Making connections: Data integration, web services, phylogenies and high-throughput data interpretation. Heiko Schoof Crop Bioinformatics, Bonn University.

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1 Making connections: Data integration, web services, phylogenies and high-throughput data interpretation. Heiko Schoof Crop Bioinformatics, Bonn University Plant Computational Biology, MPI Plant Breeding Cologne

2 Putting the pieces together...
Comprehensive, correlative, comparative analyses Putting the pieces together... >P1;At2g04750 putative fimbrin MSSYVGVLVS DPWLQSQFTQ VELRTLKSKF YSTKTRFGRV TVKHLPPVFA KLKYFNGKFD ENEIKTILDE SYPNRAKEVE FETFLRAFLS VQSRGSKGAS SFLKTSTTTF HHSINESEKA SYVSHINSYL KDEPNLKSYL PINPTTNALF DLVKDGVLLC KLINIAVPGT IDERAINTKK ELNPWERTEN LSLCLNSAKA IGCTVVNIGT QDIAEGTPHL VLGLIFQIIK IQLLADLNLK KTPQLVELVE ENQDVEELMG LAPEKLLLKW MNFHLKKAGY EKQVTNFSSD VKDGEAYAYL LNALAPEHST NVTLEIKDPS* Expression Gene sequence Phenotype Pathways & networks molecular function

3 Projects Technology: Biology:
Database interoperability, e-science and data integration as a prerequisite for data mining BioMoby webservices Aggregators and workflows Data integration for EU-SOL Biology: Genome projects for tomato and medicago Function prediction by integrating heterogeneous data in a phylogenomic framework and linking protein networks Candidate gene prediction for QTL: link traits to genes

4 Früherkennung von Stress und Stresstoleranz Ziele für vier Jahre
Zelluläre Abläufe “Stressom”: Basierend auf Transkriptions- und Metabolitenmessungen bzw. Phänotypen/QTL, welche Gene sind in der Stressantwort involviert? Gemeinsame und spezifische Reaktionen Adaption: Genetische Basis von Toleranz

5 Früherkennung von Stress und Stresstoleranz Ziele für vier Jahre
Stressom-Datenbank Integration verfügbarer Daten (mRNA Expression, Metaboliten) Modellierung von Signalwegen und zellulären Netzwerken Gutiérrez R A et al. PNAS 2008;105:

6 Früherkennung von Stress und Stresstoleranz Ziele für vier Jahre
Adaption Genomvergleiche Merkmale mit genetischen Unterschieden verknüpfen QTL candidate gene analysis Haplotype analysis tomato core collection

7 Früherkennung von Stress und Stresstoleranz Ziele für acht Jahre
Datamining über mehrere Ebenen Phänotypen (Hyperspektral/Fluoreszenz) mit genetischen Unterschieden verknüpfen Genom, zelluläre Netzwerke, systemische Reaktionen, ökologische Interaktionen

8 Früherkennung von Stress und Stresstoleranz Ziele für acht Jahre
Detektion von “Regeln”: Abfolge von regulatorischen Signalen im Genom

9 Michael Plümer Ulrike Göbel Xue Dong http://bioinfo.mpiz-koeln.mpg.de
Haili Song Asis Hallab Kathrin Klee Fabian Hoffmann Richard Finkers, WUR Chris Town, TIGR/JCVI Mark Wilkinson, UBC Björn Usadel, MPIMP Klaus Mayer, MIPS FOOD-CT