RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH DESPRAD-Meeting 02/09/2003 Steffen Schulze-Kremer (until 7/2003) Bernd Drescher (since 8/2003)

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1 RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH DESPRAD-Meeting 02/09/2003 Steffen Schulze-Kremer (until 7/2003) Bernd Drescher (since 8/2003) Robert Wagner

2 RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH RzpdExpress Public database for gene expression data Based on MAGE-OM Simple query and analysis interface Available as of 11/2003

3 RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH Data Import Import from primary database of RZPD –Export to MAGE-ML Affymetrix Data –CDF and sequences available in MAGE-ML –GDAC Exporter converts EXP, CEL and CHP into MAGE-ML –Buggy MIAMExpress

4 RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH Web Interface Query for experiments by certain criteria (name, type, species,...) Display of hybridizations, samples, arrays, reporters Simple statistical analysis –Histogram –Scatterplot tool –Normalized ratios –T-test

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10 RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH Content 19 experiments, 103 bio assays 79 arrays of 42 array designs 64 bio sources 370 protocols

11 RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH Implementation Oracle Tomcat Java, Perl –Generated APIs from Oracle data dictionary Object-relational mapping Database interface R, Bioconductor –Lose coupling to Java Interface

12 RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH Problems Data aquisition Data not MIAME compatible Operating system restrictions Performance

13 RZPD Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung GmbH Next Steps Automated analysis pipeline Further cooperations with new partners User training Integration into RZPD system (clone ordering) Use GO annotations for analysis