Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 1 PubMed für Naturwissenschaftler HBZ, Informationskompetenz

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1 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 1 PubMed für Naturwissenschaftler HBZ, Informationskompetenz kurse@hbz.uzh.ch kurse@hbz.uzh.ch

2 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 2 Kursablauf 1.(NCBI) 2.Allgemeines zu PubMed PubMed effizient und effektiv nutzen 3.Suchfunktionen, -operatoren 4.Suche mit MeSH Terms 5.Von der Referenz zum Volltext (SFX) 6.Persönliches Profil anlegen (My NCBI) PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

3 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 3 NCBI NCBI (USA): National Center for Biotechnology Information seit 1988 zentrales Institut für Datenverarbeitung und -speicherung molekularbiologischer Daten  Wichtigsten Nukleotid- und Proteindatenbanken  Softwares der Bioinformatik –datenbankübergreifende Suchmaschinen: Entrez-… (z.B. Entrez-Proteins) –Programm zur Sequenzanalysen: BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) –GenBank: Sequenzdatenbank der NIH (National Institutes of Health), Sammlung aller öffentlich zur Verfügung stehender Nukleotid-sequenzen http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

4 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 4PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

5 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 5 Europäisches Äquivalent: EMBL-EBI EMBL-EBI (EU): European Bioinformatics Institute Zentrum für Forschung und Dienstleistungen auf dem Gebiet der Bioinformatik EMBL: European Molecular Biology Laboratory  europäisches Äquivalent zum NCBI (USA) u.a. auch Patent Data Resources: patent abstracts, patent chemical compounds, patent sequences and patent equivalents http://www.ebi.ac.uk/Databases/ PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

6 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 6 Allgemeines zu PubMed PubMed – public access to MEDLINE database  produziert von der US National Library of Medicine (NLM)  programmiert von der NLM-Abteilung NCBI (National Center for Biotechnology Information)  frei zugängliche bibliographische Datenbank  > 5‘500 biomedizinische Zeitschriften  Ab ca. 1946 (OLDMEDLINE Data ca. 1946 – 1965) PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

7 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 7 Allgemeines zu PubMed Fortsetzung…  Referenzen total: ca. 20 Mio  Zuwachs pro Jahr: > 0,5 Mio  Aktualisierung täglich (2‘000 bis 4‘000) direkt durch Verlage und NLM  beschlagwortet mit MeSH* *PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process PubMed - indexed for MEDLINE* PubMed - OLDMEDLINE PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

8 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 8 Zugriff www.hbz.uzh.ch  Recherche-Portal / Datenbanken Vorteil: SFX-Verlinkung PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

9 Hauptbibliothek 15. Februar 2006, Neue Zürcher Zeitung Antidepressiva - ein Risiko in der Schwangerschaft Antidepressiva vom Typ selektive Serotonin-Wiederaufnahme-Hemmer (SSRI) erhöhen laut einer neuen Studie in der zweiten Hälfte der Schwangerschaft das Risiko, dass das Neugeborene eine ernste Gesundheitsstörung entwickelt. Dabei handelt es sich um einen Bluthochdruck im Lungenkreislauf, der zwar insgesamt selten ist, aber oft tödlich verläuft. Das Team von Christina Chambers von der University of California in San Diego hatte 377 Mütter von Kindern mit Lungenhochdruck nach deren Medikamentenkonsum in der Schwangerschaft gefragt. Aufgabe A.1 31.05.2016Seite 9PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

10 Hauptbibliothek 26. April 2011, Der Landbote Multiple Sklerose: Schlüsselfaktor entdeckt Zürcher Forscher haben einen Schlüsselfaktor für die Entstehung der multiplen Sklerose gefunden... Die Wissenschaftler hatten bei genetisch veränderten Mäusen sechs Jahre lang per Eliminationsverfahren nach einem Faktor gesucht, der bei der Entstehung von autoimmuner Enzephalomyelitis, einer MS-ähnlichen Krankheit, essentiell ist – viele möglichen Botenstoffe mussten sie dabei von ihrer Liste streichen… Fündig wurden die Zürcher Forscher beim Botenstoff Granulozyten- Makrophagen-Kolonie stimulierender Faktor, wie sie im Fachmagazin „Nature immunology“ berichten. Aufgabe A.2 31.05.2016Seite 10PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

11 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 11 Allgemeines zur Recherche Allgemeines Vorgehen bei thematischen Suchen: –Für die Fragestellung essentielle Themenbereiche identifizieren –Relevante Suchbegriffe für diese Themenbereiche festlegen (evtl. kontrollierte Begriffe, Synonyme, Wortstamm) –Suche durchführen und Teilergebnisse verknüpfen –Suchstrategie überprüfen und allenfalls anpassen PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

12 Hauptbibliothek Themenbereiche identifizieren 31.05.2016PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ KurseSeite 12 Hilfsmittel: PICO Problem / Patient / Population Intervention / Drug Comparison (if any) Outcome (if any) Typ 1 Diabetiker Behandlung mit Insulinanaloga Behandlung mit Humaninsulin Nutzen (Morbidität, Mortalität, Lebensqualität, Komplikationen)

13 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 13 Datenfelder MusterAnne-Marie Gartenstrasse 12 8034Zürich Datensatz Datenfeld PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

14 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 14 Feldbezeichnungen Die wichtigsten Felder in PubMed: [AU] Author(s): Nachname und Initialen [TI] Title: Titel des Artikels [TT]Transliterated Title:Originaltitel [TIAB] Abstract: Titel und Zusammenfassung [TA] Journal: Zeitschriftentitel oder ISSN [MH] MeSH Terms: Medical Subject Headings [PT] Publication Type: Review, RCT etc. [NM] Substances: generischer Substanzname  Help > Search Field Descriptions and Tags PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

15 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 15 Suchoperatoren Verknüpfung der Suchbegriffe mit den Boolesche Operatoren –gross schreiben: AND, OR und NOT Trunkierung: Wortstammeingabe und * –inaktiviert das Automatic Term Mapping  in der Regel nicht empfohlen PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

16 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 16 Biologie dictionary Biologie Biologie OR biology Wörterbuch OR Lexikon OR dictionary biology (Wörterbuch OR Lexikon OR dictionary) AND (Biologie OR biology) Lexikon Biologie AND Wörterbuch Wörterbuch Boolesche Operatoren PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

17 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 17 SHOW PubMed PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

18 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 18 Autoren und Journals Autorensuche –Familienname und Initialen der Vornamen z.B. Rolf Zinkernagel  zinkernagel r (findet auch alle Arbeiten von Zinkernagel RM) –Evtl. nur als Autor suchen  gene [au] –bei Umlauten Pünktchen weglassen (manchmal auch auflösen: ä  ae) –Vornamen auch ausgeschrieben ab 2002 Journalsuche –unabgekürzten Zeitschriftenname im Suchfeld eingeben –mit Single Citation Matcher PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

19 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 19 Automatic Term Mapping Search term [Details] MeSH translation Table MeSH Term OR search term[text word] OR search [text word] OR term [text word] Journals translation Table search term[Journal] Full Author translation table and Author Index search term[Author] search AND term PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

20 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 20 Aufgabe B Finden Sie Artikel in PubMed zu folgendem Thema: Zusammenhang von UV-Strahlung und Hautkrebs –Wieviele Reviews gibt es dazu in PubMed? –In welchem Journal hat Mister Sun einen Review zu diesem Thema publiziert? PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

21 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 21 Limits –Sprache (z.B. english, german) –Artikeltyp (z.B. letter, meta-analysis, clinical trial) –Altersgruppen –Tier / Mensch –Geschlecht –diverse Subsets Cave: bleiben gesetzt bis aktiv wieder entfernt! Achtung: einzelne Limits (z.B. für Altersgruppen) funktionieren über MeSH- Suchen, deshalb gehen so aktuelle Treffer verloren! PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

22 Hauptbibliothek Aufgabe C Finden Sie alle Artikel in PubMed zu folgendem Thema: „somnambulism“ (Schlafwandeln) in der Adoleszenz*, Publikationen ab 2005, Clinical Trials *Alter gemäss PubMed 31.05.2016PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ KurseSeite 22

23 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 23 Thesaurus „Ein Thesaurus (…) ist eine geordnete Zusammenstellung von Begriffen und ihren (…) Bezeichnungen, die in einem Dokumentationsgebiet zum Indexieren, Speichern und Wiederauffinden dient. Burkart, M.: Thesaurus. In: Buder, M. et al. (Hgg.): Grundlagen der praktischen Information und Dokumentation. Ein Handbuch zur Einführung in die fachliche Informationsarbeit. 4. völlig neu gefasste Ausgabe (1972). München etc. 1997. S. 160-179. Medizinischer Thesaurus PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

24 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 24 MeSH Database Enthält: –Medical Subject Headings (MeSH) –Subheadings –Substance Names (Auswählen) und Add to search builder > Search PubMed  häufig weniger irrelevante Treffer  MeSH Terms nicht bei allen Themen gleich gut geeignet  Suche via MeSH-Database findet keine In Process Citations und keine Publisher-Supplied Citations ([PubMed - as supplied by publisher] oder [Epub ahead of print]) PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

25 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 25PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

26 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 26PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

27 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 27PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

28 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 28 SHOW Suche mit MeSH Terms PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

29 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 29 Aufgabe D Finden Sie in PubMed Artikel zu folgendem Thema: helmets in skiers and snowboarders –Alle Artikel zum Tragen des Helms bei Skifahrern und Snowboardern. –Alle Artikel, welche mit dem Tragen des Helms bei Wintersport zu tun haben, jedoch nicht Skifahren oder Snowboarden betreffen. PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

30 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 30 SHOW zum Artikel über SFX PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

31 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 31 Personalisiertes PubMed: My NCBI –gruppieren der Suchergebnisse in „Untergruppen“ gemäss vorgegebener Filter (max. 5) –Suchstrategie speichern (saved searches):  Wiederholung bei Bedarf  Regelmässige Benachrichtigung per E-Mail über neue Artikel mit oder ohne applizierten Filtern –Referenzen sammeln und teilen (Collections) –Dokumente bestellen über LoansomeDoc PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

32 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 32 SHOW My NCBI PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

33 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 33 Aufgabe E Schreiben Sie sich bei My NCBI ein. Um vom Alert-Service zu profitieren, müssen Sie Ihre E-Mail-Adresse angeben. Speichern Sie eine Suche zu einem von Ihnen gewählten Thema und richten Sie einen Alert-Service dafür ein. PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

34 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 34PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

35 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 35PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse

36 Hauptbibliothek 31.05.2016Seite 36 Herzlichen Dank für Ihr Interesse! Für weitere Fragen: kurse@hbz.uzh.ch PubMed für Naturwissenschaftler, HBZ Kurse