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Blockkurs Literatursuche an der FSU für Biochemiker und Biologen

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Präsentation zum Thema: "Blockkurs Literatursuche an der FSU für Biochemiker und Biologen"—  Präsentation transkript:

1 Blockkurs Literatursuche an der FSU für Biochemiker und Biologen
Rechercheaufgabe Blockkurs Literatursuche an der FSU für Biochemiker und Biologen Stand: 29. September 2011

2 Recherchethema Welche humanen Kandidatengene mit Einfluß auf den Fettstoffwechsel wurden im Zeitraum publiziert? Stichworte des Wissenschaftlers: Humans; Genome-Wide Association Study; Obesity, genetics; Adiposity Fat Metabolism; Polymorphism, Single Nucleotide Genetic Predisposition to Disease, genetics; Body Mass Index; Body Size, genetics; Body Weight, genetics; Chromosome Mapping;

3 Weitere Informationen zur Recherche
Hauptaspekt: Genome-Wide Association Study Referenzartikel: Speliotes et al. 2010 PubMed-ID: Datenbank für Kandidaten-Gene:

4 Tag 1: PubMed, Zeitschriftendatenbank
Wie lauten die vollständigen bibliographischen Angaben (Autor, Titel, Quelle) zu PMID ? Gibt es in PubMed Publikationen zu „Genome-Wide Association Study“? Welche Abkürzung gibt es für diesen Begriff? Ist es sinnvoll, die Recherche bei Limits auf „Humans“ einzugrenzen? Wie gelangt man zum Volltext zu obiger Publikation? Suchen Sie die Zeitschrift in der Zeitschriftendatenbank: (Login und Paßwort: subito)

5 Tag 2: Web of Science Maskierungen Generell gilt:
Maskierungen sparsam einsetzen und nur dort, wo sie wirklich gebraucht werden. Nicht z.B. fuer bee bzw. bees Bee$ Ergibt zwar bee/ bees, aber auch beef beer sugar beet etc.

6 Web of Science: SAME-Operator
cellulose SAME wood: SAME-Operator verwenden um Begriffe zu finden wie wood cellulose, cellulose from wood, wood-based cellulose,etc. Kaposi* SAME sarcoma* verwenden, um Begriffe, die einen Apostroph enthalten und verwandte Begriffe zu finden, z.B. Kaposi's sarcoma, Kaposis sarcoma, Kaposi sarcoma Mit SAME verknüpfte Begriffe werden im Titel, im selben Satz im Abstract oder in der selben Stichwort-Phrase gefunden!

7 Web of Science: Boolsche Operatoren
Klammern verwenden bei mehreren Wörtern, die mit logischen Operatoren verknüpft werden, z.B: (Antibiotic OR Antiviral) AND (Alga* OR Seaweed) nicht: Antiviral AND Alga* OR Seaweed Man findet dann auch:

8 Suchmöglichkeiten im Web of Science
Suche im Topic bzw. Title: Basic local alignment search tool Nicht als Phrase: 266 Als Phrase: 243 Suche als Phrase im Titel: 2 Autorensuche: Altschul SF: 60 Publikationen Create Citation Report: H-Index: 37 Höchste Zitierung: Title: BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL Author(s): ALTSCHUL SF; GISH W; MILLER W; et al. Source: JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY  Volume: 215   Issue: 3   Pages:   DOI: /jmbi   Published: OCT

9 Suchmöglichkeiten im Web of Science (2)
Cited references Search Altschul SF J Mol Biol 1990 View Record Volltext-Links Advances Search #3 and #5 (Altschul SF and „Basic local alignment search tool“): 1 Search History Combine Man kann maximal 30 Antwortsätze als History speichern!

10 Übungen im Web of Science
Genome-wide association study genome-wide association studies genome-wide assocn. studies Genome-wide assocn. studies (GWAS) genome-wide assocn. (GWA) studies Genome-wide assocn. scans (GWAS) genome-wide assocn. studies (GWASs) Suchen Sie „Genome-Wide Association Study“ als Phrase und mit der in PubMed ermittelten Abkürzung für diese Studie. Für die o.g. Studie gibt es diverse Schreibweisen (siehe Textblock). Berücksichtigen Sie diese mit Maskierungen und Nachbarschafts-operatoren.

11 Übungen im Web of Science (2)
3. Finden Sie die Publikation „Association analyses of 249,796 individuals reveal 18 new loci associated with body mass index“ im Web of Science? Vergleichen Sie das Ergebnis der Suche im Topic als Phrase und nicht als Phrase 4. Wie oft wurde der o.g. Artikel zitiert? 5. Wie viele Artikel der Erstautorin Speliotes EK findet man im Web of Science? 6. Wie hoch ist der H-Index von E.K. Speliotes?

12 Suche nach „genome wide assoc* stud*“
study bzw. studies ist jetzt kein Stopwort mehr und wird somit mitgesucht!

13 Beispielrecherche: STN International
GENOME WIDE ASSOC? STUD###

14 Beispielrecherche: STN International (2)
L GENOME WIDE ASSOC? STUD### OR GWAS L BMI OR OBESITY OR FAT OR BODY MASS INDEX OR OBESITY OR ADIPOSIT? L /PY L L1 AND L2 AND L3 SCISEARCH= Web of Science

15 Recherchestrategien in SciFinder
Synonyme cancer, neoplasm, carcinoma, tumor, carcinogenesis Alternative Wortformen freeze, froze, frozen, freezing Irreguläre Pluralformen woman, women mice, mouse, mouses CAS Standard-abkürzungen oxidation, oxidn preparation, prep Amerikanische und britische Schreibweisen synthesize, synthesise color, colour Trunkierung bei bestimmten Wortstämmen Wörter mit mindestens 5 Buchstaben, die auf –tion enden: depletion = deple… Wörter mit der Nachsilbe (Suffix –able, -ed, - ing: solvable =solv… Wörter, die mit –e enden: game = gam… (daraus wird dann z.B. gamma) SciFinder sucht automatisch nach Synonymen, alternativen Schreibweisen, Pluralformen und verwendet Trunkierungen: - Vorteile: einfach - „Nachteile“: Kenntnisse der Regeln sind notwendig Im Gegensatz zur Recherche in anderen Datenbanken (wie z.B. Web of Science, Biological Abstracts etc.) braucht man sich bei der Recherche im SciFinder keine Gedanken über Maskierungen, Abkürzungen, Synonyme oder verschiedene Schreibweisen im britischen und amerikanischen Englisch zu machen. Bei der Auswahl eines allgemeinen Konzepts (also nicht „as entered“) muß man allerdings beachten, das manchmal auch ganz andere Begriffe aus einem Wortstamm entstehen können. Das Ergebnis der Recherche sollte daher unbedingt immer auf Relevanz geprüft werden! Ein Bespiel: Verwendung des Suchbegiffs „MENTION“ „mention as entered“: mention The concept „mention“: findet auch, z.B. -MeNQ / mental / mentioned / mensurated / Mendelian / Mendeleje men Aber: men not mention- the concept men, but not the concept mention ist nicht = Null, man findet z.B. man - Menthol / menopause / Michaelis-Menten / Meniere‘ disease Mentolum / Mentha haplocalyx / meningioma / meningitis MEND-CABG - Menkes / Menthfuran / mensiscus / menu

16 Tag 3: Suchmöglichkeiten in SciFinder
Research Topic-Suche (Explore References) Basic local alignment search tool 2 Konzepte: as entered, the concept Suche nur im Titel ist nicht möglich! Anwers per page / Display Sort by: Acsession number (voreingestellt) Tools: Remove Duplicates (oder: Preferences) Keep Selected Full Text References Save / Print / Export Get cited (Retrieve references that cited in this record.) Get citing (Retrieve references citing this record.)

17 Richtig formulieren ist (k)eine Kunst

18 Suchmöglichkeiten in SciFinder (2)
Generell: Analyze / Refine Combine Autorensuche: Altschul SF Keep Me Posted Suche nach Substanzen (Explore Substances) z.B. die 60millionste Sunstanz in Registry: RN

19 Übungsaufgaben zu SciFinder
Wie formulieren Sie die Recherche zu Genome-Wide Association Study in Zusammenhang mit dem Fettstoffwechsel für Research Topic in SciFinder? Es soll wieder nur der Zeitraum der letzten 2 Jahre berücksichtigt werden, die Stichwörter sollen eng miteinander verbunden sein (closly associated). Entfernen Sie die doppelten Einträge und speichern Sie das Ergebnis als Antwortsatz. Schauen Sie die die Formulierungen zu GWAS an, was fällt Ihnen dabei auf?

20 Übungsaufgaben zu SciFinder (2)
4. Suchen Sie nun nur mit GWAS in Zusammenhang mit BMI, , closly associated Speichern Sie das Ergebnis als Antwortsatz 5. Machen Sie mit den Antworten von 3. und 4. ein Combine Als OR-Verknüpfung Als Exclude (Antwort 4 not 3) 6. Sind im Ergebnis der Oder-Verknüpfung der obigen Suche Reviews? (Refine, Document Type(s): Review)

21 Übungsaufgaben zu Literaturverwaltungsprogrammen
1. Legen Sie in EndNote und Citavi eine neue Datei an und benennen Sie diese GWAS. 2. Suchen Sie im Web of Science nach „Genome-Wide Association Study“ and BMI. 3. Speichern Sie die Trefferliste mit „Save to EndNote“ bzw. Save (Save to other Reference Software).

22 Übungsaufgaben zu Literaturverwaltungsprogrammen (2)
4. Markieren Sie im Literaturverwaltungsprogramm die Autoren von A-C. 5. Fügen Sie diese in Word ein (für EndNote: Insert Selected Citation(s)) und ändern Sie dann mit „Format Bibliography“ die Ausgabe für verschiedene Zeitschriften (z.B. FEBS Biology).


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