Bakterien PCR.

Präsentation zum Thema: "Bakterien PCR."—  Präsentation transkript:

1 Bakterien PCR

2 Überblick Epidemiologie 16s Bakterien PCR

3 Bakterienquelle Spender Haut Inapparente Spender Bakteriämie
Kontamination während der Spende Umgebung (Staub usw.) Equipment

4 Frequenz von Bakterienkontamination bei Blutprodukten
American Red Cross Kultur positive Einheiten RBC 0 - 0,2% SDP 0 – 10%

5 Transfusionsreaktionen
Berichte an die FDA 77/ BaCon national study 34 Fälle davon 9 mortal Johns Hopkin study 23 Fälle davon 4 mortal

6 BaCon study (US CDC) Nationale Studie Stringente Sepsis-Definition
AABB, ARC, DoD und CDC (~60% US Blut) Stringente Sepsis-Definition Fieber, Tachykardie, 2 fache Blutkulturen Kuehnert et al, Transfusion 2001,41:

7 BaCon study I RBC SDP RDP Distributed 23.711.169 1.804725 1.033.671
(6/tx) Distributed cases (deaths) 5 (3) 18 (4) 11 (2) cases/10E6 0,21 9,98 10,64 deaths/10E6 0,13 2,22 1,94

8 BaCon study II Product Contaminant Store Endotoxin RBC S. liquefaciens
yes 35d S. epidermidis 22d no RDP S. marcescens 2d SDP E. cloacae 3d P. rettgeri E. coli Gp B Strep. 4d

9 Risikovergleich Septic Fatalities (platelets) HIV HBV HCV 1:1000
1:10 000 HBV Septic Fatalities (platelets) 1: HCV 1: 1984 1986 1988 1990 1992 1994 1996 1998 2000 Goodnough LT e t al. NEJM 1999

10 Erregerspektrum Yersinia enterocolitica 50% Bacillus cerus 6%
Pseudomonas putida 4% Pseudomonas fluorescens 25% Escherichia Coli Streptococcus sp 4% Serratia marcescens 10% Salmonella choleraesuis 13% Bacillus cerus 6% Clostridium sporogenes Enterococcus faecalis Lactobacillus fermentum Salmonella choleraesuis Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus 6% Staphylococcus epidermidis 25%

11 Methoden Fluoreszenz Färbung /image analysis
Immunologische Detektion (antigens) Detektion von 16s RNA Metabolische Änderungen Kultivierung

12 70S-Ribosomen [Prokaryoten]
PCR Target Homologe DNA Sequenzen bei Bakterien 16s RNA 23s RNA 16s-23s RNA interspace Region 70S-Ribosomen [Prokaryoten] 50S-Untereinheit 30S-Untereinheit Bestandteile 23S rRNA 5S rRNA 16S rRNA 33 Proteine (L1 – L36) 21 Proteine S1 – S21

13 Strukturvergleich von 16s RNA

14 16s DNA Alignment

15 Realtime Technik System geschlossen Qualitative Ergebnisse
Quantitative Ergebnisse Schnelle Ergebnisse Computergestützte Auswertung

16 16s PCR-Screening Anforderungen Sensitivität Spezifität
Automatisierung Ergebnisse in 8h € Probleme Kontaminierte Enzyme Exogene Kontamination Spezifität (alle Bags)

17 Extraktion von Bakterien
MagNA Pure LC 32 Extraktionen in 1,5 Stunden Mgrade Chemie für Bakterien und Pilze

18 PCR Amplifikation

19 16s PCR BLZ Linz E.Coli aus BacTAlert Flaschen 100cfu 10cfu 1cfu NTC

20 Sequenzierung Erregeridentifizierung
Positive PCR-Reaktionen werden Sequenziert. Sequenz BLAST

21 ENDE