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Veröffentlicht von:Rikert Gieser Geändert vor über 10 Jahren
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Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in internationalen Netzwerken Anton Güntsch Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem Abt. Biodiversitätsinformatik u. Labors
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Primäre Biodiversitätsdaten
Wissenschaftliche Namen Taxa Autoren Referenzen Sammlungsdaten Metadaten
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Biologische Sammlungen
Naturhistorische Sammlungen (Museen, Universitäten) Lebendsammlungen (z.B. Botanische und Zoologische Gärten, Bakterienstämme) DNA Banken Multimedia Sammlungen Beobachtungsdatenbanken …
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Nutzen von biologischen Sammlungen
Belege ( z.B. für Namensgebung) Ausbildung Kommerzieller Nutzen Umweltmonitoring Historische und gegenwärtige Verbreitungen von Organismen Voraussage von Verbreitungen …
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Sammlungs-Objektdaten
Wer Wann Wo Was
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Sammlungsdaten im Jahr 2000
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Schaffung eines globalen Netzwerks
Global Biodiversity Information Facility (GBIF) Biological Collection Access Service for Europe (BioCASE)
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Spezifikation auf 2 Ebenen
Protokoll-Ebene abstrakte Anfragesprache für heterogene Datenquellen Datenebene Spezifikation eines Datenschemas
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BioCASe Protokoll Spezifikation der Struktur von Anfragen und Antworten im Netzwerk.
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BioCASe - <capabilities>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <request xmlns=" xmlns:xsi=" xsi:schemaLocation=" <header> <sendTime> T09:30:47-05:00</sendTime> <source> </source> <type>capabilities</type> </header> </request>
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BioCASe - <scan>
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <request xmlns=" xmlns:xsi=" xsi:schemaLocation=" <header> <sendTime> T09:30:47-05:00</sendTime> <source> </source> <type>scan</type> </header> <scan> <requestFormat> <concept>/DataSets/[…]/ScientificNameAtomized/Botanical/Genus</concept> </scan> </request>
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BioCASe - <search>
<request> <header> [...] <type>search</type> </header> <search> <requestFormat> <responseFormat start="0" limit="50"> <filter> <and> <like path="/DataSets/DataSet/[...]/TaxonIdentified/NameAuthorYearString">Abies*</like> <or> <like path="/DataSets/[...]/TaxonIdentified/HigherTaxa/HigherTaxon">Pinace*</like> <like path="/DataSets/DataSet/[...]/GatheringSite/Country/CountryName">*Russia*</like> <greaterThan path="/DataSets/DataSet/[...]/ISODateTimeBegin"> </greaterThan> </and> </or> </filter> <count>false</count> </search> </request>
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Access to Biological Collection Data
Datendefinition für alle biologischen Sammlungen (lebend, konserviert, Beobachtungen). Behutsamer Umgang mit kontrollierten Vokabularen und regulären Ausdrücken. Strukturierte Elementbeschreibungen. Variable Atomisierung.
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Strukturierte Elementbeschreibung
<xs:element name="FullScientificNameString" type="String"> <xs:annotation> <xs:documentation>Concatenated scientific name, preferrably formed in accordance with a Code of Nomenclature, i. e. a monomial, bionomial, or trinomial plus author(s) or author team(s) and - where relevant - year, or the name of a cultivar or cultivar group, as fully as possible. </xs:documentation> <xs:appinfo> <sea:FullName>Full scientific name</sea:FullName> <sea:Audience>BioCASE</sea:Audience> <sea:Audience>CODATA TDWG</sea:Audience> <sea:Reviewer/> <sea:ExistingStandard>Darwin Core 2: Scientific Name.</sea:ExistingStandard> <sea:Content/> <sea:Example>Acipenser gueldenstadti Linnaeus 1758</sea:Example> <sea:Rule/> <sea:EditorialNote/> </xs:appinfo> </xs:annotation> </xs:element>
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Variable Atomisierung (1)
<site> <country>Afghanistan</country> <place>Tangi Gharuh</place> <lat>34.16</lat> <long>69.48</long> </site> <date> <day>21</day> <month>8</month> <year>1952</year> </date>
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Variable Atomisierung (2)
<site> <text> BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nas casca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt m. </text> </site> <date> 16 Apr. 1993 </text> </date>
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ABCD - Überblick Datasets Dataset Collection Metadata
(description of dataset, contact information, intellectual property rights,... ) Collection Unit Data (observation or specimen records) Dataset ...
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ABCD - Metadaten Collection Metadata
Original source incl. collection identifier (Source ID) Dataset derivation (data propagation history) Supplier information (organisation, contact) Intellectual Property Rights (IPR) Acknowledgements, Disclaimer, URL etc.
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ABCD - Überblick Datasets Dataset Collection Metadata
(description of dataset, contact information, intellectual property rights,... ) Collection Unit Data (observation or specimen records) Dataset ...
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ABCD - Unitebene Collection Unit Data
Unit identifier (ID), IPR, Acknowledgements,... Identifications Unit collection domain (domain-specific subtypes) Unit state domain (physical state-specific subtypes) Specimen unit Observation unit Gathering event and site characteristics + Digital images, Associations, Assemblages, Measurements, Facts,...
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Verfügbare Software PyWrapper BioCASe Configuration-Tool
BioCASe Query-Tool UnitLoader: API für BioCASe-konforme Anfragen User-Interface Software SchemaViewer, SchemaProcessor, etc.
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Eingesetzt von … BioCASE GBIF-D GBIF-International
Species EuroCAT Euro+Med BioCASE Metadata Network AlgaTerra
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GBIF-D & BioCASE Prototyp
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GBIF-D & BioCASE Prototyp
Unit Data Provider Domain Internet User interface client (Servlet) Portal Domain ? Client CORM JDBC http Query XML ! Unit wrapper http Response XML SQL BioCASE protocol Config. files Java API UnitLoader C
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BioCASe-Statistik (Stand: 4/2005)
> 65 Provider Installationen weltweit > 150 Datenbanken abfragbar > Datensätze zugreifbar
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Vielen Dank!
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