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Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker

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Präsentation zum Thema: "Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker"—  Präsentation transkript:

1 Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker
mit dem Schwerpunkt “Suche nach wissenschaftlicher Literatur für die Bachelorarbeit“ Letzte Aktualisierung: 4. September 2013 Das vorliegende Material ist auf den Blockkurs „Recherche in fachspezifischen Literatur- und Faktendatenbanken“ abgestimmt. Einige Inhalte werden im Kurs nur kurz behandelt und sind daher zum Selbststudium bestimmt. Dr. Ina Weiß ,Wissenschaftliche Informationsstelle, Lehrstuhl Bioinformatik, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

2 0. Vorstellung Die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik Angebote der Wissenschaftlichen Informationsstelle Schulungen zu Datenbanken Datenbankrecherchen bei Datenbankanbietern ( z.B. STN International ) Informationen zu Datenbanken, Fachinformationen allgemein und Volltextbestellungen Und so erreichen Sie die Wissenschaftliche Informationsstelle : Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biologisch – Pharmazeutische Fakultät Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Dr. Ina Weiß Ernst-Abbe-Platz 2 ( Raum 3402, 4. Etage ), Jena Tel. : / Fax : / Homepage: Die Wissenschaftliche Informationsstelle besteht seit 1991 und gehört seit Mai 2003 zum Lehrstuhl Bioinformatik der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät. Schulungen zu Datenbanken und Recherchen bei Datenbankanbietern werden jedoch nach wie vor für die gesamte Fakultät angeboten. Das Angebot zur Durchführung von Recherchen beim Datenbankanbieter STN International ist an die Existenz des Landesvertrages gekoppelt. Für die Recherchen werden Stichworte in Englisch benötigt und es muss ein Termin mit der Wissenschaftlichen Informationsstelle vereinbart werden. Termine werden in der Regel kurzfristig vergeben. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

3 Blockkurs „Literatursuche“ ab Wintersemester 2013/14
Der verkürzte Kurs wird als fakultativer Kurs angeboten, die Teilnehmer erhalten einen Teilnahmeschein. Für Bachelorstudenten der Ernährungswissenschaften ist der Blockkurs eine Pflichtveranstaltung im Rahmen des Praktikums Humanernährung. Der Kurs kann aber auch vor dem Praktikum absolviert werden, der Teilnahmeschein wird dann im Praktikum anerkannt. Zur Lehrveranstaltung gibt es dieses Begleitmaterial für Ergänzungen und zum Nachschlagen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

4 Inhalte 1. Tag 1. Einführung
1.1. Die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik/ Portale 1.2. Übersicht zu den Veranstaltungen 1.3. Modalitäten zu den Abgabeaufgaben 2. Einführung in die Suche nach wissenschaftlicher Literatur 3. Rechercheangebote 4. Recherchestrategien 4.1. Suchwörter und Synonyme 4.2. SciFinder zur Recherchevorbereitung 4.3. Boolesche Operatoren, Aspekte eines Themas, Maskierungen, Abkürzungen 4.4. eine Literaturrecherche 4.5. Beispiel Medline, GoPubMed und Semedico Der Schwerpunkt ist die Suche nach wissenschaftlicher Literatur in Vorbereitung der Bachelorarbeit. Wenn man selber eine wissenschaftliche Arbeit schreiben will, dann muß man sich vorab über den „Stand der Technik“ informieren. Damit ist gemeint, das man einen Überblick über die bereits veröffentlichten Publikationen zur Thematik, die man bearbeiten soll, haben muß. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

5 Inhalte (2) 2. Tag 5. Wie nutzt man Datenbanken und elektronische Zeitschriften von zu Hause aus? Datenbanken im Uni-Netz 6.1. Übersicht 6.2. OVID-Datenbanken 6.3. Web of Science 3. Tag SciFinder: Struktursuchen und erweiterte Funktionen 4. Tag Von der Datenbankrecherche zum Volltext 7.1. Elektronische Zeitschriftenbibliothek (EZB) 7.2. Zeitschriftendatenbank (ZDB Subito) Zitieren und Formulierungen in wissenschaftlichen Texten Literaturverwaltung Checklisten SciFinder und Web of Science werden in dem vorliegenden Material nur kurz vorgestellt. Es gibt dazu separate Schulungsmaterialien, die man sich unter den angegebenen Adressen herunterladen kann. Schulungsmaterial zu SciFinder bzw. Schulungsmaterial zu Web of Science: Dieses Material finden Sie hier: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

6 Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker
1. Einführung Die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik Angebote der Wissenschaftlichen Informationsstelle Schulungen zu Datenbanken Datenbankrecherchen bei Datenbankanbietern ( z.B. STN International ) Informationen zu Datenbanken, Fachinformationen allgemein und Volltextbestellungen Die Wissenschaftliche Informationsstelle besteht seit 1991 und gehört seit Mai 2003 zum Lehrstuhl Bioinformatik der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät. Schulungen zu Datenbanken und Recherchen bei Datenbankanbietern werden jedoch nach wie vor für die gesamte Fakultät angeboten. Das Angebot zur Durchführung von Recherchen beim Datenbankanbieter STN International ist an die Existenz des Landesvertrages gekoppelt. Für die Recherchen werden Stichworte in Englisch benötigt und es muss ein Termin mit der Wissenschaftlichen Informationsstelle vereinbart werden. Termine werden auch kurzfristig vergeben. Und so erreichen Sie die Wissenschaftliche Informationsstelle : Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biologisch – Pharmazeutische Fakultät Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Dr. Ina Weiß Ernst-Abbe-Platz 2 ( Raum 3402, 4. Etage ), Jena Tel. : / Fax : / Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

7 Das Portal Naturwissenschaften
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Das Portal Naturwissenschaften Das Fachportal Naturwissenschaften erreicht man von den Uni - Seiten über Fakultäten / Biologisch - Pharmazeutische Fakultät / Fachinformationsportal. Das Fachinformationsportal kann man auch unter der oben angegebenen Adresse direkt aufrufen. Die meisten Materialien im Fachinformationsportal sind allgemein verfügbar. Die Seiten des Portals Naturwissenschaften sind eine Gemeinschaftsarbeit der Informationsstellen der Biologisch-Pharmazeutischen und der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät und werden regelmäßig aktualisiert. Das Elektronische Informationssystem für Fachinformationen an der Friedrich-Schiller-Universität versucht, einen Überblick über die Möglichkeiten der Nutzung von Fachinformationen zu schaffen. Von dieser Seite des Fachinformationsportals erreicht man auch das Portal Bioinformatik. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

8 Materialien zur Vorlesung
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Materialien zur Vorlesung Auf der Homepage des Lehrstuhls Bioinformatik sind alle vom Lehrstuhl Prof. Schuster angebotenen Lehrveranstaltungen des Sommer- und Wintersemesters verzeichnet. Die Seiten zeigen jeweils die Angebote im aktuellen und im vergangenen Semester. Auf der Seite zur LV/Übung „Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker“ sind aktuelle und weiterführende Informationen zur Lehrveranstaltung zu finden. Die Seite wird im Verlaufe des Semesters regelmäßig aktualisiert. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

9 Übungen und Abgabeaufgaben
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Übungen und Abgabeaufgaben Alle Übungsaufgaben haben ab dem Wintersemester 2012/13 einen Bezug zu den Abgabeaufgaben. Die Übungen zu den einzelnen Themenschwerpunkten dienen somit gleichzeitig der Vorbereitung der komplexen Recherche bei den Abgabeaufgaben. Es gibt daher keine Musterlösungen! Also: Mitschreiben/ Speichern und zuhören!!! Die Abgabeaufgaben beinhalten eine komplexe Rechercheaufgaben und kleinere Teilaufgaben. An Stelle der Musterlösungen wird es eine kurze Zusammenfassung zu den Themenschwerpunkten in Bezug auf die Abgabeaufgaben geben. Bitte beachten Sie bei SciFinder, das die Ergebnisse, die sie mit den Traininglogins bei CAS speichern, Ihnen danach nicht mehr zur Verfügung stehen. Hier sollten Sie wichtige Ergebnisse lokal speichern (z.B. auf einem USB-Stick). Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

10 Generelle Bemerkungen zu den Abgabeaufgaben
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Generelle Bemerkungen zu den Abgabeaufgaben Bitte lesen Sie sich die Aufgaben gut durch! Alle Ergebnisse sind zu protokollieren und mit Screenshots und ggf. den Suchverlaufsanzeigen aus den Datenbanken (z.B. einer History) zu belegen. Ergebnisse ohne nachvollziehbaren Weg werden nicht gewertet. Bitte geben Sie die Recherchestrategie immer separat an (sonst gibt es Punktabzug!!!), ein Screenshot reicht hier nicht! Bitte beachten Sie auch die Spezifika der verschiedenen Datenbanken bei Ihren Lösungsansätzen. Fassen Sie die Ergebnisse kurz in Ihren eigenen Worten zusammen. Die Ergebnisse sollten so präsentiert werden, das der genaue Ablauf der Recherche nachvollziehbar ist. Das gilt ganz besonders für die komplexen Rechercheaufgaben! Daher ist es unbedingt notwendig, das Sie die Recherchestrategie in Textform angeben. Ein einfacher Screenshot reicht hier nicht, weil die Ergebnisse ja nachgeprüft werden müssen. Wahlweise können Sie auch eine History-Datei zur jeweiligen Datenbank abgeben. Dazu ist separat anzugeben, welches Teilergebnis zu welchem Teil der Komplexaufgabe gehört. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

11 Kontrolle von bibliographischen Angaben
Allgemeine Hinweise Kontrolle von bibliographischen Angaben In der Datenbank ist der Name des Erstautors nicht korrekt geschrieben! Somit wird der Name auch durch das Literaturverwaltungsprogramm falsch übernommen und muß per Hand korrigiert werden. Auch in Datenbanken schleichen sich zuweilen Fehler ein. Die Schreibweise von Autoren mit Umlauten ist dabei oft problematisch. Generell gilt, das der Autorenname so geschrieben werden soll, wie der Name auch wirklich lautet. Man sollte daher in Zweifelsfällen z.B. auf der Publikationsseite des Autors nachsehen oder andere Quellen zu Rate ziehen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

12 2. Einführung in die Suche nach wissenschaftlicher Literatur
Zu Beginn eines neuen Themas steht man vor diversen Problemen: Wer hat bereits etwas zu dem Thema, das ich bearbeiten will, publiziert? Wo muß ich suchen? Welche Datenbanken sind wichtig für mein Thema? Wie finde ich alle relevanten Artikel (möglichst schnell und möglichst vollständig)? Wie gelange ich zu den Volltexten? Wie verwalte ich die Literatur und meine Ergebnisse? Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

13 Suchmaschinen, Datenbanksysteme
Studenten/ Wissenschaftler „Laie“ „Experte“ Suchmaschinen, Datenbanksysteme (bieten Benutzeroberfläche, Recherchemodule, Analytische Tools etc. an) Sekundärressourcen (hier erstellt man Datenbanken & Kataloge, erschließt Informationen formal und inhaltlich, Indexierung von Inhaltsverzeichnissen etc.) Primärressourcen (Sammlung von Texten, Daten, Multimedia und andere Materialien im Original) PubMed WoK OVID DIMDI SciFinder vLib STN CC BIOSIS CA SCI Medline Diese Übersicht soll die Hierarchie von Primär- und Sekundärquellen und den übergeordneten Datenbanksystemen bzw. Suchmaschinen verdeutlichen. Bei den Primärquellen ist zu beachten, das es begutachtete und unbewertete Quellen gibt. Bei den unbewerteten Quellen obliegt es allein dem Nutzer, die Qualität dieser Materialien zu beurteilen. ungeprüft von Experten begutachtet (peer-reviewed) Komplexität (Qualität) *nach einer Folie von Dr. Benjamin F. Bowman, Informationsvermittlungsstelle, MPI für Biochemie, Martinsried Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

14 Im Rahmen eines Landesvertrages
3. Rechercheangebote Im Rahmen eines Landesvertrages mit dem Datenbankanbieter STN International (www.stn-international.de) können Recherchen für Studenten, Doktoranden und Mitarbeiter durchgeführt werden. Die Recherchen für die Biologisch-Pharmazeutische Fakultät erfolgen in der Wissenschaftlichen Informationsstelle, bitte Termin vereinbaren und Stichworte in Englisch mitbringen. Dr. Ina Weiß, oder Telefon: Recherchen in den Datenbanken von STN International im Rahmen des Landesvertrages sind aus Kostengründen nicht für Endnutzerrecherchen zugelassen. Das bedeutet, das Interessenten sich an die jeweiligen Einrichtungen ihrer Hochschule wenden müssen, die Recherchen innerhalb des Landesvertrages durchführen dürfen. An der Friedrich-Schiller-Universität Jena werden Recherchen für Diplomanden, Doktoranden und Mitarbeiter der Uni in den Informationsstellen der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät und der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät, im Patentinformationszentrum und in der ThULB durchgeführt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

15 Recherchen bei Datenbankanbietern
STN International (Scientific and Technical Information Network) Chemie, Pharmazie, Physik, Biowissenschaften, Mathematik; Medizin, Umwelt, Agrar, Geowissenschaften; Elektronik, Telekommunikation, Werkstoffe; Patente, Zeitschriften, Firmeninformation DIMDI (Deutsche Institut für Medizinische Dokumentation und Information) Behörde des Bundesministeriums für Gesundheit Medizin, Gesundheitswesen; Biowissenschaften, Biotechnologie; Pharmakologie; Agrar, Ernährung; Psychologie, Sozialwissenschaften DIALOG/DATASTAR Finanzen, Recht, Wirtschaft; Pharmazie, Medizin, Gesundheitswesen, Umwelt; Chemie, Biotechnologie; Patente, Marken, Europäische Zeitungen (Volltext) Vorteile eines Datenbankanbieters (Host) gegenüber einzelnen Datenbankherstellern: Datenbanken zu verschiedenen Themengebieten sind bei einem Anbieter vorhanden Es gibt eine einheitliche Suchoberfläche und Syntax für alle Daten verschiedener Informationslieferanten. - Der Nutzer braucht nur ein Login. Die Daten sind gegenüber der Einzelabfrage bei verschiedenen Herausgebern schneller verfügbar und doppelte Einträge können gleich bei der Recherche entfernt werden. Beachtet werden muß: - Die Daten sind kostenpflichtig. Die recherchierende Person muss mit den Inhalten der verfügbaren Datenbanken vertraut sein. - Die einzelnen Datenbankanbieter verwenden unterschiedliche Abfragesprachen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

16 4. Beispielrecherche bei STN International
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker 4. Beispielrecherche bei STN International Zu einem gegebenen Thema (z.B. der Bachelorarbeit, Masterarbeit, Diplomarbeit) möchte man sich einen Überblick über die bereits bekannten Publikationen verschaffen… Thema: Überblick über die neuesten Publikationen zum alternativen Spleißen in Pilzen. ? steht für beliebig viele Zeichen nach dem Wortstamm (3a) bedeutet maximal 3 Wörter dazwischen, Reihenfolge ist egal Suche erfolgt automatisch im Basic Index, d.h. im Titel , im Abstract und in den Stichwortfeldern (z.B. IT, CT, ST, STP- es gibt unterschiedliche Stichwortfelder in den verschiedenen Datenbanken) STN Messenger ist eine Kommandozeilen orientierte Suchsprache, die vielfältige Befehle für den Zugriff auf die Datenbestände von STN International bietet und somit komplexe Recherchen ermöglicht. Häufig benutzte Befehle in STN Messenger lassen sich meist durch die Eingabe des Anfangsbuchstabens oder durch die ersten drei Buchstaben abkürzen. Die wichtigsten Kommandos sind: Fil(e) Aufruf einer Datenbank, z. B. "FILE CAPLUS" - die Datenbank CAplus wird geöffnet. E(xpand) In Daten- und Indexfeldern prüfen, ob ein Suchbegriff in einer Datenbank bzw. bestimmten Indexfeldern einer Datenbank enthalten ist, z. B. "EXPAND ETHANOL/TI" - es wird geprüft ob der Begriff "Ethanol" im Indexfeld "Title" (TI) der aktuell geöffneten Datenbank vorkommen S(earch) Suchbefehl, z. B. "SEARCH CHROMATOGRAPHY" - Suche nach dem Begriff "Chromatography“ D(isplay) Anzeige von Suchergebnissen (Datensätzen), z. B. "DISPLAY L3 7" - der siebente Datensatz im Ergebnis der dritten Suche (L3) wird angezeigt. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

17 Recherchestrategien: Einfache Vorüberlegungen
1. Was suche ich ? Verwendungszweck, Umfang Stichworte 2. Wo suche ich ? Welche Datenbanken sind geeignet ? Wie vollständig muß die Recherche sein? Medien, Zeitraum 3. Wie suche ich ( dort ) ? Kenntnisse von Datenbanken Recherchestrategie ( in Anhängigkeit von der Datenbank ) 4. Die Recherche - pro Suchschritt möglichst wenige Suchbegriffe verwenden Überblick wahren ggf. Index- und Thesaurussuche nutzen Auswertung Sind die Treffer relevant? Zuviel oder zu wenige Literaturstellen? Wichtig: Datenbankspezifische Suche unter Ausschöpfung der Möglichkeiten der jeweiligen Datenbank! Textdatenbanken : RECHERCHEZIEL RECHERCHESTRATEGIE Schnell etwas Freitextorientiert, 1 Datenbank Schnell viel Suche mit kontrolliertem Vokabular Möglichst viel Kombiniert Möglichst alles Datenbank – übergreifend "alles" überhaupt Host – übergreifend Die Recherche kann zu jedem Zeitpunkt abgebrochen werden (z.B. wenn das Ziel vorfristig erreicht wurde oder wenn Suchaspekte bzw. Herangehensweise nicht zum gewünschten Ergebnis geführt haben). Kein Ergebnis ist auch ein Ergebnis ! Mehrere Hauptaspekte erfordern mehrere Recherchestrategien. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

18 4.1. Suchbegriffe und Synonyme
Richtige (d.h. passende) Suchbegriffe sind mit entscheidend für ein gutes Rechercheergebnis. Die Suchbegriffe dürfen weder zu speziell noch zu allgemein gehalten werden. Synonyme, also gleichbedeutende Wörter, müssen in den meisten Datenbanken unbedingt mit einbezogen werden, da sie nicht automatisch gesucht werden (Ausnahme: SciFinder, siehe 4.2.) In jedem Fall sollte man durch Vorrecherchen feststellen, welche Synonyme automatisch einbezogen werden und welche nicht! Vorrecherchen dienen auch dazu, um festzustellen ob man mit den gewählten Suchbegriffen überhaupt zum gewünschten Ergebnis kommt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

19 4.2. SciFinder zur Recherchevorbereitung
Zur Vorbereitung einer Recherche kann man sehr gut die thematische Suche in SciFinder (https://scifinder.cas.org) verwenden, da hier viel automatisch gesucht wird. Eine Übersicht dazu findet man auf der folgenden Folie. Im Gegensatz zur Recherche in anderen Datenbanken (wie z.B. Web of Science, Biological Abstracts etc.) braucht man sich bei der Recherche im SciFinder weniger Gedanken über Maskierungen, Abkürzungen, Synonyme oder verschiedene Schreibweisen im britischen und amerikanischen Englisch zu machen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

20 4.2. SciFinder zur Recherchevorbereitung (2)
Synonyme cancer, neoplasm, carcinoma, tumor, carcinogenesis Alternative Wortformen freeze, froze, frozen, freezing Irreguläre Pluralformen woman, women mice, mouse, mouses CAS Standard-abkürzungen oxidation, oxidn preparation, prep Amerikanische und britische Schreibweisen synthesize, synthesise color, colour Trunkierung bei bestimmten Wortstämmen Wörter mit mindestens 5 Buchstaben, die auf –tion enden: depletion = deple… Wörter mit der Nachsilbe (Suffix –able, -ed, - ing: solvable =solv… Wörter, die mit –e enden: game = gam… (daraus wird dann z.B. gamma) SciFinder sucht automatisch nach Synonymen, alternativen Schreibweisen, Pluralformen und verwendet Trunkierungen: - Vorteile: einfach - „Nachteile“: Kenntnisse der Regeln sind notwendig Bei der Auswahl eines allgemeinen Konzepts (also nicht „as entered“) muß man allerdings beachten, das manchmal auch ganz andere Begriffe aus einem Wortstamm entstehen können. Das Ergebnis der Recherche sollte daher unbedingt immer auf Relevanz geprüft werden! Ein Bespiel: Verwendung des Suchbegiffs „MENTION“ „mention as entered“: mention The concept „mention“: findet auch, z.B. -MeNQ / mental / mentioned / mensurated / Mendelian / Mendeleje men Aber: men not mention- the concept men, but not the concept mention ist nicht = Null, man findet z.B. man - Menthol / menopause / Michaelis-Menten / Meniere‘ disease Mentolum / Mentha haplocalyx / meningioma / meningitis MEND-CABG - Menkes / Menthfuran / mensiscus / menu Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

21 4.3. Boolesche Operatoren, Aspekte eines Themas und Maskierungen
Die Booleschen Operatoren sind logische Operatoren und dienen bei einer Literaturrecherche der Verknüpfung von Suchbegriffen. AND = Ist die Schnittmenge, bei der beide Bedingungen müssen erfüllt sein müssen. OR = Ist die Vereinigungsmenge (entspricht dem umgangssprachlichen entweder/ oder), bei der eine von beiden Bedingungen erfüllt sein muß. NOT = Ist die Ausschlussmenge, bei der die eine Bedingung nicht erfüllt sein darf. George Boole ( ) erfand die Booleschen Operatoren. Diese dienen zur logischen Verknüpfung von Begriffen. Logische Operatoren kann man in fast allen bibliographischen Datenbanken verwenden. Eine Ausnahme stellt SciFinder dar. In SciFinder sind natürlichsprachige Eingaben ohne logische Operatoren zu bevorzugen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

22 Recherchethema in verschiedene Aspekte zerlegen (2)
Gegebenenfalls können noch 1-2 weitere Hauptaspekte hinzukommen… OR AND Vor Beginn einer Recherche sollte man das Thema in geeignete Aspekte gliedern. Zu jedem Aspekt werden dann die Suchwörtern und die dazugehörigen Synonymen notiert. Ein Aspekt steht für einen Themenbereich der Suchstrategie. Die logischen Operatoren bzw. deren Verwendung erschließen sich ebenfalls aus der Tabelle. Wichtig: jede UND-Verknüpfung reduziert das Ergebnis um ca. 1/10! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

23 Maskierung (Trunkierung)
Dabei können Suchwörter gekürzt werden, um mehrere Schreibweisen mit einem Suchwort zu erfassen. Man muß aber immer sicher sein, das man durch die Maskierung nur die Begriffe erhält, die man auch beabsichtigt hat. So ist es z.B. nicht sinnvoll den Plural von bee (bees) durch diese Maskierung einzuschließen: bee* ,hier erhält man u.a. auch been, beer, beef … Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

24 Maskierungen im Web of Science
Platzhalter können sich in Datenbanken unterschiedlicher Anbieter auch hinsichtlich ihrer Bedeutung unterscheiden. So steht z.B. ein ? bei STN International für beliebig viele Buchstaben (im Web of Science wäre das ein *). Weiter Informationen zu Maskierungen im Web of Science findet man auf den Hilfeseiten: Auf den Hilfeseiten findet man auch Hinweise zur Verwendung logischer Operatoren und Nachbarschaftsoperatoren: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

25 Synonyme beachten und Relevanz prüfen !
Was suche ich ? - Stichworte Deutsche, englische oder lateinische Begriffe ? die meisten Datenbanken sind in Englisch, daher benötigt man Stichworte in Englisch manchmal gibt es für einen Begriff kein englisches Wort ( ist zwar eher die Ausnahme, kommt aber vor ) Beispiel : stammzellen, zeitgeber, aufwuchs entscheidungsproblem zuweilen ist es ratsam, nur die lateinischen Begriffe zu verwenden: Habicht ( hawk, goshawk, accipiter gentilis ), Habichtsmotte : hawk moths ( hawkmoths) bei deutschen Begriffen sind Umlaute zu beachten, generell ist es von der Datenbank und/oder dem Verlag abhängig, ob Umlaute verwendet werden oder nicht ( z.B. bei Autorennamen ) im Zweifelsfall also beide Schreibweisen anwenden : mueller or muller Synonyme beachten und Relevanz prüfen ! Die bibliographischen Datenbanken sind zumeist in englischer Sprache verfaßt und daher wird generell mit Stichworten in Englisch gesucht. Es gibt aber ein paar Ausnahmen und in manchen Datenbanken sind die Titelfelder auch in der Originalsprache vorhanden. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

26 Die etwas andere Habichtsmotte…
Quelle: (27. August 2013) Bei jeder Art von Literaturrecherche ist es unabdingbar, den Unterschied zwischen Stichwort und Schlagwort genau zu kennen und zu verstehen. Stichwörter sind Wörter, die im Titel des Aufsatzes, im Abstract, in der Autorenangabe etc. vorkommen. Darunter befinden sich viele Synonyme, die ein und dieselbe Sache bezeichnen. (heart cancer, heart tumor, cardiac cancer, cardiac tumor, ...) Schlagwörter dagegen gibt es nur wenige und vor allem nur ein genau definiertes für jeden Sachverhalt. Schlagwörter stehen nicht im Titel oder Abstract, sondern in einem speziellen Feld - dem MeSH-Feld. (heart neoplasms = heart/cardiac cancer/tumor, ...) Begriffe in einem ganz bestimmten Fachgebiet (z.B. der Ökologie) oder Zusammenhang, können in einem anderen Gebiet (Technik, Mikrobiologie, Bioinformatik etc.) unter Umständen eine ganz andere Bedeutung haben! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

27 Beispiele für deutsche Begriffe in englischen Publikationen
Zeitgeber / Zeitgebers Wenn deutsche Begriffe in englischsprachigen Publikationen verwendet werden, dann wird oft die Pluralbildung aus dem Englischen auf das deutsche Wort angewendet. Das liest sich dann etwas befremdlich und zeigt zugleich die Problematik solcher zweisprachigen Textpassagen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

28 Beispiel zu „Zeitgeber“
Unter Entrainment versteht man in der Chronobiologie die Synchronisation der inneren Uhr mit regelmäßig wiederkehrenden Umgebungsfaktoren, den sogenannten Zeitgebern (z.B. Tag/Nacht-Wechsel, Ebbe und Flut etc.) Zuweilen werden einzelne deutsche Begriffe in Kombination mit einem englischen Wort verwendet: Beispiel: Zeitgeber time (ZT) Manchmal wird der deutsche Begriff in Klammern in der Sprache des Artikels erläutert. Beispiel: Zeitgeber („time giver“) Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

29 Die Verwendung von Abkürzungen ist bei Recherchen oft problematisch.
Beispiel: NGS next generation sequencing nano-graphene sheets nanographene sheet new-generation sequencing nanogels nanogenerators Noethe Gauge Symmetries narrow gap semiconductors noninvasive genetic sampling Was es auch gibt: …the Antarctic environmental specimen bank (BCAA) in monitoring… PMID: Die abgekürzten Begriffe stehen in den Publikationen meist auch in ausgeschriebener Form. Daher könnte man auch weitestgehend auf Abkürzungen verzichten. In einigen Fällen werden aber nur die Abkürzungen verwendet. Für ein vollständigeres Ergebnis muss man daher die Abkürzungen und die ausgeschriebenen Begriffe verwenden (ODER-Verknüpfung). Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

30 Doppelte Einträge in Datenbanken (Dubletten)
In SciFinder kann man zwar die doppelten Einträge aus CAPlus und Medline entfernen lassen (Remove Duplicates), aber diese werden nicht immer als identisch erkannt. Das geschieht z.B. fast immer bei elektronischen Publikationen. Hier sind entweder die Seitenangaben nicht identisch oder es werden unterschiedliche ISSN angegeben für die gedruckte bzw. die elektronische Ausgabe der Zeitschrift. Diese Einträge werden dann auch oft in Literaturverwaltungsprogrammen (z.B. EndNote oder Citavi) nicht als doppelte Einträge erkannt und müssen dann manuell entfernt werden. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

31 Zur Sprache bei Recherchen
Kein Treffer? Da stimmt etwas nicht! Aha: die Wissenschafts-sprache ist aus einem unerfindlichen Grund Englisch… Wenn man in Datenbanken, wie z.B. Medline, mit deutschen Begriffen sucht, wird man nicht viel finden (einige Ausnahmen werden etwas weiter im Material noch beschrieben). Das liegt vor allem daran, das die meisten Datenbanken in englischer Sprache erstellt sind. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

32 4.4. eine Literaturrecherche
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker 4.4. eine Literaturrecherche Aspekt 1 Aspekt 2 Aspekt 3 alternative splicing fungi alternative (RNA) splicing fungus alternatives (for) splicing fungal alternative splicings Alternatively spliced Aus den obigen Begriffen resultiert folgende Suchstrategie in STN-Datenbanken: (alternative##(3a)splicing# or alternative## spliced) AND (fungi or fungus or fungal) AND /py Wenn man eine Qualifizierungsarbeit beginnt oder auch ein neues Forschungsthema, dann ist vorab in jedem Fall eine Recherche zum derzeitigen Wissensstand erforderlich. Man muß sich also zunächst einmal ein wenig inhaltlich mit dem Thema befassen und herausfinden, welche wissenschaftlichen Publikationen es bereits gibt. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

33 Beispielrecherche bei STN International
Thema: Neueste Erkenntnisse zum alterntiven Spleißen bei Pilzen (alternative##(3a)splicing# or alternative## spliced) AND (fungi or fungus or fungal) AND /py # steht für beliebig ein oder kein Zeichen nach dem Wortstamm (3a) bedeutet maximal 3 Wörter dazwischen, Reihenfolge egal Suche erfolgt automatisch im Basic Index, d.h. im Titel , im Abstract und in den Stichwortfeldern (z.B. IT, CT, ST, STP- es gibt unterschiedliche Stichwortfelder in den verschiedenen Datenbanken) STN Messenger ist eine Kommandozeilen orientierte Suchsprache, die vielfältige Befehle für den Zugriff auf die Datenbestände von STN International bietet und somit komplexe Recherchen ermöglicht. Häufig benutzte Befehle in STN Messenger lassen sich meist durch die Eingabe des Anfangsbuchstabens oder durch die ersten drei Buchstaben abkürzen. Die wichtigsten Kommandos sind: Fil(e) Aufruf einer Datenbank, z. B. "FILE CAPLUS" - die Datenbank CAplus wird geöffnet. E(xpand) In Daten- und Indexfeldern prüfen, ob ein Suchbegriff in einer Datenbank bzw. bestimmten Indexfeldern einer Datenbank enthalten ist, z. B. "EXPAND ETHANOL/TI" - es wird geprüft ob der Begriff "Ethanol" im Indexfeld "Title" (TI) der aktuell geöffneten Datenbank vorkommen S(earch) Suchbefehl, z. B. "SEARCH CHROMATOGRAPHY" - Suche nach dem Begriff "Chromatography“ D(isplay) Anzeige von Suchergebnissen (Datensätzen), z. B. "DISPLAY L3 7" - der siebte Datensatz im Ergebnis der dritten Suche (L3) wird angezeigt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

34 Beispielrecherche bei STN International: Voreinstellungen
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Beispielrecherche bei STN International: Voreinstellungen SET-Kommandos: set spellings perm on set abb perm on set plural perm on Britische und amerikanische Schreibweise, Plural und Abkürzungen (Abkürzungen kommen nicht in allen Datenbanken vor) werden automatisch berücksichtigt. STN Messenger unterscheidet bei der Eingabe von Befehlen zwischen der Anfänger- und Expertenversion (NOVICE bzw. EXPERT) der Kommandos. Ausgeschriebene Kommandos (mindestens vier Buchstaben) werden der Anfängerversion zugeordnet, abgekürzte Kommandos (maximal drei Buchstaben) gehören der Expertenversion an. Bei der Verwendung von NOVICE-Kommandos erfragt STN Messenger alle fehlenden Parameter. Fehlen Parameter bei der Verwendung von EXPERT-Kommandos, so werden diese nicht erfragt, sondern durch vordefinierte Standard-Parameter (Default) für das jeweilige Kommando ergänzt. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

35 Beispielrecherche bei STN International: Trefferermittlung
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Beispielrecherche bei STN International: Trefferermittlung L3 (alternative##(3a)splicing# or alternative## spliced) AND (fungi or fungus or fungal) AND /py Anschließend wird die Suche in den oben ermittelten Datenbanken durchgeführt (fil hits). Zur Trefferermittlung wird zunächst eine Index-Recherche durchgeführt. STN Index ist kostengünstig, erlaubt aber nur die Angabe der Datenbanken und der dazugehörigen Treffer. Die eigentliche Recherche muß anschließend in den Datenbanken selbst durchgeführt werden. Alle Datenbanken mit Treffern ruft man mit file hits auf. Damit brauchen die einzelnen Datenbanken nicht alle erst mühsam per Hand eingetippt werden. SCISEARCH= Web of Science Bei einer Recherche in Medline findet man nur 41 von 141 Treffern! Stand: 15. August 2012 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

36 Beispielrecherche bei STN International: Rechercheergebnis
Bibliographische Datenbanken in SciFinder Nach der Recherche in den verschiedenen Datenbanken müssen noch die doppelten Einträge entfernt werden, da die Datenbanken sich zum Teil inhaltlich überschneiden. In wenigen Ausnahmefällen werden doppelte Einträge zuweilen nicht erkannt, weil die Daten durch die verschiedenen Hersteller unterschiedlich aufgenommen werden können (siehe das Beispiel dazu bei SciFinder). Eine Suche in nur 1 Datenbank ergibt kein vollständiges Ergebnis! SCISEARCH = Web of Science Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

37 Beispielrecherche bei STN International: Treffer ansehen (d kwic)
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Beispielrecherche bei STN International: Treffer ansehen (d kwic) kwic=keywords in context Es werden die Felder angezeigt, die die Stichwörter enthalten (Standardmäßig mit maximal 20 Wörtern vor bzw. hinter dem gesuchten Begriff). Mit d kwic (kwic steht dabei für keywords in context) kann man sich einen Überblick über die Treffer verschaffen. Die Stichworte können ja in unterschiedlichen Feldern und in einem unterschiedlichen Sinnzusammenhang erscheinen. Man hat bei einer Recherche immer die Möglichkeit, Begriffe nachträglich auszuschließen. Dies geschieht mit dem Operator NOT. Wenn auch das Ausschließen von einzelnen Begriffen zu keinen guten Ergebnis führt, ist über eine neue Recherche mit neuen Stichworten nachzudenken. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

38 Recherche bei STN International: Ein Beispieldokument
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Recherche bei STN International: Ein Beispieldokument TI=Titel AU=Autor CS=Corporate Source (Adresse des Autors) SO=Quelle AB=Zusammenfassung CT=Controlled Terms Die bibliographischen Datenbanken bestehen u.a. aus den vollständigen bibliographischen Angaben, einer Zusammenfassung und verschiedenen Stichwortfeldern. Mit der Recherchesoftware für Datenbanken des Anbieters STN International (STN Express) und auch mit Literaturverwaltungsprogrammen kann man sich die Anzeige so bearbeiten lassen, das die Feldbezeichnungen ausgeschrieben werden oder gar nicht mehr vorhanden sind. Die bei der Recherche verwendeten Stichwörter erscheinen hier rot markiert. TI = Titel AU= Autor(en) CS= Adresse des Erstautors SO=Quelle AB=Zusammenfassung Bei den bibliographischen Datenbanken handelt es sich nicht um Volltextdatenbanken, d.h., man muß sich den Originaltext als elektronische Version oder in der gedruckten Ausgabe beschaffen. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

39 Frage: Reicht eine Recherche in PubMed (Medline)?
4.5. Beispiel Medline Frage: Reicht eine Recherche in PubMed (Medline)? Klare Antwort: NEIN! (eigentlich nicht mal für Mediziner, es gibt für Mediziner z.B. auch noch die Datenbank EMBASE) Warum ist PubMed (Medline) dann so beliebt? Es steht kostenfrei zur Verfügung… Aber: es gibt Medline auch im SciFinder und bei ISI Web of Knowledge… Wenn es eine Datenbank bei verschiedenen Anbietern gibt, dann handelt es sich auch um die gleichen Datenbestände. Allerdings kann die zeitliche Abdeckung bei den verschiedenen Anbietern unterschiedlich sein. Durch unterschiedliche interne Recherchestrategien kann man auch zu unterschiedlichen Ergebnissen kommen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

40 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ PubMed/Medline
Hersteller : U.S. National Library of Medicine ( NLM ) MEDLINE = MEDical Literature Analysis and Retrieval System OnLINE Die Datenbank entspricht dem gedruckten Index Medicus, Index to Dental Literature und International Nursing Index. Enthält seit August 2001 auch In-Process-Einträge, d.h. neueste Einträge bereits bevor sie für die Aufnahme in Medline indexiert sind. Quellen sind Zeitschriften, Buchkapitel und Konferenzbeiträge. MEDLINE enthält mehr als 20 Millionen Aufsatzzitate aus über laufenden biomedizinischen Zeitschriften seit 1949 und einige ältere Daten. Die Datenbank enthält seit August 2001 auch In-Process-Einträge, also die neuesten Dokumente bevor sie vollständig für die Aufnahme in MEDLINE indexiert sind. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

41 Erläuterungen zur Medline Trefferliste
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Erläuterungen zur Medline Trefferliste Beispiel: Suche nach der Registry-Nummer von Geranylkaffeat Anzeige im Format Abstract Advanced search für eine erweiterte Suche, z.B. mit Einschränkungen. Zeitschriftentitel, Jahr; Band (Heft), Seitenzahlen Titel der Publikation Man findet 1 Artikel, aber nicht die Registrynummer (RN ) von Geranylkaffeat. Dermatitis Sep;16(3): Evaluation of the main contact allergens in propolis (1995 to 2005). Hausen BM. Dermatology Center, Elbeklinikum Buxtehude, Germany. Zeitschrift : Dermatitis Jahr: 2005 Band : 16 Heft : 3 Seitenzahlen : Registry-Nummer Die RN-Nummern von Geranylcaffeat sind hier nicht zu finden… Ausschnitt aus der Anzeige im Medline-Format Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

42 Anzeigeoptionen, Suchdetails, Filter und Speichern in Medline
Anzeigeoptionen (Display Settings) Bei jeder neuen Suche werden die Anzeigeoptionen leider wieder auf die Ausgangseinstellungen zurückgesetzt. Suchdetails (Search details) Hier kann man sehen, wie die Suche intern (also z.B. unter Verwendung von MESH-Terms) durchgeführt wird. Filter (Show additional filters) Speichern, siehe: Send to Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

43 Feldbezeichnungen in MEDLINE
Erläuterung der Feldbezeichnungen in Medline: Medline – Dokument ( Auswahl von Feldern ): PMID IS (Print) VI TI - Endogenous timing in competitive interactions among relatives. AB - Most evolutionary game theory models solve for equilibrium levels of some behaviour on the restrictive assumptions that players choose their actions simultaneously, and that a player cannot change its action … AD - Department of Zoology, University of Cambridge, Downing Street, Cambridge CB2 3EJ, UK. FAU - Cant, Michael A FAU=Full Author Name AU - Cant MA FAU - Shen, Sheng-Feng AU - Shen SF LA - eng PT - Journal Article PL - England MH - Competitive Behavior/*physiology MH - EvolutionMH - Game TheoryMH - *Models, Biological MH - Reproduction/physiology MH - Research Support, Non-U.S. Gov'tMH - Time Factors SO - Proc Biol Sci Jan 22;273(1583):171-8. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

44 Medical Subject Headings ( MESH )
Auf der Startseite von PubMed auswählen: More Resources/MeSH Database Was sind Medical Subject Headings (MeSH) Medline baut auf einem ausgefeilten Vokabular von Schlagwörtern auf - den Medical Subject Headings, abgekürzt MeSH. Diese werden jedem Artikel dezidiert zugeordnet und beschreiben möglichst genau das Thema des Aufsatzes. Während die Treffermenge einer Stichwortsuche auch Artikelzitate enthält, die nur entfernt oder gar nicht mit dem gesuchten Thema zu tun haben, verläuft eine Recherche über die MeSH-Schlagwörter sehr viel einfacher und gezielter ab. Eine Suche ohne MeSH, nur über Stichwörter, wird in der Regel mit dem Nicht-Finden von wichtigen Artikeln bestraft. MeSH-Schlagwörter und ihre Definitionen findet man im Thesaurus. Dieser ist in PubMed über den MeSH-Browser zugänglich. Wie sind die MeSH-Begriffe strukturiert? Das MESH-Register von 1998 enthält über Stichwörter, die in Bäumen von A wie Anatomy bis Z wie Geographical Locations aufgeteilt sind. In der Ansicht : Details kann man sich die genaue Suchstrategie anzeigen lassen. Mit MESH-Schlagwörtern wird automatisch gesucht. Eine Suche nur mit Stichworten ist möglich, wenn man das explizit eingibt , z.B. : bioinformatics[Text Word] Die Abkürzung MeSH steht für Medical Subject Headings. Hierbei handelt es sich um einen Thesaurus, den die National Library of Medicine (NLM), USA, erstellt und fortlaufend pflegt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

45 Artikel in Medline, bei STN und beim Verlag…
Stand: Diese Publikation ist mitte August 2012 als elektronische Vorabpublikation erschienen und wurde am beim Verlag publiziert (Band 19, Heft 3, , 2013). Bei Pubmed und auch bei STN International waren am 21. Januar 2013 aber nur die Angaben zur elektronischen Publikation zu finden…. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

46 Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker
GoPubMed und Semedico Die bibliographische Datenbank MEDLINE ist Grundlage von GoPubMed und Semedico. Artikel der MEDLINE-Datenbank sind bereits von der NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE mit Dokument-Metadaten versehen. MEDLINE verfügt über einen Thesaurus (MESH). GoPubMed wurde von einer Arbeitsgruppe um Michael Schroeder an der Technischen Universität Dresden und Transinsight, einer Firmenausgründung der TU, entwickelt. GoPubMed nutzt sowohl das Medical Subject Headings (MeSH), ein internationales medizinisches Fachvokabular als auch die Ressourcen der Gene Ontology (GO). Die Gene Ontology wird als eine Art Inhaltsverzeichnis benutzt, um die Millionen Artikel der Datenbank MEDLINE zu strukturieren. Bei Semedico wird zusätzlich die Bedeutung der Wörter einbezogen, daher kann man Semedico als semantische Suchmaschine bezeichnen. Direkt nach der Eingabe der ersten beiden Buchstaben des Suchbegriffs beginnt das System, mögliche Suchanfragebegriffe zu berechnen und schlägt diese dem Nutzer in einem Drop-down-Menü vor. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

47 Übungsaufgaben Serie 1: Recherchevorbereitung, Recherchestrategien und Medline
Es soll eine Recherche zum Thema „Rekonstruktion des metabolischen Netzwerkes bei E. coli“ vorbereitet werden. Tragen Sie die dazu benötigten Begriffsblöcke in die Tabelle von Folie 22: Recherchethema in verschiedene Aspekte zerlegen (2) ein. Notieren Sie zunächst alle Begriffe in englischer Sprache. Ermitteln Sie dann Synonyme für Netzwerkrekonstruktion. Tragen Sie zusammengehörige Begriffe in jeweils eine Spalte ein Ist MR eine geeignete Abkürzung für „metabolic reconstruction“? Begründen Sie Ihre Aussage an 3 Beispielen aus Medline und notieren Sie zu jedem Beispiel die PMID. Die Übungsaufgaben sollen den bisher vermittelten Stoff vertiefen und die Kenntnis der behandelten Datenbanken erweitern. Im „wirklichen Leben“ sagt Ihnen keiner, in welcher Datenbank, Sie suchen müssen. Das ist dann ganz allein Ihre Entscheidung. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

48 Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker
Übungsaufgaben Serie 1: Recherchevorbereitung, Recherchestrategien und Medline (2) Führen Sie eine Testrecherche in Medline (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/) durch. Schicken Sie sich das Ergebnis der Recherche mit den Zusammenfassungen bei „Send to“ als . Die Übungsaufgaben dienen in dieser Veranstaltung vordergründig der Vorbereitung der komplexen Rechercheaufgabe bei den Abgabeaufgaben. Protokollieren und speichern Sie daher alle Ergebnisse, Zwischenergebnisse und Recherchestrategien. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

49 Zusatzaufgabe Wie lauten die Registry-Nummern von Geranylkaffeat (geranyl caffeate) ? Es handelt sich hier um einen Ester aus Koffeinsäure und Geranylalkohol. Gelöschte Registry-Nummern sind hier nicht gemeint! Kleine Hilfe: eine Registry-Nummer findet man im Internet… „Die CAS-Nummer (auch CAS-Registrierungsnummer und CAS-Registernummer, engl. CAS Registry Number, CAS = Chemical Abstract Sercice) ist ein internationaler Bezeichnungsstandard für chemische Stoffe. Für jeden bekannten chemischen Stoff (auch Biosequenzen, Legierungen, Polymere) existiert eine eindeutige CAS-Nummer. Summenformeln, (verschiedensprachige) Trivialnamen und sogar IUPAC-Namen sind nicht eindeutig und können zur Verwechslung …führen. Verschiedene Isomere eines Moleküls tragen verschiedene CAS-Nummern.“ Quelle: Es werden die 2 CAS Registry-Nummern der Stereoisomere von Geranylkaffeat gesucht. Eine Namensrecherche in SciFinder/Registry führt leider zu keinem Ergebnis. Stereoisomere unterscheiden sich in der räumlichen Anordnung der Atome. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

50 5. Wie nutzt man Datenbanken und elektronische Zeitschriften von zu Hause aus?
Wenn man mit lizenzpflichtigen Datenbanken (wie z.B. SciFinder, BIOSIS, FSTA, Web of Science) arbeiten möchte oder auf Zeitschriften zugreifen will, die nur für die Uni Jena freigeschaltet sind, dann muß man sich im IP-Adressbereich der Uni befinden. Das heißt, man arbeitet entweder an der Uni oder man nutzt für Arbeiten außerhalb der Uni den VPN-Client (VPN steht für virtuell private network). Mit dem VPN-Client der Uni kann man überall so arbeiten, als wäre man gerade an der Uni. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

51 Wie gelangt man zum VPN-Client?
Bei jedem Rechnerneustart muß auch der VPN-Client neu gestartet werden, um sich mit der Uni zu verbinden und somit alle Funktionalitäten des IP-Adress-Bereiches der Uni nutzen zu können! Fachinformationsportal/ Datenbanken im Uni-Netz / Installationshinweise und VPN-Zugang: Wenn man als Uni-Angehöriger Artikel von außerhalb des Uni-Netzes herunterladen möchte, dann muss man sich über die Uni einwählen, z.B. über VPN ( Virtuell Private Network ). Seit steht ein VPN-Concentrator 'stargate.uni-jena.de' mit neuem Betriebsregime (sog. Hybridmode und neuen Zertifikaten) zur Verfügung. Hinweis: Bitte deinstallieren Sie die evtl. vorhandene alte Version des VPN Client komplett. Rebooten Sie den Computer anschließend nach der Aufforderung. Installieren Sie die neue Version entsprechend den angebotenen Paketen. Bei Fragen und Problemen: Notebooksprechstunde: https://www.uni-jena.de/Notebooksprechstunde.html Bitte unbedingt beachten! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

52 Zugriff mit VPN-Client der Uni
Installation des VPN-Client für das jeweilige Betriebssystem Verbindungsaufbau durch Provider VPN starten (vpngui.exe ) VPN-Client installiert und … es geht nicht. Mögliche Fehlerquellen : Keine Verbindung zum Provider hergestellt - die eigene Hardware ist nicht vollständig oder fehlerhaft installiert - Loginname endet nicht - eine alte VPN-Installation wurde vor der Neuinstallation nicht entfernt Abhilfe : Experten aus den eigenen Reihen befragen oder Notebooksprechstunde Das Universitätsrechenzentrum/Multimediazentrum bietet Hilfe bei Problemen an. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

53 6. Datenbanken im Uni-Netz
SciFinder (Chemical Abstracts und Medline) Gut geeignet zur Auswahl geeigneter Stichworte Web of Science BIOSIS, CAB Abstracts, Zoological Record, FSTA (Food Science and Technolgy Abstracts) OVID-Datenbanken Für die Suche nach wissenschaftlicher Literatur sind vor allem die bibliographischen Datenbanken von Interesse. Hier findet man die bibliographischen Angaben und eine Zusammenfassung. Es kann auch ein Link zum Volltext vorhanden sein (wenn nicht oder wenn dieser nicht zum Volltext führt, dann bitte in der elektronischen Zeitschriftenbibliothek nachsehen). Spezielle Fakten z.B. zu chemischen Verbindungen kann man in Faktendatenbanken wie Registry (in SciFinder) oder Reaxys finden. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

54 Erläuterungen zu Datenbanken
Datenbanken haben bei verschiedenen Anbietern oder auf unterschiedlichen Oberflächen z.T. unterschiedliche Namen Beispiele : Uni-Netz STN International Web of Science = SCISEARCH SciFinder = Chemical Abstracts, Medline, Registry, Casreact, Chemcats, Chemlist Biological Abstracts/ BIOSIS = BIOSIS CAB Abstracts = CABA FSTA = FSTA Leider gibt es für Biologen, Bioinformatiker und eben auch Biochemiker nicht die allumfassende Literaturdatenbank. Und (leider) ist auch Medline ( PubMed ) keine gute alleinige Alternative … Daher ist es meist erforderlich, verschiedene Datenbanken zu nutzen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

55 Wo finde ich geeignete Literaturdatenbanken?
DBIS Fachgebiet Biologie Auswahl Datenbanken im Uni-Netz Das Datenbank-Infosystem (DBIS) ist ein kooperativer Service zur Nutzung wissenschaftlicher Datenbanken. Dieser Dienst wurde mit finanzieller Unterstützung des Bayerischen Staatsministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst und der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) von der Universitätsbibliothek Regensburg entwickelt. Inzwischen wird das Datenbank-Infosystem als Nutzerservice in über 250 Bibliotheken genutzt. PubMed: PubMed  Medline  SciFinder Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

56 Food Science and Technology Abstracts (FSTA)
FSTA ist die weltweit größte bibliographische Datenbank für die Bereiche Lebensmittelwissenschaften, Lebensmitteltechnologie und Ernährung. Als Quellen dienen mehr als 1800 Zeitschriften, Bücher, Tagungsberichte, Dissertationen, Patente, Normen, Gesetzesblätter und Hochschulschriften. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

57 http://ovidsp.ovid.com/autologin.html OVID ist ein Datenbankanbieter.
6.2. OVID-Datenbanken OVID ist ein Datenbankanbieter. Die Uni Jena hat Lizenzen für die Nutzung verschiedener Datenbanken bei OVID erworben. Biological Abstracts / BIOSIS - Biowissenschaften ab 1926 Nationallizenz BIOSIS CAB Abstracts - Landwirtschaft, angewandte Biologie - ab 1910 Zoological Record Zoologie ab 1864 ! FSTA - ab 1969 Definition Datenbank (Quelle: Horn/Kerner/Forbrig: Lehr- und Übungsbuch Informatik. Bd. 1, Fachbuchverlag Leipzig) Eine Datenbank ist eine systematisch strukturierte, langfristig verfügbare Sammlung von Daten einschließlich der zur sicheren Manipulation dieser Daten erforderlichen Software. In einer Datenbank werden große Mengen an Informationen in Tabellen zusammengefaßt und kategorisiert. Die Unterteilung der Datensätze in einzelne Felder erfolgt zur Strukturierung der Daten und um diese später einzeln abfragen oder miteinander in Relation setzen zu können. Weit verbeitete Softwarelösungen für Datenbanken sind z. B. Oracle, MYSQL, PostgreSQL, mSQL und SQL. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

58 OVID-Kurzanleitung Die erste Fassung der OVID-Anleitung wurde von Elise Büttner, 6. Semester Ernährungswissenschaften, im Sommer 2012 im Rahmen ihrer Tätigkeit als studentische Hilfskraft in der Wissenschaftlichen Informationsstelle angefertigt Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

59 Suchmaske bei OVID Leider kann man derzeit (Stand: 12. September 2012) bei den OVID-Datenbanken nicht besonders effektiv nach Begriffen wie z.B. „Vitamin A“ suchen, weil diese nicht als Phrase angesehen werden. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

60 Trefferliste bei OVID Vitamin A Nur Vitamin wird auch gefunden.
Leider auch nur A. Der Plural wird hier nur durch das A mit erfaßt. Die Trefferliste zeigt im obigen Beispiel die Ergebnisse bei der Suche nach „Vitamin A“. Bei ISI Web of Knowledge (also z.B. im Web of Science) kann man sehr gut nach „Vitamin A“ als Phrase suchen und „A“ wird auch nicht mehr als Stoppwort betrachtet. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

61 Detailanzeige eine Dokuments bei OVID
Die Detailanzeige sieht bei allen bibliographischen Datenbanken analog aus. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

62 6.3. Web of Science Für die Uni Jena sind im Web of Science freigeschaltet: Science Citation Index Expanded (1945-jetzt) Social Sciences Citation Index (1956-jetzt) Arts & Humanities Citation Index (1975-jetzt) Der Web of Science umfaßt den Zeitraum ab 1900, die Uni hat den Web of Science aber nur für die o.g. Zeiträume erworben! Die Datenbank „ Web of Science „ kann man im Direktzugriff nutzen. Man erreicht sie unter folgender Adresse : Unter dieser Adresse hat man außerdem die Möglichkeit, in den ISI Proceedings (ab 1990) oder dem Journal Citation Report zu recherchieren. Eine Anleitung zur Recherche im Web of Science findet man hier : Beim Web of Science handelt es sich im eine bibliographische Datenbank, d.h. sie beinhaltet bibliographische Angaben, eine Zusammenfassung zu jeder Literaturstelle und Stichwortfelder. Wenn vorhanden, findet man Links zum Volltext des entsprechenden Artikels. Aber: wenn man aus dieser (oder anderen) Datenbank(en) nicht zum Volltext gelangt, dann bedeutet dies nicht unbedingt, das ein Volltext für die jeweilige Einrichtung nicht vorhanden ist. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

63 Möglichkeiten der Recherche im Web of Science
Suche mit Stichworten Cited Reference Search (ausgehend von einer Publikation nach solchen, die diese zitieren) Select a Database: Über ISI Web of Kowledge kann man auch in Medline recherchieren. Vorteil: die vom Web of Science gewohnte Oberfläche Mit der vom Web of Science gewohnten Oberfläche kann man auch in anderen Datenbanken, z.B. in Medline, recherchieren. Neben der gewohnten Oberfläche ist von besonderer Bedeutung, das man damit alle Funktionalitäten die ISI Web of Knowledge bietet (z.B. zum Verfeinern der Suche) nutzen kann. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

64 Erweiterte Suche (Advanced Search)
Bei der erweiterten Suche können vorangegangene Suchschritte miteinander verknüpft werden. Bei der erweiterten Suche kann man die einzelnen Suchschritte miteinander verknüpfen und sich somit eine optimale Suchstrategie erarbeiten. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

65 Trefferliste im Web of Science
Auf der linken Seite der Trefferliste hat man die Möglichkeit zum Verfeinern der Recherche (Refine). In den einzelnen Kategorien kann man sich bei „More Options“ weitere Angaben zum Verfeinern anzeigen lassen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

66 Suchergebnisse verfeinern
Mit Refine Results kann man die Suchergebnisse verfeinern Man kann z.B. bestimmte Fachgebiete auswählen (oder auch ausschließen!) Durch die Angabe von Kategorien und Unterkategorien ist es recht einfach, die Recherche zu verfeinern und somit die Trefferquote zu erhöhen. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

67 Ausschnitt aus der Detailanzeige eines Dokuments
Möglichkeiten der Recherche im Web of Science: Search Die Suchmaske besteht aus mindestens 3 Zeilen, diese können beliebig ergänzt werden (Add Another Field) Topic Suche im Aufsatztitel, in der Zusammenfassung und den Stichwortfeldern Title Suche im Titel Author Nachname Leertaste Initiale, bis zu 5 Researcher ID Editor Suche nach dem Herausgebern Group Author Publication Name Suche nach dem Namen der Publikation DOI Suche nach dem Dokument Identifier Year Published Unterschied zu Zeitraum auf der Einstiegsseite ! Adress Institution, häufig in abgekürzter Form Language es erscheint eine Auswahlmaske Dokument Type es erscheint eine Auswahlmaske Funding Agency Grant Number Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

68 Beispiel: H-Index von Stephen F. Altschul
Es wurde ein H-Index von 38 ermittelt…. Mit der Funktion Create Citation Report wird automatisch eine Analyse der Zitierungen des jeweiligen Autors gemacht und tabellarisch dargestellt. Der H-Index wird ermittelt und in der Übersicht rechts oben angezeigt. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

69 Übungsaufgaben Serie 2: Datenbanken im Uni-Netz, Web of Science
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Übungsaufgaben Serie 2: Datenbanken im Uni-Netz, Web of Science In Medline wurde bereits eine Recherche zum Thema „ Rekonstruktion des metabolischen Netzwerkes bei E. coli“ durchgeführt. Notieren Sie geeignete Maskierungen für die Durchführung der obigen Recherche im Web of Science. Bei welchen Begriffen ist eine Phrasensuche zu bevorzugen? Führen Sie diese Suche dann im Web of Science durch. Wählen Sie für die Recherche diese Einstellungen für den Zeitraum und die Datenbanken: Speichern Sie das Ergebnis als History. In Kapitel 2.3. haben Sie bereits erfahren, welche Maskierungen im Web of Science möglich sind. Diese Kenntnisse können Sie nun anwenden und eine Suchstrategie für die Recherche im Web of Science erstellen. Maskierungen sollte man aber immer eher sparsam verwenden. In Einzelfällen kann es besser sein, wenn man die einzelnen Begriffe separat aufführt und mit OR verknüpft. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

70 Übungsaufgaben zu Tag 2: Datenbanken im Uni-Netz, Web of Science (2)
2. Führen Sie eine Autorensuche zu Altschul SF or Altschul Stephen F durch. Wieviel Publikationen gibt es von Herrn Altschul? Welche seiner Publikationen wurde am Meisten zitiert? Wie lautet der H-Index von S.F. Altschul? Der H-Index ist ein bibliometrisches Maß, welches auf Zitationen der Publikationen eines Autors beruht Er wurde 2005 von Jorge E. Hirsch vorgeschlagen:Jorge E. Hirsch (2005): An index to quantify an individual's scientific research output - Der H-Index beinhaltet eine Aussage zu der Anzahl der Publikationen eines Autors, die mindestens die gleich hohe Anzahl von Zitierungen aufweisen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

71 Übungsaufgaben Serie 2: Datenbanken im Uni-Netz, Web of Science (2)
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Übungsaufgaben Serie 2: Datenbanken im Uni-Netz, Web of Science (2) Führen Sie die Recherche zum Thema „ Rekonstruktion des metabolischen Netzwerkes bei E. coli“ bei ISI Web of Knowledge nun in Medline durch. Welche Unterschiede gibt es zur Suche bei PubMed/Medline? Medline kann man bei ISI ab 1950 recherchieren. Wie sieht das bei PubMed aus? Datenbanken, wie z.B. Medline, findet man bei verschiedenen Anbietern. Im Grunde liegt die gleiche Datenbank vor, aber es gibt z.T. unterschiedliche zeitliche Abdeckungen. Auch intern andere Recherchekonzepte (wie z.B. in SciFinder) können zu unterschiedlichen Ergebnissen führen. Daher sollte man bei Literaturrecherchen immer genau angeben, in welchen Datenbanken man mit welcher zeitlichen Abdeckung und genau welcher Recherchestrategie gesucht hat. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

72 6.4. SciFinder Mit SciFinder kann man browserbasiert arbeiten, für Updates ist keinerlei Softwareinstallation notwendig. Seit Februar 2008 kann an der Uni Jena mit der browserbasierten Ausgabe von SciFinder gearbeitet werden. Der Nutzer braucht keine Software zu installieren (wie vordem noch bei der Clientversion von SciFinder) und kann von überall Zugriff auf „seine“ SciFinder-Oberfläche haben. Aktualisierungen erfolgen automatisch, werden aber immer in der internationalen SciFinder-Liste (SciFinderTalk: und den Internet-Seiten des Chemical Abstract Service (http://www.cas.org/products/scifindr/index.html) angekündigt. Der Zugang zu SciFinder ist auf die Arbeit im Uni-IP-Adressbereich beschränkt. Außerhalb des Uni-Netzes muß daher der VPN-Client verwendet werden. Die gesamte SciFinder-Anleitung findet man unter dieser Adresse! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

73 Die Datenbanken in SciFinder
CAplus Bibliografische Datenbank > 37 Mio. Einträge ab ca.1800 (inkl. Patente) MEDLINE Biomedizinische Informationen > 22 Mio Einträge ab 1949 CASreact > 62,4 Mio. Einstufen- und Mehrstufen-Reaktionen ab 1840 Registry > 70 Mio. organische und anorganische Verbindungen > 64 Mio. Sequenzen Chemcats > 72 Mio Käufliche Substanzen > 1105 Kataloge, > 975 Händler Chemlist Regulated CHEMicals LISTing > , Informationen zu chemischen Substanzen aus nationalen, US-amerikanischen und internationalen Verzeichnissen und Regelwerken Informationsquellen für die CAS-Datenbanken Artikel aus über Zeitschriften: - rund 1500 wichtige chemische Zeitschriften werden cover-to-cover ausgewertet . CAplus Core Journal Coverage List: CAPlus enthält auch Patente von derzeit 63 Patentämtern, Informationen zu den Modalitäten der Patentaufnahme findet man hier: Artikel sind in ca. 60 Sprachen publiziert Artikel aus verschiedenen Medien (Bücher, Hochschulschriften, Elektronische Zeitschriften, E-Preprints etc.) täglich werden ca neue Referenzen in CAplus eingetragen Medline wird 4 x pro Woche aktualisiert Eine Übersicht über die aktuellen Inhalte der einzelnen CAS-Datenbanken bekommt man hier : Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 73

74 Abmeldung über Sign Out
Zugang zu SciFinder über das Internet …weil es so schön aussieht: Sign In: https://scifinder.cas.org/scifinder SciFinder kann man jetzt direkt über einen Browser nutzen. Diese Version ermöglicht die Nutzung von SciFinder an allen Computern der Einrichtung bzw. außerhalb der Uni über den VPN-Client ohne Installation eines separaten Clients für SciFinder. Die Nutzung erfolgt im Rahmen einer Lizenzvereinbarung der Einrichtung. Vor der allerersten Nutzung dieser Version ist eine einmalige Registrierung bei CAS erforderlich. Die Registrierungsprozedur wird auf den folgenden Folien näher beschrieben. Abmeldung über Sign Out Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 74

75 Für Username und Password bitte keine Umlaute verwenden!
Registrierung bei CAS Dieser Link führt zur Registrierung bei CAS: https://scifinder.cas.org/registration/index.html?corpKey=C F3-F00A BA0191B9037 Die fettgedruckten Felder müssen ausgefüllt werden. Für die Registrierung muß man sich im Uni-Netz befinden bzw. über den VPN-Client mit der Uni verbunden sein und eine Uni- - Adresse verwenden! Dieser Link führt zum Registrierungsformular: https://scifinder.cas.org/registration/index.html?corpKey=C F3-F00A BA0191B9037 Die fettgedruckten Angaben müssen ausgefüllt werden. Mit einer -Adresse kann man sich nur 1x als Benutzer anmelden. Für Username und Password bitte keine Umlaute verwenden! Bitte die Sicherheitsfrage und die Antwort darauf unbedingt notieren oder merken! Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 75

76 Registrierung bei CAS (2)
Die Registrierung und die anschließende Verifizierung (nach Erhalt eines -Links) müssen innerhalb von 48 h und am selben PC gemacht werden! Nach der Registrierung bekommt man automatisch eine Bestätigungs- von CAS. In der ist ein Link angegeben. Mit diesem wird die Registrierung vervollständigt. Damit ist der Benutzername und das Paßwort freigeschaltet und man kann dann damit unter dieser Adresse SciFinder aufrufen: https://scifinder.cas.org/scifinder Hinweise für das Passwort: - Bitte keine Umlaute verwenden!!! - Mindestens 7 Zeichen, höchstens 15, muss mindestens zwei Zeichen enthalten die nicht im Nutzernamen vorkommen und drei dieser vier Bedingungen erfüllen: enthält Buchstaben - Groß- und Kleinschreibung - enthält Zahlen - enthält mindestens ein Sonderzeichen Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät

77 Timeout Der Zugang zu SciFinder besteht rund um die Uhr (außer Samstagnacht!). Ein automatisches Timeout erfolgt derzeit nach 20 min. Vorher wird man noch 1x gefragt ob man die Sitzung aktiv behalten möchte. Alles, was man bis dahin nicht gespeichert hat, ist aber nicht verloren, sondern wird als „Autosaved Answer“ gespeichert. Beim nächsten Aufruf von SciFinder kann man mit dieser Antwort weiterarbeiten oder diese speichern. Wenn man mehrere Treffer aus der Trefferliste markiert hat und bei „Tools“ Full Text anklickt, dann wird man zu CAS Full Text Options weitergeleitet. Hier gibt es ein Timeout nach 20 Minuten. Wenn man bei SciFinder eingeloggt ist, aber einige Zeit nicht mit dem Programm arbeitet , dann erfolgt ein Timeout. Bei CAS Full Text Options gibt es ein Timeout nach 20 Minuten. Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 77

78 Stellen Sie die richtigen Fragen bei der Suche mit SciFinder Explore References/Research Topic
Man kann in SciFinder (im Gegensatz zu anderen Datenbanken!) mit nahezu natürlichsprachigen Suchanfragen arbeiten Recherchetips: Thema in einzelne Komponenten (Hauptgedanken) zerlegen Begriffe durch geeignete Präpositionen (of, in, with, by) trennen. redundante und zu allgemeine Worte (wie z.B.control ,analysis, determination, examination, test, detection, search, study) besser weglassen: statt: steroid analysis with hplc besser: hplc of steroids mit einer mehr allgemeinen/umfassenden Suche starten und anschließend mit Refine by verfeinern (Eingeben weiterer oder speziellerer Suchworte) Schrittweise Suchen! Zentrale Fragen bei der Recherche in SciFinder: Wie interpretiert das System meine Suchfrage? Wie setzt es die natürlichsprachige Frage in einen Recherchealgorithmus um? Schauen Sie sich die vorgeschlagenen Antwortsets gut an: Konzepte „as entered“ - Worte „wie eingegeben“ (als Phrase) Konzepte „closely associated“ - Worte innerhalb eines Satzes Konzepte „ anywhere in the reference“ - Suchworte irgendwo im Record Nur mit klaren fachlichen Vorstellungen vom Suchgegenstand können relevante Suchbegriffe gewählt werden. Eine gewisse Vertrautheit mit dem Thema ist zum Formulieren der Suchfrage unbedingt nötig! Vermeiden Sie die Verwendung von Wortgruppen, es sei denn, Sie sind sicher, dass die Begriffe nur als genaue Phrase (wie eingegeben) vorkommen sollen. Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät

79 Häufige Fehler bei Suche mit SciFinder Explore References/Research Topic
Beim Suchstart werden zu spezielle Fragen gestellt. Zu viele Begriffe (Konzepte) werden eingegeben. Nutzer kann die große Vielfalt der möglichen Suchworte für sein Suchthema nicht richtig einschätzen und sucht folglich nicht mit genügend Synonymen. Adjektive in der Suchanfrage, die für mehrere Substantive gelten sollen, werden nur einmal eingegeben. (falsch: I am interested in chiral reduction or hydrogenation) (richtig: I am interested in chiral reduction or chiral hydrogenation) Suchworte werden mit AND verknüpft, obwohl eigentlich OR gemeint ist (HPLC of steroids and alkaloids statt HPLC of steroids or alkaloids) Formulieren von Fragestellungen zu Patenten, Firmen, Zeiträumen, Dokumententypen schon bei der Start-Suchfrage (I am interested in Patente zum Thema A von Autor B) Zu frühes Einschränken anstatt bei großer Treffermenge mit Analysis bzw. /Refine by zu arbeiten Es ist nicht möglich, eine Recherche nach einem bestimmten Thema zu starten und dabei nur in bestimmten Zeitschriften zu suchen. Eine solche Recherche erfolgt in mehreren Schritten: Suche nach Thema A Einschränken mit Analysis  Zeitschriftentitel (Journal Name) Eventuelles weiteres Einschränken mit Refine by  Publication Years auf bestimmte Zeiträume Das Suchthema können Sie nahezu in natürlicher Sprache in Englisch eingeben. Suchworte, die durch Präpositionen wie as, by, of, on, at, in ... verbunden sind, werden dicht nebeneinander stehend (Closely related) gesucht. Suchen Sie z.B. Artikel zum Missbrauch anaboler Steroide, so verwenden Sie bitte nicht „anabolic steroids AND abuse" sondern „abuse of anabolic steroids" Platzhalter (Wildcards) wie * ? # gibt es nicht. SciFinder sucht selbständig nach möglichen Wortenden, Mehrzahl, Abkürzungen usw. Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät

80 Start der Suche / Einstellungen vor Recherchebeginn
Lizenzbestimmungen bitte aufmerksam durchlesen! Die Einstellungen bleiben für den jeweiligen Nutzer permanent erhalten! Voreinstellungen: Die Benachrichtigung per für Keep Me Posted- Ergebnisse ist voreingestellt, man kann sie aber ausschalten. Mit My Suppliers kann man sich bevorzugte Lieferanten auswählen. Es kann das automatische Entfernen von Duplikaten aus Medline permanent eingestellt werden Festlegen der zukünftigen Startseite. Wie gewohnt beginnt die Nutzung des SciFinder mit der Bestätigung der Lizenzbedingungen. Bei den Voreinstellungen (Preferences) ist es möglich anzugeben, mit welcher Seite SciFinder jeweils beim Aufruf der Datenbank starten soll: Explore References (Suche nach Literaturstellen/Patenten über eine Suche mit Stichworten, Autoren, Firmen, Patentnummern) Explore Substances (Suche nach chemischen Verbindungen über den Namen, die CAS-Registry-Nummer, die Summenformel bzw. über eine (Sub-)Struktursuche bzw. die Suche nach Markush-Strukturen. Explore Reactions (Suche nach Reaktionen über die Struktur) Außerdem kann man auswählen, ob man über Ergebnisse eines Keep Me Posted per benachrichtigt werden will. Achtung: Das ist nur an dieser Stelle möglich, beim Einrichten des „Keep me posted“ nicht mehr! Man kann auch das automatische Entfernen von doppelten Einträgen permanent voreinstellen. Die Duplikate werden ausschließlich aus MEDLINE entfernt. Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 80

81 Start einer thematischen Suche (Explore References) und „Advanced Search“
Das Logo fungiert gleichzeitig als Link zum Start einer neuen Suche. Die Pfeiltasten des Browsers sollte man dagegen möglichst nicht benutzen! Die Suche kann gleich am Anfang eingeschränkt werden. Das wird allerdings als Advanced Search bezeichnet… Mehrfachangaben sind möglich! Gleich zu Beginn der Suche kann man Einschränkungen angeben: Publikationsjahre Dokumententyp(en) Sprache(n) Autorenname Firmenname Ein Klick auf das SciFinder-Logo links oben ruft während/nach einer Recherche wieder die eingestellte Startseite auf, so dass mit einer neuen Suche begonnen werden kann. Natürlich geht das auch mit Anklicken der Suchmöglichkeiten bei Explore (References / Substances / Reactions). Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 81

82 Auswahl passender Konzepte
As entered: eingegebene Suchphrase wurde genauso gefunden. Closely associated: Suchworte kommen in einem Satz zusammen vor (enthält „as entered“) und sind maximal 25 Wörter voneinander entfernt. Anywhere in the reference: Suchworte kommen irgendwo im Dokument vor (enthält „closely associated “). Sie erhalten nach der Suche gestufte, alternative Ergebnismengen, die sogenannten Konzepte (Research Topic Candidates). Schauen Sie sich die Liste der von SciFinder vorgeschlagenen Konzepte sorgfältig an, um zu sehen, wie Ihre Suchanfrage interpretiert wurde. Im Zweifelsfall probieren Sie eine andere Variante der Suchfrage aus.   Denken Sie daran: Der intelligente und kreative Teil des Systems sind Sie. Nur wenn Sie die Suchfrage richtig stellen, werden befriedigende Antworten geliefert. Nach der Auswahl geeigneter Konzepte kann man sich aus der Trefferliste Artikel auswählen und sich die Angaben näher anschauen. Zu den Konzepten und der Recherche: die Suche sollte maximal 7 Konzepte beinhalten pro Konzept maximal 8 Begriffe maximal 40 Wörter für eine Textsuche Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 82

83 Trefferliste im Standard - Format
Die Trefferliste enthält einige Angaben zum jeweiligen Treffer (Titel, Autor, Zeitschrift mit Erscheinungsjahr, die Datenbank und Ausschnitte aus der Zusammenfassung. Man kann sich jetzt bis zu 100 Dokumente auf 1 Seite anzeigen lassen. Außerdem stehen 3 Anzeigeformate für die Trefferliste zur Auswahl: - nur bibliographische Angaben (1 Strich) bibliographische Angaben mit max. 600 Zeichen beim Abstract (2 Striche) bibliographische Angaben mit vollständigen Abstract (3 Striche). Bei Auswahl bleiben diese Einstellungen bis zur nächsten Veränderung permanent bestehen. Eine Suche kann weiter verfeinert werden bzw. man kann eine neue Suche im Feld Research Topic links unter „Refine by“ starten. Mit Keep Selected können Trefferlisten mit ausgewählten Ergebnissen erstellt werden. Diese Auswahlmöglichkeit findet man bei Tools. Die Detailanzeige kann man durch Anklicken des jeweiligen Titels aktivieren. Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 83

84 Vollständiger Nachweis einer Textstelle
Die Buttons Previous / Next ermöglich das Vor-und Zurückblättern in der Trefferliste aus der Detailanzeige eines Dokuments heraus. Mit dem Return-Button oder der Suchverlaufsanzeige kommt man zurück zur Trefferliste. So sieht der vollständige Nachweis einer Textstelle aus (Reference Detail). Im Mittelteil findet man Titel, Autor und Zusammenfassung. Auf der rechten Seite gibt es die Details zu den bibliographischen Angaben, z.B. Source (Quelle), Accession Number und Language (Sprache). Die Buttons in der Trefferliste (References) unterscheiden sich etwas von denen in der Detailanzeige (Reference Detail): Bei References gibt es den Button „Tools“. Bei „Tools“ kann man auswählen: Remove Duplicates Combine Answer Sets Add Tag Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 84

85 Zugriffe auf Volltexte in SciFinder
Der Zugriff auf Volltexte ist über Get Full Text bzw. Full Text bei einem Treffer der Trefferliste oder Get Full Text aus der Detailanzeige zu einer Referenz möglich. Beim Anklicken des Full Text-Buttons wird eine Verbindung zu Chem-Port hergestellt. Im Idealfall erfolgt dann eine Verlinkung automatisch sofort zum pdf- Dokument des Volltextes. Man kann aber auch zur Verlagsseite geleitet werden und kommt dort (wenn die Einrichtung eine entsprechende Lizenzvereinbarung mit dem Verlag für die entsprechende Zeitschrift abgeschlossen hat) zum gewünschten Artikel. Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 85

86 Export und Save: Speichern der Suchergebnisse
SAVE: Pro Login-ID können maximal 50 Antwortsätze für die Verwendung in späteren Recherchen bzw. für ein „Combine“ bei CAS gespeichert werden. Geben Sie zum Speichern einen Dateinamen an und wählen Sie den Dateityp aus: Citation Export Format Dieses Format ist ein Standard-Format für den Export in Literaturverwaltungsprogramme. Es werden aber weniger Daten eines Eintrags übertragen als z.B. beim Tagged-Format! Answer Key eXchange Speicherung von Antwortsätzen mit bis zu Dokumenten auf dem Server von CAS im akx-Format Portable Format bzw. rtf-Format Exportformate , bis zu 500 Dokumente in 1 Datei beim Summary-Format und max. 100 beim Detail-Format! Answer Keys Speichert die AN-Nummern bei Textstellen und die RN-Nummer bei Substanzen und ggf. den Datenbanknamen in einer Textdatei (maximal 500 AN-Nummern oder 5000 kommerzielle Produkte. Für Reaktionen gibt es dieses Exportformat nicht! Tagged-Format für Import in EndNote, Reference Manager, ProCite u. a. Literaturverwaltungsprogramme Quoted Format für Weiterverarbeitung mit Excel, Lotus Notes, Microsoft Access usw. EXPORT dient zum lokalen Speichern von Suchergebnissen auf dem eigenen Rechner (zum Import in Textverarbeitungsprogramme, zur Weiterverwendung in Texten usw.). Dabei gibt es unterschiedliche Export-Formate. Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 86

87 Export-Formate Citation Manager: bei allen hier aufgeführten Formaten kann man maximal 100 Dokumente in einer Datei speichern. Offline review: Im Summary- Format kann man höchstens 500 Dokumente als rtf oder pdf auf einmal in einer Datei speichern, im Detail-Format sind es dagegen nur maximal 100 Treffer. Seit dem Release vom 14. September 2009 stehen mehrere Speicherformate für das Summary Format zur Verfügung. Jetzt kann man sowohl allein die bibliographischen Angaben speichern oder ausdrucken, als auch die bibliographischen Angaben mit einer vollständigen Zusammenfassung. Das Format Summary with partial Abstracts speichert nur maximal 600 Zeichen von der Zusammenfassung, daher kann man es nicht empfehlen! Seit August 2011 kann man Antworten auch innerhalb eines Bereichses (Range) speichern, z.B. die Dokumente 5-24. Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 87

88 Übungsaufgaben Serie 3: SciFinder
Elektronische Fachinformationen für Bioinformatiker Übungsaufgaben Serie 3: SciFinder In Medline und im Web of Science wurde bereits eine Recherche zum Thema „ Rekonstruktion des metabolischen Netzwerkes bei E. coli“ durchgeführt. Notieren Sie 2 verschiedenen Recherchestrategien für die Suche zum o.g. Thema in SciFinder. Gemeint ist damit eine Suche bei Research Topic in einem Satz und eine zunächst allgemeinere Suche zur Netzwerkrekonstruktion mit anschließendem Verfeinern der Suche (Refine). Führen Sie für beide Recherchestrategien eine Testrecherche in SciFinder durch und vergleichen Sie die Ergebnisse. Bekommt man unterschiedliche Ergebnisse bei der Suche nach E. coli bzw. Escherichia coli? In SciFinder muß man durch eine Vorrecherche ermitteln, ob und welche Synonyme wirklich automatisch berücksichtigt werden. Im Zweifelsfall sucht man Synonyme durch Aufzählung in Klammern mit Komma getrennt. Zum Beispiel: Heart disease (coronary disease, cardio-vascular disease) Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

89 Übungsaufgaben zu Tag 3: SciFinder (2)
2. Suchen Sie in SciFinder nach Literatur zum Thema “Rekonstruktion des metabolischen Netzwerkes bei E. coli“. Wählen Sie das Konzept „closely associated“ aus und entfernen Sie die doppelten Einträge. Sortieren Sie die Ergebnisse nach dem Publikationsjahr (voreingestellt ist: Accession Number) Was stellen Sie bei einem Analyze by „CAS Registry Number“ fest? Bekommt man den Artikel „ Basic and applied uses of genome-scale metabolic network reconstructions of Escherichia coli. McCloskey, Douglas; Palsson, Bernhard O; Feist, Adam M. Molecular Systems Biology (2013), 9, 661“ an der FSU Jena als Volltext? Den Konzepten kommt bei SciFinder eine große Bedeutung zu. Wenn man z.B. nach mehreren Substanzen gleichzeitig sucht, dann sollte man sich die Konzepte genau ansehen und nur die Zutreffenden auswählen. SciFinder sucht in diesen Fällen auch nach jedem Begriff einzeln, das sieht man deutlich an den Trefferzahlen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

90 7. Von der Datenbankrecherche zum Volltext
7.1.Elektronische Zeitschriftenbibliothek Volltexte von Zeitschriften sind für die Uni elektronisch verfügbar wenn: es entsprechende Lizenzvereinbarungen mit der Uni gibt die Zeitschriften generell oder im Rahmen von Nationallizenzen frei zur Verfügung stehen Im Fachinformationsportal findet man unter dem Menüpunkt Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung auch den Zugang zur Elektronischen Zeitschriftenbibliothek der FSU Jena. Elektronische Zeitschriftenbibliothek der FSU: - Volltexte von Zeitschriften elektronisch verfügbar - bestimmte Zeitschriften, abhängig von den jeweiligen Lizenzverträgen der ThULB - unterschiedliche Jahrgänge verfügbar Ob eine Zeitschrift elektronisch verfügbar ist, muß von Zeit zu Zeit überprüft werden, da sich Lizenzverträge immer mal ändern. Nationallizenzen: Für eine Reihe von älteren Zeitschriftenjahrgängen besteht seit Sommer 2006 der elektronische Zugriff über eine Nationallizenz. Nationallizenzen gibt es darüber hinaus u.a. auch für bibliographische Datenbanken ( z.B. Biological Abstracts ). Stand: 1. Oktober 2012 Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

91 7. Von der Datenbankrecherche zum Volltext
7.2. Zeitschriftendatenbank ( ZDB Subito ) Zur Bestellung von Artikeln muß man sich bei Subito registrieren. Zur Recherche in der ZDB genügt das kostenlose Login (subito als Benutzername und als Paßwort). Wie nutzt man SUBITO ? Unter der Adresse muß man sich als Nutzer registrieren lassen und kann dann die Dienste von Subito nutzen. Ohne Registrierung kann man für die Suche auch diesen Zugang verwenden: Login: subito Passwort: subito Man kann in der Zeitschriftendatenbank recherchieren und anschließend die bibliographischen Daten des gewünschten Artikels in ein Bestellformular eintragen. Die Dokumente bekommt man über SUBITO per , Post oder Fax. Im Normaldienst kostet ein Artikel per Post oder Fax 6,50 EUR und 5,- bzw. 6,- EUR per . Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

92 Zeitschriftensuche Neben Zeitschriftenstandorten kann man bei SUBITO auch nach Büchern und einzelnen Aufsätzen (z.B. aus einer Monografie) suchen. Neben der „Einfachen Suche“ gibt es auch die „Erweiterte Suche“. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

93 Zeitschriftendatenbank: Trefferliste
Man kommt bei der Suche entweder direkt zur gesuchten Zeitschrift oder zu einer Liste. Aus dieser Liste kann man dann die gewünschte Zeitschrift auswählen. Bei elektronischen Zeitschriften wählt man die „ Regensburger Liste „ : Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

94 Kopienversand mit DRM (Digital Rights Management)
Für jede Zeitschrift gibt es neben der Normalanzeige auch die Vollanzeige. Bei der Vollanzeige bekommt man umfangreiche Angaben zur jeweiligen Zeitschrift, z.B. zur Sprache der Zeitschrift etc.. Das Neue Urheberrecht seine Konsequenzen und Auswirkungen Das zweite Gesetz zur Regelung des Urheberrechts in der Informationsgesellschaft („2. Korb“) wurde vom Bundesrat am 21. September 2007 gebilligt und tritt zum 1. Januar 2008 in Kraft. Mit dem Inkrafttreten des Gesetzes wird subito die Dokumentlieferung den neuen gesetzlichen Bestimmungen anpassen. In Deutschland ist dann auf gesetzlicher Basis für alle Kundengruppen grundsätzlich nur noch die Dokumentlieferung auf dem Post- und Faxwege möglich. Die Lieferung einer Grafik-Datei (PDF-Datei) ist nur noch dann zulässig, wenn der Verlag keinen Onlinezugang zu diesem Artikel anbietet. Maßgeblich verantwortlich für diese Einschränkung ist der neu gefasste Artikel 53a UrhG, der zur Regelung der Privatkopie (§53 UrhG) ergänzt wurde. Erweiterung: Seit dem 4. Feburar 2008 können Aufsatzkopien einzelner Verlage wieder als PDF oder über das DRM-System (Digital Rights Management) geliefert werden. Dafür wurden entsprechende Lizenzverträge mit den Verlagen abgeschlossen. Eine Übersicht über die aktuellen Lizenzverträge findet man hier: Negativbeispiel: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

95 Frei verfügbare Artikel oder Hefte
In Zeitschriften sind zuweilen einzelne Artikel oder einzelne Hefte frei verfügbar. Daher lohnt es sich auch bei roten Ampeln in der elektronischen Zeitschriftenbibliothek und dem jeweiligen Band/Heft nachzusehen. Bei einer roten Ampel in der Elektronischen Zeitschriftenbibliothek sieht man nicht, ob einzelne Artikel oder Hefte vielleicht frei verfügbar sind. Daher heißt die Devise: nachsehen! Alternativ kann man den Titel der Publikation in einer Suchmaschine eingeben und kann dann recht einfach feststellen, ob der Artikel kostenfrei zur Verfügung steht. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

96 Suche nach Volltexten im Internet und beim MPI
Gesucht wurde folgender Artikel : Where are Bottlenecks in NK Fitness Landscapes? Sebastien Verel, Philippe Collard and Manuel Clergue Evolutionary Computation, 2003, Die Uni hat keine Lizenz für die elektronische Ausgabe dieser Zeitschrift und das MPI in Jena ebenfalls nicht. Die Suche mit Google ergibt einen Link zum Volltext bei arXiv.org, der Artikel ist somit frei verfügbar. Es lohnt sich ! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

97 Suche in Zeitschriftenarchiven der Verlage
Beispiel : Science Direct Die Verlage bieten die Möglichkeit der Suche in ihrem Datenbestand, z.B. Zeitschrifteninhaltsverzeichnisse, Bücher oder spezielle Datenbanken. Bei Science Direct kann man zwischen einer Einstiegsuche ( Quick Search ), einer einfachen Suche ( Basic Search ) oder einer erweiterten Suche ( Advanced Search ) wählen. Vorteilhaft ist, das man bereits Publikationen findet, die sich noch im Druck befinden. Allerdings ist der Datenbestand in jedem Fall auf das entsprechende Verlagsangebot beschränkt Hier findet man aber nur Publikationen die im jeweiligen Verlag erschienen sind. Vorteil: man findet Vorabpublikationen und sehr neue Artikel zum Teil schon bevor sie in den Datenbanken erscheinen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

98 8. Zitieren in wissenschaftlichen Texten: generelle Hinweise
Die Regeln für das Zitieren sind von Fachgebiet zu Fachgebiet unterschiedlich. Bitte konsultieren Sie auch den Betreuer. Der Betreuer kann Ihnen dann einschlägige Fachzeitschriften, die als Vorbild für das Literaturverzeichnis dienen können, nennen und auch Hinweise zum bevorzugten Zitierstil geben. Beispiele für Zitierstile: In der Ökologie z.B. nach den Zeitschriften Ecology oder Oikos Lehrstuhl für Ernährungsphysiologie: Journal of Nutrition. Lehrbereich Biochemie der Ernährung: Universitaet_Jena (Output Style in EndNote) Es ist empfehlenswert, sich beim Betreuer zu erkundigen, ob es Richtlinien für das Zitieren gibt. Wenn es keine verbindlichen Festlegungen dazu gibt, dann kann man sich an die bisher üblichen Verfahrensweisen halten. Wichtig ist aber immer, das man eine Zitierweise durchgängig für die gesamte Arbeit verwendet. Zitieren nach DIN 1505: physik/didaktik_physik/materialien/ materialschlichting/ zitierregeln.pdf Alle im Text direkt oder indirekt zitierten Quellen werden am Ende der Bachelorarbeit in einem Literaturverzeichnis gesammelt angegeben. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

99 Zitieren in wissenschaftlichen Texten (2)
Verfasser-Jahr-Zitierweise (Amerikanische Zitierweise) Bei dieser Zitierform wird die Quelle direkt nach dem Zitat vermerkt. Beispiel: …haben ZHANG et al. (2006) und ENDERLING (2009) untersucht. Von GERLEE und ANDERSON (2009) wurde ein individuenbasiertes Modell für das Tumorwachstum entwickelt . Es ist auch diese Zitierweise möglich: Es wurde ein individuenbasiertes Modell für das Tumorwachstum entwickelt (Gerlee und Anderson 2009). Zu den Tutorials in LOTSE sind Skripte in der LOTSE Toolbox vorhanden: So gibt es z.B. das Skript zu den Zitierregeln: Außerdem findet man hier eine sehr schöne Übersicht zu verschiedenen hilfreichen Programmen rund um das Thema Literaturarbeit. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

100 Zitieren in wissenschaftlichen Texten (3)
Beispiel: Zitierstil nach Ecology oder Oikos Literaturverzeichnis Enderling, H., D. Park, L. Hlatky, and P. Hahnfeldt The Importance of Spatial Distribution of Stemness and Proliferation State in Determining Tumor Radioresponse. Mathematical Modelling of Natural Phenomena 4: Gerlee, P. and A. R. A. Anderson Evolution of cell motility in an individual-based model of tumour growth. Journal of Theoretical Biology 259:67-83. Zhang, L., C. A. Athale, and T. S. Deisboeck Development of a three-dimensional multiscale agent-based tumor model: simulating gene-protein interaction profiles, cell phenotypes and multicellular patterns in brain cancer. Journal of Theoretical Biology 244: Die Fachbereiche bevorzugen z.T. unterschiedliche Zitierstile. Zumeist orientiert man sich an ausgewiesenen Zeitschriften für das jeweilige Fach. Es ist also in jedem Fall sehr hilfreich, wenn man den Betreuer dazu befragt. Die Zitierstile für unterschiedliche Zeitschriften findet man in den Literaturverwaltungsprogrammen, z.B. bei EndNote: Bibliographic Output Style Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

101 Zitieren in wissenschaftlichen Texten (4)
Numerische Zitierweise (Deutsche Zitierweise) Beispiel: Die numerische Zitierweise ist in den Naturwissenschaften weniger verbreitet. Die Literatur wird nach Zahlen geordnet am Ende der Arbeit als Literaturliste angelegt. Die Zitate werden in numerischer Reihenfolge angegeben. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

102 Zitierung von Internetquellen
Literatur zum Thema: Bleuel, Jens (2000): Zitation von Internet-Quellen. Geplant zur Veröffentlichung in: Hug, Theo, Hg.: Wie kommt die Wissenschaft zu ihrem Wissen?. Band1: Einführung in das wissenschaftliche Arbeiten [Buch und CD-ROM]. Hohengehren: Schneider Verlag Und Online in Internet: PURL: URL: [PDF-Datei]. Beispiel: Familienname, Vorname (Jahreszahl): Titel des Beitrags. In: Internetquelle (Datum des Quellenzugriffs). z. B.: O´Connor, Eiken / Karl, Jonathan (1997): Whitehouse conference to spotlight child care. In: ( ). Quelle: Leitfaden_wissenschaftliches_Arbeiten.pdf Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

103 Beschriften von und Zitieren bei Abbildungen und Tabellen
Wenn Abbildungen (oder Tabellen) aus einer anderen Publikation verwendet, gibt man darunter die Quelle an: (Quelle: OCKENGA, 2012, S. 240) Die vollständige Quelle gibt man dann im Literaturverzeichnis an. Ockenga, J.: Ernährungstherapie bei akuter und chronischer Pankreatitis Aktuelle Ernährungsmedizin 2012; 37(04): DOI: /s Grundsätzlich werden Abbildungen und Tabellen im Fließtext einheitlich bezeichnet und mit einer durchlaufenden Nummerierung versehen. Dabei gilt: „Abbildung“ bzw. „Tabelle“, dann ein (ggf) „:“ und dann eine sprechende Bezeichnung der Abbildung bzw. Tabelle. Abbildung und Tabellen werden nie ohne Angabe einer Quelle in einen Text eingefügt. Zur Quelle: Für das Kurzzitat gelten die zuvor genannten Vorgaben. Sollte es sich um eine selbst erstellte Abbildung bzw. Tabelle handeln: „Eigene Erhebung“ bzw. „Eigene Erstellung“ bzw. „Eigene Berechnung“, dann ein Beistrich und dann das Jahr der Erstellung, Berechnung etc. . Wenn Darstellungen von AutorInnen abgeändert werden, ist dies wie folgt zu kennzeichnen: (Quelle: nach OCKENDA, 2012, S. 240; eigene Überarbeitung, 2013) Jede Tabelle muss für sich verständlich sein, ohne dass der Text der übrigen Arbeit gelesen werden muss (Achsen beschriften, Einheiten angeben). Auf alle Tabellen, Abbildungen, etc. muss im Text verwiesen werden. Zitat (leicht abgewandelt) aus: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

104 Formulierungen in wissenschaftlichen Texten
Gutes Deutsch (oder Englisch), d.h. kein Laborjargon, kein Denglisch… Alle Begriffe sollten soweit wie möglich in der Ausgangsprache verwendet werden. Abkürzungen sollte man nur verwenden, wenn man sie vorab erklärt hat. Ein Abkürzungsverzeichnis ist immer sinnvoll. Generell sollte man sparsam mit Abkürzungen umgehen. Für die wenigsten Begriffe gibt es in der jeweiligen Fremdsprache keine übliche Übersetzung. Man sollte daher immer versuchen, so viel wie möglich in der Sprache zu arbeiten, in der die jeweilige Publikation verfaßt ist. Falsch wäre also: „…ist eine short chain Dehydrogenase“. So ist es z.B. auch bei Vorträgen in deutscher Sprache nicht angebracht, englischsprachige Folien zu verwenden (und umgekehrt). Es gibt zunehmend Tendenzen, Deutsch in deutschsprachigen Ländern auch wieder als Wissenschaftssprache zu etablieren. Argumente dazu kann man hier nachlesen: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

105 Was Formulierungen bedeuten können (1)
Diese und die 2 folgenden Folien wurden dankenswerterweise von Heike Göbel (IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät) zur Verfügung gestellt. Sie stammen aus dem Material: Literaturarbeit. Was passiert nach einer Recherche? faculties/chgeo/Dekanat/IVS/elfibiogeowiss3.pdf Die Zitate stammen von dieser Seite: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

106 Was Formulierungen bedeuten können (2)
Die Zitate stammen ebenfalls von dieser Seite: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

107 Hilfreiche Literatur Hans Friedrich Ebel, Claus Bliefert, ISBN:
Wiley-VCH, Weinheim, 2009 Ewald Standop, Matthias Meyer ISBN: Quelle & Meyer, 2008 Hans Friedrich Ebel, Claus Bliefert, Walter Greulich ISBN: Wiley-VCH, Weinheim, 2006 Nach weiteren Büchern u.a. zu diesen Themen kann man z.B. im Online Katalog der ThULB suchen: Als Ergänzung zum Thema Vorträge: Zitat: „das war mein Leitfaden für die Arbeit, super zu empfehlen, kostengünstig und schnell durchzuarbeiten, sehr ausführlich für experimentelle Arbeiten --> Ergebnisauswertung etc.“ Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

108 Keine Treffer Relevanzkontrolle Überlegung:
1. Gibt es Synonyme oder ähnliche Begriffe, nach denen zusätzlich gesucht werden kann (OR-Verknüpfung)? 2. Suchbegriffe in Singular und Plural gesucht? 3. Begriffssuche in anderen Sprachen sinnvoll? 4. Falsche Schreibweise? 5. Suchbegriff zu speziell? 6. Nicht geeigneter Suchbegriff für die Datenbank? Wenn man nicht gerade eine geniale Entdeckung gemacht hat oder selber etwas patentieren will, dann ist es sehr unwahrscheinlich bei einer Literaturrecherche gar nichts zum Thema zu finden. Null oder nur sehr wenige Treffer sollten einem daher zu denken geben. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

109 Relevanzkontrolle (2) Zu viele Treffer Überlegung: 1. Aktualität des Themas?! 2. Suchbegriff zu allgemein ? 3. Können weitere Begriffe ausgeschlossen werden, um die Ergebnismenge zu verkleinern (NOT-Verknüpfung)? 4. Können weitere Begriffe hinzufügt werden (AND- Verknüpfung), um die Ergebnismenge zu verkleinern? Zu wenig Treffer 1. Frage nach der Aussagekraft der Suchwörter? 2. Sind die Informationen wirklich in der verwendeten Datenbank zu erwarten? Es werden auch Themen für Bachelorarbeiten vergeben, die außerordentlich umfangreich sind. Wenn man dann keine sinnvollen Eingrenzungen findet (z.B. zeitlicher Art oder durch Beschränkungen auf Organismen, Substanzen, etc.), dann kann die Wahl eines neuen Themas durchaus sinnvoll sein. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

110 9. Literaturverwaltung Mit Literaturverwaltungsprogrammen können Sie Ihre persönliche Literaturdatenbank aufbauen und organisieren, Referenzen aus Katalogen, bibliographischen Datenbanken und dem Internet importieren sowie Zitate in Ihre wissenschaftliche Arbeit einfügen und Literaturverzeichnisse erstellen. Programme wie Citavi dienen nicht nur zur Literaturverwaltung, sonder darüber hinaus auch zur Wissensorganisation. Literatur – und andere Sammlungen werden verwaltet und strukturiert. Der Anwender wird in allen Schritten bis hin zur Publikation unterstützt. Aus einzelnen Programmen sind auch Recherchen in entsprechenden Datenbanken oder Katalogen möglich. Citavi ist für Dissertationen, Publikationen und auch für anspruchsvolle Examensarbeiten geeignet. Es unterstützt Studierende und Forschende bei Vorarbeiten (Recherche, Titelerfassung, Auswertung der Texte) und erleichtert kreative Arbeit: die Wissensorganisation, die Ordnung von Ideen und Zitaten und den flexiblen Auf- und Ausbau der inhaltlichen Struktur. (Zitat der Universität Zürich zur Campuslizenz für Citavi) JabRef ist ein Open-Source-Literaturverwaltungsprogramm, es setzt das BibTeX-Format ein, welches das Standardformat für Literaturdatenbanken für LaTeX darstellt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

111 Literaturverwaltungsprogramme
Programme mit Landeslizenzen (http://www.uni-jena.de/URZ_Software_Lizenz_Service.html) EndNote X Citavi Citavi_LV.html Es gibt auch kostenfreie Literaturverwaltungsprogramme, z.B.: Citavi Free Litw3 JabRef Programme wie Citavi dienen nicht nur zur Literaturverwaltung, sonder darüber hinaus auch zur Wissensorganisation. Literatur – und andere Sammlungen werden verwaltet und strukturiert. Der Anwender wird in allen Schritten bis hin zur Publikation unterstützt. Aus einzelnen Programmen sind auch Recherchen in entsprechenden Datenbanken oder Katalogen möglich. Citavi ist für Dissertationen, Publikationen und auch für anspruchsvolle Examensarbeiten geeignet. Es unterstützt Studierende und Forschende bei Vorarbeiten (Recherche, Titelerfassung, Auswertung der Texte) und erleichtert kreative Arbeit: die Wissensorganisation, die Ordnung von Ideen und Zitaten und den flexiblen Auf- und Ausbau der inhaltlichen Struktur. (Zitat der Universität Zürich zur Campuslizenz für Citavi) JabRef ist ein Open-Source-Literaturverwaltungsprogramm, es setzt das BibTeX-Format ein, welches das Standardformat für Literaturdatenbanken für LaTeX darstellt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

112 Anleitungen zur Literaturverwaltungsprogrammen
Citavi-Anleitung (Heike Göbel, IVS Chemie) Kurzanleitung zu Endnote X7: Auf den Internetseiten der Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät bzw. im Fachinformationsportal gibt es Anleitungen zu Citavi und EndNote. Schulung zu Citavi: Heike Göbel (IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät) Tel.: Schulungen zu Literaturverwaltungsprogrammen führen auch Mitarbeiter der ThULB durch. EndNote: Dr. Corina Driesch Vertretung bis ca. September 2014: Basil Simon Marti Tel.: / Citavi: Dr. Hans-Martin Moderow Tel: / Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

113 Handbuch „Informationsmanagement mit EndNote“
Für den Zugang zu diesem Handbuchs ist eine vorherige Registrierung erforderlich über Nach der Anmeldung wird eine Aktivierungsmail zugesandt, die bestätigt werden muss.   Dieses Handbuch ist sehr informativ und erläutert ausführlich die Funktionalitäten von EndNote. Leider kann man Details nicht einfach ausdrucken. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

114 Vergleich von Literaturverwaltungsprogrammen
Auf den Seiten der TU München findet man einen sehr ausführlichen Vergleich verschiedener Literaturverwaltungsprogramme: Für welches Literaturverwaltungsprogramm man sich letztlich entscheidet, hängt von vielen Faktoren ab (Verfügbarkeit in der jeweiligen Einrichtung, das gewählte Betriebssystem, womit arbeiten Fachkollegen, etc.). Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

115 EndNote und Citavi Beide Programme sind derzeit als Landeslizenzen an der Friedrich-Schiller-Universität Jena verfügbar. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

116 Import von Daten aus SciFinder in EndNote
Treffer in SciFinder im Tagged-Format speichern - siehe SciFinder-Anleitung: In EndNote File/Import/File anklicken In SciFinder kann man die Ergebnisse mit Export lokal speichern. Für den Import in Literaturvetwaltungsprogramme muß man beim Export das Tagged-Format wählen. Voreingestellt ist das Citation export format (*.ris). Hierbei werden aber nicht alle Felder, die es in SciFinder gibt, übertragen (siehe : https://scifinder.cas.org/help/scifinder/R14/ris_format.htm). Wer alle Informationen aus der Datenbank im Literaturverwaltungsprogramm haben möchte, der sollte lieber auf das Tagged-Format zurückgreifen (https://scifinder.cas.org/help/scifinder/R14/tagged.htm). Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

117 Export aus WOS EndNote-Datenbank auswählen in die die
Treffer importiert werden sollen, dann im Web of Science die Treffer markieren und EndNote-Button anklicken. Durch den EndNote-Button ist die Übernahme von Rechercheergebnissen aus dem Web of Science denkbar einfach. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

118 Zitierungen im Text und Übernahme in das Literaturverzeichnis
Style: Euro J Nutrition Vorgehensweise: Publikationen in EndNote markieren In Word mit Insert Citation/Insert selected citation(s) einfügen Weiteren Text in Word schreiben und bei einem neuen Zitat den Vorgang wiederholen Das sieht dann z.B. so aus: Mit einem Literaturverwaltungsprogramm ist es denkbar einfach, ein Literaturverzeichnis für die jeweilige Arbeit (Bachelorarbeit, Masterarbeit, Doktorarbeit oder eine Publikation) innerhalb eines Textverarbeitungsprogramms (z.B. Open Office oder Word 2010) zu erstellen. Es gibt vorgefertigte Zitierstile, die z.B. an die Vorgaben von Zeitschriften angepaßt sind. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

119 Zitierungen im Text und Übernahme in das Literaturverzeichnis (2)
Dieser Textteil wurde nachträglich eingefügt. Man kann jederzeit weitere Zitate im Text einfügen. Die Quellen für dies Zitate erscheinen dann automatisch an der richtigen Stelle im Literaturverzeichnis. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

120 Literaturverzeichnis bearbeiten
Beispiel: Output Style Universitaet_Jena.ens Falsch: Titel komplett in Großbuchstaben Aus: Ein Leitfaden zum Erstellen wissen­schaftlicher Abschlussarbeiten (Prof. Lorkowski, 2013) Sowohl beim Import von Referenzen aus Online-Datenbanken als auch während der Konvertierung der Referenzen durch Literaturverwaltungsprogramme kann es zu Fehlern in der Formatierung der Quellen im erstellten Literaturverzeichnis kommen. Daher ist eine Kontrolle des erstellten Literaturverzeichnisses essentiell! Häufige Fehler sind: Falsche Schreibweise der Zeitschrift Beispiel: Bmc Molecular Biology statt BMC Molecular Biology Durchgängige Verwendung von Großbuchstaben im Titel Beispiel: Buers I, Hofnagel O, Lorkowski S, Robenek H. TIP47 IS INVOLVED IN MACROPHAGE FOAM CELL FORMATION. Atherosclerosis Supplements 2009; 10(2):e1439. Großschreiben des ersten Buchstaben eines Wortes im Titel Beispiel: Buers I, Robenek H, Lorkowski S, Nitschke Y, Severs NJ, Hofnagel O. TIP47, a Lipid Cargo Protein Involved in Macrophage Triglyceride Metabolism. Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology 2009; 29(5):767-U323. Fehlende Umlaute Beispiel: Wagner A, Mnich K, Jahreis G, Lorkowski S, Birringer M. Detection of alpha-tocopheryl phosphate in human plasma following intervention with natural alpha-tocopheryl phosphate or a dietary supplement. Free Radical Research 2009; 43:57. Diese Fehler sind meist durch die Art der Eintragung in den Online-Datenbanken bedingt und werden nicht durch das verwendete Programm verursacht. Die Korrektur muss daher abschließend manuell entweder durch eine Änderung im Quelleneintrag im Literaturverwaltungsprogramm oder im final erstellten Literaturverzeichnis erfolgen. Falsch: Artikel beim Zeitschriftentitel Bearbeitetes Literaturverzeichnis Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

121 Import von Literaturstellen aus dem Web of Science in Citavi
Aus einigen Programmen wird der direkte Export von Literaturstellen in bestimmte Literaturverwaltungsprogramme unterstützt. Prinzipiell ist es aber immer möglich, die Literaturstellen in ein beliebiges Literaturverwaltungsprogramm zu übertragen. Zunächst erfolgt die Recherche im Web of Science. Die gewünschten bibliographischen Angaben werden mit „Save to other Reference Software“ gespeichert. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

122 Speichern und Import in Citavi
Die Literaturverwaltungsprogramme verfügen über Importprogramme mit Filtern für die verschiedenen Datenbanken bei unterschiedlichen Anbietern: z.B. SciFinder (CAS) Medline (STN) Scisearch (STN) Web of Science (OVID) Man wird von Citavi gefragt, welches Format die bibliographischen Daten haben. Wenn man schon einen Textfilter für Web of Science angelegt hat, dann braucht man diesen nur anzuklicken. Anschließend klickt man auf „In das Projekt übernehmen“. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

123 Übernahme der Titel in Citavi
Es werden Zusatzdaten vorgeschlagen, die man mit übernehmen kann. Dann werden die ausgewählten Titel in das Projekt übernommen. Eine Sicherungskopie der geänderten Projekte kann hilfreich sein! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

124 Import einer Textdatei in Citavi
Eine Textdatei wird eingelesen. Man kann nun nur einzelne Titel markieren oder alle Titel übernehmen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

125 10. Checkliste für die Recherche nach wissenschaftlicher Literatur
Auswahl geeigneter Stichworte anhand des Themas Recherche in SciFinder: CAPlus und Medline (natürlichsprachige Eingabe in Englisch möglich) – SciFinder ermittelt automatisch gängige Synonyme, berücksichtigt unterschiedliche Schreibweisen, benötigt keine Maskierungen = Vorrecherche zur Erweiterung der Stichwortliste Je besser die Vorbereitung einer Recherche ist, desto besser ist das Ergebnis! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

126 3. Recherche in Datenbanken von STN International durchführen lassen
Checkliste (2) 3. Recherche in Datenbanken von STN International durchführen lassen Termin in der Wissenschaftlichen Informationsstelle vereinbaren Stichworte in Englisch mitbringen 4. Weitere eigene Recherchen in geeigneten Datenbanken, z.B. BIOSIS/Biological Abstracts, CAB Abstracts, Web of Science, Zoological Record Bei einem Datenbankanbieter, wie z.B. STN International, kann man in relativ kurzer Zeit in allen relevanten Datenbanken gleichzeitig recherchieren (lassen). Man hat bei einem Datenbankanbieter eine Oberfläche und eine einheitliche Suchsprache für alle Datenbanken. Das spart viel Zeit! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

127 Direkt aus den bibliographischen Datenbanken (Volltext-Buttons)
Checkliste (3) 5. Volltextbeschaffung Direkt aus den bibliographischen Datenbanken (Volltext-Buttons) In der Elektronischen Zeitschriftenbibliothek (EZB) In der Zeitschriftendatenbank (ZDB): auch Bestände des MPI berücksichtigen Suche mit Titel des Artikels im Internet (Suchmaschine) zum Auffinden frei verfügbarer Artikel (Open Access oder ältere Artikel, die frei verfügbar sind) Auch Artikel, die nur elektronisch im Internet verfügbar sind, müssen so zitiert werden, das sie wieder auffindbar sind. Wenn möglich also den DOI (Digital Object Identifier) angeben. DOI schafft ein System, das ein Objekt selbst identifiziert – nicht den Ort oder die Ressource, unter der es (momentan) abgelegt ist. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

128 Checkliste (4) 6. Übertragen der Rechercheergebnisse in Literaturverwaltungsprogramme (z.B. Citavi, EndNote etc.) notwendig: Speichern der Ergebnisse aus den Datenbanken in geeigneten Formaten (z.B: Tagged-Format) Oder direkte Speicherung aus der Datenbank heraus, z.B. Web of Science  EndNote/ EndNoteWeb Im Zweifelsfall ist es besser, die Rechercheergebnisse auch als txt-Datei zu speichern. Damit sollten die gängigen Literaturverwaltungsprogramme kein Problem haben. Wenn es allerdings spezielle Formate (z.B. das Tagged-Format in SciFinder) für den Import in Literaturverwaltungsprogramme gibt, dann sollte man diesen den Vorzug geben. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

129 Übungsaufgaben zu Tag 4: Volltexte, Literaturverwaltung
Korrigieren Sie die Angaben in der linken Spalte für das Literaturverzeichnis bzw. Text: Angaben aus Datenbanken oder Zeitschriften Richtige Schreibweise im Literaturverzeichnis… Bmc Molecular Biology BMC Molecular Biology TIP47 IS INVOLVED IN MACROPHAGE FOAM CELL FORMATION. TIP47 is involved in macrophage foam cell formation. TIP47, a Lipid Cargo Protein Involved in Macrophage Triglyceride Metabolism. TIP47, a lipid carco protein involved in macrophage triglyceride metabolism. Wagner A, Mnich K, Jahreis G, Lorkowski S, Birringer M Wagner A, Münich K, Jahreis G, Lorkowski S, Birringer M Toelle, Markus; Pawlak, Alicja; Schuchardt, Miriam Tölle, Markus; Pawlak, Alicja; Schuchardt, Miriam The Journal of Nutrition Journal of Nutrition Untersuchungen mit Mineralsalz hergestellter Fleischwaren… Untersuchungen von Fleischwaren, die mit Mineralsalz hergestellt waren. Eine Agenten-basierte Plattform… Eine agentenbasierte Plattform… Erläuterungen zu den obigen Korrekturen: Der Zeitschriftentitel wird BMC … geschrieben. Wenn es falsch in der Datenbank steht, dann übernimmt das Literaturverwaltungsprogramm es auch falsch und daher ist der Eintrag dann manuell in der Literaturliste zu korrigieren. In Überschriften werden häufig in der englischen Schreibweise Wörter mit Großbuchstaben geschrieben, die eigentlich in Kleinschreibung auftauchen sollten. Auch hier ist eine manuelle Korrektur erforderlich. Wenn bei Autorennamen die Umlaute komplett weggelassen werden oder umschrieben (z.B. oe oder o für ö) werden, dann ist auch dies zu korrigieren. Artikel beim Zeitschriftentitel haben nichts im Literaturverzeichnis zu suchen. „Untersuchungen mit Mineralsalz hergestellter Fleischwaren“ ist ein Originaltitel. Den hat man im Literaturverzeichnis natürlich auch so zu zitieren. Wenn man aber einen solchen Satz im Text verwenden will, dann ist die korrekte Schreibweise anzuwenden. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

130 Übungsaufgaben zu Tag 4: Volltexte, Literaturverwaltung
Von einer Publikation sind folgende Angaben bekannt: Bookstein et al., 2004, The geometry of anthropometrics. Wie lauten die vollständigen bibliographischen Angaben (Autoren, Titel, Quelle) 3. Übertragen Sie das gespeicherte Ergebnis der Recherche im Web of Science vom 2. Tag in ein Literaturverwaltungsprogramm. Wichtige Hinweise für das eigene Literaturverzeichnis: Nicht abschreiben! Der Vorgänger hat garantiert Fehler übernommen oder selber welche gemacht. Literaturangaben immer prüfen. Die Erstellung von Literaturlisten aus Literaturverwaltungsprogrammen kann helfen, Fehler zu vermeiden. Nachtrag zur vorangegangenen Folie: Innerhalb eines Satzes heißt es „agentenbasierte Modellierung“. Der Begriff ist (noch) kein Eigenname und daher wird „agenten“ auch nicht mit großem Anfangsbuchstaben geschrieben und auch nicht mit Bindestrich. Details kann man hier nachlesen: (4. September 2013) Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

131 Übungsaufgaben zu Tag 4: Volltexte, Literaturverwaltung (2)
4. Suchen Sie in der Zeitschriftendatenbank (http://www.subito-doc.de, Login und Paßwort: subito) nach diesem Artikel: An extended bioreaction database that significantly improves reconstruction and analysis of genome-scale metabolic networks Stelzer, Michael; Sun, Jibin; Kamphans, Tom; Fekete, Sandor P.; Zeng, An-Ping Integrative Biology (2011), 3(11),  Steht dieser Volltext für die Uni Jena zur Verfügung? Bei welcher Lieferbibliothek könnte man ihn bestellen? Wenn bestimmte Zeitschriften nicht für die Uni Jena lizensiert sind, dann kann man z.B. beim MPI nachsehen, ob in der dortigen Bibliothek die gewünschte Zeitschrift zur Verfügung steht. So kann der Weg in die MPI-Bibliothek helfen, Kosten für die Fernleihe oder eine Bestellung bei Subito zu sparen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik


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