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DOC A Modules Passport Accession Management Sample Taxonomy ScientificName Collection Specimen Geography Site Register Picture Cultivation Location Evaluation.

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Präsentation zum Thema: "DOC A Modules Passport Accession Management Sample Taxonomy ScientificName Collection Specimen Geography Site Register Picture Cultivation Location Evaluation."—  Präsentation transkript:

1 DOC A Modules Passport Accession Management Sample Taxonomy ScientificName Collection Specimen Geography Site Register Picture Cultivation Location Evaluation ObservationAct Transfer Transaction Institutions Institution Publication

2 B Pattern Hierarchy part 1: ACC, SPC, TR Accession Object Specimen Seed/Fruit Specimen Wet Preparation Spike Herbarium Specimen potential Accession other Accession regular Accession Complete Plant Seedling ILeafs Stand Of Fruit CotyledonSeedling IIFlorets Transaction DeliveryOrder Material Transaction Safety Duplicate Transaction Specimen Transaction Information Transaction

3 C Pattern Hierarchy part 2: SMP, CLT, PIC, HARV, SIT Object Vegetative Sample RootBulbilTuber Photo Colour Photo Colour Slide Digital Photo Monochrome Slide Monochrome Scan Seed Sample Cryo Sample In vitro Sample Site Continent Continental Region Diversity Area Country Region Federal State County Township Cultivation Site Collecting Site Picture Drawing CultivationHarvest

4 D Pattern Hierarchy part 3: REG Object Register Book Worksheet Register Card Collecting List Entry Book Field Book Ancestry Book Group Book Cultivation Register Main Register Botanical Register Cultivar Register Document Phytosanitary Certificate MTA Informal Document Formal Document List Sowing List SafetyDuplicate SampleBox Spring List Autumn List Request Scoring Schema Delivery Request Order Request

5 E Pattern Hierarchy part 4: PUB, DCS, OBS, INST Object Institution Project Institution s. str. Person Collecting Expedition Research Institute Gene Bank Botanical Garden BreederNGO Core Collection International Crop DB Specimen Collection Experiment IPK Department GOV IPK Custo- dian Group UserUserGroup Publication Book Paper Edited Book Monograph Journal Paper Informal Paper ObservationActDescriptor

6 I Administration part 1 Label labelNameId labelName labelNameGerman labelNameRemark Category categoryNameId categoryName categoryNameGerman categoryCode categoryNameRemark Error ENTITY Relationship Cardinalities 1 = * = 0.. noted as participation in relationship PrimaryKey ForeignKey Data Types CHARACTER NUMERIC DATE BOOLE Keys ModelPart modelElementId modelElement has *1 with ** * * AuditData oldValue newValue auditDataId User errorNumber cause causeGerman action actionGerman errorId errorRemark error errorName modelPartId modelPart ModelElement for 1* MapType with 1* Authorisation authorisationId authorisation authorisationGerman authorisationRemark isOf 1 * ModelName modelNameId modelName modelNameGerman modelNameRemark with *1 Experiment isOf * 1 for *1 Criterion for ** CheckValue checkValueId checkValue mapTypeId mapType mapTypeGerman mapTypeRemark to ** * DataType isOf 1* dataTypeId mapType dataTypeRemark

7 I Administration part 2 Institution User objectId userAccount userPassword userRemark AccountStatus accountStatusId accountStatus accountStatusGerman accountStatusRemark has *1 isAn 11 OriginalFormat sends *1 printJobId printJob medium printer printRequest DocumentFormat Message messageId message important re noted messageStatus statusChanged sent PrintJob MessageType messageTypeId messageType messageTypeGerman guiStart messageTypeRemark isOf 1* sends 1 * gets * * prints 1 * Item copyAmount itemId referencedId uses * 1 1 * Unit isOf * 1 Label with ** * * ModelElement Authorisation has *1 UserOptions userOptionId userOptionKey userOptionValue userOptionDescription userOptionRemark documentFormatId documentFormat documentFormatGerman documentLayout documentFormatRemark

8 II Objects part 1 Object SampleAccession Specimen Site isAn 1 1 Institution Register PicturePublication CultivationHarvest ObservationAct Transaction isAn Descriptor isAn 1 1

9 II Objects part 2 Object Pattern patternId pattern patternGerman patternRemark Role roleId roleName roleNameGerman roleRemark Notice NoticeType isOf * 1 noticeTypeId noticeTypeGerman noticeType noticeTypeRemark to * * * isOf * 1 Contact Acronym AcronymType acronymTypeId acronymType acronymTypeGerman acronymTypeRemark isOf 1 * has * 1 * 1 noticeId notice acronymId acronym Crop objectId objectName objectNameGerman lifeStart lifeEnd ContactType isOf 1 * contactTypeId contactTypeGerman contactType contactTypeRemark uses * * Storage storedAt * 1 Unit unitId unit unitGerman unitRemark unitCode purposeId purpose purposeGerman purposeRemark isOf 1* Purpose isOf *1 uses * 1 has 1 * isOf * 1 File DataFormat fileName datasets path fileNameOriginal fileRemark host size fileId with ** dataFormatId dataFormatCode dataFormatGerman dataFormatRemark dataFormat isOf * 1 validityStart validityEnd validityRemark object_object_id rank contactId contact validity contactRemark lastChecked cityState zipCode isPrivate in 1 * Site

10 III Passport Accession AccessionName Object BioStatus Activity activityId activity activityGerman activityRemark Availability availabilityId availability availabilityGerman availabilityRemark Crop has * 1 AcquisitionSource AccessionNumber NumberType numberTypeId numberType numberTypeGerman numberTypeRemark Institution isOf * 1 has * 1 * 1 1 * isAn 11 isA 1 * named ** CultivationForm cultivationFormId cultivationForm cultivationFormGerman cultivationFormRemark from * 1 managedBy ** Purpose objectId firstRegeneration activityChange activityChangeReason controlled splittingStatus crop cropId cropGeman cropRemark numberPrefix numberSuffix numberNumeric accessionNumberId numberSource numberValidFrom numberValidTo Method acquisitionSourceId acquisitionSourceCode acquisitionSourceGerman acquisitionSourceRemark acquisitionSource bioStatusId bioStatusCode bioStatusGerman bioStatusRemark bioStatus isOf * 1 created *1 ScoringSchema GrowthStage for * 1 * 1 uses * * Pattern canBeId canBeValue canBe * * * * DataType

11 IV Cultivation Location farmingId farmingStart farmingEnd farmingRemark farmedWith ** Cultivation harvest objectId Site Harvest by 1 * Method Object isIn 1 * cultivatedAtStart cultivatedAtEnd cultivatedAtId cultivatedAtRemark locationId xLocation isolated xDistance yDistance yLocation locationOrder status LocationType locationTypeId locationType locationTypeGerman locationTypeRemark in 1* Grid with 1 1 CultivationSite objectId referencePoint referenceX referenceY xLotAmount yLotAmount xLotLength yLotLength gridDesignId gridDesign GridDesign GreenhouseProperty gridId grid xDistance yDistance xLength yLength isA 1 1 within *1 isAn isOf 1 * withAiring withShadowing greenhousePropertyId withGassing withLight withCooling withIrrigation withRootHeating withDarkening withHumidityControl withTables withHeating objectId planned plannedMove isOf 1* CultivationStatus cultivationStatusId cultivationStatus cultivationStatusGerman cultivationStatusRemark at * * *

12 V Samples Sample Object StorageType Storage Cell Silica Test using * 1 has 1* isAn 1 1 isOf * 1 TestType testTypeId testType testType German testType Remark silicaDate silicaMonths storageId rack rackPart rackFloor column row layer free Method objectId currentStockDate firstStock currentStockMethod currentStock rummage stockTaking testRemark testStart hard interesting abnormal rotten testId total dead testEnd roundness storageType storageTypeGerman storageTypeId storageTypeRemark storageTypeCode storageTypeNumber isOf 1* storedAt * 1 to *1 from * 1 with 11 isA 1 1 SeedSample CryoSample InVitroSample VegetativeSample Building buildingId building in *1 cellId cell cellClimate in * 1

13 VI Seed Stock Management Sample SeedSample isA 11 objectId moisture harvestYear

14 VII Cryo Sample Management CryoSample objectId moveDate capColour Sample isA 11

15 VIII In vitro Management InVitroSample RegenerationCycle regenerationCycle regenerationCycleGerman regenerationCycleId regenerationCycleRemark isIn ** Sample cycleStart cycleEnd cycleRemark cycleId objectId substrate lineNumber isA 11

16 IX Vegetative Sample Management VegetativeSample objectId Sample isA 11

17 X Collection Specimen Object Typus typusId typus typusGerman typusRemark isAn 11 objectId plantPart clone typed *1

18 XI Scientific Names TaxonName Taxon Status statusId status statusGerman statusRemark taxonName taxonNameIdvalidityId validityAuthor ScientificName HybridType hybridTypeId hybridType hybridTypeGerman hybridTypeRemark to * * * TaxonAuthor taxonAuthorId taxonAuthor taxonAuthor Remark taxonAuthorCode to * * Institution Object determination used determinationRemark determinationId Publication scientificNameId accessionPrefix checked taxonId taxonType taxonTypeGerman taxonTypeRemark taxonCode taxonNameRank determined * * * * ReferringType referringTypeId referringTypeGerman referringType Remark referringType refersTo * * * isOf 1* by 1* isOf *1 denominatedIn *1 AccessionName

19 XII Accession Names AccessionName Accession NameType nameTypeId nameTypeGerman nameType nameTypeRemark named * * created 1 * registered * * Institution Cultivar isAn 11 isOf 1* cultivarDescriptionGerman cultivarDescription cultivarRemark accessionNameId registrationStart registrationEnd registrationRemark registrationId denominatedIn *1 Taxon accessionName accessionNameId ancest language

20 XIII Institutions Institution Object isAn 1 1 objectId positionTitle nonEU personFirstName institutionFullName Object Publication Experiment User AccessionName created * 1 1 * AccessionNumber isAn 1 1 ScientificName determined * * * * isAn 11 registered **

21 XIV Register Register Object objectId List isA 11 with 1* Filter Criterion has * * filterNameId filterNameRemark filterName filterNameGerman criterionId criterion operation for *1 ModelElement objectId isValid isSorted isEditable isAn 1 1 Request isA 1 1 ScoringSchema isA 1 1

22 XV Picture Picture isAn 1 1 Object OriginalFormat objectId originalFormatId length height originalFormat originalFormatGerman originalFormatRemark isOf *1 GrowthStage with 11 ValueRange SingleValue with ** *

23 XVI Publication Publication isAn 1 1 Object objectId title source publicationYear references * 1 Method ScientificName Object Institution determined * * * * refersTo * *

24 XVII Geography Site Object Geography has *1 geographyId altitudeMin longitude latitude altitudeMax referenceType objectId soil climate topography isAn 11

25 XVIII Transfer Transaction Object isAn 1 1 objectId dataRequest requestWay mtaRequest receiverChecked authorised payed Request Register isA 1 1 objectId processingStatus awaited isAn 11

26 XIX Evaluation part 1 ObservationAct GrowthStage growthStageId macroStage microStage stageDescription stageDescriptionGerman Object objectId SingleObservation singleObservationId observationScore plantId underReserve portion singleObservationRemark in *1 has *1 Picture Crop for 1 * isAn 1 1 with 1 1

27 XIX Evaluation part 2 ExperimentEnvironment isAn 1 1 objectId restrictionEnd environmentId environment environmentGerman dayLength nightLength dayTemperature nightTemperature lightColour gassingAmount airHumidity soilHumidity environmentRemark in ** validFrom validTo validityId Authorisation Institution with 1*

28 XIX Evaluation part 3 isOf *1 Method has ** * MethodType methodTypeId methodType methodTypeGerman methodTypeRemark Publication Unit methodId methodGerman methodRemark method method_method_Id rank value valueGerman Test Crop Descriptor Harvest Location using *1 1* farmedWith ** managedBy ** by *1 references 1 *

29 XIX Evaluation part 4 ValueRange SingleValue Picture singleValueId singleValue singleValueGerman singleValueCode singleValueRemark RangeType GrowthStage valueRangeId valueRange valueRangeGerman rangeDescription rangeDescriptionGerman valueRangeRemark rangeTypeId rangeType rangeTypeGerman rangeTypeRemark Descriptor has * 1 ScoringSchema objectId Crop isFor * 1 in ** objectId isMainDescriptor with ** * Object isAn 1 1 List isA 1 1 isOf * 1 Method using *1

30 1 Conventions Namens- und Darstellungskonventionen Das logische Modell von GBIS ist in einer ER-Notation dokumentiert, die einige Spezifika aufweist. Da es nach Heuer & Saake (2000) insbesondere für die Angabe der Kardinalitäten keinen Standard gibt, sind hier diese Spezifika beschrieben. Heuer & Saake (2000) Entities (zur Begrifflichkeit Entitäten vs. Entities vgl. Heuer & Saake 2000) sind als Rechtecke dargestellt. Heuer & Saake 2000) Relationen sind als Rauten dargestellt. Die Angabe der Kardinalitäten erfolgt als Angabe, wie oft eine Instanz einer Entity an einer Relation teilnehmen kann. Zur Verdeutlichung wird die Kardinalität auf der Seite der Entity unmittelbar an der Relation notiert. Es werden nur die Werte 1 (= ) und * (= 0... N) verwendet. Optionalitäten sind damit nicht aus der Dokumentation ersichtlich. Attribute sind als abgerundete Rechtecke dargestellt. Sie enthalten einen (logischen) Attributnamen. Die unterschiedlichen Datentypen werden durch unterschiedliche Farben repräsentiert. Primärschlüsselattribute sind fett gedruckt. Fremdschlüsselattribute sind nicht explizit aufgeführt, wenn sie nicht gleichzeitig Primärschlüssel sind. Dann sind sie fett und kursiv dargestellt. Fremdschlüssel sind implizit aus der Relation ableitbar; bei 1:n-Relationen sind sie auf der 1-Seite zu ergänzen; m:n(:o)-Relationen enthalten die Primärschlüssel der teilnehmenden Entities als Fremdschlüssel. Naming and mark up conventions For documenting the logical model of GBIS (Gene Bank Information System), a specific layout has been chosen. Following Heuer & Saake (2000) there are no layout standards particularly with regard to writing down cardinalities.Heuer & Saake (2000) Entities have been displayed as rectangles. Relationships have been displayed as diamonds. Cardinalities are written down as amount of instances of entities joining a relationship. To make it clear, the cardinality has been noted near the relationships diamond in the right of the entity meant. Only the values 1 (= ), and * (= 0... N) respectively are used. Due to this, no optionalities can be seen within the documentation. Attributes have been displayed as rounded rectangles. A logical attribute name is presented. Several data types are represented by several colours. Primary key attributes have been printed bold. Foreign key attributes are not noted explicitly, excepting they are primary key attributes in the same context. If this occurs, they are noted with bold and italic letters. Foreign keys can be identified implicitly from the relationship. Therefore, an entity would contain a foreign key, if it would join a 1:n- relationship and if it is on the 1-side. M:n(:o)- relationships contain the primary keys of joining entities as foreign keys.

31 2.1 Design patterns (part 1) Um die Lesbarkeit zu erleichtern, wurde versucht, eine Reihe von Entwurfsmustern konsequent umzusetzen. Diese Entwurfsmuster sollen kurz erläutert werden: Objekte und Relationen zwischen Objekten Entities werden zu Objekten im Sinne des GBIS, wenn Beziehungen zu anderen Entities dies rechtfertigen, insbesondere wenn mehrere Beziehungen zwischen zwei Entities bestehen können. Alle diese Beziehungen werden zentral verwaltet. Die Beziehungen zwischen Objekten werden durch Rollen charakterisiert. Die Rolle wird nach dem Schema Elter_hatRolleInBezugAuf _Kind erzeugt. Ein Beispiel: Akzessionen, Partien und Institutionen sind Objekte, die in der Genbankarbeit eine Rolle spielen und verwaltet werden müssen. Akzessionen sind Abstraktionen (vgl. Dokumentation der Ist-Stand-Analyse, Knüpffer et al. 2002). Sie sind u. a. dadurch gekennzeichnet, dass es zu allen Akzessionen mindestens eine Partie gibt (lebende Akzession) oder gegeben hat (gestrichene Akzession). Zu einer Akzession kann eine Reihe von Institutionen (s. 3.13) in Beziehung treten:Knüpffer et al ein Donor(-Institut) (z. B. ein botanischer Garten), von dem die Akzession (bzw. eine Original-Partie einer Akzession) bezogen wurde eine Sortimentsgruppe des IPK, die für die Erhaltung der Akzession verantwortlich ist ein Institut, das ein Sicherheitsduplikat der Akzession aufbewahrt (z. B. eine andere Genbank) Es wurde versucht, im Objektkonzept von GBIS objektorientierte Ansätze von Datenbankmodellen umzusetzen. Das bedeutet konkret, dass Akzessionen, Partien, Institutionen, etc. Spezialisierungen von Objekten sind und ihre Attribute erben, auch wenn die vererbten Attribute nur den Identifier umfassen. In solchen Fällen rechtfertigen ggf. spezielle Beziehungen, die nur von der abgeleiteten Entity eingegangen werden kann, die Vererbung. We have tried to apply some design patterns consequently for use easier. Here is an explanation of these patterns. Objects and relationships between Entities become objects in GBIS, if there are relationships to other entities, in particular when a few of relationships exist between the same entities. All these relationships will be administered centrally. Relationships between objects are characterised by roles. Creating a role uses the schema parent_playsRoleTo_child. An example: accessions, samples and institutions are objects, which have to be administered in every day work of IPK gene bank. Accessions are abstractions (see Knüpffer et al. 2002). They are characterised by their materialisation in samples and by other attributes. There are living accessions (with at least one existing sample) and deleted accessions (with no existing sample). A number of institutions (compare 3.13) can be in relationships with a single accession: Knüpffer et al A donor institution (e. g. a Botanical Garden), which sent an accession (an original sample of an accession respectively) to a gene bank A curator group of the gene bank, whose members are responsible for maintenance and management of the accession An institution storing the safety duplicate sample of the accession (e. g. another gene bank) We tried to apply object-oriented approaches of database models in the concept of objects of GBIS. That means, accessions, samples, institutions, etc. are specialisations of objects, and the attributes are inherited from the parent class (objects), even if the really inherited attribute is the identifier only. In these cases special relationships may exist only between the inherited entity and other entities.

32 2.2 Design patterns (part 2) Dekodiertabellen Attribute mit kleinem und gut definierten Wertebereich werden in Dekodier- oder Dictionary-Tabellen separat verwaltet. Alle Dekodiertabellen haben grundsätzlich die gleiche Struktur: einen eindeutigen numerischen Identifier einen englischsprachigen Namen oder eine Kurzbezeichnung einen deutschsprachigen Namen oder eine Kurzbezeichnung ein Bemerkungs-Attribut, das vorzugsweise mit deutschsprachigen Bemerkungen gefüllt wurde Im Einzelfall kann von dieser Struktur abgewichen worden sein, wenn z. B. eine Abkürzung allgemein verwendet wird (z. B. im Fall des Taxons bei botanischen Namen, wo die Abkürzung ssp. für Subspezies (Unterart) allgemein gebräuchlich ist. Gleiches gilt für andere Taxa entsprechend). In der folgenden Dokumentation wird auf Dekodiertabellen bzw. die sie repräsentierenden Entities und deren Attribute nicht immer explizit eingegangen. Decoding Tables Attributes with a small and well-defined range are administered separately in decoding or dictionary tables. All these tables are of the same structure: a unique numeric identifier an English name or short description a German name or short description a remark attribute, preferably with remarks in German In particular cases we deviated from this principle, e.g. if an abbreviation is commonly used (see the example of taxa in botanical names, where ssp. as abbreviation of Subspecies is in common use as well as other abbreviations for other taxa). Because of these guidelines of using dictionary tables, a discussion of them or the representing entities and their attributes will mostly be ignored in the following documentation.

33 2.3 Design patterns (part 3) Hierarchien Die Abbildung von Hierarchien wird durch Selbstbezüge realisiert. Die resultierenden Fremdschlüssel enthalten immer die Elter-Instanz, so dass Wurzeln von Hierarchien durch ihre Elterlosigkeit charakterisiert sind. Zum Beispiel hat ein Sortimentsgruppe des IPK die Abteilung Genbank des IPK, diese wiederum das IPK als Elter, während letzteres elterlos dargestellt wird. Hierarchien werden vorzugsweise durch 1:n-Relationen abgebildet. Wenn es sich um ternäre Relationen handelt oder diese Selbstbezüge selbst noch Attribute enthalten, sind auch m:n(:o)-Relationen notiert. Hierarchies The mapping of hierarchies has been implemented by recursive relationships. The resulting foreign keys refer permanently to the parent instance. Thus, parentless instances are marked as roots of hierarchies (e. g. the parent of an IPK curator group is the IPK gene bank, which parent is the IPK itself, which is parentless). Hierarchies are implemented preferably as 1:n- relationships. If there are ternary or attribute containing relationships, also m:n(:o)-relationships are noted.

34 3 Modules Der Entwurf von GBIS kann Anwendungsebenen entsprechend in Modulen dargestellt werden. Jedes dieser Module kommuniziert mit einem oder mehreren anderen. Dargestellt sind die Modulnamen und die zentralen Entities. In der Regel enthält eine Abbildung den Überblick über ein Modul und die Anknüpfungspunkte zu anderen Modulen bzw. zu anderen zentralen Entities. The schema of GBIS can be partitioned into modules corresponding to use case complexes. Each module is communicating to one or more other. The module names and their central entities are presented. Most of the figures give an overview over one module and the communication pathways to the other modules or to their central entities respectively.

35 3.1 Administration (part 1) Die Entities zu administrativen Zwecken stehen teilweise losgelöst von den übrigen Modulen, da sie v. a. Informationen speichern, die für die Anwendungen von Belang sind. Deshalb sind Fehlermeldungen explizit in der GBIS-Datenbank gespeichert (Error). Fehler sind kategorisiert (Error_isOf_Category), um Ausnahmebehandlungen verallgemeinern zu können. Es ist wünschenswert, einzelne Elemente (ModelElement) für Nutzern bzw. Nutzergruppen zugänglich, d. h. sichtbar, oder bearbeitbar zu machen (User_enters_ModelElement_with_Authorisation_and_Label). Attribute und GUI-Elemente gehören zu (Teil-)modellen (ModelPart; ModelPart_has_ModelElement), welche wiederum semantischen Modellen angehören (ModelPart_isOf_ModelName). Attribute werden auch für die Auditing-Funktionalitäten von GBIS genutzt. Durch ein Auditing können alle Änderungen an Daten verfolgt werden (AuditData.{oldValue | newValue}). Dadurch wird eine Qualitätskontrolle auf der Datenebene in das System eingeführt. Die semantischen Modelle können mit spezifischen Rechten verknüpft werden (Authorisation_for_ModelPart) Die Verwaltung von Check-Constraints (ModelElement_with_CheckValue) in Tabellen des Schemas ermöglicht die Versorgung der Applikationsschicht mit den Informationen darüber, ohne spezielle Dekodiertabellen anlegen zu müssen, die nur sehr wenige aber hoch stabile Werte enthalten würden. Die Daten der Check-Constraints sind innerhalb der Datenbank als Zeichenketten abgelegt und typisiert (CheckValue_isOf_DataType), um sie in den Applikationen gut aufbereitet zu verarbeiten. Die Spaltennamen verschiedener Schichten (ModelPart.modelPart = {Datenbanktabellen | Datenbankviews | Entity objects der Applikation | View objects der Applikation | Gui-Elemente | GUI-Panels}) sind aufeinander abbildbar, wobei die Abbildungen typisiert sind (ModelElement_to_ModelElement_with_MapType). The entities for administration are partly separated from other modules, because they store information, which is associated with GBIS applications. Therefore, errors are stored explicitly in the database of GBIS. They are organised in categories to support generalisations in exception handling. It may be desirable for a user or a user group to enter a specific ModelElement, which can be shown, or edited respectively (User_enters_ModelElement_with_Authorisation_and_Label). Attributes ans gui elements belong to (partial) models (ModelPart_has_ModelElement), which may belong to semantic models (ModelPart_isOf_ModelName). ModelElements are used in the auditing function of GBIS, too. By auditing, all changes in the data can be tracked (AuditData.{oldValue | newValue}), and a quality control of data management can be introduced into the system. Semantic models can be related to specific grants (Authorisation_for_ModelPart). The administration of check constraints (ModelElement_with_CheckValue) in schema tables dues to the avoidance of decoding tables with few but highly stable values. The data of the check constraints are stored as strings within the database using types (CheckValue_isOf_DataType) to compute them by applications very well. The column names of the different application tiers (ModelPart.modelPart = {database tables | database views | entity objects of the application | view objects of the application | GUI elements | GUI panels}) are mappable one to the other by type of mapping (ModelElement_to_ModelElement_with_MapType).

36 3.1 Administration (part 2) Ein Nutzer ist im Sinne von GBIS eine Institution (User_isAn_Institution). Zur Realisierung einer einfachen Rechteverwaltung haben Nutzer einen Status (User_has_AccountStatus). Nutzer sind in Nutzergruppen mit den gleichen Systemrechten zusammengefasst. Da auch diese wiederum Institutionen sind, wird die Zugehörigkeit zu Nutzergruppen in der Object_to_Object- Relation verwaltet.Object_to_Object- Relation So können Nutzer (User_isAn_Institution; Institution_isAn_Object; Object_to_Object) systeminterne Nachrichten erhalten (s. u.) die sie über anstehende Arbeitsaufgaben oder Erledigungen informieren. Auf diese Art und Wiese können auch Änderungen an den Daten veranlasst werden, wenn ein Nutzer selbst nicht über die erforderlichen Rechte dazu verfügt.Object_to_Object Druckaufträge (User_sends_PrintJob) sind solche Aufgaben, die nicht von jedem Nutzer ausgeführt werden können und in einer Schleife geparkt werden müssen, bis ein berechtigter Nutzer den Druck (insbesondere von Etiketten; PrintJob_prints_Item, PrintJob_uses_DocumentFormat, DocumentFormat_uses_Unit) vornimmt. Nachrichten sind typisiert (Message_isOf_MessageType). Solche Typen werden immer wieder bestimmten Nutzern oder Nutzergruppen zugestellt (User_gets_MessageType). A user is an institution in GBIS. Implementing a simple administration of authorisations, all users have an account status. User can be organised in user groups with the same authorisations. Due to the property of user groups being institutions as users, the membership of users will be administered in the Object_to_Object relation.Object_to_Object relation Joining a user group (User_isAn_Institution; Institution_isAn_Object; Object_to_Object) users get system internal messages (see below) to be informed about jobs to do, or jobs done, respectivly. Special jobs can be ordered, unless a certain user has the authorisations to do it himself.Object_to_Object Print jobs (User_sends_PrintJob), for example, must not be done by every user. So these jobs will be parked in print job stacks, until an authorised user will print (specially labels; PrintJob_prints_Item, PrintJob_uses_DocumentFormat, DocumentFormat_uses_Unit). There are types of messages, which will be usually sent to certain users or user groups (User_gets_MessageType).

37 3.2 Objects (part 1) Die zentrale Entity im GBIS-Modell sind Objekte (Object). Akzessionen (Accession), Saatgut-/In-vitro-/Cryo-/vegetative Partien ({Seed | InVitro | Cryo | Vegetative}Sample), Ernten (Harvest), Aufwüchse (Cultivation), Beobachtungen (ObservationAct), Belege (Specimen), Institutionen (Institution), Fundorte und andere geografische Einheiten (Site), Bilder (Picture), Publikationen (Publication), Transaktionen (Transaction) und Karteikarten (Register) sind Objekte im Sinne von GBIS. Objekte sind nur durch ihren numerischen Identifier (Object.objectId) eindeutig gekennzeichnet. Dieser Identifier ist global eindeutig. Objekte erhalten einen Namen (Object.{objectName | objectNameGerman}) und eine Lebensdauer (Object.{lifeStart | lifeEnd}). Ein Objektname erleichtert v. a. die Suche nach Akzessionen und Partien, da die mehrteiligen Akzessionsnummern (Präfix – numerischer Teil – Suffix) bzw. Partienummern (Präfix – numerischer Teil – Suffix – Erntejahr) für Auswahllisten schnell zur Verfügung stehen sollen.AccessionSeedInVitroCryo VegetativeSampleHarvestCultivationObservationActSpecimenInstitutionSitePicturePublicationTransactionRegister Objekte sind typisiert (Object_isOf_Pattern). Die Typen (Pattern.pattern) sind die oben aufgezählten (Akzessionen, Partien,...). Typen sind ggf. hierarchisch organisiert (Pattern_isOf_Pattern): Schwarzweiß- oder Farbfotos sind Fotos, diese sind Bilder (Picture), Herbarbelege von Jungpflanzen oder von Blütenständen oder von Blättern sind Belege (Specimen),...hierarchisch organisiert Es wird dokumentiert, welche Belege üblicherweise von einer Fruchtart genommen werden (Crop_used_Pattern). Dadurch kann eine Übersicht über die Vollständigkeit der Belegsammlung erreicht werden. Zu Objekten können beliebig viele Bemerkungen gespeichert werden (Object_has_Notice). Diese Bemerkungen sind typisiert (Notice_ isOf_NoticeType), um Informationen schnell auffinden zu können, z. B. können Bemerkungen zu besonderen Eigenschaften von Akzessionen (Verwendung, Geschmack...) festgehalten werden, die i. d. R. dünn mit Informationen besetzt sind, d. h. nur für eine Minderheit der Akzessionen zur Verfügung stehen, aber interssant für spezifische Nutzer sein können. Objects are the central entity in the GBIS model. Accessions, {seed | in vitro | cryo| vegetative} samples, harvest, cultivations, observation(Act)s, specimens, institutions, collecting sites and other geographical units, pictures, publications, transactions and register cards are objects in the context of GBIS. All objects are to be identified only by their numerical identifier (Object.objectId). This identifier is globally unique. Objects get a name (Object.{objectName | objectNameGerman}) and and a life time period (Object.{lifeStart | lifeEnd}). An object name is helpful to support quick search of accessions and samples by multipart accession (prefix – numeric part – suffix) or sample number (prefix – numeric part – suffix – harvest year) respectively. Accessionsseed in vitro cryovegetativesamples harvestcultivationsobservation(Act)sspecimens institutionssites picturespublicationstransactions register Each object is of a type (Object_isOf_Pattern). These types or patterns have been mentioned formerly (accessions, samples, institutions, etc.). Where required, types are hierarchically organised (Pattern_isOf_Pattern), e.g. photographs in black and white are photographs, which are pictures, specimens of seedlings or leafs are specimens, etc.hierarchically organised A documentation about the usually created specimens will be done for each crop (Crop_used_Pattern). Thus, an overview over the completeness of specimen collection is possible. Each object can be supplemented arbitrarily by notices (Object_has_Notice). These notices have been typed (Notice_isOf_NoticeType) to support quick search for information about specific properties of objects like accessions (e. g. usage, flavour, cooking properties, etc.). These notice types are usually rarely known but of any specific interest for external users.

38 3.2 Objects (part 2) Objekte haben eine Reihe von Namen (Object_has_Acronym). Hier werden nicht nur echte Akronyme festgehalten, sondern beliebige Bezeichnungen für die jeweiligen Objekte. Die Akronyme sind deshalb typisiert (Acronym_isOf_AcronymType): Ein Institutionen-Objekt hat neben seinem vollständigen Namen auch diverse Abkürzungen: Das Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung Gatersleben (Institution.institutionFullName) hat eine Kurzbezeichnung (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType = institutionShortName) IPK Gatersleben, einen bei der FAO geführten Code (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType = faoCode) DEU416,... Ein Site-Objekt hat neben seinem vollständigen Namen diverse Abkürzungen und Bezeichnungen: Die Bundesrepublik Deutschland (Site.siteGerman) hat neben ihrem englischen Namen (Site.site) Federal Republic of Germany einen Code nach ISO 3166 (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType = iso3166Code) DEU, eine Kurzbezeichnung (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType = countryShort) BRD,...ISO 3166 Eine Reihe von Objekten wird gelagert (insbesondere Partien, aber auch Belege, Bilder und Dokumente wie Karteikarten; Object_storedAt_Storage).Object_storedAt_Storage Objects can have a number of names (Object_has_Acronym). We do not store real acronyms only but arbitrary names of objects. Thats why the acronyms have been typed (Acronym_isOf_AcronymType): An institution object can be named not only by its full name but by several acronyms or abbreviations, too: The Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung Gatersleben (Institution.institutionFullName) has a short name (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType = institutionShortName) IPK Gatersleben, a code given by the United Nations Food and Agricultural Organisation FAO (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType = faoCode) DEU416,... A site object has a full name and several abbreviations: The Bundesrepublik Deutschland (Site.siteGerman) has an English name (Site.site) Federal Republic of Germany as well as a code following ISO 3166 (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType = iso3166Code) DEU, a short name (Acronym.acronym | AcronymType.acronymType = countryShort) BRD, etc.ISO 3166 A number of objects will be stored, especially samples, but also specimens, pictures, and register cards (Object_storedAt_Storage).Object_storedAt_Storage

39 3.2 Objects (part 3) Eine der zentralen Beziehungen im GBIS ist der Selbstbezug der Objekte untereinander (Object_to_Object), der nur die relevanten Zusammenhänge aller Objekten untereinander zentral verwalten soll. Dazu ist es unerlässlich, diesen Beziehungen Rollen zuzuordnen (Object_to_Object_with_Role): Institution A ist Donor (Role.roleName = donated) der Akzession TRI (A_donated_[TRI 30000]). Herr Prof. Graner ist Angestellter des IPK (Role.roleName = subdivides into: IPK_[subdivides into]_[Andreas Graner]), Leiter der Abteilung Genbank des IPK (Role.roleName = leads: IPK_[subdivides into]_[gene bank department] und [Andreas Graner]_leads_[gene bank department]), und Professor für Pflanzengenetische Ressourcen an der MLU Halle- Wittenberg (Role.roleName = leads: [MLU Halle]_[subdivides into]_[Lehrstuhl Pflanzengenetische Ressourcen] and [Andreas Graner]_leads_[Lehrstuhl Pflanzengenetische Ressourcen]). Ein Foto ist die Digitalisierung eines bestimmten Herbarbelegs (Role.roleName = illustrates: Photo_[illustrates]_Specimen). Solche Beziehungen zwischen Objekten können zeitlich begrenzt sein. Deshalb werden Anfangs- (to.validityStart) und Enddatum (to.validityEnd) der Gültigkeit der Beziehung festgehalten: Wissenschaftler führen Beobachtungen über einen Zeitraum hinweg an Aufwüchsen durch. Die Teilnehmer einer Sammelreise hielten sich nur eine begrenzte Zeit an einem Fundort auf. Die Sammelreise als solche hatte ein Anfangs- und ein Enddatum. Viele Beziehungen haben zwar ein Anfangs- aber kein Enddatum: Die Partie TRI 30000/2004 gehört ab ihrem Einlagerungsdatum in 2004 zur Akzession TRI Diese Zugehörigkeit endet nicht mehr, auch wenn die Partie selbst nicht mehr existiert. One of the most important relationships in GBIS is the recursive relationship of objects (Object_to_Object). Only relevant relationships of objects are administered centrally. For this reason roles are added to characterise the relationships exactly (Object_to_Object_with_Role): Institution A is the donor (Role.roleName = donated) of the accession TRI (A_donated_[TRI 30000]). Prof. Graner is an employee of IPK (Role.roleName = subdivides into: IPK_[subdivides into]_[Andreas Graner]) as well as the leader of gene bank department of IPK (Role.roleName = leads: IPK_[subdivides into]_[gene bank department] and [Andreas Graner]_leads_[gene bank department]) as well as chair holder of Pflanzengenetische Ressourcen at Martin Luther University Halle-Wittenberg (Role.roleName = leads: [MLU Halle]_[subdivides into]_[Lehrstuhl Pflanzengenetische Ressourcen] and [Andreas Graner]_leads_[Lehrstuhl Pflanzengenetische Ressourcen]). A photo is a digitalisation of a herbarium specimen (Role.roleName = illustrates: Photo_[illustrates]_Specimen). Relationships between objects can be time-limited. Thats why the begin (to.validityStart) and the end date (to.validityEnd) of the validity of a relationship are noted: Scientists are observing cultivated plants within time periods. The participants of a collecting expedition collected plants for limited time at a site. The collecting expedition started and ended. Many relationships start but will not end: The sample TRI 30000/2004 is a sample of accession TRI from storage date in This will not end, even if the sample will be lost or extinct.

40 3.2 Objects (part 4) Die Karteikarte mit der objectId gehört ab dem Anlage- oder dem Erfassungsdatum zur Akzession ALL 530. Auch diese Zugehörigkeit endet nicht. Die Beziehungen können mit Bemerkungen versehen sein (to.validityRemark). Eine Reihe von Objekten kann nur existieren, weil es einen Grund dafür gibt (Object_isOf_Purpose; z. B. Transaktionen, Experimente, Aufwüchse, Listen). Da Zwecke auch in anderen Kontexten verwendet werden, sind sie durch einen Selbstbezug klassifizierbar (Purpose_isOf_Purpose). TransaktionenExperimenteAufwüchseListen Viele Objekte haben eine Beziehung zu einer Maßeinheit (Object_uses_Unit), die etwaige Mengenangaben begleitet. So wird die Lagermenge von Saatgutpartien i. d. R. in Gramm geführt, wobei es insbesondere bei Wildkartoffeln auch abgezählte Mengen gibt (Einheit: Stück). Gleiches gilt für Ernten, wobei auch Knollen gezählt werden. Die Formate von Bildern sind in mm, cm oder Pixeln messbar. Weiter gehende Informationen über GBIS-Objekte können in externen Dateien gespeichert werden (Object_with_File). GBIS verwaltet dann nur den Verweis auf diese Dateien. Es kann sich um Originalmessprotokolle von Versuchen handeln. Auch die Bilder werden nicht als Datenbankobjekte sondern über ein File-System zugänglich gemacht. Jedes Objekt kann dabei zu beliebig vielen Dateien in Beziehung gesetzt werden. Es werden einige Metainformationen über die Datei (Originalname, Datenformat) gespeichert. The register card identified by objectId is a register card for the accession ALL 530 from creation or documentation date. This will not end, too. Remarks can be added to Object_to_Object relationships (to.validityRemark). A number of objects exist only by reason (Object_isOf_Purpose; e. g. transactions, experiments, cultivations, lists, etc.) Due to multiple use of purposes, these are classified (Purpose_isOf_Purpose) using a recursive relationship.transactionsexperiments cultivationslists Many objects use units, which represent the measurement unit of counts or weights, e. g. the storage amount of seeds may preferably be kept as a weight in grams, but exceptions like wild potatoes will be counted (unit: pieces). Just the same procedure is used for harvests, but potato tubers will be counted again. The format of pictures are defined by mm, cm, or pixels, respectively. Further information about GBIS objects are kept in files (Object_with_File). GBIS will administer only a file link, but not the information itself, e. g. for original experiment protocols, or pictures about GBIS objects, respectively. Every object can be joint with a lot of files. Some meta information like the original file name, or the data format, can be kept.

41 3.2 Objects (part 5) Für Objekte gibt es weitergehende Kontakt-Informationen (Object_has_Contact). Das kann eine Website über einen Versuch an IPK-Akzessionen, die Adresse eines Donors oder die -Adresse eines Mitarbeiters einer Genbank sein. Zu jedem Objekt werden beliebig viele Kontaktinformationen gespeichert, so dass auch Listen von -Adressen von Ansprechpartnern einer Institution hinterlegt werden können. Verwaltet werden die eigentliche Kontaktinformation (Contact.contact; z. B. der URL-String, für Adressen die Straßen- bzw. Postfachangabe) und die nur für Adressen verwendeten PLZ- (Contact.zipCode) und Orts-Angaben (Contact.cityState). Die Kontaktinformationen sind typisiert (Contact_isOf_ContactType; z. B. Adresse, URL) und ggf. als privat gekennzeichnet (Contact.isPrivate). Neben dem letzten Prüfdatum (Contact.lastChecked) wird explizit ein Gültigkeitsvermerk (Contact.validity) gespeichert. Insbesondere für die statistische Auswertung von Abgaben ist es erforderlich, einen Kontakt mit einem Land zu verknüpfen. Dieses Land ist eine site (Contact_in_Site). Perhaps there is further contact information about objects (Object_has_Contact). This may be a website about an experiment on IPK accessions, or the address of a donor institution as well as addresses of a genebanks employee. Each object is linked to probably many contact information. Due to this a list of addresses of an institutions partner con be kept. The contact information itself (e. g. the URL string, in case of addresses the street, or the p. o. box number, etc.) is to administer. For addresses only a zip code information and a city name, which can be concatenated with the states abbreviation, will be kept. These information are typed (Contact_isOf_ContactType; e. g. address, url, etc.) or flagged as private, if necessary. The last date an information has been checked (Contact.lastChecked) is explicitly stored as well as a validity remark (Contact.validity). Especially for statistical use in case of seed transfers a contact is connected with a country. In GBIS a country is a site (Contact_in_Site).

42 3.3 Passport data (part 1) Das Modul Passportdaten enthält zentrale Attribute der Akzessionen. Ein Akzessions-Objekt (Accession_isAn_Object) ist gekennzeichnet durch die Zugehörigkeit zu einer taxonomischen Einheit, die einen oder mehrere botanische Namen (ScientificName) tragen kann, und ihre Herkunft (Fundort bzw. Ursprungsland; Site). Neben dem botanischen Namen können der Akzession beliebig viele andere Namen (AccessionName) zugeordnet werden, z. B. Sortennamen, Lokalnamen, fremdsprachige Namen usw.ScientificNameAccessionName Darüber hinaus sind einer Akzession beliebig viele Kurzbezeichnungen (Nummern) zuordenbar (AccessionNumber). Eine typische Gaterslebener Akzession kann im Laufe ihres Daseins als Akzession in der Genbank des IPK folgende Typen von Nummern tragen. Deshalb werden alle diese Nummern gespeichert: Eine Donor- oder/und eine Sammelnummer. Eine Donornummer ist i. d. R. die Nummer, unter der der Donor, z. B. eine andere Genbank, die Akzession in seiner Organisation verwaltet. Eine Sammelnummer ist die auf einer Sammelreise vergebene Nummer für ein beliebiges gesammeltes Objekt, aus dem später eine oder mehrere Genbankakzessionen werden können. Eine dritte (vierte,...) Nummer. Da Akzessionen von einem Donor bezogen worden sein können, der diese wiederum von einem anderen Donor bezog, können auch solche Nummern gespeichert werden. Ebenso ist es möglich, dass Informationen darüber vorliegen, dass eine bestimmte Akzession bei einer Institution eine weitere Nummer trägt. The passport data module manages important attributes of accessions. An accession object (Accession_isAn_Object) can be characterised by its taxonomic classification (one or more botanical or scientific names for the same accession) and its origin (a collecting site or an country of origin, respectively; Site). As well as several scientific names, an accession can be classified with other names, e.g. cultivar names, local names, names in foreign languages, etc.scientific namesnames Furthermore, an accession can have any short names or numbers (AccessionNumber). A typical IPK gene bank accession can have several types of numbers while existing. Due to this fact, all numbers of an accession have to be stored: A donor or/and a collecting number. A donor number is a number a donor (e. g. another gene bank) collects an accession in its organisation. A collecting number has been added during a collecting expedition to an object, which may become one or more gene bank accessions later. A third (fourth, fifth,...) number. Due to getting an accession from a donor, which got the accession from another donor, all these numbers can be stored. It is also possible to get and store information about other numbers of the same accession in other organisations.

43 3.3 Passport data (part 2) Eine definitive Sortimentsnummer. Das ist eine interne Nummer zur Verwaltung der Akzessionen. Die Vergabe dieser Nummern ist historisch bedingt, aber nicht unaktuell, da sie den Umgang mit den großen Sortimenten erleichtert. Sie besteht i. d. R. aus einem alphanumerischen Präfix, das eine Sortiments- und/oder botanische Kategorie kennzeichnet und einem numerischen Teil. Temporär kann ein alphanumerisches Suffix folgen, wenn noch nicht über eine Auftrennung der Akzession in eine oder mehrere andere Akzessionen entschieden ist. Eine vorläufige Sortimentsnummer. Bei einigen Bearbeitergruppen ist es nicht sinnvoll, im Zuge der Aufnahme einer Akzession eine definitive Sortimentsnummer zu verleihen, da die Sortiments- oder botanische Zugehörigkeit vorerst nur grob festgelegt werden kann. Vorläufige Sortimentsnummern können unterschiedliche Lebensdauern erreichen, innerhalb derer auch Veröffentlichungen über sie erscheinen können. Früher war am IPK eine andere Numerierungspraxis üblich, nach der Partien und Akzessionen als identische Konzepte behandelt wurden. Eine Akzession wechselte daher ihre Akzessionsnummer bei jedem Anbau. Eine Dokumentation aller Nummern, die im Laufe des Lebens einer Akzession dieses Objekt kennzeichneten, ist daher notwendig. Akzessionsnummern sind einem Typ (NumberType; z. B. Sammelnummer, Donornummer, vorläufige/definitive Akzessionsnummer) zuordenbar. Es wird gleichfalls festgehalten, wer eine Nummer erzeugt hat (Institution_created_AccessionNumber) und ggf. aus welcher Quelle die Nummer stammt (z. B. aus einem bestimmten Katalog oder einem Index Seminum; AccessionNumber.numberSource). Akzessionsnummern haben einen Gültigkeitszeitraum (AccessionNumber.{numberValidFrom | numberValidTo}). Eine aktuelle Akzessionsnummer ist eine ohne Ende der Gültigkeit. A definitive IPK crop number. This means numbers for internal management of accessions. Adding these numbers to accessions has a history in IPK. Nevertheless, there is an actual requirement for using these numbers in gene bank management of IPK. The handling of large collections may become easier. The definitive IPK crop number is characterised by a prefix of up to six characters, which indicates the crop, followed by a numerical part, which is unique inside the crop. Temporarily a character suffix can be added for handling accession splitting. A preliminary IPK crop number. Some IPK curator groups are not able to classify an accession correctly, when this accession enters the gene bank collection. In these cases, a reasonable definitive crop number cannot be added, due to a lacking or doubtful botanical classification. The existence of a preliminary crop number is of several times, when a paper about the accession tested can be published. In the history of IPK, another numbering management were usual. Due to merging sample and accession contexts, only sample numbers of each accession were noted. Thats why the number of an accession has been changed every year of reproduction. It is of essential interest to note all the numbers of an accession. Accession numbers have been typed (NumberType; e. g. collecting number, donor number, preliminary IPK number, etc.). It is necessary to document the creator of a number (Institution_created_AccessionNumber), and where an accessionnumber comes from (e. g. a catalogue, an Index Seminum, etc.; AccessionNumber.numberSource). Accession numbers are valid in periods of time (AccessionNumber.{numberValidFrom | numberValidTo}). A recent accession number has no validity end.

44 3.3 Passport data (part 3) Akzessionen können (Teil-)Sortimenten (Crops) zugeordnet werden, um das Management zu erleichtern, Bonituren vorzunehmen oder bestimmte statistische Auswertungen zu ermöglichen. Diese Zuordnung ist zweckgerichtet (Accession_canBe_Crop_by_Pupose_using_DataType). Jedem Sortiment wird dann dem Zweck entsprechend ein Wert/ eine Ausprägung zugeordnet (canBe.canBeValue). Dazu werden innerhalb der Sortimente Gruppen gebildet (Crop_isA_Crop). Eine Weizen-(Triticum-aestivum)-Akzession ist ein Weizen (wie auch eine Triticum-durum-Akzession eine Weizen-Akzession ist). Alle Weizen(akzessionen) sind Getreide (wie alle Roggen[akzessionen]). Jede Hierarchie hat beliebige und beliebig viele Stufen. Eine Akzession kann einem Lebensformtyp (CultivationForm) zugeordnet werden. Bei Getreiden und Leguminosen werden z. B. Sommer-, Winter- und intermediäre Formen unterschieden. Bestimmte Leguminosen sind einjährig, während andere zweijährig oder ausdauernd sind. Eine Akzession hat in der Regel einen biologischen Status (BioStatus). Der in internationalen Standards (MCPD des IPGRI, EURISCO von EPGRIS) sample status genannte Deskriptor beschreibt, ob es sich z. B. um eine Wildpflanze, um Zuchtmaterial oder eine Landrasse handelt. In welcher Form die Akzession in die Genbank gelangte (Saatgut, Knolle,...) wird über das Pattern der Original-Partie dokumentiertIPGRI EURISCO Original-Partie Akzessionen stammen aus einer Quelle (AcquisitionSource). Der in internationalen Standards (MCPD des IPGRI, EURISCO von EPGRIS) collecting source oder acqusition source genannte Deskriptor beschreibt z. T. differenziert, ob die Akzession aus einem natürlichen Habitat (Wald, Savanne, Wüste...), von Kulturland (Acker, Weide, Garten,...), von anderen Institutionen (Genbank, Forschungsstation), von Märkten,... bezogen wurde. Die Korrelation mit BioStatus ist gegeben aber nicht vollständig.IPGRIEURISCO Accessions can be grouped by crops to support their management, to score them in regeneration processes, or to enable statistical analysis respectively. Thus, the classification is of a purpose (Accession_canBe_Crop_by_Purpose_using_DataType). For each purpose a crop gets a value (canBe.canBeValue). Due to all this crops have been grouped (Crop_isA_Crop). A wheat accession from Triticum aestivum is a wheat, as well as a wheat accession from Triticum durum. All wheat accessions are cereals, as well as all rye accessions. The number and kind of levels in each hierarchy are user- defined. An accession can be of a cultivation form; e.g. cereals and legumes can be distinguished by summer, winter, and intermediate forms. Some legumes are annual; others are biennial or perennial respectively. Most of accessions have a biological status (BioStatus). This descriptor (in international standards as MCPD by IPGRI, or EURISCO by EPGRIS called sample status) classifies an accession as a wild plant, as breeding material, as a land race, etc. The acquisition form (seeds, tubers, etc.) of an accession will be documented by the pattern of the original sample. IPGRIEURISCO original sample Accessions come from a source (AcquisitionSource). This descriptor (in international standards as MCPD by IPGRI, or EURISCO by EPGRIS called collecting source or acquisition source) describes the provenience of an accession in a sophisticated way: from a natural habitat (e. g. forest, savannah, desert, etc.), from cultivated land (e. g. field, pasture, orchards, etc.), from other institutions (e. g. gene banks, research stations, etc.), from markets or other places respectively. There is a correlation to biological status, but it is not complete.IPGRIEURISCO

45 3.3 Passport data (part 4) Akzessionen können gestrichen worden sein, wenn kein lebensfähiges Material mehr vorhanden ist. Alle Partien sind dann aufgebraucht oder abgestorben. Eine Akzession kann auch stillgelegt werden, z. B. wenn vermutlich ein Duplikat zu einer anderen Akzession vorliegt (Accession_has_Activity). Das Datum solcher Aktivitätswechsel wird dokumentiert (Accession.activityChange), ebenso der Grund für den Wechsel (Accession.ActivityChangeReason). Akzessionen haben einen Status der Verfügbarkeit (Availability). Nicht alle Akzessionen sind für jeden jederzeit verfügbar. Die Verfügbarkeit kann eingeschränkt werden durch die Menge vorhandenen Materials, wenn erst eine neue Partie vermehrt werden muss, durch Abkommen mit Herkunftsländern oder Donor- Institutionen, internationale Verträge, Sorten- oder Patentrechte usw. Akzessionen werden für das Management in Fruchtarten klassifiziert, welche spezifisch gehandhabt werden (gemanagt; Crop_managedBy_Method). Auf diese Art und Weise können geeignete Anbaumethoden oder geeignete Keimfähigkeitstestmethoden dokumentiert werden, da Partner und Kunden der Genbank an solchen spezifischen Informationen interessiert sind. Es können innerhalb der Klassifikation Ausnahmen auftreten, so dass einzelne Akzessionen besonderer Behandlung bedürfen. Da es sich bei Akzessionen um GBIS-Objekte handelt und hier die Behandlung von Ausnahmen angedacht ist, wird eine spezielle Bemerkung für Akzessionen-Objekte eingeführt (Object_has_Notice).Object_has_Notice Accessions can have been deleted, if all living material has been run out. All samples of an accession, which will be deleted, have been lost or died. An accession can be suspended, too, e. g. when a duplication is suspected (Accession_has_Activity). The date of activity change will be noted as well as the reason for it. Accessions have a status of availability. Not all accessions are available at every time for every one. The availability can be restricted by the amount of living material (In this case, a new sample must be cultivated), by contracts with the countries of origin or with donor institutions, by international treaties, by cultivar or patent rights, etc. Accessions will be classified for management in crops, which will be managed specifically (Crop_managedBy_Method). Applicable cultivation methods or germination test methods can be documented. Partners and customers of the gene bank could be interested in these methods. Nevertheless, there may occur exception in management at the accession level. Thats why some accessions may be specially handled. As GBIS objects accessions have their own notice entity, where exceptions can be administered (Object_has_Notice).Object_has_Notice

46 3.3 Passport data (part 5) Akzessionen haben ein Aufnahmedatum (Accession_isAn_Object; Object.lifeStart), das nicht immer dokumentiert ist. Eine Akzession ist eine Akzession, wenn sie als solche in den Genbankbestand aufgenommen worden ist bzw. wenn sie eine vorläufige oder definitive Akzessionsnummer erhalten hat. Das lässt die Möglichkeit offen, Objekte, die z. B. innerhalb von Forschungsprojekten bearbeitet wurden, wie Akzessionen zu handhaben, ohne sie als solche anzusehen (potenzielle Akzessionen; Pattern.pattern = potential accession). Solche Objekte können später durch Entscheidung zu einer Genbankakzession werden. Sie erhalten dann ein Aufnahmedatum und eine vorläufige oder definitive Nummer. Weiterhin wird das Jahr des Erstanbaus (Accession.firstRegeneration) als Attribut der Akzessionen geführt, das nicht immer aus dem Aufnahmedatum abgeleitet werden kann. Eine wichtige Zugangsform von Akzessionen ist die Auftrennung inhomogener Akzessionen. Auf diese Art und Weise entstehen neue Akzessionen. Der Prozess der Auftrennung kann laufend beobachtet werden (Accession.splittingStatus). Er kann sich auch als Irrtum erweisen, wenn die Inhomogenität inherentes Merkmal der Akzession ist, so dass eine (neu entstandene) Akzession wieder stillgelegt wird. An acquisition date (Accession_isAn_Object; Object.lifeStart) exists for each accession, but it is not documented in all cases. An accession becomes an accession by an act of acceptance, which can be formal or informal, or by adding a preliminary or definitive accession number, respectively. Due to this, it is allowed to handle all accession like objects like accessions (Pattern.pattern = potential accessions), even if they are not gene bank accessions in fact. These objects can become an accession later by decision of the gene bank leadership. An acceptance date or a preliminary or definitive gene bank accession number would be added. Another attribute of accessions is the date or year of first regeneration. Sometimes this may be very different from the acceptance date. A quiet important form of accession is splitting inhomogenous accessions. Due to this, new accessions enter the genebank collection. The splitting process may be watched continously. It can be identified as false, when the inhomogenity is an inherent property of the accession. In this case the new accession may be shut down.

47 3.4 Cultivation (part 1) Ein Anbau (Cultivation) beginnt, wenn eine Saatgut-Partie ausgesät, eine In-vitro-Kultur begonnen,... wird. Da Anbauten bzw. Aufwüchse Objekte sind (Cultivation_isAn_Object), werden die Anbaudaten als Object.lifeStart und Object.lifeEnd festgehalten (s. u.). Die Ausgangspartie wird in der Object_to_Object-Relation dokumentiert.Cultivation_isAn_Object Object_to_Object Um einen Planungsstand explizit von einem durchgeführten Anbau zu unterscheiden, wird ein Flag (Cultivation.planned) dokumentiert. Ein Anbau erfolgt zu einem bestimmten Zweck (Object_isOf_Purpose), i. d. R. zum Zweck der Reproduktion, aber auch experimentelle Anbauten werden durchgeführt. Für die Anbauplanung ist es wichtig, den Anbautyp zu kennen, bevor der tatsächliche Anbauort festgelegt ist. Da Cultivation ein GBIS-Objekt ist, kann dafür eine Bemerkung vom Typ Vermehrungsart genutzt werden (Object_has_Notice). Ebenso wichtig ist es, einen Anbauzeitraum festzulegen, bevor eine Aussaat/Auspflanzung statt gefunden hat. Dazu werden in GBIS die geplanten und tatsächlich erfolgten Aufwüchse separat verwaltet. Der Anbauzeitraum kann dann als Object.lifeStart und Object.lifeEnd eines geplanten Aufwuchses abgebildet werden.Object_isOf_PurposeObject_has_Notice Eine angebaute Partie hat eine oder mehrere Ernten (Harvest_isAn_Object; Object_to_Object). Anfangs- (Object.lifeStart) und Enddatum von Ernten (Object.lifeEnd) werden dokumentiert. Bei Dauergartenkulturen wird in jeder Vegetationsperiode eine Ernte erzeugt. Eine Ernte kann in mehrere Partien aufgesplittet werden, welche jeweils gemeinsam gelagert werden. Gelegentlich kommt es zu Missernten oder anderen unvorhergesehenen Ereignissen, was gesondert dokumentiert wird (Object_has_Notice). Bei Kartoffeln u. a. Kulturen wird die Bestäubungsmethode dokumentiert (Harvest_by_Method).Object_to_ObjectObject_has_Notice Bei mehrjährigen Anbauten muss das Ende des Anbaus nicht identisch mit dem Ende der Ernte (eines Jahres) sein, weshalb das Anbauende explizit dokumentiert wird (at.cultivatedAtEnd). A cultivation act begins with sowing a seed sample, initialising an in vitro line, etc. Due to cultivations or growings being objects (Cultivation_isAn_Object), cultivation dates will be kept as Object.lifeStart, and Object.lifeEnd, respectively. The sowed sample will be documented in the Object_to_Object-relation.Cultivation_isAn_ObjectObject_to_Object To distinguish between planning and real cultivating a flag (Cultivation.planned) will be noted. Cultivations will be started due to a purpose(Object_isOf_Purpose), mostly for reproduction, but also for experiments as well. For planning it is important to know the type of cultivation, before the sowing begins or the location is predefined. Because a cultivation is an object, a notice of notice type Regeneration type can be used (Object_has_Notice). It may be of the same importance to define the cultivation period before sowing. Thats why in GBIS a planned cultivation will be distinguished strictly from a done. The cultivation period can be documented as Object.lifeStart and Object.lifeEnd of a planned cultivation.Object_isOf_PurposeObject_has_Notice A cultivated sample will be harvested once or more times (Harvest_isAn_Object; Object_to_Object). Beginning (Object.lifeStart) and end (Object.lifeEnd) of harvests will be noted. In the case of permanent gardening, a harvest will made in each vegetation period. A single harvests will be split into one or more samples. These will be stored separately each. Sometimes bad harvests or other unexpected events occur. This will be documented as Object_has_Notice. For potatoes, and other crops too, the pollination method will be noted.Object_to_Object Object_has_Notice In the case of permanent gardening, the end of cultivation may differ from the end of (a single) harvest. Due to this, the cultivation end will be documented explicitly (at.cultivatedAtEnd).

48 3.4 Cultivation (part 2) Ein Anbau erfolgt an einem Anbauort zur Anzucht, zur Überwinterung, zur Reproduktion usw. (Location; Cultivation_at_Location_in_CultivationStatus). Dieser Anbauort ist die jeweils kleinste dokumentierte Einheit hierarchisch gegliederter Anbauorte, beim Feldanbau i. d. R. Parzellen. Es kann vorkommen, dass auf einer Parzelle mehrere Anbauten gleichzeitig stattfinden (z. B. im Gewächshaus). Auch ein Anbauortwechsel (z. B. für Überwinterungen) kann vorkommen, so dass eine m:n- Beziehung zwischen Anbau und Anbauort besteht, die mit einem Zeitraum attributiert werden kann (Cultivation_at_Location.{cultivatedAtStart | cultivatedAtEnd}). Die Planung für diesen Anbauortwechsel wird im Attribut Cultivation.plannedMove dokumentiert. Diese Daten sind unabhängig von Aussaat- und Erntedaten, so dass ein Anbauort solange belegt ist (Location.status = {frei | gesperrt | belegt}), bis eine explizite Freigabe erfolgt. Anbauorte (Parzellen) können isoliert sein (Location.isolated). Für Bonituren ist eine Sortierung erforderlich (Location.locationOrder). Parzellen sind in größeren Anbaueinheiten (Blöcken; Location_isIn_Grid) relativ verortet (Location.{xLocation | yLocation}) und relativ zu deren Rändern positioniert (Location.{xDistance | yDistance}). Ihre Länge und Breite folgt aus dem Blockdesign (Grid_isOf_GridDesign; GridDesign.{xLotLength | yLotLength}).Grid_isOf_GridDesign Anbauorte werden mit Methoden bearbeitet (Location_farmedWith_Method). Dazu gibt es meist ein Anfangs- und ein Enddatum (farmedWith.{farmingStart | farmingEnd}). A cultivation will take place at a location, e. g. for upgrowing, for hibernation, for regeneration, etc. (Cultivation_at_Location_in_CultivationStatus). This location is the smallest unit of hierarchically ordered cultivation locations. In field reproduction this will be usually lots. It may occur, that more than one cultivations will grow on the same lot (e. g. in greenhouses). Nevertheless, a change of location can be planned (e. g. for hibernations, etc.). Due to this, a m:n-relationship exists between cultivation and location. There are attributes for documenting the cultivation period (Cultivation_at_Location.{cultivatedAtStart | cultivatedAtEnd}). Planning a change of location can be documented using Cultivation.plannedMove. These dates will not be necessarily identical with sowing and harvest dates. Thats why a location is used ( Location.status = {free | restricted| used}) until it is explicitly freed. Locations may be isolated. Due to scoring, an ordering is necessary. Lots are situated in super-lots (blocks of lots). A relative positioning (Location.{xLocation | yLocation}) will be noted as well as relative distances within the blocks. The length and width of a lot is inherited by the grid design (Grid_isOf_GridDesign; GridDesign.{xLotLength | yLotLength}).Grid_isOf_GridDesign Locations will be farmed with methods (Location_farmedWith_Method). A start date (farmedWith.farmingStart) is noted as well as an end date (farmedWith.farmingEnd).

49 3.4 Cultivation (part 3) Die räumliche Lokalisation der Anbauorte, bei denen es sich meist um Gaterslebener/Malchower/Groß Lüsewitzer Anbauorte handeln wird, erfolgt auf dem Feld in größeren Einheiten (Blöcke) (Location_isIn_Grid), welche wiederum zu Reihen zusammengefasst werden können. Blöcke sind innerhalb von Reihen relativ zu deren Rändern positioniert. Ein Block wird nach einem bestimmten Muster angelegt (Grid_isOf_GridDesign). Er ist dann gekennzeichnet durch Länge (GridDesign.xLength) und Breite (GridDesign.yLength) gekennzeichnet. Blöcke vereinen Parzellen gleicher Größe (GridDesign.{xLotLength | yLotLength}). Die Anzahl der Parzellen entlang beider Koordinatenachsen wird festgehalten (GridDesign.{xLotAmount | yLotAmount}). Blöcke bzw. Reihen wiederum befinden sich in Feldern (Grid_in_CultivationSite), welche als geografische Objekte (Sites) GBIS-Objekte sind (CultivationSite_isA_Site, Site_isAn_Object). Felder oder Anbauorte der höchsten Ebene sind von einem bestimmten Typ (z. B. Feld, Gewächshaus, Isolationsgewächshaus) (Site_isOf_LocationType). Sie sind durch einen Referenzpunkt im Gelände des IPk verortet (CultivationSite.referencePoint). Ihre referenzierenden Längsseiten sind determiniert. Schließlich werden besondere Befallssituationen mit bodenbürtigen Pathogenen dokumentiert (CultivationSite_isAn_Object, Object_has_Notice | NoticeType.noticeType =Erregerbefall). The spatial positioning of locations can be made by a block design (Location_isIn_Grid). Most of the locations will be situated in Gatersleben or in Malchow or Groß Lüsewitz respectively. Each lot is positioned within a grid. A couple of grids may be grouped to higher units, which are called rows. Grids are positioned relatively to the rows borders within rows. A grid is defined by a special grid design. It is characterised by its length (GridDesign.xLength) and width (GridDesign.yLength). Grids group lots of the same size (GridDesign.{xLotLength | yLotLength}). The number of lots in each coordinate axis right will be kept (GridDesign.{xLotAmount | yLotAmount}). Grids, and rows respectively, are situated within fields (Grid_in_CultivationSite). Fields are as sites geographical objects. Thus they are objects within GBIS (CultivationSite_isA_Site, Site_isAn_Object). All fields, or cultivation locations of the highest hierarchical level, are of a discrete location type (e. g. field, greenhouse, isolation greenhouse, etc.). They are located within the IPK realties by a reference point. The referring sides are determined. At least, special notices are documented about pathogens rooted to the soil (CultivationSite_isAn_Object, Object_has_Notice | NoticeType.noticeType = Infected by pest).

50 3.5 Samples (part 1) Alle Typen von Partien (Saatgut-, In-vitro-, Cryo-, vegetative Partie) sind Materialisierungen von Akzessionen und werden als Objekte in GBIS betrachtet (Sample_isAn_Object). Dabei gehört eine Partie zu genau einer Akzession, während Akzessionen beliebig viele Saatgut-/Cryo-/...Partien haben können. Es gibt zu jeder Akzession eine Original-Partie. Diese besondere Beziehung wird als solche gespeichert. Mit der Einlagerung beginnt die Existenz einer Partie (Object.lifeStart). Die Ausgangsmenge (Sample.firstStock) wird als Attribut hier geführt. Die aktuell vorhandene Menge (SeedSample.currentStock) muss zusammen mit dem Datum ihrer Ermittlung (SeedSample.currentStockDate) und der Methode ({errechnet | gewogen}; SeedSample.currentStockMethod) dokumentiert werden. Durch unterschiedliches Management des Saat- und Pflanzguts (z. B. Bohnen, Wildkartoffeln, Knoblauch) in verschiedenen Fruchtarten ist die Einheit (Gramm, Anzahl Samen/Knollen/Zwiebeln/...) explizit zu führen (Object_uses_Unit).Object_uses_Unit Saatgut- und Cryo-Partien werden regelmäßig Regenerationstests unterzogen, während bei In-vitro-Partien ein Wechsel des Kulturmediums stattfindet. Der erwartete Zeitraum zwischen solchen Tests bzw. Medienwechseln wird gespeichert auf der Ebene der Fruchtarten gespeichert (Accession(Object)_to_(Sample)Object_with_Role | Role.roleName = materialised as; Accession_classifiedAs_Crop_by_Purpose | Purpose.purpose = inventory periods).Accession(Object)_to_(Sample)Object_with_Role Accession_classifiedAs_Crop_by_Purpose Eine Partie wird standardmäßig entweder als Aktiv- oder als Basis- oder als Sicherheitsmuster (Sicherheitsduplikat) typisiert gelagert (Sample_isOf_StorageType). Aktivmuster sind die Partien, aus denen Abgaben bedient werden, während Basismuster das Ausgangsmaterial für Vermehrungen bildet, sobald die Menge des Aktivmusters einen Mindestbestand unterschreitet. Auch bei Nicht- Saatgut-Partien (z. B. Cryo-Partien) wird künftig zumindest die Unterscheidung von Aktivmustern und Sicherheitsduplikaten angestrebt. Neben dem Typnamen (StorageType.storageType) ist die Verwendung einer Codierung (StorageType.storageTypeCode) vorgesehen. Partien können Ramsche darstellen (Sample.rummage), die definierte Mischungen (z. B. von Saatgut, Knollen usw.) von Einzelpflanzen darstellen. Die Bezeichnung des Ramsches wird codiert verwendet. All kind of samples (seed/in vitro/cryo/vegetative) can be considered as a materialisation of an accession. Due to this, a sample is an object in GBIS (Sample_isAn_Object). Thus a sample belongs to only one accession, but an accession can be materialised in many samples (seed samples, etc., see above). There is an original sample to each accession. This special relation will be kept as it is. The life time period of a sample begins with storage (Object.lifeStart). The amount of first stock is an attribute of samples. The current stock has to be documented as well as the date of stock weighting (SeedSample.currentStockDate) or the method used ({calculated | weighted}; SeedSample.currentStockMethod). Due to several crop management requirements (e. g. beans, wild potatoes, garlic) the unit of the samples (grams, amount of seeds/tubers/bulbs/...) must be held (Object_uses_Unit). Seed samples as well as cryo samples will be tested regularly in terms of vitality. The culture medium of in vitro samples will changed on occasion. The expected time period will be kept explicitely on the crop level (Accession(Object)_to_(Sample)Object_with_Role | Role.roleName = materialised as; Accession_classifiedAs_Crop_by_Purpose | Purpose.purpose = inventory periods).Object_uses_UnitAccession(Object)_to_(Sample)Object_with_Role Accession_classifiedAs_Crop_by_Purpose A sample will be stored classified either as active or as basic or as safety duplicate (SDS) sample by default (Sample_isOf_StorageType). Active samples are samples, transfers will be done from. In contrast, basic samples are only used for regeneration activities, if an active sample decreased in amount or mass. Furthermore, in case of non- seed samples (e. g. cryo samples) a distinction between active and safety duplicate samples will be made. A code for storage types is used as well as ist name (StorageType.storageType). Samples may be rummages, being well defined mixtures of harvested single plants (e. g. seeds, tubers, etc.). Codes of rummage names are in common use.

51 3.5 Samples (part 2) Objekte (Sample, Register, Specimen) werden in einem Lager (Storage) aufbewahrt. Im Falle von Saatgut handelt es sich dabei um das Saatgutkühllager (SKL). Jedes Lager befindet sich in einem Gebäude (Building) und ist ggf. in zusammengehörende Räume (Zellen; Cell) aufgeteilt, die jeweils spezifische klimatische Bedingungen aufweisen (Cell.cellClimate). Vorrangig Temperaturbedingungen sind dabei interessant.RegisterSpecimen Die Struktur der Entity Storage erlaubt es, bis zu sechs Dimensionen (Storage.{rack | rackPart | rackFloor | layer | column | row}) des Lagerortes abzubilden, was sie grundsätzlich geeignet macht, andere Lager zu verwalten, z. B. den Samensaal, das Herbarium oder die In-vitro- Kulturen. Je nach Anwendungsfall werden einige Attribute nicht benötigt bzw. anders bezeichnet (vgl. Administration). Administration Es wird explizit festgehalten, ob ein bestimmter (real vorhandener) Lagerplatz frei oder belegt ist (Storage.free). Im Falle des SKL ist die Dokumentation des Trocknungsmittelwechsels (Silica) erwünscht. Jeder Standort im SKL (ein Glas) kann zwar mit mehreren Partien belegt werden (wenn es sich z. B. um kleinsamige Sortimente handelt, kann so Platz gespart werden), aber er muss nur einmal hinsichtlich des Trocknungsmittels verwaltet werden. Es wird festgehalten, wann das Trocknungsmittel letztmalig gewechselt wurde (Silica.silicaDate) und welcher Zeitraum normalerweise bis zum nächsten Wechsel nicht überschritten werden sollte (Silica.silicaMonths). An object (sample, register, specimen) will be stored in a storage. Usually the seed stock cold storage (in German: Saatgutkühllager - SKL) will be used. Each storage is situated in a building, which can be partitioned into rooms (cells). These cells can differ in climatic conditions. Mainly the temperature is interesting in this context.registerspecimen The structure of the entity storage allows to map up to six dimensions of a storage place (Storage.{cell | rack | rackPart | rackFloor | layer | column | row}). For this reason it is possible to manage several kinds of storages, e. g. the seed hall, the herbarium, or racks for in vitro cultivation as well. Depending on special use cases some attributes will be named differently, or will not be used at all (see Administration).Administration It will be documented explicitly, if a real storage place is free or not. Only for SKL, the documentation of drying agent management (Silica) is desired. Each SKL storage place (a single glass) can contain several samples (mostly of small grains to save space), but it must be handled in terms of drying agent management only one times. The last change of silica will be noted (Silica.silicaDate) as well as the amount of months between two changes (Silica.silicaMonths).

52 3.5 Samples (part 3) An Partien werden Tests vorgenommen (Sample_has_Test). Die selbe Struktur wird für Keimfähigkeitsprüfungen und TKM-Bestimmungen an Saatgut-Partien, für Regenerationstests bei Cryo-Mustern und In-vitro-Kulturen, sowie für Erregertests an In-vitro- Kulturen und vegetativen Partien verwendet. Tests bedienen sich ggf. verschiedener Methoden (Test_using_Method). Es werden der Beginn und das Ende der Prüfung (Test.testStart, Test.testEnd), die Anzahl der geprüften Objekte (Samen | Pflanzen |...) (Test.total) sowie ein weiterer wichtiger Wert (Test.interesting) (gekeimte | erfolgreich regenerierte |...) gespeichert. Für Keimfähigkeitstests werden außerdem die verschiedenen Zustände der (nicht gekeimten) Samen (hartschalig, taub, anormal, gefault; Test.{hard | dead | abnormal | rotten}) dokumentiert. Die Keimfähigkeitsrate und andere errechnete Größen werden nicht explizit gespeichert. Diese Berechnungen werden über eine Sicht (View) verfügbar gemacht. Für Keimfähigkeitsprüfungen ist es wichtig, zu dokumentieren, ob der Test unmittelbar im Zusammenhang mit der Einlagerung oder aus Inventurgründen erfolgte (Test.stockTaking). Bemerkungen für jede Prüfung werden festgehalten (Test.testRemark). Da jeder Versuch aus einer Anzahl von Einzeltests bestehen kann, werden jeweils über einen Selbstbezug (Test_to_Test) Einzel- und Gesamtergebnis verknüpft, wobei im Kind-Test der Elter-Test als Fremdschlüssel geführt wird. Tests ohne Elter sind daher entweder Tests ohne Einzelversuche oder die Elter-Tests selbst; Tests ohne Kinder sind Tests ohne Einzelversuche, was für die Interpretation der Ergebnisse bedeutend sein kann. Sind Einzelversuche zusammengefasst worden, muss die Berechnungsmethode in die Methodenbeschreibung eingehen. Im Ergebnis von Regenerationstests an Cryo-Partien können neue (In-vitro-)Partien entstehen (Sample_from_Test), an denen weitere Versuche vorgenommen werden können. Tests are made with samples (Sample_has_Test), due to use of the same structure for germinability tetst of seed samples and cryo samples, or for regeneration tetsts of cryo and in vitro samples, or for pest tests of in vitro and vegetative samples respectively. Sometimes adapted methods for tests will be used (Test_using_Method). The starting and ending dates (Test.testStart, Test.testEnd), the count of tested objects (Test.total) as well as a further important value (Test.interesting) (germinated | successfully regenerated | …) will be noted. Additionally, for germinating tests counts of seeds in several stages (Test.{hard | dead | abnormal | rotten}) will be documented. The germinability rate will not be stored explicitely as well as other calculated terms. These values will be made available by a view. It is important to document, if a germinability test has been made during storage or stock taking (Test.stockTaking). Remarks on germinability tests are available (Test.testRemark). Every test can be of single tests. This will be implemented by recursive relationships (Test_to_Test). Thus, particular results are connected to complete results by parent tests being foreign keys for child tests. For this reason tests without a parent will be tests without particular tests or the parent tests themselves. If no particular tests occur, this could be important for interpreting the results. When summarising results it must be noted as a special test method. After a successful regeneration test of cryo sample, new in vitro samples may grow (Sample_from_Test), which can be used in further experiments.

53 3.6 Seed Stock Management Eine Saatgutpartie ist eine Akzession aus einem Erntejahr (SeedSample.harvestYear) vom Muster (Pattern.pattern) Saatgut-Partie. Die Einlagerungsmenge wird bei Saatgut geringfügig von der Erntemenge abweichen, da routinemäßig Proben für die Keimfähigkeitsprüfung und ggf. für eine erneute Aussaat abgenommen werden, bevor die Saatgutmenge kühl bzw. eingefroren gelagert wird. Außerdem kann im Zeitraum zwischen Ernte und Einlagerung durch (aktive) Trocknung eine Gewichtsreduktion eintreten. Es können Angaben zum Feuchtegehalt des Saatgutes (SeedSample.moisture) sowie verschiedene Bemerkungen zur Partie (SeedSample_isAn_Object, Object_has_Notice) festgehalten werden.Object_has_Notice Saatgutpartien werden gewöhnlich zwei Untersuchungen unterzogen: der Kontrolle der Keimfähigkeit (Test) und der Bestimmung der Tausendkornmasse (TKM; thousand grain weight – TGW). Letztere ist eine wichtige Rechengröße, die z. B. zusammen mit der Keimfähigkeit und der vorhandenen Lagermasse Auskunft über die vorhandene Anzahl keimfähiger Samen geben kann. Für sich ist sie ein Maß für die Größe des Saatgutes. Sie kann nicht aus anderen Größen abgeleitet werden als aus Samenzahl und Masse der gezählten Samen. Für TKM- Bestimmungen ist der wichtige Wert von Tests die Masse der gezählten Samen (Test.interesting). Die Wiederholung von TKM-Messungen einer bestimmten Partie ist zwar prinzipiell möglich, aber meist nicht sinnvoll, weil die Testbedingungen unterschiedlich sein werden (v. a. Feuchtegehalt).Test A seed stock sample is an accession harvested in one year (SeedSample.harvestYear). Its pattern (Pattern.pattern) is seed stock sample. The seed stock amount will slightly differ from the amount harvested, because samples for germination test or for new cultivation will be extracted, before a sample will be stored refrigerated or frozen. Furthermore, the weight of sample could be reduced by (active) drying between harvest and storage. The percentage of moisture can be added as well as several notices (SeedSample_isAn_Object, Object_has_Notice).Object_has_Notice There are usually two tests for seed samples. The first one is the control of germination capacity (Test); the second one is the determination of weight of thousand grains (TGW). The last one is an important term of calculation, e.g. for determination of germinating seed stock using seed stock weight and germination capacity to estimate the amount of living seeds. The size of grains can be guessed using thousand-grain weight. It cannot be derived from other terms but from seed stock count and weight. Theinteresting test value is the weight of counted seeds. A repeat of thousand-grain weight measurement of a single sample is principally possible, but mostly it makes no sense because of high requirements in comparable test conditions (e. g. moisture of seeds).Test

54 3.7 Cryo Sample Management In flüssigem Stickstoff gelagerte Gewebeproben sind als Partien GBIS-Objekte (CryoSample_isA_Sample; Sample_isAn_Object). Sie werden wie Saatgutpartien einem Regenerationstest unterzogen (Sample_has_Test, s. dort). Wichtige zu verwaltende Attribute sind das Umsetzungsdatum (CryoSample.moveDate) und die Käppchenfarbe des Lagerungsröhrchens (CryoSample.capColour).Sample_has_Test Die in Regenerationstest herangezogenen Pflanzen können weiter kultiviert werden (CryoSample_isA_Sample, Sample_from_Test), um neue Gewebeproben zu gewinnen oder um abgegeben zu werden. Die Regeneration erfolgt mit definierten Methoden (Test_using_Method) und in einem dokumentierten Zeitraum (Test.{start | end}). Tissue probes stored in liquid nitrogen (CryoSamples) are as samples objects in GBIS (CryoSample_isA_Sample, Sample_isAn_Object). As well as seed stock samples they will be tested for regeneration virility (Sample_has_Test, for more information look there). Important attributes, which will be administered, are the date of transfer into another storage container (CryoSample.moveDate), and the cap colour of storage unit.Sample_has_Test When cultivating plants in regeneration test arrangements (CryoSample_isA_Sample, Sample_from_Test), new tissue probes as well as probes for transfer to other institutions can be taken. A regeneration test will use methods (Test_using_Method) within a documented time period (Test.{start | end}).

55 3.8 In vitro management In-vitro-Linien von Akzessionen sind als Partien Objekte in GBIS (InVitroSample_isA_Sample; Sample_isAn_Object). Einzelne Linien werden gesondert identifiziert (InVitroSample.lineNumber). Die Inkulturnahme (Object.lifeStart) wird gesondert dokumentiert, da die Technologie der In-vitro-Kultur wesentlich jünger ist, als das Alter vieler Akzessionen, zu denen In-vitro-Partien existieren. Die gewöhnlich anzusetzende Zeit für einen Kulturmedien-Wechsel wird in Monaten festgehalten (Sample.monthsTest). Das Substrat selbst ist Attribut der In-vitro-Partie (InvitroSample.substrate).Sample.monthsTest Wie bei Saatgutpartien und CryoPartien werden In-vitro- Partien Vitalitätstests (Sample_has_Test) unterzogen, im Unterschied zu jenen finden aber auch eine Reihe von Tests statt, die das Vorhandensein oder Nicht-Vorhanden- Sein bestimmter Krankheitserreger (z. B. Viren, Bakterien) dokumentieren müssen. Dies trägt v. a. den speziellen Anforderungen bei Kartoffeln Rechnung, die ein wohl durchdachtes Quarantäne-Management erfordern. Für die Erregertests ist der wichtige Wert (Test.interesting) die Anzahl der infizierten Pflanzen. Eine Infektionsrate wird nicht gespeichert, da die In-vitro-Linien nur hinsichtlich infiziert/nicht infiziert unterschieden werden. Dessen ungeachtet kann eine solche Rate errechnet werden.Sample_has_Test In-vitro-Linien werden zyklisch regeneriert (InVitroSample_isIn_RegenerationCycle). Diese Zyklen sind hinsichtlich ihrer Abschnitte definiert (RegenerationCycle.{regenerationCycle | regenerationCycleGerman}). Die Zeiträume, in denen eine In-vitro-Linie einen Abschnitt durchläuft, werden dokumentiert (isIn.{cycleStart | cycleEnd}). In vitro lines of accessions are objects in GBIS being samples (InVitroSample_isA_Sample; Sample_isAn_Object). Single lines are identified seperately (InVitroSample.lineNumber). The cultivation start (Object.lifeStart) will be documented explicitly, due to the higher age of some accessions, where in vitro samples exist. Usually the technology of in vitro cultivation is much more younger. A normally used changing period for cultivation medium can be stored in the system (Sample.monthsTest). The substrate itself is an attribute of in vitro sample.Sample.monthsTest As in the cases of seed stock samples and cryo samples in vitro samples can be tested for vitality as samples (Sample_has_Test). However, other tests for presence or absence of pests (e. g. viruses, bacteria, etc.) must be documented. Especially in potatoes this is predicted by law. A sophisticated quarantine management is necessary. In pest tests the iteresting value is the amount of infected probes. It is not neccessary to store a pest rate, because the lines will only distinguished between infected or non- infected. However, a pest rate can be calculated.Sample_has_Test In vitro lines will be regenerated cyclically (InVitroSample_isIn_RegenerationCycle). These cycles are well defined for their elements (RegenerationCycle.{regenerationCycle | regenerationCycleGerman}). The time ranges an in vitro line is in the status of a specific cycle element will be documented (isIn.{cycleStart | cycleEnd}).

56 3.9 Vegetative Sample Management Vegetative Partien (z. B. Dauergartenkulturen, Klone wie Kartoffeln) sind als Partien Objekte im Sinne von GBIS (VegetativeSample_isA_Sample; Sample_isAn_Object). Wie bei In-vitro-Partien können bei vegetativen Partien Erregertests durchgeführt werden (Sample_has_Test). Der wichtige Wert (Test.interesting) ist wie bei In-vitro- Partien die Anzahl der infizierten Objekte.Sample_has_Test Der Anbau vegetativer Partien wird über das allgemeine Anbau-Modul (Cultivation) verwaltet. Die Zusammenhänge sind die gleichen wie bei Saatgutpartien beschrieben, da es sich in jedem Fall um Objekte bzw. Partien handelt. Vegetative samples (e. g. permanent gardening, clones like potatoes, etc.) are samples; and thats why they are objects in GBIS (VegetativeSample_isA_Sample; Sample_isAn_Object). As in the case of in vitro samples pest tests (Sample_has_Test) will be executed. The interesting value is as in case of in vitro samples the amount of infected objects.Sample_has_Test The documentation of cultivation of vegetative samples will be done in the general cultivation module. Vegetative samples will be handled like seed stock samples, because they are objects, or samples respectively, as well.

57 3.10 Collection (part 1) Sowohl in der Genbankarbeit als auch in der Abteilung Taxonomie fallen laufend Beleg-Objekte (Specimen_isAn_Object) über Pflanzen oder Teile von Pflanzen an. Das können komplett als Herbarbelege gesammelte Pflanzen von einer Sammelreise sein oder Belege, die aus dem Anbau stammen. Beliebige Erweiterungen der Aufzählung sind denkbar. Die Belegtypen (Lagerarten) werden über die GBIS- Objekte beschrieben (Object_has_Pattern). Der Aufbewahrungsort wird bei den Objekten verwaltet (Object_storedAt_Storage).Object_has_PatternObject_storedAt_Storage Solche Belege sind zu einem Datum oder in einem definierten Zeitraum von einer Institution (Person, Sammelreise, Institution s. str.) genommen worden (Object_to_Object_with_Role.{validityStart | validityEnd}). Sie können in den Sammlungsbestand aufgenommen oder daraus entfernt worden sein (Object.{lifeStart | lifeEnd}). Ggf. handelt es sich um Typusexemplare, d. h. die Erstbeschreibung einer Art oder einer Unterart oder einer anderen infraspezifischen Einheit beruht auf diesem Beleg-Objekt (International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000). Es gibt weitere Sorten (Typus) von speziellen Belegen wie z. B. Holotypus-/Lectotypus-/Neotypus-Exemplare (vgl. International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000). Wenn ein Beleg mehrfach bestimmt worden ist, werden i. d. R. eine Reihe von Annotationen am Beleg gemacht. Alle diese Beschreibungen können als Bemerkungen von Objekten angesehen werden (Object_has_Notice).International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000 International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000Object_has_Notice In gene bank management as well as in the taxonomy department of IPK, specimen objects (Specimen_isAn_Object) of plants or plant parts are produced permanently. The origin of specimen may be cultivation, and collecting activity respectively. The specimens types (storage forms) are described by GBIS objects (Object_has_Pattern). The storage will be administered for all objects centrally (Object_storedAt_Storage).Object_has_PatternObject_storedAt_Storage These specimens have been collected at a date or in a time period (Object_to_Object_with_Role.{validityStart | validityEnd}) by an institution (a person, a collecting expedition, or an institution s. str., respectively). The specimen can have beent introduced into the collection or deleted from it (Object.{lifeStart | lifeEnd}). Sometimes the specimen are types, i.e. A nomenclatural type (typus) is that element to which the name of a taxon is permanently attached, whether as a correct name or as a synonym. (International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000). There are other forms of types, e.g., holotypes, lectotypes, or neotypes (comp. International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000). When a specimen has been determined more then once, annotations may be made. All these descriptions can be handled as notices to GBIS objects (Object_has_Notice).International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000 International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code), 2000Object_has_Notice

58 3.10 Collection (part 2) Ein Beleg-Objekt stammt ggf. von einem bestimmten Pflanzenteil (Specimen.plantPart), die im Herbar codiert bezeichnet werden. Außerdem werden mehrere Einzelbelege mitunter gruppiert verwaltet (Specimen.clone) In der internationalen Zusammenarbeit des IPK werden Belege in einen Leihverkehr für wissenschaftliche Auswertungen einbezogen. Die Nachvollziehbarkeit solcher Leihvorgänge ist möglich über die Object_to_Object-Relation, da Belege, (ausleihende) Institutionen und Transaktionen GBIS-Objekte sind, die eine (temporäre) Beziehung eingehen können. Erwartungen über Rückgaben werden in den Bemerkungen von Objekten vermerkt (s. o.).Object_to_Object A specimen object may be a defined part of a plant (Specimen.plantPart). The names of plant parts have been coded. Furthermore, a couple of single specimens are grouped (Specimen.clone). In IPKs international collaboration specimens will be lent for scientific purposes. To get information about this form of cooperation, the Object_to_Object-relation will be used, because specimens areGBIS objects as well as institutions, and transactions, respectively. the objects may interact temporarily. If a lent specimen will expected returned from the borrowing institution, an object notice (see above) will be used.Object_to_Object

59 3.11 Scientific Names (part 1) Ein Objekt (entweder eine Akzession oder ein Beleg) ist u. a. gekennzeichnet durch die Zugehörigkeit zu einer taxonomischen Einheit, die einen oder mehrere botanische Namen (ScientificName) tragen kann (Object_determined_as_ScientificName_by_Institution_ using_Publication). Es wird festgehalten, welches der in der Genbank bzw. der Abteilung Taxonomie gebräuchliche botanische Name ist (determined.used). Das muss nicht der allgemein akzeptierte botanische Name sein. Außerdem sind zu jedem Objekt die Original-Informationen aufzubewahren, d. h. der botanische Name, unter dem das Objekt in die Sammlung aufgenommen wurde (Object_has_Notice | NoticeType = original name).Object_has_Notice Schließlich wurde ein Objekt ggf. mehrfach zu einem jeweils diskreten Zeitpunkt (determined.determination) von einer oder mehreren verschiedenen natürlichen Personen bestimmt (Institution_determined_Object) und unter Verwendung einer Publikation (Object_determined(using)_Publication) mit einem wissenschaftlichen Namen bezeichnet (Object_determined(As)_ScientificName). Auf der Ebene der botanischen Namen wird auch festgelegt, welches Kürzel (Präfix) eine zugehörige Akzession normalerweise zugewiesen bekommt. Das Attribut wird explizit gespeichert (ScientificName.accessionPrefix). Ein botanischer Name wird von autorisierten Nutzern überprüft (ScientificName.checked). Zu jedem botanischen Namen gibt es mehrere zugeordnete Publikationen (Publication_refersTo_ScientificName). Die Art der Zuordnung ist typisiert (Publication_refersTo_ScientificName_as_ReferringType), z. B. werden so die Erstpublikationen eines botanischen Namens von Bestimmungswerken abgegrenzt, die gleichfalls diesen Namen benutzen. Among other, an object (an accession or a specimen only) is defined by its membership to a taxonomic entity. One or more scientific names can be attached to this entity (Object_determined_as_ScientificName_by_Institution_ using_Publication). The relevant determinations for genebank and taxonomy departments are marked by a flag (determined.used). It must not be the commonly accepted scientific name. Furthermore, the original information, i. e. the scientific name the object was connected to while entering the collection (Object_has_Notice | NoticeType = original name).Object_has_Notice It may occur, that a specimen has been determined more than one times (determined.determination) by one or several persons (Institution_determined_Specimen) using a publication (Object_determined(using)_Publication). This person attached a scientific name to the specimen (Specimen_determited(As)_ScientificName). A genebank accession gets usually a numbers prefix, which is derived from the scientific name. This attribute will be kept explicitly (ScientificName.accessionPrefix). A scientific name will be checked by authorised users. Each scientific name is referred by one or more publications (Publication_refersTo_ScientificName). The kind of reference has been typed (Publication_refersTo_ScientificName_as_ReferringType). Due to this, a names first publication can be distinguished from a field guide using this name, too.

60 3.11 Scientific Names (part 2) Die botanischen Namen stehen in zwei Typen von Beziehungen miteinander in Verbindung. Einerseits handelt es sich Synonyme (ScientificName_to_ScientificName_with_Status | Status.status = {homotypic | heterotypic |...}SynonymTo; z. B. NameA_istHomotypischesSynonymZu_NameB). Für diese Beziehung ist es erforderlich, den Urheber zu dokumentieren (to.validityAuthor). Andererseits handelt es sich um eine hierarchische Beziehung im taxonomischen System (ScientificName_to_ScientificName_with_Status | Status.status = {genusOf | speciesOf | subspeciesOf |...}). Auch für diese hierarchische Beziehung ist eine Angabe zum Urheber nötig, da ggf. mehrere parallele, sich nicht gegenseitig anerkennende taxonomische Systeme bestehen. Ein botanischer Name ist ggf. einem Hybridtyp (z. B. Gattungshybrid, Arthybrid,...; HybridType.hybridType) zuzuordnen (ScientificName_isOf_HybridType). There are two relevant types of relationships between scientific names. First is the relationship of synonymy (ScientificName_to_ScientificName_with_Status | Status.status = {homotypic | heterotypic |...}SynonymTo; e. g. NameA_isHomotypicSynonymTo_NameB). In this relationship, it is necessary to document the originator (to.validityAuthor). On the other hand, there is a hierarchical relationship within the taxonomic system (ScientificName_to_ScientificName_with_Status | Status.status = {genusOf | speciesOf | subspeciesOf |...}). Following divergent taxonomic systems, an originator of this kind of relationship should be documented, too. A scientific name can be assigned to a hybrid type (e. g. hybrid of genus, hybrid of species, etc.; ScientificName_isOf_HybridType).

61 3.11 Scientific Names (part 3) Ein botanischer Name besteht aus dem Gattungsnamen und ggf. mehreren Epitheta genannten auf diesen folgenden genaueren Bezeichnungen inklusive der Autoren, die diese Epitheta in Verbindung mit den beschriebenen Objekten zuerst verwendet haben (TaxonName_from_TaxonAuthor). Gattungsnamen und Epitheta (ohne Autoren) werden als TaxonName gespeichert. Diese stehen ggf. zu mehreren botanischen Namen in Beziehung (TaxonName_to_ScientificName). Um den botanischen Namen korrekt rekonstruieren zu können, muss eine Applikation (z. B. eine gespeicherte Prozedur – stored procedure) alle zu einem botanischen Namen gehörenden Bestandteile auswählen. Dazu enthält die Beziehung zwischen botanischem Namen und jedem Bestandteil einen ordinalen Wert (to.taxonNameRank), der die Reihenfolge der abhängigen Bestandteile des Namens (TaxonName) festlegt. Die Ergebnisse der Rekonstruktion der botanischen Namen sollten in einer materialisierten Sicht (materialised view) gespeichert werden. Die Sicht muss neu erzeugt werden, wenn Taxon- oder Autorennamen aktualisiert wurden oder wenn neue botanische Namen eingefügt worden sind. Jeder TaxonName gehört zu einem Taxon (z. B. Gattung, Art, Unterart,...; TaxonName_isOf_Taxon). Diese Taxa werden im botanischen Namen abgekürzt verwendet (Taxon.taxonCode). Außerdem haben sie einen bzw. mehrere gemeinsame Urheber (TaxonName_from_TaxonAuthor). Auch die Autorennamen können abgekürzt verwendet werden (TaxonAuthor.TaxonAuthorCode). A scientific name consists of a genus name and one or more epithets. Authors, which used epithets first times, are attached (TaxonName_from_TaxonAuthor). Genus names and epithets (excluding authors) are stored as TaxonName. They may be assigned to one or more scientific names (TaxonName_to_ScientificName). Due to correct reconstruction of the complete scientific name, an application (e. g. a stored procedure) must select all taxon names attached to the same scientific name. Due to this, the relationship between scientific name and each of its parts gets an ordinary value (to.taxonNameRank), which determines the order of the parts of the scientific name (TaxonName). The results of reconstructing scientific names should be stored in a materialised view. The view must be re-queried, when a taxon name or an author name has been updated, or when a new scientific name has been added respectively. Each taxon name is attached to a taxon (e. g. genus, species, subspecies, etc.; TaxonName_isOf_Taxon). In scientific names, these taxa are usually abbreviated (Taxon.taxonCode). A taxon name is associated with the names of one or more authors (TaxonName_from_TaxonAuthor). The authors names are abbreviated, too (TaxonAuthor.TaxonAuthorCode).

62 3.12 Accession Names Neben dem botanischen Namen können der Akzession beliebig viele andere Namen (AccessionName) zugeordnet werden (Accession_named_AccessionName). Diese Namen sind von einem Typ (z. B. Sortennamen, Lokalnamen; AccessionName_isOf_NameType). Die Original-Sprache des Akzessionsnamens wird explizit gespeichert (AccessionName.language). Ein Akzessionsname kann Bestandteil des botanischen Namens nach dem Nomenklaturcode der Kulturpflanzen (Trehane et al. 1995) werden. Die so genannte Denomination Class ist die taxonomische Ebene, auf der der Name geführt wird (AccessionName_denominatedIn_Taxon).Trehane et al Für die Dokumentation von Sortenregistrierungen werden die registrierenden Institutionen mit den registrierten Sortennamen verknüpft (Institution_registered_AccessionName). Da ein Sortenname prinzipiell bei beliebig vielen Institutionen (z. B. in verschiedenen Ländern) registriert sein kann, existiert eine m:n-Relation. Prinzipiell kann ein Name (z. B. Aurora, Komet, o. ä.) mehrfach vergeben worden sein. Der Erzeuger des Namens sollte deshalb, wenn bekannt, mitgeführt werden (Institution_created_AccessionName), um solcherart Duplikate als unecht zu identifizieren. Eine Registrierung hat eine Gültigkeitsdauer, die durch Beginn (registered.registrationStart) und Ende (registered.registrationEnd) charakterisiert wird. Einem Sortennamen kann eine ausführliche Sortenbeschreibung zugeordnet sein (AccessionName_isA_Cultivar). Die Information wird separiert, da sie ausschließlich für Sorten Gültigkeit besitzt. Für Landsorten und andere Namen haben diese Beschreibungen keine Bedeutung. Dagegen sind Abstammungsinformationen (AccessionName.ancest) nicht nur für zugelassene Sorten verfügbar, sondern auch für Landsorten, Zuchtlinien u. ä. Additionally to the scientific names, any other names (AccessionName) can be attached to an accession (Accession_named_AccessionName). These names are typed (e. g. cultivar names, local names, etc.; AccessionName_isOf_NameType). The original language of the accession name is kept explicitly. Following the Trehane et al. (1995) an accession name becomes a part of botanic nomenclature on the level of the so called denomination class, which is a taxonomic level, the name will be held (AccessionName_denominatedIn_Taxon).Trehane et al. (1995) Documenting of cultivar registration registering institutions will be associated with the registered cultivar name (Institution_registered_AccessionName). Due to multiple registrations of cultivar names (e.g. in different countries), an m:n relationship has been implemented. Due to synonyms and homonyms in cultivar names (e. g. Aurora, Komet, etc.), the creator of a name should be documented, when known (Institution_created_AccessionName). Thus, these types of duplicates may be identified as pseudo. A registration of a cultivar is of a validity period with a begin (registered.registrationStart) and an end (registered.registrationEnd). It may occur that a sophisticated description of advanced cultivars is available (AccessionName_isA_Cultivar). The information is seperated due to the validity to advanced cultivars only. Nevertheless, ancestry information may be available for registered cultivars as well as for land races, for cultivar lines or other material.

63 3.13 Institutions Institutionen-Objekte (Institution_isAn_Object) können natürliche und juristische Personen, Projekte, Sammelreisen u. a. denkbare Ansammlungen von Menschen sein. Außer ihrem Namen (Institution.{personFirstName | institutionFullName}) wird erfasst, ob es sich um eine Institution innerhalb oder außerhalb der EU handelt (Institution.nonEU), um eine Reihe von Versandbesonderheiten an diese Institution (insbesondere das Erbringen von Gesundheitszeugnissen bei Abgaben) beachten zu können. Institutionen spielen auch als Beobachter in Experimenten eine wichtige Rolle, um ggf. im Nachhinein die Qualität bzw. die Vertrauenswürdigkeit erhobener Evaluierungsdaten beurteilen zu können. Die Information über diese besondere Beziehung wird in der Object_to_Object-Relation gespeichert. Object_to_Object Institution objects (Institution_isAn_Object) can be natural or legal persons, projects, collecting expeditions, etc. Except for their name (Institution.{personFirstName | institutionFullName}), it will be managed, whether an institution is headquartered in or out EU (Institution.nonEU) due to watching some special requirements of material transfer to these institutions, especially the attachment of quarantine certificates. Furthermore, institutions are important applicants of data within experiments. Thus, an assessment of quality, or of reliability respectively, of evaluation data is possible if necessary ex post. The information about this special relationship is administered in the Object_to_Object relation.Object_to_Object

64 3.14 Register Karteikarten- bzw. Listen-Objekte (Register_isAn_Object; List_isA_Register) sind v. a. wichtig als Datenträger bzw. als Zusammenfassungen anderer Objekte für die tägliche Arbeit in der Genbank des IPK. Bis zum Aufbau eines DV-gestützten Informationssystems Mitte der 1980er Jahre wurden Passport-Informationen, Daten über das Management und den Anbau ausschließlich auf Karteikarten dokumentiert. Bis heute bilden sie für die Sortimentsgruppenbearbeiter (außer Getreide) die wichtigste Informationsquelle. GBIS soll Karteikarten für die künftige Arbeit überflüssig machen. Da aber bei weitem nicht alle verfügbaren Informationen innerhalb vertretbarer Zeit in GBIS übertragen werden können, werden sie für retrospektive Betrachtungen eine nicht zu unterschätzende Rolle spielen. Da Karteikarten zunehmend archiviert werden, sind v. a. ihr Zusammenhang zu anderen in GBIS verwalteten Objekten sowie ihr Aufbewahrungsort von Interesse. Ersteres wird über die Objekt_to_Object-Relation dokumentiert, letzteres durch die Relation Object_storedAt_Storage. Informationen über die Karteikarte selbst sind von geringerem Interesse.Objekt_to_Object Object_storedAt_Storage Listen sind benannt (z. B. Aussaatliste 2004) (List_isA_Register; Register_isAn_Object; Object.{objectName | objectNameGerman}). Bemerkungen können notiert werden (Object_has_Notice), so dass auch spezielle (typisierte) Bemerkungen wie zum Anbaujahr verwaltet werden können.Object_has_Notice Eine Typisierung erfolgt wie bei allen Objekten im GBIS in Form von Patterns.Patterns Listen sind zweckorientiert (Object_isOf_Purpose). Sie haben einen Gültigkeitsvermerk (List.isValid). Listen verwenden ggf. wieder verwendbare Filter (List_with_Filter), um die Objektbeziehungen herzustellen. Sie setzen sich aus (gleichfalls wieder verwendbaren) Kriterien zusammen (Filter_has_Criterion). Register card objects, or lists respectively, (Register_isAn_Object; List_isA_Register) are essential things of daily IPK gene bank management. Up to the middle of 1980s, when a computer based information system has been established, all passport and cultivation management data have been stored exclusively on register cards. Until now, they are the most important information source for IPK curator groups (excepting cereal group). The introduction of GBIS should supersede the register card handling in the future. Due to lacking capacities for transcribing information from register cards to a computerised information system, the cards will maintain as a relevant source of information. While archiving register cards increasingly, their relations to other GBIS objects as well as their storage location will be interesting. The relations will be documented by the Objekt_to_Object relation. The storage can be retrieved from Object_storedAt_Storage relation. Information about the register card itself is of minor priority. Only its existence is relevant. Objekt_to_ObjectObject_storedAt_Storage Lists have been named (e. g. regeneration list 2004) (List_isA_Register; Register_isAn_Object; Object.{objectName | objectNameGerman}). Notices can be kept (Object_has_Notice) to administer special typed remarks (e. g. about cultivation year), too.Object_has_Notice A typing of register cards has been implemented as patterns, as well as seen in other objects. patterns Lists are purpose oriented (Object_isOf_Purpose). They my be valid or not. Lists may use recyclable filters (List_with_Filter) to create interrelations of objects. They contain criteria, which are recyclable, too (Filter_has_Criterion).

65 3.15 Picture Bild-Objekte (Fotos, Zeichnungen; Picture_isAn_Object) können von diversen anderen GBIS-Objekten existieren (Object_to_Object). Darüber hinaus existieren weitere Attribute, die im Zusammenhang mit der Information über die Existenz wichtig sein können: Angaben zum Inhalt (Object.{objectName | objectNameGerman}), das Entstehungsdatum (Object.lifeStart) und Angaben über die Qualität der Abbildung (Picture_isAn_Object; Object_has_Notice).Object_to_Object Object_has_Notice Bilder besitzen ein Originalformat (Picture_isOf_OriginalFormat). Da (primäre) digitale Fotos zunehmend an Bedeutung gewinnen, sind neben den Dimensionen (OriginalFormat.length, OriginalFormat.height) auch Angaben über die sich darauf beziehenden Maßeinheiten (z. B. mm, Pixel,...; Object_uses_Unit) zu speichern. Da von einem Foto beliebig viele Kopien erzeugt werden können (v. a. nach dem Einscannen), ist es nicht sinnvoll, den Verbleib aller dieser Kopien zu dokumentieren. Doch ist das Ablegen des Speicherortes wenigstens einer elektronischen Version eines analogen Fotos wünschenswert (Object_with_File). Nicht-digitale Fotos und Original-Zeichnungen werden in Archiven aufbewahrt (Object_storedAt_Storage). Die Information über die Farbtiefe enthält das Pattern des Picture-Objekts.Pattern Picture objects (drawings, photos; Picture_isAn_Object) may have been made from several GBIS objects (Object_to_Object). But there are additional attributes giving information about pictures: designation of contents (Object.{objectName | objectNameGerman}), date of taking (Object.lifeStart) and notices about quality (Picture_isAn_Object; Object_has_Notice).Object_to_ObjectObject_has_Notice Pictures are of an original format (Picture_isOf_OriginalFormat). Because primary digital photos become more important, the dimensions (OriginalFormat.length, OriginalFormat.height) and the related unit (e. g. mm, pixels, etc.; Object_isOf_Unit) have to be stored. Due to easy copying a photo (mainly by scanning), it is not required to document the storage of each copy. Only at least the storage of one digital version of a photo or drawing should be noted (Object_with_File). Non-digital photos and original drawings will be stored in archives (Object_storedAt_Storage). Information about colour depth is kept in the pattern of the picture object.pattern

66 3.16 Publication Publikations-Objekte (Publication_isAn_Object) sind prototypisch modelliert worden. Es wird festgehalten, welche Publikation (Publication.title) wo (Publication.source) wann (Publication.publicationYear) veröffentlicht wurde. Die Autoren von Publikationen sind in GBIS Bemerkungen vom Bemerkungstyp Autor (Object_has_Notice; Notice_isOf_NoticeType).Object_has_Notice; Notice_isOf_NoticeType Der Typ einer Publikation (z. B. Zeitschriftenartikel, Buch usw.) ist in der Relation Object_has_Pattern verfügbar. Es ist zu prüfen, ob innerhalb von GBIS ein eigenes Publikations-Verwaltungsmodul existieren soll, oder ob kommerziell verfügbare Tools über Schnittstellen angebunden werden. In jedem Fall kann über einen numerischen Identifier (hier als Platzhalter) die Struktur flexibel gehalten werden. Publication objects (Publication_isAn_Object) have been modelled prototypically. Titles, sources, and publication years of a publication will be stored. In GBIS authors are notices of notice type author (Object_has_Notice; Notice_isOf_NoticeType).Object_has_Notice; Notice_isOf_NoticeType The type of publication (e. g. journal paper, book, etc.) is available using the Object_has_Pattern relationship. It will be proofed, whether a generic publication management module in GBIS will be established. A second option would be the use of a commercial tools associated by an interface. However, the structure has been maintained flexible using a numeric identifier and linking only this to other entities.

67 3.17 Geography Alle geografischen Objekte (Fundorte, Regionen, Staaten, administrative Einheiten,...) werden in einer Entity (Site; Site_isAn_Object) zusammengefasst. Zu allen geografischen Einheiten können Angaben über die Topografie (Site.topography), das Klima (Site.climate) und den Boden (Site.soil) festgehalten werden. Ob das sinnvollerweise in GBIS selbst oder über ein GIS erfolgt, ist zu prüfen. Geografische Koordinaten (Site_has_Geography) werden gesondert verwaltet. Ein geografisches Objekt kann mehrere geografische Punkte besitzen (z. B. Polygone), deren Bedeutung für das Objekt gespeichert wird (Geography.referenceType; z. B. Grenzpunkt, Mittelpunkt usw.) Unscharfe Angaben sind zulässig. Die Längen- und Breitenangaben werden als String im Format DDDMMSSR (D = degrees, M = minutes, S = seconds, R = right) geführt, d. h. 51°14'12"N werden als N gespeichert, 51°14'N als N. Die Höhenangaben werden als diskrete Werte (Geography.altitudeMin allein) oder als Bereich (Geography.altitudeMin und Geography.altitudeMax) behandelt (vgl. EURISCO 2002).EURISCO 2002 Topografien werden eigentlich durch eine Reihe von Attributen beschrieben (analoges gilt für Böden und Klimaangaben) An dieser Stelle wäre es prinzipiell möglich, diese Angaben entsprechend dem "Single observation concept" der Charakterisierungs- und Evaluierungsdaten zu verwalten. All geographical objects (e. g. collecting sites, regions, countries, administrative entities, etc.) have been summarised in only one entity (Site; Site_isAn_Object). Data about topography (Site.topography), climate (Site.climate) or soil (Site.soil) can be associated to all geographical entities. It will be proofed to handle this complex within GBIS or in an external geographical information system (GIS). Geographical coordinates (Site_has_Geography) will be administered separately. A geographical object can contain one or more points (e. g. polygons). The meaning of a point will be kept (Geography.referenceType; e. g. borderline point, centre, etc.). Fuzzy data are allowed. For this reason international standards are formatting data about longitude and latitude as strings like DDDMMSSR (D = degrees, M = minutes, S = seconds, R = right), i.e. 51°14'12"N will be stored as N, or 51°14'N as N respectively. The elevation or altitude can be handled as a discrete specification (Geography.altitudeMin only) as well as a range (Geography.altitudeMin and Geography.altitudeMax) (see EURISCO 2002).EURISCO 2002 Topographies can be usually described by a range of attributes as well as soils and climates. There is no closed list for these attributes. It will be proofed to handle these data according to the single observation concept of characterisation and evaluation data.

68 3.18 Transfer (part 1) Transaktionen (Transaction) sind in GBIS Objekte (Transaction_isAn_Object). Sie sind Gruppen von zwischen zwei Institutionen-Objekten (Sender: (Institution)Object_to_(Transaction)Object | roleName = sends; Empfänger: (Institution)Object_to_(Transaction)Object | roleName = receives) ausgetauschten Objekten. Wichtige Attribute von Transaktionen sind Anforderungs(Object_to_Object.validityStart)- und Lieferdatum (Object_to_Object.validityEnd). Sie werden in der Regel zu einem bestimmten Zweck erfolgen (Object_isOf_Purpose). Der Original-Bestelltext (Object_has_Notice | noticeType = original Text) wird ebenso verwaltet wie ein Genehmigungsvermerk (Transaction.authorised) und ein Prüfvermerk über den Besteller (Transaction.receiverChecked). Der Empfänger kann einen Ansprechpartner für die Bestellung benennen (Object_has_Notice | noticeType = receiver partner). Vom Empfänger kann als Gegenleistung für den Materialtransfer ein Informationsrückfluss verlangt werden (Transaction.dataRequest), der verschiedene Stati aufweist ({erforderlich | angefordert | [zugesichert] | erhalten}). Materialabgaben erfolgen nur gegen Unterzeichnung eines MTA (Material Transfer Agreement) ((Institution)Object_to_(Register)Object | roleName = signed). Auch hier (Transaction.mtaRequest)kann ein Status wie beim Informationsrückfluss gespeichert werden. Transactions are objects iwithin GBIS (Transaction_isAn_Object ). They are collections of interexchanges of objects or information. One institution object is declared as the sender ((Institution)Object_to_(Transaction)Object | roleName = sends), another one as the receiver ((Institution)Object_to_(Transaction)Object | roleName = receives). Important attributes of transactions are dates of request (Object_to_Object.validityStart), and of delivery (Object_to_Object.validityEnd) respectively. Most of transactions will be done with a purpose (Object_isOf_Purpose). The original transaction text (Object_has_Notice | noticeType = original Text) will be kept as well as an authorising, and a receiver check, respectivly. The receiver may name a partner (Object_has_Notice | noticeType = receiver partner), who is a natural person. The IPK genebank can commit a receiver to feed back information about the tranferred material (Transaction.dataRequest). This request my be of several statuses ({necessary | requested | [assured] | got}). Material transfers will carried out only when a material transfer agreement (MTA) is signed by the receiver ((Institution)Object_to_(Register)Object | roleName = signed). A status of the agreement (Transaction.mtaRequest) can be kept as in information request cases.

69 3.18 Transfer (part 2) Das Konzept der Transaktionen ist bewusst offen gehalten, um bidirektional genutzt werden zu können. Daher ist der Absender von Objekten (z. B. Saatgutproben) nicht zwingend das IPK, das an einen Züchter, eine andere Genbank usw. liefert, sondern genauso gut eine andere Genbank, die eine Saatgutprobe an das IPK sendet, was sie i. d. R. zum Donor macht. Die Beziehung Institution_istDonorVon_Akzession ist redundant in den Relationen (Transaction)Object_to_(Sample)Object (roleName = sends) und (Institution)Object_to_(Accession)Object (roleName = donated) gespeichert, wo allerdings keine Information über Menge und Datum der transferierten Objekte enthalten sind. Darüber hinaus sind historische Transaktionen nicht im Einzelfall nachvollziehbar. Es wird zwischen Bestellungen und Lieferungen unterschieden, die gleichwohl in Beziehung zueinander stehen ((Transaction)Object_to_(Transaction)Object | roleName = delivered as). Die Lieferungen sind dabei immer die Kind-Objekte. Dadurch ist es möglich, mehrere (Teil-)Lieferungen einer Bestellung zuzuordnen. Jeder Bestellung oder Lieferung kann eine Adresse zugewiesen werden ((Transaction)Object_{sent to | requested from}_(Contact)Object). The concept of transaction is open to be bi-directional. For instance, the sender of objects (e. g. seed samples, etc.) is not necessarily IPK but another gene bank as well. On the other hand, the receiver can be a breeder as well as IPK. If another gene bank plays the role of sender, and IPK plays the role of receiver, the relationship Institution_donated_Accession seems to be redundant in both, (Transaction)Object_to_(Sample)Object (roleName = sends) entity and (Institution)Object_to_(Accession)Object (roleName = donated) relationship. The reason for this redundancy is lacking information, mostly about the transaction act in history. Furthermore, there is no information about amount or date of transfer in the Object_to_Object relationship. We distinguish between requests and deliveries with a relationship between ((Transaction)Object_to_(Transaction)Object | roleName = delivered as). The supplies are everytime the cild objects. Due to this one or more partial deliveries can be added to a single request. Each transaction can be linked to a contact ((Transaction)Object_{sent to | requested from}_(Contact)Object).

70 3.18 Transfer (part 3) Innerhalb von Transaktionen werden Einzelpositionen vom Sender zum Empfänger bewegt. Die Positionen sind dabei ein spezieller Typ (Pattern) von Dokumenten (Register). Es besteht eine Beziehung zwischen Bestell- und Lieferpositionen ((Register)Object_to_(Register)Object | roleName = delivered as). Im Einzelfall kann sich der Zweck des Transfers einer Einzelposition vom Transferzweck der gesamten Transaktion unterscheiden, weshalb hier auch eine Relation Object_isOf_Purpose möglich ist. Die Einzelposition wird in der Regel eine Saatgutprobe sein, die zu einer Akzession oder Partie gehören kann ((Register)Object_to_({accession | sample})Object). Lieferungen sind dann auch selbst wieder (Saatgut-)Partien. Auf diese Weise sind gezählte oder gewogene Mengen Bestandteil des Transfers (Sample.currentStock, Object_uses_Unit). Auch die Ausleihe von Herbarbelegen kann hier dokumentiert werden (sowohl Ausleihe als auch Rückgabe). Der Transaktionsvorgang kann bei einzelnen Positionen unterschiedlich lange dauern, weshalb Initiation (Object.lifeStart) und Vollendung (Object.lifeEnd) auf dieser Ebene dokumentiert werden und nicht auf der Ebene der Transaktion. Es ist außerdem damit zu rechnen, dass bei Saatgutabgaben, die den Hauptteil der Transaktionen ausmachen werden, der Arbeitsablauf unterschiedliche Stati durchläuft, weshalb auch diese festgehalten werden (Request.processingStatus).RegisterSample.currentStockObject_uses_Unit Insbesondere bei der Abgabe von In-vitro-Kulturen kann es zu Verzögerungen kommen, da diese nicht in jedem Entwicklungsstadium abgegeben werden. Es wird deshalb ein voraussichtliches Lieferdatum gespeichert (Request.awaited). Bei der Abgabe von Material ist es erforderlich, Gesundheitszeugnisse beizulegen. Diese werden in GBIS als Register verwaltet. Dadurch sind sie GBIS-Objekte, die zu Lieferpositionen (temporäre) Beziehungen eingehen können (Object_to_Object). RegisterObject_to_Object Transactions consist of requests. The requests are patterns of documents (Register). There is a relationship between requested and delivered requests ((Register)Object_to_(Register)Object | roleName = delivered as). Sometimes the purpose to send a request may be different from the purpose of the complete transaction. For this reason a separate relationship is possible (Object_isOf_Purpose). Mostly a request is a seed stock sample of an accession ((Register)Object_to_({accession | sample})Object). Supplies are counted or weighted elements of the transfer (Sample.currentStock, Object_uses_Unit).However, it is also possible to handle loans and returns of herbarium specimens. The time for acting a transaction of several items can differ in a very wide range. For this reason the initiation (Object.lifeStart) and completion (Object.lifeEnd) of this act will be documented on the item level in contrast to the transaction level. Furthermore, there will be discrete statuses of transactions (Request.processingStatus), particularly when seed samples or in vitro plants will be transferred. These statuses will be documented for tracking a transaction.RegisterSample.currentStockObject_uses_Unit Especially in the case of in vitro samples retardings of delivery may occur, because these samples will not be transferred in every developmental stage. Due to this, an awaited delivery date will be kept. Sending material requires sending quarantine certificates. These are registers in GBIS, and so they become GBIS objects as well as deliveries. In turn, these are temporarily interrelated with registers (Object_to_Object).registersObject_to_Object

71 3.19 Evaluation (part 1) Die Erfassung von Evaluierungsdaten folgt dem Single observation concept (vgl. Van Hintum & Hazekamp 1992; McLaren et al. 2001). Danach ist jeder neue Deskriptor nicht ein neues Attribut in einer beliebigen Tabelle, sondern die Beobachtung (ObservationAct) wird als Tupel (Deskriptor – Descriptor_for_ObservationAct; Beobachtungswert – ObservationAct_has_SingleObservation; Beobachtungsobjekt – ObservationAct_ refersTo_Object & ObservationAct_ about_Cultivation; [Zeitraum – ObservationAct. {observationActStart | observationActEnd}; Beobachter – Insitution_applies_ ObservationAct; Methode – Descriptor_using_Method; Kontext – Experiment_with_ ObservationAct & ObservationAct_in_GrowthStage]) festgehalten.Van Hintum & Hazekamp 1992; McLaren et al Descriptor_using_Method Die einzelnen Beobachtungswerte (SingleObservation. observationScore) sind Einzelexemplaren an Pflanzen des Versuchs (SingleObservation.plantId) zuordenbar bzw. der Anteil des Bestandes, auf den sich der Beobachtungswert bezieht, wird festgehalten (SingleObservation.portion). Die Ergebnisse können unter den Vorbehalt einer Prüfung gestellt werden (SingleObservation.underReserve). Der Beobachtungswert ist grundsätzlich (statistisch) bereinigt worden, um die Beobachtungen vergleichbar zu machen. Nicht bereinigte (Original-)werte werden nicht über die Datenbank verfügbar gemacht (Experiment_isAn_Object; Object_with_File). Außerdem können Bemerkungen geführt werden (SingleObservation. singleObservationRemark). Object_with_File Die BBCH-Liste der Entwicklungsstadien (Biologische Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft 2001) wird zum Standard in GBIS erhoben (GrowthStage.{macroStage | microStage}). Sie beschreibt mit Hilfe einer Dezimalskala detailliert den Entwicklungsstatus einer Pflanze von der Keimung bis zum Absterben. Es gibt fruchtartenbezogene BBCH-Listen (GrowthStage_isFor_Crop). Jedem Stadium kann ein Bild zugeordnet werden (GrowthStage_with_Picture).Biologische Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft 2001 The documentation way of evaluation data will be made by single observation concept (see Van Hintum & Hazekamp 1992; McLaren et al. 2001). Due to this, not every new descriptor will be a new attribute of any table. The result of observation (ObservationAct) will be stored as a tuple of (descroiptor – Descriptor_for_ObservationAct;value of observation - ObservationAct_has_SingleObservation; object of observation - ObservationAct_refersTo_Object & ObservationAct_about_Cultivation; [time period – ObservationAct.{observationActStart | observationActEnd}; observer – Institution_applies_ObservationAct; method – Descriptor_using_Method; context – Experiment_ with_ObservationAct & ObservationAct_in_GrowthStage]).Van Hintum & Hazekamp 1992; McLaren et al Descriptor_using_Method The single observation scores have been made observing individual plants (SingleObservation.plantId), or the portion of plants associated with the observation score will be kept, respectively. They belong to an observation (SingleObservation_from_Observation). The results can be accepted under reserve. The observation score will be (statistically) cleaned for comparison of several observations. Non-standardised observation data will not be available from the database, but from other systems (Experiment_isAn_Object; Object_with_File). Remarks can be stored (SingleObservation.observationRemark).Object_with_File The BBCH list of growth stages (Biologische Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft 2001) is the basis of observations in GBIS (GrowthStage.{macroStage | microStage}). It describes the growth stage of a plant between germination and dormancy in detail using a decimal scale. There are crop specific BBCH lists (GrowthStage_isFor_Crop). To each growth stage a picture may be linked.Biologische Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft 2001

72 Experiment 3.19 Evaluation (part 2) Experimente (Experiment) sind als Subtypen (patterns) von Institutionen Objekte im Sinne des GBIS (Experiment_isAn_Institution). Alle im Zusammenhang mit einem Experiment erzeugten Daten unterliegen ggf. (temporären oder permanenten) Restriktionen über ihre Weitergabe, weshalb Rechte an diesen Daten gesondert verwaltet werden (ExperimentData_with_Authorisation). Es gibt dann ein Freigabe-Datum (ExperimentData.restrictionEnd), ab dem die innerhalb des Experiments erhobenen Daten öffentlich werden. Die von der für ein Experiment verantwortlichen Institution benannten Ansprechpartner werden in der Object_to_Object- Relation verwaltet. Dort wird auch der Bezug zu wichtigen Publikationen festgehalten. Die Versuche finden in bestimmten Umgebungen statt (Experiment_in_Environment). Da ggf. standardisierte Umgebungsbedingungen in mehreren Experimenten verwendet werden, ist eine Gültigkeitdauer festgehalten (in.{validFrom | validTo}). Experimente sind zweckgebunden (Experiment_isAn_Object; Object_isOf_Purpose). Experiments are GBIS objects (Experiment_isAn_Institution) as they are patterns of institutions. All data from experiments are restricted in terms of an interexchange. These restrictions can be temporary or permanent. For this reason the rights on data are administered separately (ExperimentData_with_Authorisation). In these cases a data access restriction end date will occur, until the data created in experiments become public. The experiments responsible institution may name one or many corresponding person(s), who are handled in the Object_to_Object relation. Experiments take place within an environment (Experiment_in_Environment). Due to the existance of standard environments and their reuse in other experiments, a validity annotation is given (in.{validFrom | validTo}). Experiments serve a purpose (Experiment_isAn_Object; Object_isOf_Purpose).

73 3.19 Evaluation (part 3) Methoden (Method) spielen nicht nur im Zusammenhang mit der Erhebung von Evaluierungsdaten eine Rolle, sondern sind viel allgemeiner aufzufassen: Es gibt neben den Methoden für Charakterisierung und Evaluierung Anbau-, Keimfähigkeitstest-, TGW-Bestimmungs- und andere Methoden (Method_isOf_MethodType). Streng genommen sind sowohl die Bestimmungen des TGW als auch Keimfähigkeitstests Versuche zur Evaluierung. Aufgrund der Tatsache, dass solche Daten regelmäßig in großer Zahl und in konstanter Struktur erzeugt werden, wurde aber von einer Einbeziehung in das allgemeinere Modell abgesehen. Da Methoden ggf. durch Teilmethoden beschrieben werden können, ist eine Hierarchie durch einen Selbstbezug realisiert worden (Method_has_Method). Für die Anwendung der Teilmethoden ist ggf. die Reihenfolge wichtig (has.rank). Außerdem kann die Anwendung der Teilmethode innerhalb einer Methode mit einem Wert (has.value, has.valueGerman) und einer Einheit (Method_has_Method_with_Unit) verknüpft sein, z. B. kann die Teilmethode Tageslänge mit dem Wert 8 und der Einheit h verbunden werden. Um sicher zu stellen, dass nur die Identifier von Methoden und nicht die ihrer Teile als Fremdschlüssel in anderen Entities benutzt werden können, muss sicher gestellt werden, dass nur die Primärschlüssel klassifizierter Methoden Fremdschlüssel in anderen Entities werden können, da Teilmethoden ggf. mehreren Methodenklassen zugeordnet werden könnten. Für Methoden existieren oft Publikationen, in denen sie eingehend beschrieben wurden (Publication_references_Method). Methods are important not only in the context of evaluation data, but they are much more commonly used. There are methods for characterisation and evaluation as well as for tests on both germinating capacity and thousand-grain weight, or other methods respectively (Method_isOf_MethodType). Strictly handled both test on geminating capacity and thousand-grain weight are experiments in a context of evaluation. They are not implemented into the general model due to their constant structure and the high data increase while doing these tests. For the reason of existing hierarchies within methods a recursive relationship has been implemented (Method_has_Method). The rank of a method part within a method can be important. Furthermore, the application of a method part can be associated with a (german) value and a unit, e. g. a method part day length is used with 8 hours. To guarantee the only use of identifiers of methods instead of method parts as foreign keys in other entities only the primary keys of classified methods can become a foreign key in other entities due to a possible multiple usage of a method part in more than one class. There are often publications, which describe a method in detail (Publication_references_Method).

74 3.19 Evaluation (part 4) Deskriptoren sind die zu beobachtenden Eigenschaften von Pflanzen (z. B. Wuchshöhe, Blütenfarbe,...). Sie sind Objekte in GBIS (Descriptor_isAn_Object), weil sie hinreichend viele Beziehungen zu anderen Objekten (Publication, ObservationAct, ScoringSchema) haben. In GBIS werden ausschließlich standardisierte Deskriptoren verwendet, für die die entsprechende Publikation angegeben werden muss (Object_to_Object). Nicht standardisierte Namen (Synonyme und Homonyme) sind gleichwohl abfragbar (Descriptor_isAn_Object; Object_has_Acronym). Über einen Selbstbezug werden Hierarchien verwaltet (Object_to_Object). Da nicht alle Ebenen dieser Hierarchie als Fremdschlüssel in anderen Entities verwendet werden dürfen, ist eine besondere Kennzeichnung erforderlich (Descriptor.isMainDescriptor). Für die Anwendung eines Deskriptors in einer Beobachtung sind methodisch Bereiche von Entwicklungsstadien vorgeschrieben, innerhalb derer der Deskriptor sinnvollerweise beobachtet werden kann (Descriptor_in_GrowthStage). Deskriptoren werden in speziellen Listen, sog. Boniturschemata, zusammengefasst (ScoringSchema_isA_List; List_isAn_Object). Die Schemata haben eine Gültigkeitsdauer (Object.{lifeStart | lifeEnd}). Sie sind fruchtartenspezifisch (ScoringSchema_isFor_Crop).Publication ObservationActObject_to_ObjectObject_has_AcronymObject_to_Object List_isAn_Object Jeder Deskriptor hat eine zulässige Methode (Descriptor_using_Method) und einen Wertebereich (Descriptor_has_ValueRange), der standardisierte Werte enthält (ValueRange_with_SingleValue). Diese Werte sind ggf. mit Bild-Informationen verknüpft (ValueRange_with_SingleValue_hasA_Picture), die eine Zuordnung erleichtern. Werden z. B. Boniturnoten erfasst, die den Befall von Blättern mit pathogenen Pilzen dokumentieren, so kann in Bildern illustriert werden, welcher Boniturnote welches Befallsbild zugeordnet werden soll. Außerdem können Werte per Konvention numerisch codiert sein (SingleValue.singleValueCode). Wertebereiche sind klassifiziert (ValueRange_isOf_ RangeType; nominal/ordinal/intervallskaliert – numerisch, alphanumerisch, Datum). Descriptors are observeable properties of plants (e. g. plant height, colour of flower, etc.). They are objects in GBIS (Descriptor_isAn_Object), because there is a sufficient number of relationships to other objects (Publication, ObservationAct, ScoringSchema). In GBIS only standardised descriptors will be used. A referencing publication must be named (Object_to_Object). Nevertheless, non standardised names can be used in queries, because the synonyms of decriptors will be kept (Descriptor_isAn_Object; Object_has_Acronym). As well, descriptor hierarchies can be administered by the objects universal recursive relationship (Object_to_Object). Not every descriptors identifier can be used as a foreign key in other entities. Due to this, a special flag (Descriptor.isMainDescriptor) has been applied. Observing a descriptor is mostly senseful only in a range of developmental stages of a plant, which will be described by method (Observation_in_GrowthStage).Publication ObservationActObject_to_ObjectObject_has_AcronymObject_to_Object From a list of descriptors a scoring schema can be constructed (ScoringSchema_isA_List; List_isAn_Object). The schemas are temporarily valid (Object.{lifeStart | lifeEnd}). They are specific for crops (ScoringSchema_isFor_Crop).List_isAn_Object Each descriptor uses a valid method and has a value range with standardised scores (ValueRange_with_SingleValue). These scores can be connected with images (ValueRange_with_SingleValue_hasA_Picture) to facilitate associations. If ratings of affection by pathogen fungi should be documented, an image can easier support the mapping of affection to rating than a long verbal description. The value range can be classified (ValueRange_isOf_ RangeType; nominal/ordinal/scaled by interval – numerical, alphanumerical, as date).

75 4 Literature cited Biologische Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft 2001: Entwicklungsstadien mono- und dikotyler Pflanzen. BBCH Monografie, 165 pp. and valid on April 27 th 2004.http://www.bba.de/veroeff/bbch/bbchdeu.pdf EURISCO 2002: EURISCO Descriptors for uploading information from National Inventories to EURISCO. valid on April 27 th Heuer, A. & Saake, G Datenbanken. Konzepte und Sprachen. 2., act. & ext. ed., mitp-Verlag, Landsberg: 676 pp. International Code of Botanical Nomenclature (Saint Louis Code) Electronic version: valid on April 27 th IPGRI 2001: Multicrop passport descriptor list. valid on April 27 th ISO 3166: Country codes. valid on April 27 th 2004; valid on April 27 th 2004.http://www.unicode.org/onlinedat/countries.html Knüpffer, H., Jiménez Krause, J. D. & Vorwald, J Ist-Analyse für die Neuentwicklung eines Genbankinformationssystems (GBIS). Unpubl. documentation, Gatersleben: pp. McLaren, C. G., Portugal, A., & Lieshout, J. G. F Design of the data management system (DMS). International Crop Information System. Technical Development Manual. valid on April 27 th 2004.http://www.icis.cgiar.org/TDM/Docs/ICIS07L_DMS_Overview.DOC Trehane, P., Brickell, C.D., Baum, B.R., Hetterscheid, W.L.A., Leslie, A.C., McNeill, J., Spongberg, S.A. & Vrugtman, F International Code of Nomenclature for Cultivated Plants (ICNCP or Cultivated Plant Code). Quarterjack Publishing, Wimborne UK. Van Hintum, Th.J.L. & Hazekamp, Th Genis Data Dictionary, July Centre for Plant Breeding and Reproduction Research (CPRO-DLO), Centre for Genetic Resources, The Netherlands (CGN), Wageningen, The Netherlands.


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