Übung Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 1 Vom ER-Schema zur Relationalen Datenbank.

Präsentation zum Thema: "Übung Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 1 Vom ER-Schema zur Relationalen Datenbank."—  Präsentation transkript:

1 Übung Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 1 Vom ER-Schema zur Relationalen Datenbank

2 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 2

3 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 3 ACHTUNG! Unterschied zwischen Relation und Tabelle Ordnung von Tupeln in einer Relation  Relation wird durch Tupelmenge beschrieben  Mathematisch haben Elemente einer Menge keine Ordnung -> Tupel einer Relation sind demzufolge ungeordnet (Reihenfolge auf Tupeln ist nicht Teil der Relationsdef.) Ordnung von Attributen und Werten  analog der Ordnung von Tupeln ist auch die Ordnung von Werten in einem Tupel unnötig  Beispiel für zwei identische Tupel: -t=

4 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 4

5 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 5

6 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 6

7 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 7

8 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 8

9 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 9 Abbildung von ER-Schema auf DB I Umsetzung einfacher Entitäten und Beziehungen  aus Entitäten werden Tabelle (Relationen)  aus Attributen werden Spalten  Beziehungen werden zu Fremdschlüsseln  Identifikationsschlüssel werden zu Primärschlüsseln

10 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 10 Relationen I - EST_SEQ EST SEQ IDCLONE IDSEQUENCEENTRY DATE HK03G21uHK03G21CTGAGCTTAGTC…01.01.2000 HK03G21rHK03G21ACACCAAAAATG…01.01.2000 HW09O09uHW09O09AAGGTCCACAATG…01.01.2000 HW09O09VHW09O09GGAAACCCTTCCTCA…01.01.2000 HY01A03THY01A03GAATTCGGCACCAGAGT…01.01.2000

11 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 11 Relationen II : LIBRARY LIBRARY ID ORGANISMCULTIVARTISSUEVECTOR HKBarleyBarkeetiolated leafs. Plants were grown on filterpaper for 6 d at 250C in the dark. Leafs were harvested at daylight conditions pBluescript SK- HWBarleyBarkeRoots were grown for two days on filter paper at room temperature lambda ZAP Express, subsequent in vivo excision resulted in plasmid pBK-CMV HYBarleyBarkedeveloping caryopsis, 0-15 DAF (days after flowering) lambda ZAP Express, subsequent in vivo excision resulted in plasmid pBK-CMV

12 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 12 Relationen III : EST_USER EST USER IDNAMELOGINEMAIL 2Wolfgang Michalek michalekw.michalek@kws.de 3Winfriede Weschke weschkeweschke@ipk- gatersleben.de

13 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 13 Relationen IV : RROJECT_GROUP PROJECT GROUP IDNAME 4Public 5Gabi

14 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 14

15 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 15 Relationen V : LIBRARY_OWNER EST USER IDLIBRARY IDLIBRARY ORDER 2HK1 3 2 2HW1 3 2 2HY1 3 2

16 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 16 Relationen VI: GROUP_MEMBER PROJECT GROUP IDEST USER ID 42 43 52 53

17 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 17 Wie bekomme ich die Daten zurück? I  Bsp: Gib mir alle EST_SEQ_IDs, CLONE_IDs und Namen der EST_SEQ_OWNER wo der PROJECT_GROUP_NAME gleich „Public“!  Lösung SQL -> Structured Query Language ???

18 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 18 SELECT EST_SEQ.EST_SEQ_ID, EST_SEQ.CLONE_ID, EST_USER.NAME from EST_SEQ, LIBRARY, LIBRARY_OWNER, EST_USER, GROUP_MEMBER, PROJECT_GROUP where PROJECT_GROUP.NAME = 'Public' and PROJECT_GROUP.PROJECT_GROUP_ID = GROUP_MEMBER.PROJECT_GROUP_ID and GROUP_MEMBER.EST_USER_ID = EST_USER.EST_USER_ID and EST_USER.EST_USER_ID = LIBRARY_OWNER.EST_USER_ID and LIBRARY_OWNER.LIBRARY_ID = LIBRARY.LIBRARY_ID and LIBRARY.LIBRARY_ID = EST_SEQ.LIBRARY_ID

19 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 19 Ergebnis der SQL-Query EST SEQ IDCLONE IDNAME HK03G21rHK03G21Wolfgang Michalek HK03G21rHK03G21Winfriede Weschke HK03G21uHK03G21Wolfgang Michalek HK03G21uHK03G21Winfriede Weschke HW09O09uHW09O09Wolfgang Michalek HW09O09uHW09O09Winfriede Weschke HW09O09VHW09O09Winfriede Weschke HW09O09VHW09O09Wolfgang Michalek HY01A03THY01A03Wolfgang Michalek HY01A03THY01A03Winfriede Weschke

20 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 20

21 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 21

22 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 22

23 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 23

24 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 24

25 Übung: Einführung in die Bioinformatik U. Scholz & M. Lange Übung 1: # 25