DNA-Mustererkennung Am Beispiel verschiedener b-Globin-Gene

Präsentation zum Thema: "DNA-Mustererkennung Am Beispiel verschiedener b-Globin-Gene"—  Präsentation transkript:

1 DNA-Mustererkennung Am Beispiel verschiedener b-Globin-Gene
Bestimmung der Ähnlichkeit von b-Globin-Genen verschiedener Arten. DNA-KARTIERUNG mit mehreren Restriktionsenzymen Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

2 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
1 Bp Bp Bp Homo sapiens Mensch Pan troglodytes Schimpanse Gorilla gorilla Gorilla Xenopus tropicalis Krallenfrosch Kann ein Vergleich der DNA-Sequenzen der b-Globine Aufschluss über die Verwandtschaftverhältnisse der Arten geben ? Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

3 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
2 Erkennen und Kartieren verschiedener Restriktionsschnittstellen. Auswahl der Restriktionsenzyme: AccI , BamHI , BseRI , BstXI , DraIII , EcoRI - Bearbeitung mit ApE-Software - Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

4 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
3 Erkennen und Kartieren verschiedener Restriktionsschnittstellen. Beispiel: menschliche Beta-Globin-DNA - Bearbeitung mit ApE-Software - Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

5 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
4 Erkennen und Kartieren verschiedener Restriktionsschnittstellen. Beispiel: menschliche und tierische Beta-Globin-DNA - Bearbeitung mit ApE-Software - Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

6 - ApE-Maps, farbige Hervorhebung der einzelnen RE-Erkennungsregionen-
DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich 5 - ApE-Maps, farbige Hervorhebung der einzelnen RE-Erkennungsregionen- Mensch Schimpanse Gorilla Krallenfrosch Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

7 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
6 - Auswertung - Eine aussagekräftige Auswertung sollte folgende Werte mit einschließen: a) Anzahl der verschiedenen Restriktionsorte b) Position der verschiedenen Restriktionsorte c) Abstand in Basenpaaren (Bp) zwischen den verschiedenen Restriktionsorten Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

8 - Auswertung mit Dot-Plots -
DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich 7 - Auswertung mit Dot-Plots - a) Die Anzahl der Restriktionsschnittstellen von Mensch und Schimpanse im Vergleich. Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

9 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
8 a) Die b-Globin-DNA des Menschen im Vergleich mit Schimpanse, Gorilla und Krallenfrosch. Die b-Globin-DNA des Menschen weist mit der DNA von Schimpanse und Gorilla mehr Ähnlichkeiten im Sequenzmuster auf, als mit der DNA des Krallenfrosches. Derartige Analysen lassen Rückschlüsse auf Verwandtschaftsverhältnisse zu. Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

10 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
9 b) Die verschiedenen Positionen der einzelnen Restriktionsorte im Vergleich Die b-Globin-DNA des Menschen weist mit der DNA vom Gorilla die meisten identischen Positionen auf. Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

11 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
10 c) Der Abstand zwischen den verschiedenen Restriktionsorten im Vergleich Die b-Globin-DNA des Menschen weist mit der DNA von Gorilla und Schimpanse die meisten identischen Abstände zwischen Restriktionsorten auf. Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart

12 DNA-Kartierung: Verschiedene b-Globin-DNAs im Vergleich
11 Bewertung der Dot-Plots Die Summe der Übereinstimmungen mit dem b-Globin-DNA des Menschen aus den drei Dot-Plot-Analysen lässt Rückschlüsse auf die Ähnlichkeit der Sequenzen zu. Homo sapiens Mensch Pan troglodytes Schimpanse Die b-Globin-DNA des Menschen weist die meisten Ähnlichkeiten mit der DNA vom Gorilla auf; dicht gefolgt von der DNA des Schimpansen. Die DNA des Krallenfrosches weist am wenigsten Ähnlichkeit mit der b-Globin-DNA des Menschen auf. Gorilla gorilla Gorilla Xenopus tropicalis Krallenfrosch Dr. Hauke  Holtorf / LS Stuttgart