortstamm) –Suche durchführen und Teilergebnisse verknüpfen –Suchstrategie überprüfen und allenfalls anpassen PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Themenbereiche identifizieren PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ KurseSeite 12 Hilfsmittel: PICO Problem / Patient / Population Intervention / Drug Comparison (if any) Outcome (if any) Typ 1 Diabetiker Behandlung mit Insulinanaloga Behandlung mit Humaninsulin Nutzen (Morbidität, Mortalität, Lebensqualität, Komplikationen)

Hauptbibliothek Seite 13 Datenfelder MusterAnne-Marie Gartenstrasse Zürich Datensatz Datenfeld PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 14 Feldbezeichnungen Die wichtigsten Felder in PubMed: [AU] Author(s): Nachname und Initialen [TI] Title: Titel des Artikels [TT]Transliterated Title:Originaltitel [TIAB] Abstract: Titel und Zusammenfassung [TA] Journal: Zeitschriftentitel oder ISSN [MH] MeSH Terms: Medical Subject Headings [PT] Publication Type: Review, RCT etc. [NM] Substances: generischer Substanzname  Help > Search Field Descriptions and Tags PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 15 Suchoperatoren Verknüpfung der Suchbegriffe mit den Boolesche Operatoren –gross schreiben: AND, OR und NOT Trunkierung: Wortstammeingabe und * –inaktiviert das Automatic Term Mapping  in der Regel nicht empfohlen PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 16 Biologie dictionary Biologie Biologie OR biology Wörterbuch OR Lexikon OR dictionary biology (Wörterbuch OR Lexikon OR dictionary) AND (Biologie OR biology) Lexikon Biologie AND Wörterbuch Wörterbuch Boolesche Operatoren PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 17 SHOW PubMed PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 18 Autoren und Journals Autorensuche –Familienname und Initialen der Vornamen z.B. Rolf Zinkernagel  zinkernagel r (findet auch alle Arbeiten von Zinkernagel RM) –Evtl. nur als Autor suchen  gene [au] –bei Umlauten Pünktchen weglassen (manchmal auch auflösen: ä  ae) –Vornamen auch ausgeschrieben ab 2002 Journalsuche –unabgekürzten Zeitschriftenname im Suchfeld eingeben –mit Single Citation Matcher PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 19 Automatic Term Mapping Search term [Details] MeSH translation Table MeSH Term OR search term[text word] OR search [text word] OR term [text word] Journals translation Table search term[Journal] Full Author translation table and Author Index search term[Author] search AND term PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 20 Aufgabe B Finden Sie Artikel in PubMed zu folgendem Thema: Zusammenhang von UV-Strahlung und Hautkrebs –Wieviele Reviews gibt es dazu in PubMed? –In welchem Journal hat Mister Sun einen Review zu diesem Thema publiziert? PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 21 Limits –Sprache (z.B. english, german) –Artikeltyp (z.B. letter, meta-analysis, clinical trial) –Altersgruppen –Tier / Mensch –Geschlecht –diverse Subsets Cave: bleiben gesetzt bis aktiv wieder entfernt! Achtung: einzelne Limits (z.B. für Altersgruppen) funktionieren über MeSH- Suchen, deshalb gehen so aktuelle Treffer verloren! PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Aufgabe C Finden Sie alle Artikel in PubMed zu folgendem Thema: „somnambulism“ (Schlafwandeln) in der Adoleszenz*, Publikationen ab 2005, Clinical Trials *Alter gemäss PubMed PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ KurseSeite 22

Hauptbibliothek Seite 23 Thesaurus „Ein Thesaurus (…) ist eine geordnete Zusammenstellung von Begriffen und ihren (…) Bezeichnungen, die in einem Dokumentationsgebiet zum Indexieren, Speichern und Wiederauffinden dient. Burkart, M.: Thesaurus. In: Buder, M. et al. (Hgg.): Grundlagen der praktischen Information und Dokumentation. Ein Handbuch zur Einführung in die fachliche Informationsarbeit. 4. völlig neu gefasste Ausgabe (1972). München etc S Medizinischer Thesaurus PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 24 MeSH Database Enthält: –Medical Subject Headings (MeSH) –Subheadings –Substance Names (Auswählen) und Add to search builder > Search PubMed  häufig weniger irrelevante Treffer  MeSH Terms nicht bei allen Themen gleich gut geeignet  Suche via MeSH-Database findet keine In Process Citations und keine Publisher-Supplied Citations ([PubMed - as supplied by publisher] oder [Epub ahead of print]) PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

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Hauptbibliothek Seite 28 SHOW Suche mit MeSH Terms PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 29 Aufgabe D Finden Sie in PubMed Artikel zu folgendem Thema: helmets in skiers and snowboarders –Alle Artikel zum Tragen des Helms bei Skifahrern und Snowboardern. –Alle Artikel, welche mit dem Tragen des Helms bei Wintersport zu tun haben, jedoch nicht Skifahren oder Snowboarden betreffen. PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 30 SHOW zum Artikel über SFX PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 31 Personalisiertes PubMed: My NCBI –gruppieren der Suchergebnisse in „Untergruppen“ gemäss vorgegebener Filter (max. 5) –Suchstrategie speichern (saved searches):  Wiederholung bei Bedarf  Regelmässige Benachrichtigung per über neue Artikel mit oder ohne applizierten Filtern –Referenzen sammeln und teilen (Collections) –Dokumente bestellen über LoansomeDoc PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 32 SHOW My NCBI PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

Hauptbibliothek Seite 33 Aufgabe E Schreiben Sie sich bei My NCBI ein. Um vom Alert-Service zu profitieren, müssen Sie Ihre -Adresse angeben. Speichern Sie eine Suche zu einem von Ihnen gewählten Thema und richten Sie einen Alert-Service dafür ein. PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

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Hauptbibliothek Seite 36 Herzlichen Dank für Ihr Interesse! Für weitere Fragen: PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse