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VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch Annkatrin Bressin Freie Universität Berlin.

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1 VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch Annkatrin Bressin Freie Universität Berlin

2 Vorlesungsthemen Part 1: Background Basics (4) 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases Part 2: Sequence Alignments (3) 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments Part 3: Evolutionary Processes (3) 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees Part 4: Genome Characteristics (4) 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation Part 5: Secondary Structures (4) 11. Obtaining Secondary Structure from Sequence 12. Predicting Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures (4) 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships Part 7: Cells and Organisms (6) 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 2

3 Wiederholung der Vorlesungsthemen Gliederung Blöcke: Part 1: Background Basics Part 2: Sequence Alignments Part 3: Evolutionary Processes Part 4: Genome Characteristics Part 5: Secondary Structures Part 6: Tertiary Structures Part 7: Cells and Organisms Pro Block: Themen / Mind-Maps der zugrundeliegenden Buchkapitel Wichtigste Stichwörter der jeweiligen Vorlesungen als Word-Cloud Beispiel-Fragen der Probeklausur Heute

4 Block 1 Background Basics Topics: 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases Kapitel 1,2,3

5 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 1 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

6 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 2 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

7 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 3 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

8 Woche 1 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung

9 Woche 1 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Wiederholung: Molekular-Biologische Grundlagen

10 Woche 2 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken

11 Woche 2 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava

12 Beispiel-Fragen

13 Block 2 Sequence Alignments Topics: 4.Producing and Analyzing Sequence Alignments 5.Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6.Patterns, Profiles, and Multiple Alignments Kapitel 4,6

14 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 4 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

15 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 6 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

16 Woche 3 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Wiederholung: Sequence Alignment

17 Woche 3 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung: Patterns & Profiles

18 Beispiel-Fragen

19 Block 3 Evolutionary Processes Topics: 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees Kapitel 7,8

20 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 7 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

21 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 8 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

22 Woche 4 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung: Phylogenetische Bäume

23 Woche 5 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Phylogenetische Bäume Evolutionary Distances, Generating Single Trees

24 Woche 5 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Phylogenetische Bäume Generating Multiple Tree Topologies, Tree Evaluation

25 Woche Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Phylogenetische Bäume Statistical Methods for Tree Evaluation

26 Beispiel-Fragen

27 Block 4 Genome Characteristics Topics: 9. Revealing Genome Features 10.Gene Detection and Genome Annotation Kapitel 9,10

28 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 9 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

29 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 10 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

30 Woche 6 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung: Gene Finding

31 Woche 6 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes

32 Woche 7 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes

33 Woche 7 - Donnerstag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison

34 Beispiel-Fragen

35 Block 5 Secondary Structures Topics: 11.Obtaining Secondary Structure from Sequence 12.Predicting Secondary Structures Kapitel 11,12

36 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 11 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

37 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 12 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

38 Woche 8 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung: Secondary Structure from Sequence

39 Woche 8 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction

40 Woche 9 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert)

41 Woche 9 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction

42 Woche 10 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction, Prediction Methods for Special Secondary Structures

43 Woche 10 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: RNA Secondary Structure Prediction

44 Beispiel-Fragen

45 Block 6 Tertiary Structures Topics: 13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships Kapitel 13,14

46 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 13 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

47 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 14 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

48 Woche 11 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung: Modeling Protein Structures, Potential Energy, Force Fields, Threading Homology Modeling

49 Woche 11 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Homology Modeling

50 Woche 12 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Threading

51 Woche 12 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Structure Comparison

52 Woche 13 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Binding Site Detection, Docking

53 Beispiel-Fragen

54 Block 7 Cells and Organisms Topics: 15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology Kapitel 15,17

55 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 15 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

56 Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 Kapitel 17 - Themen Nicht alle Themen kamen in der VL dran!

57 Woche 13 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung: Gene / Microarray Expression Analysis

58 Woche 14 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Gene / Microarray Expression Analysis; Quality Control, Preprocessing, Normalization, Self- organizing Maps for clustering and classification

59 Woche 14 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Einführung: Protein Expression Analysis, 2D GE, Mass Spectrometry

60 Woche 15 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Protein Expression Analysis; Mass Spectrometry, Algorithms for analysing MS data

61 Woche 15 - Mittwoch Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Protein Expression Analysis, Peptide Mass Fingerprinting; Einführung: Systems Biology

62 Woche 16 - Montag Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/ Vertiefung: Systems Biology

63 Beispiel-Fragen


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