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Bakterien PCR. Überblick Epidemiologie 16s Bakterien PCR.

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Präsentation zum Thema: "Bakterien PCR. Überblick Epidemiologie 16s Bakterien PCR."—  Präsentation transkript:

1 Bakterien PCR

2 Überblick Epidemiologie 16s Bakterien PCR

3 Bakterienquelle Spender Haut Inapparente Spender Bakteriämie Kontamination während der Spende Umgebung (Staub usw.) Equipment

4 Frequenz von Bakterienkontamination bei Blutprodukten American Red Cross Kultur positive Einheiten RBC0 - 0,2% SDP0 – 10%

5 Transfusionsreaktionen Berichte an die FDA 77/ BaCon national study 34 Fälle davon 9 mortal Johns Hopkin study 23 Fälle davon 4 mortal

6 BaCon study (US CDC) Nationale Studie AABB, ARC, DoD und CDC (~60% US Blut) Stringente Sepsis-Definition Fieber, Tachykardie, 2 fache Blutkulturen Kuehnert et al, Transfusion 2001,41:

7 BaCon study I RBCSDP RDP (6/tx) Distributed cases (deaths)5 (3)18 (4)11 (2) cases/10E60,219,9810,64 deaths/10E60,132,221,94

8 BaCon study II ProductContaminantStoreEndotoxin RBCS. liquefaciens16dyes RBCS. liquefaciens35dyes RBCS. epidermidis22dno RDPS. marcescens2dyes RDPS. marcescens2dno SDPE. cloacae3dyes SDPP. rettgeri3dyes SDPE. coli2dno SDPGp B Strep.4dno

9 Risikovergleich SepticFatalities(platelets) HIV HBV HCV :1000 1: : : Goodnough LT e t al. NEJM 1999 Goodnough LT e t al. NEJM 1999

10 Erregerspektrum Bacillus cerus 6% Clostridium sporogenes Enterococcus faecalis Lactobacillus fermentum Salmonella choleraesuis Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus 6% Staphylococcus epidermidis 25% Yersinia enterocolitica 50% Pseudomonas putida 4% Pseudomonas fluorescens 25% Escherichia Coli Streptococcus sp 4% Serratia marcescens 10% Salmonella choleraesuis 13%

11 Methoden Fluoreszenz Färbung /image analysis Immunologische Detektion (antigens) Detektion von 16s RNA Metabolische Änderungen Kultivierung

12 PCR Target Homologe DNA Sequenzen bei Bakterien 16s RNA 23s RNA 16s-23s RNA interspace Region 70S-Ribosomen [Prokaryoten] 50S-Untereinheit30S-Untereinheit Bestandteile 23S rRNA 5S rRNA 16S rRNA 33 Proteine (L1 – L36)21 Proteine S1 – S21

13 Strukturvergleich von 16s RNA

14 16s DNA Alignment

15 Realtime Technik System geschlossen Qualitative Ergebnisse Quantitative Ergebnisse Schnelle Ergebnisse Computergestützte Auswertung

16 16s PCR-Screening Anforderungen Sensitivität Spezifität Automatisierung Ergebnisse in 8h € Probleme Kontaminierte Enzyme Exogene Kontamination Spezifität (alle Bags)

17 Extraktion von Bakterien MagNA Pure LC 32 Extraktionen in 1,5 Stunden Mgrade Chemie für Bakterien und Pilze

18 PCR Amplifikation

19 16s PCR BLZ Linz E.Coli aus BacTAlert Flaschen 10cfu 1cfu 100cfu NTC

20 Sequenzierung Erregeridentifizierung Positive PCR-Reaktionen werden Sequenziert. Sequenz BLAST

21 ENDE


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