VL Algorithmische BioInformatik (19710)

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1 VL Algorithmische BioInformatik (19710)
WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch Annkatrin Bressin Freie Universität Berlin 1

2 Vorlesungsthemen 2 Part 5: Secondary Structures (4)
11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures (4) 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships Part 7: Cells and Organisms (6) 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology Part 1: Background Basics (4) 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases Part 2: Sequence Alignments (3) 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments Part 3: Evolutionary Processes (3) 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees Part 4: Genome Characteristics (4) 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 2 2

3 Wiederholung der Vorlesungsthemen Gliederung Blöcke:
Heute Wiederholung der Vorlesungsthemen Gliederung Blöcke: Part 1: Background Basics Part 2: Sequence Alignments Part 3: Evolutionary Processes Part 4: Genome Characteristics Part 5: Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures Part 7: Cells and Organisms Pro Block: Themen / Mind-Maps der zugrundeliegenden Buchkapitel Wichtigste Stichwörter der jeweiligen Vorlesungen als Word-Cloud Beispiel-Fragen der Probeklausur Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

4 Block 1 Background Basics
Kapitel 1,2,3 Topics: 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases 4

5 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

6 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

7 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

8 Einführung Woche 1 - Montag 8 8
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 8 8

9 Molekular-Biologische Grundlagen
Woche 1 - Mittwoch Wiederholung: Molekular-Biologische Grundlagen Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 9 9

10 Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken
Woche 2 - Montag Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 10 10

11 Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava
Woche 2 - Mittwoch Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 11 11

12 Beispiel-Fragen

13 Block 2 Sequence Alignments
Kapitel 4,6 Topics: 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments 13

14 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

15 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

16 Wiederholung: Sequence Alignment
Woche 3 - Montag Wiederholung: Sequence Alignment Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 16 16

17 Einführung: Patterns & Profiles
Woche 3 - Mittwoch Einführung: Patterns & Profiles Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 17 17

18 Beispiel-Fragen

19 Evolutionary Processes
Block 3 Evolutionary Processes Kapitel 7,8 Topics: 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees 19

20 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

21 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

22 Einführung: Phylogenetische Bäume
Woche 4 - Mittwoch Einführung: Phylogenetische Bäume Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 22 22

23 Vertiefung: Phylogenetische Bäume
Woche 5 - Montag Vertiefung: Phylogenetische Bäume Evolutionary Distances, Generating Single Trees Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 23 23

24 Vertiefung: Phylogenetische Bäume
Woche 5 - Mittwoch Vertiefung: Phylogenetische Bäume Generating Multiple Tree Topologies, Tree Evaluation Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 24 24

25 Vertiefung: Phylogenetische Bäume
Woche 5 - 3 Vertiefung: Phylogenetische Bäume Statistical Methods for Tree Evaluation Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 25 25

26 Beispiel-Fragen

27 Genome Characteristics
Block 4 Genome Characteristics Kapitel 9,10 Topics: 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation 27

28 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

29 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

30 Einführung: Gene Finding
Woche 6 - Montag Einführung: Gene Finding Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 30 30

31 Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes
Woche 6 - Mittwoch Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 31 31

32 Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes
Woche 7 - Montag Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 32 32

33 Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison
Woche 7 - Donnerstag Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 33 33

34 Beispiel-Fragen

35 Block 5 Secondary Structures
Kapitel 11,12 Topics: 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures 35

36 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

37 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

38 Einführung: Secondary Structure from Sequence
Woche 8 - Montag Einführung: Secondary Structure from Sequence Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 38 38

39 Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction
Woche 8 - Mittwoch Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 39 39

40 Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert)
Woche 9 - Montag Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert) Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 40 40

41 Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction
Woche 9 - Mittwoch Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 41 41

42 Woche 10 - Montag Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction, Prediction Methods for Special Secondary Structures Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 42 42

43 Vertiefung: RNA Secondary Structure Prediction
Woche 10 - Mittwoch Vertiefung: RNA Secondary Structure Prediction Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 43 43

44 Beispiel-Fragen

45 Block 6 Tertiary Structures
Kapitel 13,14 Topics: 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships 45

46 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

47 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

48 Woche 11 - Montag Einführung: Modeling Protein Structures, Potential Energy, Force Fields, Threading Homology Modeling Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 48 48

49 Vertiefung: Homology Modeling
Woche 11 - Mittwoch Vertiefung: Homology Modeling Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 49 49

50 Vertiefung: Threading
Woche 12 - Montag Vertiefung: Threading Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 50 50

51 Vertiefung: Structure Comparison
Woche 12 - Mittwoch Vertiefung: Structure Comparison Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 51 51

52 Vertiefung: Binding Site Detection, Docking
Woche 13 - Montag Vertiefung: Binding Site Detection, Docking Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 52 52

53 Beispiel-Fragen

54 Block 7 Cells and Organisms
Kapitel 15,17 Topics: 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology 54

55 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

56 Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Kapitel Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran! Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014

57 Einführung: Gene / Microarray Expression Analysis
Woche 13 - Mittwoch Einführung: Gene / Microarray Expression Analysis Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 57 57

58 Woche 14 - Montag Vertiefung: Gene / Microarray Expression Analysis; Quality Control, Preprocessing, Normalization, Self-organizing Maps for clustering and classification Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 58 58

59 Einführung: Protein Expression Analysis, 2D GE, Mass Spectrometry
Woche 14 - Mittwoch Einführung: Protein Expression Analysis, 2D GE, Mass Spectrometry Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 59 59

60 Woche 15 - Montag Vertiefung: Protein Expression Analysis; Mass Spectrometry, Algorithms for analysing MS data Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 60 60

61 Woche 15 - Mittwoch Vertiefung: Protein Expression Analysis, Peptide Mass Fingerprinting; Einführung: Systems Biology Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 61 61

62 Vertiefung: Systems Biology
Woche 16 - Montag Vertiefung: Systems Biology Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 62 62

63 Beispiel-Fragen