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Veröffentlicht von:Wim Durr Geändert vor über 10 Jahren
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Alignments mit Hidden Markov Modellen
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Wofür sind HMMs gut? Gehört eine Sequenz zu einer bestimmten Familie? Falls eine Sequenz aus einer Familie stammt, was kann man über ihre interne Struktur sagen?
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Markov Kette Modell zum Generieren von Sequenzen Die Wahrscheinlichkeit für das Auftreten eines Symbols hängt nur vom Vorgängersymbol ab Wie wahrscheinlich ist eine Sequenz / Nukleotidfolge
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Markov Kette Beispiel für DNA:
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Markov Kette Transitionswahrscheinlichkeit: r st = P(x i = t | x i-1 = s) Wahrscheinlichkeit einer Sequenz: P(x) = P(x L | x L-1 )*P(x L-1 | x L-2 )*.. *P(x 2 | x 1 )*P(x 1 ) = P(x 1 )П i=2 r x i-1 x i
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Markov Kette Beginzustand x 0 = B mit: P(x 1 = s) = r Bs Endzustand x L+1 = E mit: P(E | x L = t) = r tE
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Hidden Markov Model Keine 1 zu 1 Übereinstimmung von Zuständen und generierten Symbolen Einbettung von Markov Ketten in die Zustände Es gibt bestimmte vordefinierte Wahrscheinlichkeiten, dass ein Zustandübergang erfolgt Sei e k (b) = P(x i = b | π i-1 = k) die WK, dass Symbol b im Zustand k auftritt (wobei π die Zustandsequenz ist)
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HMM Beispiel: unfaires Casino:
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HMM Beispiel: unfaires Casino: Problem: Wie findet man die richtige (wahrscheinlichste) Zustandssequenz, die der vorliegenden Symbolsequenz zugrunde liegt?
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Viterbi Algorithmus Beispiel: CpG - Inseln Das Auftreten einer bestimmten Base (A, T, G, C) an einer bestimmten Stelle ist nicht gleich wahrscheinlich In bestimmten DNA-Bereichen: Hohe Wahrscheinlichkeit, dass C zu einem T mutiert Somit kleinere Wahrscheinlichkeit, dass ein C vor einem G steht Es gibt allerdings Regione in welchen die Mutationswahrscheinlichket (von C zu T) deutlich kleiner ist (zum Beispiel bei den Startregionen diverser Gene)
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Viterbi Algorithmus Beispiel: CpG - Inseln Markov Kette
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Viterbi Algorithmus Beispiel: CpG - Inseln Verschiedene Wahrscheinlichkeiten für das Auftreten eines Symbols (A, T, G, C), je nach dem ob es innerhalb (+ Modell) oder ausserhalb (- Modell) der CpG – Inseln stattfindet Daraus leitet sich die WK r st für jedes dieser beiden Modelle: r st + = c st + / t` c st` + r st - = c st - / t` c st` - (wobei c st die Anzahl der Fälle in welchen Symbol t Symbol s folgte ist) r st + und r st - statistisch ermittelbar
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Viterbi Algorithmus +ACGT-ACGT A 0.1800.2740.4260.120 A 0.3000.2050.2850.210 C 0.1710.3680.2740.188 C 0.3220.2980.0780.302 G 0.1610.3390.3750.125 G 0.2480.2460.2980.208 T 0.0790.3550.3840.182 T 0.1770.2390.292
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Viterbi Algorithmus Beispiel: CpG – Inseln HMM
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Viterbi Algorithmus Ein rekursiver Algorithmus zum Finden des wahrscheinlichsten Pfades π* (mit π* = argmaxP(x, π)) Sei v k (i) die WK eines wahrscheinlichsten Pfades, der in Zustand k endet mit Beobachtung i Sei v k (i) bekannt für alle i, dann für i+1 gilt: v l (i+1) = e l (x i+1 )max(v k (i)r kl )
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Viterbi Algorithmus Versteckte Zustände Beobachtete Zustände Initiale WK eines Anfangszustandes SonneFußball spielenSonne0.63 WolkenSpazierenWolken0.17 RegenPutzenRegen0.20 -Lesen--
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Viterbi Algorithmus Wetter heute Wetter gestern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Versteckte Zustände FußballSpazierenPutzenLesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne Wolken Regen Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne Wolken Regen Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne Wolken Regen Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.63
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne Wolken Regen Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.63*0.6 0.378
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken Regen Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.63*0.6 0.378
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken Regen Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.17*0.25
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.17*0.25 0.042
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.2*0.05 0.010
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.378
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.378*0.500
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.378*0.500*0.15
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.378*0.500*0.15 0.028
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.042
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.042*0.375
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.042*0.375*0,15 0.002
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.378 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.010*0.125*0.15 0.0001
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 Max(0.028, 0.002, 0.0001) = 0.028
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 Max(0.028, 0.002, 0.0001) = 0.028
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.378*0.25*0.25 0.023
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.042*0.125*0.25 0.001
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.042 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.010*0.675*0.25 0.001
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.0420.023 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 Max(0.023, 0.001, 0.001) = 0.023
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.0420.023 Regen0.010 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
46
Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.0420.023 Regen0.0100.033 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
47
Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.028 Wolken0.0420.023 Regen0.0100.033 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.0280.0007 Wolken0.0420.023 Regen0.0100.033 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.0280.0007 Wolken0.0420.0230.005 Regen0.0100.0330.006 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2
50
Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.0280.0007 Wolken0.0420.0230.005 Regen0.0100.0330.006 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.378+0.028+0.0007 0.407
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.0280.0007 Wolken0.0420.0230.005 Regen0.0100.0330.006 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.378+0.033+0.006 0.416
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.0280.0007 Wolken0.0420.0230.005 Regen0.0100.0330.006 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 0.378+0.033+0.006 0.417
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Viterbi Algorithmus FußballPutzenLesen Sonne0.3780.0280.0007 Wolken0.0420.0230.005 Regen0.0100.0330.006 Wetter heute Wetter Ges tern SonneWolkenRegen Sonne0.5000.250 Wolken0.3750.1250.375 Regen0.1250.6750.375 Beobachtete Zustände Verst. Zust. Fuß ball Spazi eren Pu tzen Lesen Sonne0.600.200.150.05 Wolken0.25 Regen0.050.100.350.50 WK für Anfangszustand SonneWolkenRegen 0.630.170.2 Max(0.407, 0.416, 0.417) = 0.417
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Viterbi Algorithmus
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Initialisierung (i = 0): v 0 (0) = 1, v k (0) = 0 für alle k > 0 Rekursion (i = 1..L): v l (i) = e l (x i )max k (v k (i-1)r kl ) ptr i (l) = argmax k (v k (i-1)r kl ) Terminierung: P(x, π*) = max k (v k (L)r k0 ) π* L = argmax k (v k (L)(r k0 ) Backtracking (i = L..1): π* i-1 = ptr i (π* i)
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Paarweises Alignment mit HMM F(i-1, j-1)F(i, j-1) F(i-1, j) F(i,j) = max[F(i-1,j-1)+s(x i,y j ), F(i-1,j)-d, F(i,j-1)-d] +s(x i, y j ) -d
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Paarweises Alignieren mit HMM Alignment mit affinen Gapkosten: Optimaler score für ein Alignment von x 1..x i und y 1..y j, der keinen Gap am Ende hat M(i,j) = max[M(i-1,j-1)+s(x i,y j ), I x (i-1,j-1)+s(x i,y j ), I y (i-1,j-1)+s(x i,y j )] Optimaler score für ein Alignment von x 1..x i und y 1..y j, wo am Ende x mit einen Gap aligniert wird I x (i,j) = max[M(i-1,j)-d, I x (i-1,j)-e] Optimaler score für ein Alignment von x 1..x i und y 1..y j, wo am Ende y mit einen Gap aligniert wird I y (i,j) = max[M(i,j-1)-d, I y (i,j-1)-e] L G A x i L G V y j L G A x i L G _ y j L G _ x i L G V y j
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Paarweises Alignieren mit HMM Alignment mit affinen Gapkosten: M(i,j) = max[M(i-1,j-1)+s(x i,y j ), I x (i-1,j-1)+s(x i,y j ), I y (i-1,j-1)+s(x i,y j )] I x (i,j) = max[M(i-1,j)-d, I x (i-1,j)-e] I y (i,j) = max[M(i,j-1)-d, I y (i,j-1)-e] A|A|C| - - - |A|ATTCCG|A|C|T |AC A|C|T|ACC|T| - - - - - -|C|G|C|- -
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Paarweises Alignieren mit HMM Alignment mit affinen Gapkosten: M(i,j) = max[M(i-1,j-1)+s(x i,y j ), I x (i-1,j-1)+s(x i,y j ), I y (i-1,j-1)+s(x i,y j )] I x (i,j) = max[M(i-1,j)-d, anderer Block, neue Gapfolge I x (i-1,j)-e] selber Block, fortgesetzte Gapfolge I y (i,j) = max[M(i,j-1)-d, anderer Block, neue Gapfolge I y (i,j-1)-e] selber Block, fortgesetzte Gapfolge } }
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Paarweises Alignment mir HMM
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V L S P K H L _ _ K
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Paarweises Alignment mir HMM V L S P K H L _ _ K
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Paarweises Alignment mir HMM V L S P K H L _ _ K
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Paarweises Alignment mir HMM V L S P K H L _ _ K
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Paarweises Alignment mir HMM V L S P K H L _ _ K
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Paarweises Alignment mir HMM V L S P K H L _ _ K
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Paarweises Alignieren mit HMM NFA für Alignment mit affinen Gapkosten: dazugehöriges Wahrscheinlichkeitsmodell:
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Paarweises Alignment mit HMM AA 0.21 AC 0.01 AG 0.05 AT 0.04 CA 0.02 …. 1-2 Match A- 0.2 C- 0.4 G- 0.3 T- 0.1 Gap Y 1- -A 0.2 -C 0.4 -G 0.3 -T 0.1 Gap X 1- Begin
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Paarweises Alignieren mit HMM Das Wahrscheinlichkeitsmodell mit Begin und End Zuständen:
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Paarweises Alignieren mit HMM Was ist neu? Es wird nicht mehr eine einzelne Sequenz generiert sondern ein paarweises Alignment Man benötigt eine zusätzliche Dimension und deshalb wird v k (i) zu v k (i,j) erweitert
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Paarweises Alignieren mit HMM Angepasster Viterbi Algorithmus: Initialisierung: v M (0,0) = 1, alle anderen v*(i,0), v*(0,j) sind 0 Rekursion (i = 1..n, j = 1..m): v M (i,j) = p x i y j max[(1-2δ-τ)v M (i-1,j-1), (1-ε-τ)v X (i-1,j-1), (1-ε-τ)v Y (i-1,j-1)] v X (i,j) = q x i max[δv M (i-1,j), εv X (i-1,j)] v Y (i,j) = q y i max[δv M (i,j-1), εv X (i,j-1)] Terminierung: v E = τmax(v M (n,m),v X (n,m),v Y (n,m))
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Paarweises Alignieren mit HMM lokales Alignment mit HMM: Zuerst definieren wir ein Random-Modell:
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Paarweises Alignieren mit HMM lokales Alignment mit HMM:
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Zusammenfassung Markov Ketten: Modelle für Sequenzgenerierung HMM: verschiedene WK für dieselben Symbole abhängig vom Kontext Viterbi Algorithmus: Algorithmus zum finden des wahrscheinlichsten Pfades durch die Zustände Alignment mit HMM: Überführung von score-Gleichungen in die Wahrscheinlichkeitsmodelle
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Ende Fragen???
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