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Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten The Global Genome Biodiversity.

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Präsentation zum Thema: "Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten The Global Genome Biodiversity."—  Präsentation transkript:

1 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten The Global Genome Biodiversity Network: Leveraging DNA and Tissue collections globally Gabi Dröge, Katharine Barker, Walter G. Berendsohn Botanic Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem

2 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Global Genome Biodiversity Network Network for non-human biobanks (e.g. DNA, tissue) Founded in 2011 Precursor project DNA Bank Network founded in 2007 providing virtual infrastructure General secretariat: Smithsonian Institution Technical secretariat: Botanic Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem

3 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Goals Data standard for sharing tissue and DNA information Portal to make biobank sample data available Institutional directory Knowledge platform

4 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Goals Best practices related to management and stewardship of genomic samples Recruit partners with different regional and taxonomic focus Identify gaps in GGBN collections

5 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Audiences Biorepositories (contributors) Organizations with living or preserved specimens (contributors) Researchers (users)

6 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Today: 37 GGBN members worldwide 6

7 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Developing Best Practices Recommendation for Biodiversity Biorepositories –Collaboration with ISBER* –April 2013, Submitted to ISBER –To be included into next version of ISBER Best Practices GGBN Document Library –Collaboration with ESBB** –May 2016, beta-release for member use –Knowledge platform for non-human biobanking * International Society for Biological and Environmental Repositories ** European, Middle Eastern and African Society for Biopreservation and Biobanking

8 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Developing Best Practices Access and Benefit Sharing (ABS) compliance –July 2015, Documentation available for member use Material Transfer Agreements Code of Conduct Statement of Use of Genomic Material –Collaboration with CETAF* –Provide trusted and transparent access to genomic samples for users and contributors through an ABS framework * Consortium of European Taxonomic Facilities

9 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Business Model Will come into force 01/2016 Core and Associate members made a commitment to become financial or in-kind contributors Current funding by: –German Research Foundation (DFG) –SYNTHESYS (EC) –In-kind contributions

10 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Business Model: Pre-order samples in the Portal Order DNA or tissue samples through GGBN portal Download of sample information Request forwarded to GGBN member holding the sample(s) –Institution responsible for all further steps Checking availability and loaning conditions Provide price offer to scientist Request signing of Material Transfer Agreement Shipping samples Citation guidelines for samples coming soon (available at ggbn.org)

11 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten The GGBN Data Portal

12 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Goal (December 2015): New Data Portal Expanded functionality Corporate Design Based on feedback, review and requirements of the GGBN community Public beta-release July n_new Final release December 2015

13 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Data Portal Architecture: Primary goal Do not re-invent the wheel!

14 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Source material / specimens Molecular analysis data DNA & Tissue Data Portal Architecture

15 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Portal: Basic Architecture Harvester (B-HIT)* Data Cleaning Harvester (B-HIT)* Data Cleaning Index (MySQL ) Index (MySQL ) Store raw and cleaned data Create SOLR index Get full access to orginal record Provi der IP T Login, User settings Quer y *Berlin Harvesting and Indexing Toolkit Provi der GBIF checklist bank, CITES External sources GGBN web service

16 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Portal: Taxonomic Backbone Goals: Query expansion: get synonyms and accepted names Keep names used by providers Sources: Certain datasets from GBIF checklist bank web service –GBIF backbone, CoL, NCBI Prokaryotic Nomenclature up-to-date (PNU) web service EOL web service (under consideration) The Plant list web service (under consideration)

17 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Portal: Aggregate data from multiple sources

18 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Portal: Aggregate data from multiple sources Explore Chenopodium ficifolium 1908 specimens 42 nucleotide sequences taxon page 3 DNA samples 4 tissue samples Getting live counts from other biodiversity portals for each record via web services

19 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten GGBN Warning and request for CITES registration number when ordering the sample both for curator and user.

20 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Portal: Statistics Example: Samples from Caryophyllales Above: all records (DNA, tissue, specimens) Right: DNA / tissue samples

21 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten White Paper on Data Portal published Droege et al. 2014

22 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten GGBN Data Standard andardhttp://terms.tdwg.org/wiki/GGBN_Data_St andard Based on ABCDDNA Is meant to be used with ABCD or DwC -> all occurrence terms are excluded (geography, scientificname etc.) Include elements of other standards (e.g. MIxS, SPREC) Collaboration with GBIF, Genomics Standards Consortium, GenBank, EMBL, ESBB, TDWG, and others

23 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten GGBN Data Standards

24 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten GGBN Data Standard ata_Standard Vocabulary for -sample and sequencing data -ABS -loan information

25 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten GGBN Data Standard Implementation for ABCD and Darwin Core-Archive available Supported by IPT (v2.2) and BioCASe (v3.5.3) –Tests performed by BGBM, NMNH, CSIRO, ZFMK, DSMZ Submission to TDWG as a standard in 12/2015 Submission to GSC* as a project in 08/2015 Support provided by BGBM White paper submitted * Genomic Standards Consortium

26 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Use Case: Environmental Samples and DNA Environmental Samples already at GGBN (bird fecal samples) –Works well with DwC-A and ABCD Environmental DNA at GGBN currently work in progress Challenges: –Identification based on sequences –Hundreds of taxa –Proper search results and display  genomic DNA (bird, plant) vs. environmental DNA (what bird has eaten)  Users should find what they are looking for

27 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Use Case: Environmental Samples and DNA Solution for ABCD: ABCDGGBN-Enviro ABCDGGBN_Enviro.htmlhttp://data.ggbn.org/schemas/ggbn/Enviro/ ABCDGGBN_Enviro.html GGBN Identification  Sequences on identification level instead on unit level

28 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Use Case: Environmental Samples and DNA Solution for DwC-A: work in progress Current star schema structure does not allow 1:n:n relations Collabortion with GBIF and GSC/MIxS to find a solution

29 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Join GGBN!

30 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Vouchers, traceability, deposition Source: Droege et al Every biodiversity biorepository is welcome to join GGBN. Researchers: deposit your samples and data in a GGBN collection if you don‘t have a DNA or tissue bank. GGBN provides a virtual and physical infrastructure to make your research traceable for the future.

31 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten  go to to find available DNA from this specimen Tracing back information

32 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Tracing back information

33 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Tracing back information

34 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Portal: Number of Samples Online by Year

35 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Portal: Number of Species Online by Year

36 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Second GGBN International Conference June 2016 Berlin

37 Textmasterformat bearbeiten –Zweite Ebene Dritte Ebene –Vierte Ebene »Fünfte Ebene Titelmasterformat durch Klicken bearbeiten Thank you GGBN Interim Executive Committee GGBN Members GGBN Collaborators GGBN Task Forces DFG SYNTHESYS n.org


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