Lehrstuhl Bioinformatik

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1 Lehrstuhl Bioinformatik
Jahresrückblick 2016 Aufnahme vom 4. Oktober 2016 Stand:

2 Ausgewählte Publikationen

3 Publikationen 2016 (fettgedruckt: Lehrstuhlmitarbeiter, lila: Alumni)
M. Hölzer, V. Krähling ,F. Amman, E. Barth, S.H. Bernhart, V.A. Carmelo, M. Collatz, G. Doose , F. Eggenhofer, J. Ewald, J. Fallmann, L.M. Feldhahn , M. Fricke, J. Gebauer, A.J. Gruber, F. Hufsky, H. Indrischek, S. Kanton, J. Linde, N. Mostajo, R. Ochsenreiter, K. Riege, L. Rivarola-Duarte, A.H. Sahyoun, S.J. Saunders, S.E. Seemann, A. Tanzer, B. Vogel, S. Wehner, M.T. Wolfinger, R. Backofen, J. Gorodkin, I. Grosse, I. Hofacker, S. Hoffmann, C. Kaleta, P.F. Stadler, S. Becker, M. Marz Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells. Scientific Reports 6 (2016) 34589 B. Hebecker, S.Vlaic, T. Conrad, M.Bauer, S. Brunke, M. Kapitan, J. Linde, B. Hube, I.D. Jacobsen Dual-species transcriptional profiling during systemic candidiasis reveals organ-specific host-pathogen interactions. Scientific Reports 6 (2016) 36055 A. Dix, S. Vlaic, R. Guthke, J. Linde Use of systems biology to decipher host-pathogen interaction networks and predict biomarkers. Clin. Microbiol. Infection 22 (7) (2016)

4 Publikationen 2016 (2) T. Hinze Coping with Dynamical Structures for Interdisciplinary Applications of Membrane Computing: Springer Series Lecture Notes in Comp. Science (2016) in print S. Germerodt, K. Bohl, A. Lück, S. Pande, A. Schröter, C. Kaleta, S. Schuster, C. Kost Pervasive Selection for Cooperative Cross-Feeding in Bacterial Communities. PLOS Comp. Biol. 12 (6) (2016) e T. Hinze, L. Weber, U. Hatnik Walking Membranes: Grid-exploring P Systems with Artificial Evolution for Multi-purpose Topological Optimisation of Cascaded Processes. Proc. 17th Intern. Conf. Membrane Computing, to appear in Series Lecture Notes in Computer Science (2016) Springer Verlag, accepted J. Pollmächer, S. Timme, S. Schuster, A.A. Brakhage, P.F. Zipfel, M.T. Figge Deciphering the counterplay of Aspergillus fumigatus infection and host inflammation by evolutionary games on graphs Scientific Reports 6 (2016) Article number:

5 Publikationen 2016 (3) J. Gebauer, C. Gentsch, J. Mansfeld, K. Schmeißer, S. Waschina, S. Brandes, L. Klimmasch, N. Zamboni, K. Zarse, S. Schuster, M. Ristow, S. Schäuble, C. Kaleta A Genome-Scale Database and Reconstruction of Caenorhabditis elegans Metabolism. Cell Systems 2 (5) (2016) T. Weise, S. Schuster, M. Pfaff Bestimmung algenbiotechnologisch relevanter Parameter im kontinuierlichen Bioprozessregime: Ertrags- und Maintenance-Koeffizient In: Tagungsband 17. NW-Konferenz der mittel- und ostdeutschen Hochschulen für angewandte Wissenschaften (eds. T. Seul) (2016) 30-35 S. Ellenberger, L. Siegmund, S. Schuster, J. Wöstemeyer Horizontal gene transfer between bacteria and protozoa: Gene-specific detection by combining different approaches in a new score-based algorithm. Endocytobiosis Cell Res. 27 (2016)

6 Publikationen 2016 (4) S. Widder, R. J. Allen, T. Pfeiffer, ..., S. Schuster, ...,O. S. Soyer Challenges in microbial ecology: building predictive understanding of community function and dynamics ISME J. 10 (2016) T. Hinze, J. Behre, K. Kirkici, Pa. Sauer, Pe. Sauer, S. Hayat Passion to P for Polymorphic Processes in Practice In: Multidisciplinary Creativity. Homage to Gheorghe Paun on his 65th Birthday (eds. M. Gheorghe et al.), Spandugino (2016) ch. 7, 77-88 T. Hinze, K. Kirkici, Pa. Sauer, Pe. Sauer, J. Behre. Membrane Computing Meets Temperature: A Thermoreceptor Model as Molecular Slide Rule with Evolutionary Potential Springer Lecture Notes in Computer Science 9504 (2016)

7 Publikationen 2016 (5) S. Pande, F. Kaftan, S. Lang, A. Svatos, S. Germerodt, C. Kost Privatization of cooperative benefits stabilizes mutualistic cross-feeding interactions in spatially structured environments ISME J. 10 (2016) M.T. Prauße, S. Schäuble, R. Guthke, S. Schuster Computing the various pathways of penicillin synthesis and their molar yields. Biotechnol. Bioeng. 113 (1) (2016)

8 Publikationen 2017 (fettgedruckt: Lehrstuhlmitarbeiter, lila: Alumni)
S. Schuster, M. Fichtner, S. Sasso Use of Fibonacci numbers in lipidomics - Enumerating various classes of fatty acids. Scientific Reports (2017) accepted K. Czakai, M. Dittrich, M. Kaltdorf, T. Müller, S. Krappmann, A. Schedler, M. Bonin, S. Dühring, S. Schuster, C. Speth, G. Rambach, H. Einsele, T. Dandekar, J. Löffler Influence of platelet-rich plasma on the immune response of human monocyte-derived dendritic cells and macrophages simulated with Aspergillus fumigatus Intern. J. Med. Microbiol. (2017) accepted S. Ellenberger, A. Burmester, S. Schuster, J. Wöstemeyer Post-translational regulation by structural changes of 4-dihydromethyltrisporate dehydrogenase, a key enzyme in sexual and parasitic communication mediated by the trisporic acid pheromone system, of the fungal fusion parasite Parasitella parasitica J. Theor. Biol. 413 (2017) (Epub 2016 Nov 15)

9 Publikationen 2017 (2) (fettgedruckt: Lehrstuhlmitarbeiter, lila: Alumni)
M. Fichtner, K. Voigt, S. Schuster The tip and hidden part of the iceberg: Proteinogenic and non-proteinogenic aliphatic amino acids. Biochim. Biophys. Acta – Gen. Subj (1, Part A) (2017)

10 Lactarius helvus Filziger Milchling Enthält 3-Methylen-Norvalin Amanita solitaria Stachelschuppiger Knollenblätterpilz Enthält 2-Amino-Hex-4,5-diensäure Amanita pseudoporphyria Enthält Allylglycin, Propargylglycin und 2-Amino-Hept-4-ensäure-6-insäure

11 Zahl der Publikationen
2003: 7 2004: 4 2005: 8 2006: 7 2007: 10 2008: 13 2009: 18 2010: 32 (nur Artikel: 19) 2011: 21 2012: 23 2013: 17 (einschl. 3 von T. Hinze) 2014: 13 (einschl. 2 von T. Hinze) 2015: 19 (einschl. 3 von T. Hinze) 2016: 15 (einschl. 4 von T. Hinze) 2017: 4

12 Impact-Faktoren der Zeitschriften, in denen wir 2016 publiziert haben
ISME Journal: 9.328 Scientific Reports: 5.228 PLOS Computational Biology: 4.587 Clinical Microbiology and Infection: 4.575 Biotechnology and Bioengineering: 4.243 Frontiers in Microbiology: 4.165 Journal of Theoretical Biology: 2.049 Endocytobiosis and Cell Research:- Cell Systems:- International Journal of Mechanical and Mechatronics: - Lecture Notes in Computer Science:-

13 Die 10 meistzitiertenPublikationen (blau: Anzahl Zitationen Web of Science, Google Scholar, lila: Impact Faktor) K. Schmeisser, J. Mansfeld, D. Kuhlow, S. Weimer, K. Zarse, S. Priebe, I. Heiland, M. Birringer, M. Groth, A Segref, C. Werner, S. Schmeisser, S. Schuster, et al. Role of sirtuins in lifespan regulation is linked to methylation of nicotinamide Nature Chem. Biol. 9 (2013) (51, 70, IF 12,709 ) F. Wessely, M. Bartl, R. Guthke, P. Li, S. Schuster, C. Kaleta Optimal regulatory strategies for metabolic pathways in Escherichia coli depending on protein costs. Mol. Syst. Biol. 7 (2011) 515 (47, 70, IF 10,581) S. Pande, H. Merker, K. Bohl, M. Reichelt, S. Schuster, L.F. de Figueiredo, C. Kaleta , C. Kost Fitness and stability of obligate cross-feeding interactions that emerge upon gene loss in bacteria. ISME J. 8 (2014) 953–962 (32, 54, IF 9,328) A. Rezola, L. F. de Figueiredo, M. Brock, J. Pey, A. Podhorski, C. Wittmann, S. Schuster, A. Bockmayr, F.J. Planes. Exploring metabolic pathways in genome-scale networks via generating flux modes. Bioinformatics 27 (4) (2011) (28, 44, IF 5,766) G. G. Zampar, A. Kümmel, J. Ewald, S. Jol, B. Niebel, P. Picotti, R. Aebersold, U. Sauer, N. Zamboni, M. Heinemann: Temporal system-level organization of the switch from glycolytic to gluconeogenic operation in yeast. Mol. Syst. Biol. 9 (2013) 651 (19, 34, IF 10,581)

14 Die 10 meistzitiertenPublikationen (blau: Anzahl Zitationen Web of Science, Google Scholar, lila: Impact Faktor) C. Kaleta, L.F. de Figueiredo, S. Werner, R. Guthke, M. Ristow, S. Schuster In silico evidence for gluconeogenesis from fatty acids in humans PLoS Comput. Biol. 7 (2011) e (17, 27, IF 4,587) G. Beuster, K. Zarse, C. Kaleta, R. Thierbach, M. Kiehntopf, P. Steinberg, S. Schuster, et.al.: Inhibition of alanine aminotransferase (ALAT) in silico and in vivo promotes mitochondrial metabolism to impair malignant growth. J. Biol. Chem (25) (2011) (17, 27, IF 4,258) H. Stark, S. Schuster: Comparison of various approaches to calculating the optimal hematocrit in vertebrates. J. Appl. Physiol. 113 (2012) (17,26, IF 3,004) 9. S. Schuster, L. de Figueiredo, A. Schroeter, C. Kaleta: Combining Metabolic Pathway Analysis with Evolutionary Game Theory. Explaining the occurrence of low-yield pathways by an analytic optimization approach BioSystems 105 (2011) (16, 23, IF 1,495) 10. C. Kaleta, S. Schäuble, U. Rinas, S. Schuster Metabolic costs of amino acid and protein production in Escherichia coli Biotechnol. J. 8 (2013) (15, 23, IF 3,781)

15 Die jeweils meistzitierte Publikation und 2016 (blau: Anzahl Zitationen Web of Science, Google Scholar, lila: Impact Faktor) S. Dühring, S. Germerodt, C. Skerka, P. F. Zipfel, T. Dandekar, S. Schuster: Host-pathogen interactions between the human innate immune system and Candida albicans - Understanding and modeling defense and evasion strategies. Front. Microbiol. 6 (2015) 625 (?, 17, 4.165) – in competition to papers in Nature Communic. and ISME J.! S. Pande, F. Kaftan, S. Lang, A. Svatos, S. Germerodt, C. Kost Privatization of cooperative benefits stabilizes mutualistic cross-feeding interactions in spatially structured environments ISME J. 10 (2016) (4, 7, 9.32)

16 Die 12 meistzitierten Publikationen insgesamt (blau: Anzahl Zitationen Web of Science, Google Scholar, lila: Impact Faktor) Stand: S. Schuster, DA. Fell, T. Dandekar A general definition of metabolic pathways useful for systematic organization and analysis of complex metabolic networks. Nature Biotechnol. 18 (2000)  (553; 935; ) J. Stelling, S. Klamt, K. Bettenbrock, S. Schuster, E.D. Gilles Metabolic network structure determines key aspects of functionality and regulation. Nature 420 (6912) (2002)  (488; 756; ) T. Pfeiffer, S. Schuster, S. Bonhoeffer Cooperation and competition in the evolution of ATP-producing pathways. Science 292 (2001) (451; 648; ) S. Schuster, T. Dandekar, D.A. Fell Detection of elementary flux modes in biochemical networks: a promising tool for pathway analysis and metabolic engineering. Trends Biotechnol. 17 (1999) (410; 689; )

17 Die 12 meistzitierten Publikationen insgesamt (blau: Anzahl Zitationen Web of Science, Google Scholar, lila: Impact Faktor) S. Schuster, M. Marhl, T. Höfer: Modelling of simple and complex calcium oscillations. From single-cell responses to intercellular signalling. Eur. J. Biochem. 269 (2002) (249; 354; 4,237) (Zeitschrift heisst seit 2005 FEBS Journal) J.A. Papin, J. Stelling, N.D. Price, S. Klamt, S. Schuster, B.O. Palsson: Comparison of network-based pathway analysis methods. Trends Biotechnol. 22 (2004) (211, 377, 12,065) S. Schuster, T. Pfeiffer, F. Moldenhauer, I. Koch, T. Dandekar Exploring the pathway structure of metabolism: decomposition into subnetworks and application to Mycoplasma pneumoniae. Bioinformatics 18 (2002) (138; 240; 5,766) A. von Kamp, S. Schuster: Metatool 5.0: fast and flexible elementary modes analysis. Bioinformatics 22 (2006) (122; 231; 5.766)

18 Die 12 meistzitierten Publikationen insgesamt (blau: Anzahl Zitationen Web of Science; Google Scholar, lila: Impact Faktor) 9. S. Schuster, C. Hilgetag, J.H. Woods, D.A. Fell: Reaction routes in biochemical reaction systems: algebraic properties, validated calculation procedure and example from nucleotide metabolism. J. Math. Biol. 45 (2002) (116; 229; 1,716) S. Schuster, T. Pfeiffer, D.A. Fell Is maximization of molar yield in metabolic networks favoured by evolution? J. Theor. Biol. 252 (2008) (98; 145; 2.049) C. Gille, C. Bölling, A. Hoppe, S. Bulik, S. Hoffmann, K. Hübner, A. Karlstädt, R. Ganeshan, M. König, K. Rother, M. Weidlich, J. Behre, H.G. Holzhütter. HepatoNet1: a comprehensive metabolic reconstruction of the human hepatocyte for the analysis of liver physiology. Mol. Syst. Biol. 6 (2010) 411 (99, 193) S. Schuster, D. Kahn, H.V. Westerhoff: Modular Analysis of the Control of Complex Metabolic Pathways. Biophys. Chem. 48 (1993) 1-17 (86; 113; 2.363) Nur ein Artikel davon war ein Review! Stand: 1. Dezember 2015

19 Publikationen auf der Fakultätsseite 2016

20 Poster und Vorträge 2016 S. Dühring: Poster at: FungiNet Joint Meeting, März 2016, Würzburg S. Dühring: Modeling the host-pathogen interactions of macrophages and using game theory and dynamic optimization, Talk at FungiNet Joint Meeting, März 2016, Würzburg S. Dühring: Modeling host‐pathogen interactions of macrophages and Candida albicans using game theory and dynamic optimization, Poster at: VAAM-Tagung, März 2016, Jena S. Dühring: Modeling the host-pathogen interactions of macrophages and Candida albicans using game theory and dynamic optimization, Poster at: Seminar “Game Theory and Evolutionary Biology: Exploring Novel Links”, Lorentz Center Leiden (NL), April 2016 S. Dühring: Modeling the host-pathogen interactions of macrophages and Candida albicans using game theory and dynamic optimization, Talk at ECMTB 2016, Nottingham (UK) Juli 2016 S. Dühring: Modeling the host-pathogen interactions of macrophages and Candida albicans using game theory and dynamic optimization, Poster at ISGSB 2016, Oktober, Jena

21 Poster und Vorträge 2016 (S. Dühring: Beiträge für Vortrag von T. Dandekar: FungiNet Seminar Würzburg, Dezember 2016) P. Großmann and C. Kaleta: Genomic Predictors of Bacterial Physiology. Poster at: IMPRS Symposium, Februar 2016, Dornburg J. Ewald, M. Bartl and C. Kaleta Impact of toxic intermediates on the regulation of metabolic pathways Poster at: VAAM-Tagung, März 2016, Jena J. Ewald: Disclosure of optimality principles with dynamic optimization in pathogenic fungi. Poster & Talk at: FungiNet Joint Meeting with IMIHM X, März 2016, Würzburg J. Ewald: Modeling and analysis of host-pathogen interactions during infection. Talk at: FungiNet Seminar, Oktober 2016, Jena S. Germerodt: Pervasive selection for cooperative cross-feeding in bacterial communities. Talk at: ECMTB 2016, Nottingham (UK)

22 Poster und Vorträge 2016 J. Ewald: Dynamic optimization of pathway regulation reveals the unexploited potential of toxic intermediates as drug targets Talk at: ISGSB, Oktober 2016, Jena M. Fichtner, K. Voigt, S. Schuster: The hidden world of non-canonical aliphatic amino acids in fungi and bacteria. Poster at: VAAM Tagung, März 2016, Jena S. Lang: … Poster at: Seminar “Game Theory and Evolutionary Biology: Exploring Novel Links”, Lorentz Center Leiden (NL), April 2016 S. Lang: Microbial camouflage using human factor H - a numerical model. Talk at: JSMC Symposium, Dezember, Jena A. Lück: …??

23 Poster und Vorträge 2016 P. Möller, D. Boley, S. Schuster: Lactate uptake in Warburg effect. Talk at: Warburg-Club, April 2016, Jena. P. Möller, D. Boley, C. Kaleta, S. Schuster: Why Respirofermentation? Explaining the Warburg effect in tumour (and other) cells by a minimal model. Poster at: ISGSB, October 2016, Jena P. Möller, D. Boley, C. Kaleta, S. Schuster: Why Respirofermentation? Explaining the Warburg effect in tumour (and other) cells by a minimal model. Poster at: SBMC, April 2016, München P. Möller, D. Boley, S. Schuster: A minimal model for explaining the higher ATP production in the Warburg effect. Talk at: RTG Annual Meeting, Oktober 2016, Jena J. Schleicher: Which mechanisms determine the zonation of fat accumulation in the liver? Poster at ISGSB 2016, Oktober, Jena

24 Poster und Vorträge 2016 S. Schuster: Computer Simulation of Metabolism in Ageing Research. Talk at: Mitgliederversammlung des ZAJ, Januar 2016, Jena S. Schuster: Recent advances in Metabolic Pathway Analysis, Max Planck Symposium on Biological Networks, Februar 2016, Berlin S. Schuster: Use of Evolutionary Game Theory for Biochemistry and Microbiology. Talk in IMSc Chennai (Indien), März 2016 S. Schuster: Metabolic Pathway Analysis (Tutorial), NCL Pune (Indien), März 2016 S. Schuster: Road games in metabolism. Talk at: Seminar “Game Theory and Evolutionary Biology: Exploring Novel Links”, Lorentz Center Leiden (NL), April 2016 S. Schuster: Zur Historie der Michaelis-Menten-Kinetik. Seminar Ernst-Haeckel-Haus, April, Jena S. Schuster: Metabolic Pathway Analysis and a Model of the Warburg Effect. Talk at: Maastricht Centre for Systems Biology (MacSBio), Mai 2016, Maastricht (NL)

25 Poster und Vorträge 2016 S. Schuster: Game theory in microbiology and biochemistry. Talk at: Universität Halle, Institut für Informatik. Mai, Halle. S. Schuster: B1 - Past, progress and visions for the next period. Talk at: Interne Evaluation FungiNet, Juni, Jena S. Schuster: Systems Biology of Hormesis. Talk at: Vorbereitungstreffen SFB-Initiative zur Sepsis, Juni, Jena S. Schuster: Use of Evolutionary Game Theory in Biochemistry and Microbiology. Talk at: ZIH-Kolloquium, Technische Universität Dresden, Juni, Dresden S. Schuster: Selected Topics from Evolutionary Game Theory, IMPRS Lecture, Juni, Jena S. Dühring, S. Germerodt, S. Schuster: Modelling the host-pathogen interactions of macrophages and Candida albicans using evolutionary game theory. Poster at ICSB 2016, September, Barcelona (Spanien) S. Schuster: Remembering Reinhart Heinrich, Poster at: ISGSB, Oktober, Jena

26 Poster und Vorträge 2016 A. Cornish-Bowden, J.-P. Mazat, S. Schuster: On the history of the Henri-Michaelis-Menten equation. Poster at: ISGSB, Oktober, Jena S. Schuster: Modelling fungal counter-counter defences. Talk at: FungiNet Seminar, Oktober 2016, Jena S. Schuster: Illustrative examples of Metabolic Pathway Analysis, Talk at: INSA Toulouse (Frankr.), Oktober S. Schuster: Optimale ATP-Stöchiometrien. Talk at: Warburg-Club, Dezember, Jena P. Sieber: AS in human-pathogenic fungi. Talk at: FungiNet Seminar, Mai 2016, Jena P. Sieber, P. Kämmer, S. Brunke, R. Guthke, S. Schuster & J. Linde: A bioinformatics analysis of alternative splicing in human-pathogenic fungi. Poster at: VAAM-Tagung, März 2016, Jena. C. Tokarski und S. Vlaic: … Poster at: SBMC 2016, April, München, S. Vlaic: … Talk at: Chirurgische Tage, September, Magdeburg

27 Lehrstuhlseminare J. Ewald 1x M. Fichtner 1x S. Kanter 1x S. Lang 1x
P. Möller 1x S. Schuster 1x P. Sieber 1x S. Vlaic 1x …..

28 Vorträge in Deutschland

29

30 Vorträge in Indien

31 Indien im März 2016

32 Verteidigung von Silvio Waschina am 7. April 2016

33 Öffentlichkeitsarbeit
Präsentation des Roboters THYMIO durch Sebastian im Rahmen der Veranstaltungen zum 200. Geburtstag von Carl Zeiss am 11. September 2016 in Jena.

34 Escape Room

35 Bogenschiessen

36 Fußballturnier in Halle am 2. Juni 2016

37 Dienstjubiläum von Katrin 1.9.2016
Katrin „wird 25“:

38 ISGSB 2016 in Jena, gewidmet R. Heinrich

39 ISGSB 2016 in Jena

40 ISGSB 2016 in Jena

41 ISGSB 2016 in Jena

42 YSGSB 2016 in Jena Herzlichen Dank an Sybille!!

43 Kegeln

44 Weihnachtsfeier

45 Ausblick auf das neue Jahr
Neue Internetseiten der Uni ab 1. April 2017 Einige Publikationen bereits eingereicht (J. Ewald et al., PLOS Comp. Biol., StS – Sci. Rep. mañana )  20 Publikationen? Wieder mehr Konferenzvorträge? Z.B. GCB in Tübingen, MPA in Bozeman (Montana), … Evaluierung FungiNet 9./ Mitarbeit am SFB-Antrag zu Sepsis (Profs. M. Bauer und B. Löffler) Neuer Doktorand Ravindra Garde über IMPRS ab

46 Neue Internetseiten der Uni Jena
angepasst an Desktop, Tablet, Smartphone Ab 1. April 2017 inklusive der Startseiten der Fakultäten. Die neuen Startseiten der Fakultäten werden im Uni-Mandanten eingebunden. Seiten verpflichtend bis in die 2. Inhaltsebene in Deutsch und in Englisch (Startseite der Uni ist die Ebene 0, Startseite der Fakultät ist ebenfalls die Ebene 0).

47 Neue Internetseiten der Uni Jena (2)
Informationen zum Relaunch-Projekt: In Anlehnung an das Corporate Design der Uni. Beispiel siehe:

48 Frohe Weihnachten … gute Erholung nach der erfolgreichen Arbeit und vielen herzlichen Dank für die erfolgreichen und schönen Aktivitäten 2016 …

49 Alles Gute für 2017 … und einen guten Rutsch!!