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Klinik für Psychiatie Einführung in die JenaBatch - Toolbox Matthias Bolz Friedrich Schiller Universität Jena.

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Präsentation zum Thema: "Klinik für Psychiatie Einführung in die JenaBatch - Toolbox Matthias Bolz Friedrich Schiller Universität Jena."—  Präsentation transkript:

1 Klinik für Psychiatie Einführung in die JenaBatch - Toolbox Matthias Bolz Friedrich Schiller Universität Jena

2 Inhalt 1.Scripts zur seriellen Datenverarbeitung 2.Tools für Gruppenauswertungen 3.Module zur Datenextraktion 4.Weitere Tools

3 WICHTIG Die JenaBatch-Scripts stellen keine vollständig ausgereiften Programm- module zur Verfügung sondern höchstens Programmcode im alpha- Stadium. Die automatisiert ausgeführten Verarbeitunsschritte sollten in jedem Fall auf Korrektheit kontrolliert werden.

4 Serielle Datenverarbeitung PreprocessingStatistikErgebinssdarstellung Slice Timing RealignmentNormalisierungSmoothing Stat. Modelle (single Subjekt) Kontraste def. MIP‘sRenderingsTabellen jbt_preprocess.mjbt_statistics.mJbt_contrasts.mjbt_printR.m

5 Notwendige Datenstruktur experiment/prob1/prob2/run01/run02.../RESULTS/LOGsternb_L/mabo77/löro80/run01/run02/RESULTS/mabo77/löro80

6 jbt_preprocess Aufruf aus:JenaBatch Toolbox Parameter:parameterscript notwendig Funktion:führt ein Preprozessing für mehrere Probanden durch, Prob.verz. können angewählt werden. Ausgabe:Logfiles im./LOG-Verzeichnis

7 jbt_preprocess - Beispiel % Picture Subdirectories sp_subdirs = ['run01';'run02']; % Source Pictures sp_pics = ['f*']; % ohne Endung !!! % SLICE TIMING % do slice-timing ??? %0 = no, thanks %1 = yes sp_ST = [1]; % slice acquisition order %1 = asc %2 = desc %3 = interl %4 = user sp_ST_seq = [2];... % TA - acquisition time (time between start of acq of first % slice and the end of acq of the last slice) sp_ST_TA = [1921] ; % Generate a archive of source pictures sp_ST_tar = [0];

8 jbt_statistics Aufruf aus:JenaBatch Toolbox Parameter:parameterscript notwendig Funktion:führt ein Single-Subject Analyse für mehrere Probanden durch, Prob.verz. können angewählt werden. Ausgabe:Logfiles im./LOG-Verzeichnis

9 jbt_statistics - Beispiel sp_subj_repl = 1; % Session Subdirectories sp_subdirs = ['run01';'run02']; % Pictures filemask sp_pics = ['sn*.img']; onset{1}=[ ; ; ]; durations{1}= [ ; ; ]; onset{2}= [ ; ; ]; durations{2}=[ ; ; ]; sp_length{1} = []; sp_length{2} = []; onsetnames = str2mat('for‚'mai','ret');

10 jbt_contrasts Aufruf aus:JenaBatch Toolbox Parameter:parameterscript notwendig Funktion:Definiert bei allen Probanden die gegebenen Kontraste Ausgabe:keine Bemerkungen:sessions müssen gleich aufgebaut sein !!!

11 jbt_statistics - Beispiel % Contrast Names % matrix containing the string names of the contrasts sp_C_names = str2mat('enc','mai','ret'); % Contrast Values % matrix with the values for each defined contrast % (one session) sp_C_val = [1 0 0 ; ; ]; % Number of Sessions sp_C_sess = [2];

12 jbt_printR Aufruf aus:JenaBatch Toolbox Parameter:Menüauswahl möglich Funktion:Druckt die Ergebnisse von Single- Subject Analysen in ein PS- oder TIF-File, mehrere Probanden, mehrere Kontraste, Renderings, Tabellen Ausgabe:PS,TIF,CVS Bemerkungen:abweichende colormap muss als Matritze im Speicher vorliegen, Tabellen sind semikolon-getrennt

13 Praxis

14 Gruppenauswertungen Fixed Effects jbt_fixedeffects jbt_fixedeffects Random Effects spm_spm_ui von Christian Gaser spm_spm_ui von Christian Gaser

15 jbt_fixedeffects Aufruf aus:JenaBatch Toolbox Parameter:parameterscript von Single- Subject Analyse kann verwendet werden! Funktion:Berechnet ein fixed-effects-Modell für die angegebenen Probanden Bemerkungen:wenn die onsets jeweils gleich sind muss sp_subj_repl = 1 sein. Ansonsten müssen die onset-Matritzen hinreichend gross sein.

16 Module zur Datenextraktion jbt_savetab jbt_savetab jbt_reglist jbt_reglist jbt_Get_timecurve jbt_Get_timecurve jbt_Get_betas jbt_Get_betas

17 dat - files Test.dat % X ; Y ; Z; Region 42; -69; -45; Right Cerebellum 42; -69; -45; Right Cerebellum -45; -57; -27; Left Cerebellum -15; -15; 6; Left Cerebrum Thalamus -6; -69; 57; Left Cerebrum Brodmann area 7 -6; -69; 57; Left Cerebrum Brodmann area 7 -51; 18; 27; Left Cerebrum Brodmann area 9 -48; -54; 39; Left Cerebrum Brodmann area ; 15; 18; Left Cerebrum Brodmann area ; 18; 18; Left Cerebrum Brodmann area ; 21; 27; Left Cerebrum Brodmann area ; 39; -6; Left Cerebrum Brodmann area 47 24; -27; 6; Right Cerebrum Thalamus 24; -27; 6; Right Cerebrum Thalamus 6; -69; 57; Right Cerebrum Brodmann area 7 6; -69; 57; Right Cerebrum Brodmann area 7 45; 18; 39; Right Cerebrum Brodmann area 9 45; 18; 39; Right Cerebrum Brodmann area 9 51; 15; 12; Right Cerebrum Brodmann area 44 51; 15; 12; Right Cerebrum Brodmann area 44 54; 21; 12; Right Cerebrum Brodmann area 45 54; 21; 12; Right Cerebrum Brodmann area 45 42; 39; 24; Right Cerebrum Brodmann area 46 42; 39; 24; Right Cerebrum Brodmann area 46 54; 18; -3; Right Cerebrum Brodmann area 47 54; 18; -3; Right Cerebrum Brodmann area 47

18 jbt_savetab Aufruf aus:dargestelltem Ergebnis Parameter:keine Funktion:speichert die Aktivierungstabelle und bestimmt die Lokalisation der Koordinaten mit dem Talairach - Daemon Ausgabe:CVS-File

19 jbt_reglist Aufruf aus:dargestelltem Ergebnis Parameter:jbt_reglist(output,SPM) 1: als matrix mit koordinaten T-Wert und Bezeichnung 2: als file (csv) mit koordinaten T-Wert und Bezeichnung 7: als dat-file zur Verwendung in der Zeitreihenextraktion Funktion:sucht in definierten Talairach- Regionen nach Aktivierungs- maxima Ausgabe:CVS-File

20 jbt_Get_timecurve Aufruf aus:dargestelltem Ergebnis Parameter:dat-file mit Koordinaten Funktion:extrahiert aus den angegeben koordinaten die Zeitreihen sofern diese in der Y.mad verfügbar sind Ausgabe:wk1-Tabelle

21 jbt_Get_betas Aufruf aus:dargestelltem Ergebnis Parameter:dat-file mit Regionsinformationen Funktion:speichert einen Average der Beta- Schätzer einer Sphere um die angegebenen Regionen Ausgabe:wk1-Tabelle

22 Weitere Tools jbt_collect jbt_collect jbt_label jbt_label jbt_latencymaps jbt_latencymaps jbt_logconvert jbt_logconvert

23 Weitere Infos Hilfe in Matlab teilweise mit: Hilfe in Matlab teilweise mit: help Behehl help Behehl Sourcecode der scripts in: Sourcecode der scripts in:/gemeinsam/toolbox/JenaBatch Beispiele unter: Beispiele unter:/gemeinsam/toolbox/JenaBatch/examples

24 Praxis ???


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