Pascal Brunner Uniklinik RWTH Aachen Institut für Medizinische Informatik Integration von ImageJ- und Matlab- Servern in das Electronic Data Capture klinischer.

Präsentation zum Thema: "Pascal Brunner Uniklinik RWTH Aachen Institut für Medizinische Informatik Integration von ImageJ- und Matlab- Servern in das Electronic Data Capture klinischer."—  Präsentation transkript:

1 Pascal Brunner Uniklinik RWTH Aachen Institut für Medizinische Informatik Integration von ImageJ- und Matlab- Servern in das Electronic Data Capture klinischer Studien für Remote Procedure Calls zur Bild- und Signalverarbeitung Vortrag zur Seminararbeit

2 Pascal Brunner Uniklinik RWTH Aachen Institut für Medizinische Informatik Integration von ImageJ- und Matlab- Servern in das Electronic Data Capture klinischer Studien für Remote Procedure Calls zur Bild- und Signalverarbeitung Vortrag zur Seminararbeit

3 Inhaltsübersicht  Einleitung □ Institut für Medizinische Informatik (IMI) □ Problemstellung und Zielsetzung  Material und Methoden □ Systeme und Hilfsmittel  Ergebnis □ Serverstruktur □ Konfiguration  Diskussion 15.01.2015 3 Pascal Brunner

4 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion  Datenmanagement □ Medizinische Register Framework Calciphylaxie (CUA) □ OpenClinica eCRF OC ToGo 15.01.2015 4 Pascal Brunner Projekte aus dem IMI  Bildanalyse □ Farbkalibrierung □ Bildskalierung □ Lattice Detection Farbkartenerkennung Optical Character Recognition  Kommunikationsserver

5 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion  Schwere Krankheiten □ Teure Hardware zur Analyse □ Aufwändige, sich wiederholende Prozesse  Große Schmerzen  Preiswerte, überall verfügbare Hardware □ Unterschiedliche Qualität (untersch. Smartphones) □ Maßstab, Skalierung □ Farbkalibrierung Problem: Viele Analyseschritte, viele Plattformen 15.01.2015 5 Pascal Brunner Problem

6 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 1.Patientenbild aufnehmen (Smartphone) 2.Bild skalieren 3.Edge Map erstellen 4.Lattice Detection 5.Optical Character Recognition 15.01.2015 6 Pascal Brunner Fallbeispiel

7 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 7 Pascal Brunner Fallbeispiel: Skaliertes Patientenbild

8 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 8 Pascal Brunner Fallbeispiel: Edge Map erstellen

9 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 9 Pascal Brunner Fallbeispiel: Lattice Detection

10 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 10 Pascal Brunner Fallbeispiel: Optical Character Recognition (OCR)  Farbkalibrierung  Patienteninformation □ Barcode (EAN 8) □ OC-ID

11 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion  Erstellung eines Kommunikationsservers □ Einheitlicher Ablauf □ Schnittstelle □ Generisch  Erstellung einer Konfigurationssprache □ Syntax □ Validierbarkeit 15.01.2015 11 Pascal Brunner Ziel

12 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 12 Pascal Brunner Systeme I (OpenClinica)

13 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 13 Pascal Brunner Systeme II (OC ToGo)  Android App  Workflow: 1. Wähle Studie, Patient und Visite aus 2. Nimm ein Bild auf 3. Lade das Bild in OpenClinica hoch  Punkt 1 weg  Bildanalyse zur Identifikation 2. Nimm ein Bild auf  Sende es an Analyseserver 3. Lade das Bild automatisch hoch

14 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 14 Pascal Brunner Systeme III  Matlab □ Kommerzielle Software □ Lösung mathematischer Probleme □ Bearbeitung von Bildern  ImageJ □ In Java geschrieben Plattformunabhängig □ Bildverarbeitungsprogramm

15 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 15 Pascal Brunner Hilfsmittel  Extensible Markup Language (XML) □ Darstellung hierarchisch strukturierter Daten  Dokumenttypdefinition (DTD) □ Satz an Regeln um Dokumente zu deklarieren  Secure File Transfer Protocol (SFTP) □ für die Secure Shell (SSH) entworfen □ Alternative zum File Transfer Protocol(FTP)  Google Web Toolkit (GWT) □ Framework zur Entwicklung von Webanwendungen

16 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 16 Pascal Brunner Struktur

17 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 17 Pascal Brunner Struktur (Fallbeispiel) I

18 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 18 Pascal Brunner Struktur (Fallbeispiel) II

19 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 19 Pascal Brunner Konfiguration I  Generischer Ansatz durch XML □ Möglichst wenig Tags  viel Information □ Einheitlicher Workflow □ Plattformunabhängigkeit Kommunikation dann in Java umgesetzt  Validierbarkeit durch DTD □ Möglichst wenig Regeln

20 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 20 Pascal Brunner Konfiguration II

21 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 21 Pascal Brunner Implementierung I  Matlab □ Skripte □ Server  Matlabcontrol □ Eval   Feval □ Windows   Linux  Server □ GWT

22 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 22 Pascal Brunner Implementierung II (GWT)  Webservice  Client GWT  Dateiübertragung via SFTP  Mock-Funktionalität □ Bild in Graustufen wandeln □ Zufällige ID zurückgeben

23 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 23 Pascal Brunner DTD - XSD  XSD □ XML basierte Schema Datei □ Baumstruktur □ Mächtig und detailliert  Übersichtlichkeit  Umfang  DTD Datei, da sie übersichtlicher ist

24 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 24 Pascal Brunner Struktur App Kommunikationsserver PID R-Server ImageJ Matlab Java

25 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 25 Pascal Brunner Fazit  Ziele □ Serverkonstrukt □ Konfiguration □ Umsetzen eines Beispielworkflows  Ergebnis □ Sternförmiger Webserver □ XML Konfigurationssprache mit DTD □ Fallbeispiel Calciphylaxie

26 EinleitungMethodenErgebnisDiskussion 15.01.2015 26 Pascal Brunner Ausblick  Sanifit □ Neues medizinisches Register □ Neue Android App  R-Server □ Randomisieren von Patienten  PID □ Ausgegliederter Server für Patienteninformationen