Methoden der Chemie III – Teil 1 Modul M. Che

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1 Methoden der Chemie III – Teil 1 Modul M. Che
Methoden der Chemie III – Teil 1 Modul M.Che WS 2010/11 – 7 Moderne Methoden der Anorganischen Chemie Mi 10:15-12:00, Hörsaal II George Sheldrick

2 Zusätzliche Auslöschungen (tetragonal, trigonal, hexagonal, kubisch)
Reflexklasse Auslöschung Ursache Bemerkung h h = 2n 21, a tetragonal, kubisch h = 4n ,43 a tetragonal, kubisch 0k k = 2n 21, b kubisch k = 4n ,43 b kubisch 00ℓ ℓ = 2n c kubisch ℓ = 2n c tetragonal, kubisch ℓ = 2n c hexagonal ℓ = 3n ,32 c trigonal ℓ = 3n ,64 c hexagonal ℓ = 4n ,43 c tetragonal, kubisch ℓ = 6n ,65 c hexagonal hhℓ ℓ = 2n c [110] tetragonal, kubisch c [120] trigonal 2h+ℓ = 4n d [110] tetragonal, kubisch (nur beim I-Gitter) hhℓ ℓ = 2n c a trigonal, hexagonal

3 Tetragonale Raumgruppensymbole
Es gibt zwei tetragonale Lauegruppen, 4/m und 4/mmm. Die Hauptachse ist immer c. Typische Raumgruppensymbole sind: Lauegruppe 4/m: P I41/a Hauptachse senkrecht zur Hauptachse c entlang / senkrecht zu a und b Lauegruppe 4/mmm: P P42mc P421c senkrecht zu c und 45º zu a und b I41/amd senkrecht zur Hauptachse c

4 Tetragonale Raumgruppen
Unterstrichen = eindeutig, rot = chiral, blau = nicht-, schwarz = zentrosymmetrisch Kristallsystem Laue/Punktgruppe Raumgruppen Tetragonal /m P4, P41, P42, P43, I4, I41 P4, I4 4/m P4/m, P42/m, P4/n, P42/n, I4/m, I41/a Tetragonal /mmm P422, P4212, P4122, P41212, P4222, P42212, P4322, P43212, I422, I4122 4mm P4mm, P4bm, P42cm, P42nm, P4cc, P4nc, P42mc, P42bc, I4mm, I4cm, I41md, I41cd 4m P42m, P42c, P421m, P4m2, P4c2, P421c, P4b2, P4n2, I4m2, I4c2, I42m, I42d 4/mmm P4/mmm, P4/mcc, P4/nbm, P4/nnc, P4/mbm, P4/mnc, P4/nmm, P4/ncc, P42/mmc, P42/mcm, P42/nbc, P42/nnm, P42/mbc, P42/mnm, P42/nmc, P42/ncm, I4/mmm, I4/mcm, I41/amd, I41/acd

5 Trigonale und hexagonale Raumgruppen
Unterstrichen = eindeutig, rot = chiral, blau = nicht-, schwarz = zentrosymmetrisch Kristallsystem Laue/Punktgruppe Raumgruppen Trigonal P3, P31, P32, R3 P3, R3 Trigonal m P312, P321, P3112, P3121, P3212, P3221, R32 3m P3m1, P31m, P3c1, P31c, R3m, R3c Hexagonal /m P6, P61, P62, P63, P64, P65 P6 6/m P6/m, P63/m Hexagonal /mmm P622, P6122, P6222, P6322, P6422, P6522 6mm P6mm, P6cc, P63cm, P63mc 6m2 oder 62m P6m2, P6c2, P62m, P62c 6/mmm P6/mmm, P6/mcc, P63/mcm, P63/mmc

6 Hexagonale und rhomboedrische Achsen
Kristalle mit primitiven rhomboedrischen Gittern (a=b=c, ==) werden häufig mit hexagonalen Achsen (a=b=c, ==90º, =120º) aufgestellt. Die hexagonale Zelle ist dreimal so groß wie die primitive rhomboedrische Zelle und die Gitterauslöschungen sind –h+k+ℓ = 3n. Obwohl eine Projektion der rhomboedrischen Zelle schwer zu zeichnen ist, sehen die Symmetrieoperationen einfacher aus: R3, primitive rhomboedrische Achsen: x, y, z; y, z, x; z, x, y R3, hexagonale Achsen: x, y, z; –y, x–y, z; y–x, –x, z; 2/3+x, 1/3+y, 1/3+z; 2/3–y, 1/3+x–y, 1/3+z; 2/3+y–x, 1/3–x, 1/3+z; 1/3+x, 2/3+y, 2/3+z; 1/3–y, 2/3+x–y, 2/3+z; 1/3+y–x, 2/3–x, 2/3+z.

7 Kubische Raumgruppen Unterstrichen = eindeutig, rot = chiral, blau = nicht-, schwarz = zentrosymmetrisch Kristallsystem Laue/Punktgruppe Raumgruppen Kubisch m P23, P213, I23, I213, F23 m Pm3, Pn3, Pa3, Im3, Ia3, Fm3, Fd3 Kubisch m3m P432, P4132, P4232, P4332, I432, I4132, F432, F4132 43m P43m, P43n, I43m, I43d, F43m, F43c m3m Pm3m, Pn3n, Pm3n, Pn3m, Im3m, Ia3d, Fm3m, Fm3c, Fd3m, Fd3c Die Symbole in trigonalen und hexagonalen Systemen sind denen im tetragonalen System ähnlich (die dritte Richtung ist um 30º zu a und b verdreht). Im kubischen System ist immer die zweite Richtung eine der vier dreizähligen Achsen, die dritte ist wieder 45º zu zwei der Achsen. Eine d-Gleitspiegelebene an erster Stelle im kubischen Symbol spiegelt und verschiebt x, y, z zu x+¼, y+¼, –z und an dritter Stelle x, y, z zu y+¼, x+¼, z+¼.

8 Enantiomere Raumgruppenpaare
Es gibt 11 Paare von Raumgruppen, die enantiomer zueinander sind, z.B. P41 und P43: ½+ .. ½+ .. P41 P43 .. .. + + 43 41 ¾+ .. ¾+ .. ¼+ .. ¼+ .. .. ¼+ .. ¼+ .. ¾+ .. ¾+ ½+ ½+ .. .. .. .. + + Ein weiteres Beispiel ist P41212 und P Da das Beugungsmuster ein Inversionszentrum besitzt, besteht bei der Strukturlösung (mit den üblichen Kleinmolekülmethoden) in einer solchen Raumgruppe eine 50%ige Wahrscheinlichkeit, dass die Raumgruppe (und nicht die enantiomorphe) die richtige ist. Solche Raumgruppen sind nicht auf chirale Verbindungen beschränkt; -Se kristallisiert in P3121/P3221, -Quarz (SiO2) in P3121/P3221 und -Quarz (>573ºC) in P6222/P6422.

9 Der Strukturfaktor F und die Elektronendichte 
Ihkℓ ist proportional zu |Fhkℓ|2 Fhkℓ = V xyz exp[+2i(hx+ky+ℓz)] dV xyz = (1/V) hkℓ Fhkℓ exp[–2i(hx+ky+ℓz)] Fhkℓ und xyz sind durch diese Fouriertransformation miteinander verbunden. Die Elektronendichte  ist real und positiv, aber der Strukturfaktor F ist eine komplexe Zahl: um die Elektronendichte aus den gebeugten Intensitäten zu berechnen, brauchen wir auch die Phase ( ) von F. Da wir unter normalen Umständen nur I und nicht  eines Reflexes h,k,ℓ messen können, stehen wir vor einem scheinbar unlösbaren Problem, dem kristallographischen Phasenproblem!

10 Eine Ente im reziproken Raum
FT FT What you always wanted to know about protein structure but never dared to ask. Fouriertransformation einer Ente Ente Kevin Cowtan

11 Betrag (F) und Phase ( )
Die Beträge der Ente werden ? FT FT What you always wanted to know about protein structure but never dared to ask. mit den Phasen der Katze kombiniert FT Kevin Cowtan

12 Übungsfragen b 1 Finden Sie die 11 enantiomorphen Paare von Raumgruppen (alle sind chiral und besitzen 3N, 4N oder 6N Achsen). Das Bild soll eine Elementarzelle der Raumgruppe I41 zeigen. Fügen Sie die Wirkung des I-Gitters dazu, und zeichnen Sie die zusätzlichen Moleküle und Symmetrieelemente ein, die dabei erzeugt werden. Warum gibt es keine Raumgruppe I43? .. + ¾+ .. a .. ¼+ ½+ .. 1 3. Welche Raumgruppe besitzt ein tetragonaler Kristall mit den Auslöschungen: hkℓ, h+k+ℓ = 2n; hk0, h = 2n oder k = 2n und hhℓ, 2h+ℓ = 4n ?