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Rekonstruktion phylogenetischer Bäume.. Dendrogramm.

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Präsentation zum Thema: "Rekonstruktion phylogenetischer Bäume.. Dendrogramm."—  Präsentation transkript:

1 Rekonstruktion phylogenetischer Bäume.

2 Dendrogramm

3 Baum mit Distanzen (Längen an Ästen)

4 Phylogenie-Methoden: Distanzmethoden (UPGMA, Neighbour-Joining) Parsimony Probabilistische Methoden: Likelihood, Bayes-Methoden

5 Distanzmethoden

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7 Maximum Parsimony

8 Maximum Likelihood

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14 Test auf Zuverlässigkeit phylogenetischer Bäume: Bootstrap-Verfahren Allgemein: Wiederhole statistischen Test nach Re- Sampling, d.h. durch zufälliges Ziehen neuer Proben. In Phylogenie: 1. Wähle zufällig Spalten aus Alignment aus 2. Wiederhole Konstruktion des Baums (z.B mal) 3. Berechne für jede Kante: Wie oft kommt sie vor?

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16 Kombination heterogener Daten zur Konstruktion von phylogenetischen Bäumen: 1. Supertree: Kombiniere mehrere Bäume zu einem Superbaum 2. Supermatrix: Konstruiere Matrix (= Alignment) aus heterogenen Datenquellen Problem: Nicht alle Sequenzen/Spezies kommen in allen Bäumen/Datensätzen vor

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18 Rekonstruktion phylogenetischer Bäume. Beispiel: Rekonstruktion der Phylogenie der Porifera (Schwämme); DFG-Projekt Deep metazoan phylogeny (Gert Wörheide, Fabian Schreiber) Frage: Sind die Porifera eine monophyletische Gruppe?

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20 Biological Question: Are Sponges mono-/paraphyletic? Phylogenetic Reconstuction: An Example Organims of interest: Sponge

21 Build Dataset Dataset Query Sequence DNA/Protein Sequence from Sponge Gene Search for Homologs using e.g BLAST Hits from Search: putative homologs

22 Sequence alignment Dataset Sequence Alignment Hits from Search: putative homologs Alignment tools: -Clustalw -T-Coffee -Dialign...many more Use to bring sequences in relation

23 Alignment Phylogenetic Tree Phylogeny Methods: Distance-based: ---Nj ---UPGMA Parsimony: ---Max.Parsimony(Phylip/Paup) Statistical: ---Max.Likelihood (Phyml) ---Bayesian Inf. (MrBayes) Estimate Phylogeny

24 Interpretate results Hypothesis: Sponges are monophyletic


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