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Keine Änderung bei Bereitstellung wissenschaftlicher Literatur bis 30

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Präsentation zum Thema: "Keine Änderung bei Bereitstellung wissenschaftlicher Literatur bis 30"—  Präsentation transkript:

1 Keine Änderung bei Bereitstellung wissenschaftlicher Literatur bis 30
, UB Düsseldorf https://www.uni-due.de/ub/urheberrecht/

2 Neue Internetseiten der Uni Jena
angepasst an Desktop, Tablet, Smartphone Ab 1. April 2017 inklusive der Startseiten der Fakultäten. Die neuen Startseiten der Fakultäten werden im Uni-Mandanten eingebunden. Seiten verpflichtend bis in die 2. Inhaltsebene in Deutsch und in Englisch (Startseite der Uni ist die Ebene 0, Startseite der Fakultät ist ebenfalls die Ebene 0).

3 Neue Internetseiten der Uni Jena (2)
Informationen zum Relaunch-Projekt: In Anlehnung an das Corporate Design der Uni. Beispiel siehe: https://tu-dresden.de

4 Möglichkeiten der Datenbankrecherche am Beispiel der Schnee-Eule
Vortrag im Rahmen der Vorlesung „Versuchsplanung in der Ökologie „ 5. Januar 2017 Für Masterstudenten liegt der Schwerpunkt der heutigen Veranstaltung auf der Thematik „Recherchestrategien“. Die Kenntnis der wichtigsten Datenbanken zur Suche nach wissenschaftlicher Literatur wird zwar vorausgesetzt, es befinden sich in der elektronischen Version des Begleitmaterials aber auch einige zusätzliche Informationen rund um Datenbanken und Volltextbeschaffung für Naturwissenschaftler. Zum Foto: Die Schnee-Eule wurde am 25. September 2016 im Zoo Dresden fotografiert. Dr. Ina Weiß, Wissenschaftliche Informationsstelle im Lehrstuhl Bioinformatik der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät Stand: 5. Januar 2017 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

5 0. Vorstellung Die Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl Bioinformatik Angebote der Wissenschaftlichen Informationsstelle Schulungen zu Datenbanken Datenbankrecherchen bei Datenbankanbietern ( z.B. STN International ) Informationen zu Datenbanken, Fachinformationen allgemein und Volltextbestellungen Und so erreichen Sie die Wissenschaftliche Informationsstelle : Friedrich-Schiller-Universität Jena, Biologisch – Pharmazeutische Fakultät Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Dr. Ina Weiß Ernst-Abbe-Platz 2 ( Raum 3402, 4. Etage ), Jena Tel. : / Fax : / Homepage: Die Wissenschaftliche Informationsstelle besteht seit 1991 und gehört seit Mai 2003 zum Lehrstuhl Bioinformatik der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät. Schulungen zu Datenbanken und Recherchen bei Datenbankanbietern werden jedoch nach wie vor für die gesamte Fakultät angeboten. Das Angebot zur Durchführung von Recherchen beim Datenbankanbieter STN International ist an die Existenz des Landesvertrages gekoppelt. Für die Recherchen werden Stichworte in Englisch benötigt und es muss ein Termin mit der Wissenschaftlichen Informationsstelle vereinbart werden. Termine werden in der Regel kurzfristig vergeben. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

6 Gliederung des Vortrages :
Einführung zum Thema Suche nach wissenschaftlicher Literatur Rechercheangebote Recherchestrategien Geeignete Datenbanken, Literaturverwaltung Checkliste für die Suche nach wissenschaftlicher Literatur Kurse 2017 Anhang: weiterführende Informationen zu Datenbanken (z.B. Zugang zu SciFinder und Volltexten, Literaturverwaltung, VPN) Die Punkte 5-7 sind z.T. zum Selbststudium gedacht und dienen zur Ergänzung. Zu Beginn eines neuen Themas steht man vor diversen Problemen: Wer hat bereits etwas zu dem Thema, das ich bearbeiten will, publiziert? Wie finde ich alle relevanten Artikel (möglichst schnell und möglichst vollständig)? Wie gelange ich zu den Volltexten? Wo muss ich suchen? Welche Datenbanken sind wichtig für mein Thema? Wie verwalte ich die Literatur und meine Ergebnisse? Diese Präsentation (mit ergänzenden Informationen) finden Sie hier: Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

7 Vorgaben für Abschlussarbeiten in der Ökologie
Dieser Leitfaden gilt für alle Studenten, die ihre Bachelor- oder Masterarbeit im Lehrstuhl von Prof. Halle schreiben. Im Leitfaden findet man viele wichtige Hinweise zum Erstellen einer Abschlussarbeit. Prof. Halle stellt sein Material gern zur Verfügung. Es ist jedoch ausdrücklich untersagt, den Link zum Leitfaden und den Leitfaden selber im Internet oder in sozialen Medien zu verbreiten! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

8 „Wann soll ich das alles lesen?“
Man benötigt Literatur für eine Qalifizierungsarbeit- wie geht man vor? Zu einem gegebenen Thema (z.B. der Bachelorarbeit, Masterarbeit, Doktorarbeit) möchte man sich einen Überblick über die bereits bekannten Publikationen verschaffen… Thema: Zur Ökologie der Schnee-Eule (Literaturübersicht) Was tun? In die Bibliothek gehen? Wenn man eine Qualifizierungsarbeit beginnt oder auch ein neues Forschungsthema, dann ist vorab in jedem Fall eine Recherche zum derzeitigen Wissensstand erforderlich. Man muss sich also zunächst einmal ein wenig inhaltlich mit dem Thema befassen und herausfinden, welche wissenschaftlichen Publikationen es bereits gibt. „Wann soll ich das alles lesen?“ Quelle: Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

9 Im Rahmen eines Landesvertrages
2. Rechercheangebote Im Rahmen eines Landesvertrages mit dem Datenbankanbieter STN International (www.stn-international.de) können Recherchen für Studenten, Doktoranden und Mitarbeiter durchgeführt werden. Die Recherchen für die Biologisch-Pharmazeutische Fakultät erfolgen in der Wissenschaftlichen Informationsstelle, bitte Termin vereinbaren und Stichworte in Englisch mitbringen. Dr. Ina Weiß, oder Telefon: Recherchen in den Datenbanken von STN International im Rahmen des Landesvertrages sind aus Kostengründen nicht für Endnutzerrecherchen zugelassen. Das bedeutet, das Interessenten sich an die jeweiligen Einrichtungen ihrer Hochschule wenden müssen, die Recherchen innerhalb des Landesvertrages durchführen dürfen. An der Friedrich-Schiller-Universität Jena werden Recherchen für Studenten, Doktoranden und Mitarbeiter der Uni in den Informationsstellen der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät und der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät, im Patentinformationszentrum und in der ThULB durchgeführt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

10 Recherche bei STN International
=> S(EARCH) SNOWY OWL# OR NYCTEA SCANDIACA OR BUBO SCANDIACUS OR BUBO SCANDIACA  => s l1 L FILE BIOSIS L FILE SCISEARCH L FILE CABA L FILE ESBIOBASE L FILE MEDLINE L FILE EMBASE L FILE PASCAL L FILE AGRICOLA L FILE HCAPLUS L FILE NTIS L FILE DISSABS TOTAL FOR ALL FILES L L1 dup rem L14 L DUP REM L13 (289 DUPLICATES REMOVED) Stand: 1. Dezember 2016 Eine Recherche in ausgewählten Datenbanken von STN International beginnt mit einer Trefferermittlung im Index .biomed. Der Index .biomed besteht aus ausgewählten Datenbanken des Datenbankanbieters STN International: u.a. BIOSIS, CABA, MEDLINE und SCISEARCH. Danach beginnt die eigentliche Suche in den Datenbanken, in denen es Treffer gab. Das s vor den Stichworten steht für search und ist Bestandteil der Suchsprache. Doppelte Einträge werden aus dem Gesamtergebnis entfernt (leider werden aber nicht immer alle doppelten Einträge auch als solche erkannt, weil es zuweilen unterschiedliche Angaben bei den Quellen gibt). Wenn man nicht mit allen lateinischen Namen sucht, sondern nur Nyctea scandiaca erhält man bei der obigen Recherche nur 450 Treffer. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

11 Beispieldokument AN : CABA DN TI Contribution to the parasite fauna of indigenous owls. Beitrag zur Parasitenfauna einheimischer Eulenvogel. AU Nobauer, H. SO Beitrag zur Parasitenfauna einheimischer Eulenvogel. (1982), 96 p., 15 fig., 8 tab., 116 refs., Published by: Veterinarmedizinische Universitat, Vienna CY Austria DT Dissertation LA German ED Entered STN: 27 Oct 2010 Last updated on STN: 27 Oct 2010 AB Altogether, 51 Asio otus, 44 Strix aluco, 34 Bubo bubo, 15 Nyctea scandiaca, 14 Athene noctua, 9 Otus scops, 4 Tyto alba, 3 Aegolius funereus, 2 Gaucidium passerinum and the digestive tracts of 4 unidentified owls from different districts of Austria, and including records of the Parasitological Institute of the Veterinary University at Vienna, were examined for parasites. Those found include 4 sporozoans, 3 trematodes, one cestode, 6 nematodes and 3 acanthocephalans; brief illustrated descriptions are given for most. Infection rates and intensities are tabulated and were generally low to average. Synhimantus (Dispharynx) falconis is reported for the first time from A. otus, B. bubo and S. aluco. Die wichtigsten Felder in bibliographischen Datenbanken sind Autor (AU), Titel (TI) und Quelle (SO). Darüberhinaus gibt es meist eine Zusammenfassung und verschiedene Stichwortfelder. Für Dissertationen gibt es leider weltweit keine einheitliche Datenbank und somit sind die Angaben zu Dissertationen bei einer Recherche in Datenbanken von STN International nicht vollständig. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

12 Wo suche ich ? - Vergleich von Datenbankrecherchen
Es wurde mit dem Suchbegriff snowy owl (bzw. snowy owls) und den dazugehörigen lateinischen Namen gesucht. Bei PubMed, SciFinder und den OVID-Datenbanken gibt es allerdings keine Phrasensuche. Daher werden zusammengesetzte Begriffe hier als UND-Verknüpfung gesucht. In den Datenbanken des Anbieters STN International und im Web of Science wurde eine Phrasensuche gemacht. Es wurde generell der gesamte zur Verfügung stehende Zeitraum genutzt, somit kann der Datenbestand bei STN International und im Uni-Netz abweichend sein Daher sind die Ergebnisse untereinander nicht vollständig vergleichbar. * Keine Phrasensuche bei OVID-Datenbanken, SciFinder und PubMed!!! Uni-Netz OVID-Datenbanken Nicht bei STN International Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

13 Reicht eine Suche mit Google Scholar?
Die Suche ist nur unvollständig. Vorteil: man bekommt gleich die Links zum Volltext. Für die Suche nach einem konkreten Volltext mit dem Titel der Publikation ist es allerdings zuweilen hilfreich, wenn man mit einer allgemeinen Suchmaschine sucht (also z.B. Google statt Google Scholar. Mit Google Scholar würde man dann unter Umständen nur ein Verlagsangebot finden (was ausreicht, wenn die Einrichtung über die Lizenz für die entsprechende Publikation verfügt) und andere Links zum Volltext nicht. Autoren können z.B. seit dem 1. Januar 2014 im Rahmen des Zweitveröffentlichungsgesetzes unter bestimmten Voraussetzungen ihre Publikationen ausserhalb des Verlagsangebotes veröffentlichen. Details findet man hier: - - https://www.uni-goettingen.de/faq-zweitveröffentlichungsrecht/ html Solche Publikationen kann man dann sehr einfach mit Hilfe einer Suchmaschine finden. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

14 3. Recherchestrategien: Einfache Vorüberlegungen
1. Was suche ich ? Verwendungszweck, Umfang Stichworte 2. Wo suche ich ? Welche Datenbanken sind geeignet ? Wie vollständig muß die Recherche sein? Medien, Zeitraum 3. Wie suche ich ( dort ) ? Kenntnisse von Datenbanken Recherchestrategie ( in Anhängigkeit von der Datenbank ) 4. Die Recherche pro Suchschritt möglichst wenige Suchbegriffe verwenden Überblick wahren ggf. Index- und Thesaurussuche nutzen Auswertung Sind die Treffer relevant? Zuviel oder zu wenige Literaturstellen? Wichtig: datenbankspezifische Suche unter Ausschöpfung der Möglichkeiten der jeweiligen Datenbank! Textdatenbanken : RECHERCHEZIEL RECHERCHESTRATEGIE Schnell etwas freitextorientiert, 1 Datenbank Schnell viel Suche mit kontrolliertem Vokabular Möglichst viel kombiniert Möglichst alles Datenbank–übergreifend "alles" überhaupt Datenbankanbieter–übergreifend Die Recherche kann zu jedem Zeitpunkt abgebrochen werden (z.B. wenn das Ziel vorfristig erreicht wurde oder wenn Suchaspekte bzw. Herangehensweise nicht zum gewünschten Ergebnis geführt haben). - Mehrere Hauptaspekte erfordern mehrere Recherchestrategien. - Suchbegriffe notieren. - Überlegungen zu Maskierungen und Nachbarschaftsoperatoren. Überlegungen zum Umfang (wie vollständig muss meine Recherche sein?). Kein Ergebnis ist auch ein Ergebnis ! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

15 3.1. Suchbegriffe und Synonyme
Richtige (d.h. passende) Suchbegriffe sind mit entscheidend für ein gutes Rechercheergebnis. Die Suchbegriffe dürfen weder zu speziell noch zu allgemein gehalten werden. Synonyme, also gleichbedeutende Wörter, müssen in den meisten Datenbanken unbedingt mit einbezogen werden, da sie nicht automatisch gesucht werden (Ausnahme: SciFinder, z.T.) In jedem Fall sollte man durch Vorrecherchen feststellen, welche Synonyme automatisch einbezogen werden und welche nicht! Vorrecherchen dienen auch dazu um herauszufinden, ob man mit den gewählten Suchbegriffen überhaupt zum gewünschten Ergebnis kommt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

16 Deutsche Wörter in englischen Texten
„Umwelt“-concept, the theory of Umwelt (Umweltlehre), the concept of Umwelt Die Datenbanken sind zumeist in englischer Sprache und somit reicht es auch fast immer, wenn die Begriffe nur in Englisch eingegeben werden. Allerdings gibt es auch die oben gezeigten Ausnahmen. Solche „Wortschöpfungen“ aus deutschen und englischen Begriffen kann man nicht vorhersehen. Daher ist es schwierig, diese Begriffe auch in die Recherche einzubeziehen. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

17 Recherchethema in verschiedene Aspekte zerlegen
Gegebenenfalls können noch 1-2 weitere Hauptaspekte hinzukommen… OR AND Vor Beginn einer Recherche sollte man das Thema in geeignete Aspekte gliedern. Zu jedem Aspekt werden dann die Suchwörter und die dazugehörigen Synonyme notiert. Ein Aspekt steht für einen Themenbereich der Suchstrategie. Die logischen Operatoren bzw. deren Verwendung erschließen sich ebenfalls aus der Tabelle. Wichtig: jede UND-Verknüpfung reduziert das Ergebnis um ca. 1/10! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

18 Erarbeitung einer Recherchestrategie
Thema: Beiträge* zur Parasitenfauna (mit besonderer Berücksichtigung von Nematoden) bei Schnee-Eulen Aspekt 1 Aspekt 2 „snowy owl*“ Nematod* (nematode*, nematoda) „Nyctea scandiaca“ „Bubo scandiaca“ „parasite fauna“ „Bubo scandiacus“ (parasite*) OR Zum jeweiligen Thema notiert man zunächst alle Suchbegriffe (ggf. mit Synonymen, lateinischen Begriffen etc.) in englischer Sprache. Es ist wichtig, das die englischen Suchbegriffe auch richtig geschrieben sind (also lieber einmal mehr in einem Wörterbuch nachsehen als später mit falsch geschriebenen Begriffen zu suchen). Danach überlegt man, welche Aspekte des Themas man miteinander als UND-Verknüpfung suchen will. AND * Im Sinne von „neueste Erkenntnisse“ Wie viele Aspekte gibt es bei diesem Thema? Sinnvoll sind hier nur 2 Aspekte: Schnee-Eule und Nematoden (Parasiten). Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

19 3.2. SciFinder zur Recherchevorbereitung
Zur Vorbereitung einer Recherche kann man sehr gut die thematische Suche in SciFinder (https://scifinder.cas.org/scifinder) verwenden, da hier viel automatisch gesucht wird. Im Gegensatz zur Recherche in anderen Datenbanken (wie z.B. Web of Science, Biological Abstracts etc.) braucht man sich bei der Recherche im SciFinder weniger Gedanken über Maskierungen, Abkürzungen, Synonyme oder verschiedene Schreibweisen im britischen und amerikanischen Englisch zu machen. SciFinder kann man an allen Computern der Einrichtung bzw. außerhalb der Uni über den VPN-Client nutzen. Die Nutzung erfolgt im Rahmen einer Lizenzvereinbarung der Einrichtung. Vor der allerersten Nutzung dieser Version ist eine einmalige Registrierung bei CAS erforderlich. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

20 SciFinder zur Recherchevorbereitung (2)
Synonyme cancer, neoplasm, carcinoma, tumor, carcinogenesis Alternative Wortformen freeze, froze, frozen, freezing Irreguläre Pluralformen woman, women mice, mouse, mouses CAS Standard-abkürzungen oxidation, oxidn preparation, prep Amerikanische und britische Schreibweisen synthesize, synthesise color, colour Trunkierung bei bestimmten Wortstämmen Wörter mit mindestens 5 Buchstaben, die auf –tion enden: depletion = deple… Wörter mit der Nachsilbe (Suffix –able, -ed, - ing: solvable =solv… Wörter, die mit –e enden: game = gam… (daraus wird dann z.B. gamma) SciFinder sucht automatisch nach Synonymen, alternativen Schreibweisen, Pluralformen und verwendet Trunkierungen: - Vorteile: einfach - „Nachteile“: Kenntnisse der Regeln sind notwendig Bei der Auswahl eines allgemeinen Konzepts (also nicht „as entered“) muss man allerdings beachten, das manchmal auch ganz andere Begriffe aus einem Wortstamm entstehen können. Das Ergebnis der Recherche sollte daher unbedingt immer auf Relevanz geprüft werden! Ein Bespiel: Verwendung des Suchbegiffs „MENTION“ „mention as entered“: mention The concept „mention“: findet auch, z.B. -MeNQ / mental / mentioned / mensurated / Mendelian / Mendeleje men Aber: men not mention (the concept men, but not the concept mention) ist nicht = Null, man findet z.B. - man - Menthol / menopause / Michaelis-Menten / Meniere‘ disease Mentolum / Mentha haplocalyx / meningioma / meningitis MEND-CABG - Menkes / Menthfuran / mensiscus / menu Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät

21 Vorrecherche in SciFinder
Eingabe bei Research Topic: morphology (phylogeny, locomotion) of dog dogs, canine evolution, evolutionary, phylogenetic, phylogenetically, morphological… Eine Vorrecherche in SciFinder zeigt verschiedene Schreibweisen oder Synonyme zu Begriffen an, die dann bei den Recherchen in anderen Datenbanken (z.B. Web of Science, Zoological Record, BIOSIS etc.) verwendet werden können. Substantive können in SciFinder in der Einzahl angegeben werden, weil die Mehrzahl automatisch mitgesucht wird. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

22 SciFinder-Trefferliste (Ausschnitt)
Aus der Trefferliste heraus kann man auf den Volltext der einzelnen Einträge über den Link „FullText“ zugreifen. Ob der jeweilige Volltext zur Verfügung steht, hängt z.B. von den Lizenzvereinbarungen der jeweiligen Einrichtung mit dem Verlag ab. https://scifinder.cas.org/scifinder/ Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

23 Recherche in SciFinder: Suchkonzepte und Detailanzeige
Eine Phrasensuche ist nicht möglich! Es werden also auch Einträge gefunden bei denen die Begriffe owl und snow getrennt vorkommen. In der Detailansicht wird deutlich, das bei der Suche nach snow owl dieser Begriff nicht als Phrase gesucht wird. Ein Konzept „as entered“ gibt es hier nicht, weil nur nach einem Begriff und deren Synonymen gesucht wurde und nicht mit einem Satz, wie z.B. „Parasitaemia in snowy owls“ Die lateinischen Begriffe werden hier nicht als Synonyme betrachtet und müssen daher bei den Suchbegriffen mit angegeben werden. tawny owl (Strix aluco) Waldkauz Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

24 3.3. Boolesche Operatoren, Aspekte eines Themas und Maskierungen
Die Booleschen Operatoren sind logische Operatoren und dienen bei einer Literaturrecherche der Verknüpfung von Suchbegriffen. AND = Ist die Schnittmenge, bei der beide Bedingungen müssen erfüllt sein müssen. OR = Ist die Vereinigungsmenge (entspricht dem umgangssprachlichen entweder/ oder), bei der eine von beiden Bedingungen erfüllt sein muß. NOT = Ist die Ausschlussmenge, bei der die eine Bedingung nicht erfüllt sein darf. George Boole ( ) erfand die Booleschen Operatoren. Diese dienen zur logischen Verknüpfung von Begriffen. Logische Operatoren kann man in fast allen bibliographischen Datenbanken verwenden. Eine Ausnahme stellt SciFinder dar. In SciFinder sind natürlichsprachige Eingaben ohne logische Operatoren zu bevorzugen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

25 Maskierung (Trunkierung)
Dabei können Suchwörter gekürzt werden, um mehrere Schreibweisen mit einem Suchwort zu erfassen. Man muss aber immer sicher sein, das man durch die Trunkierung nur die Begriffe erhält, die man auch beabsichtigt hat. So ist es z.B. nicht sinnvoll den Plural von bee (bees) durch diese Maskierung einzuschließen: bee* ,hier erhält man u.a. auch been, beer, beef … Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

26 Maskierungen im Web of Science
Platzhalter können sich in Datenbanken unterschiedlicher Anbieter auch hinsichtlich ihrer Bedeutung unterscheiden. So steht z.B. ein ? bei STN International für beliebig viele Buchstaben (im Web of Science wäre das ein *). Weiter Informationen zu Maskierungen im Web of Science findet man auf den Hilfeseiten: Auf den Hilfeseiten findet man auch Hinweise zur Verwendung logischer Operatoren und Nachbarschaftsoperatoren: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

27 Recherchestrategien in einzelnen Datenbanken
Web of Science/OVID-Datenbanken "SNOWY OWL*" OR "BUBO SCANDIACUS" OR "BUBO SCANDIACA" OR "NYCTEA SCANDIACA" STN International SNOWY OWL# OR BUBO SCANDIACUS OR BUBO SCANDIACA OR NYCTEA SCANDIACA SciFinder SNOWY OWL (BUBO SCANDIACUS, BUBO SCANDIACA,NYCTEA SCANDIACA) Bei den OVID-Datenbanken sind zusammengesetzte Begriffe nicht als Phrase suchbar. Daher werden zwar die selben Suchbegriffe verwendet, aber die resultierende Suchstrategie ist bei OVID anders als bei Web of Science. Web of Science: „snowy owl*“ OVID : snowy AND owl* Diese Verfahrensweise stellt einen Nachteil bei der Suche in den Datenbanken von OVID dar. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

28 4. Geeignete Datenbanken
Recherche zum Thema Schnee-Eule Suchbegriffe : "SNOWY OWL*" OR "BUBO SCANDIACUS" OR "BUBO SCANDIACA" OR "NYCTEA SCANDIACA" Die Suche nach wissenschaftlicher Literatur kann z.B. hier erfolgen: Online Datenbanken beim Datenbankanbieter STN International ( Recherche in der Wissenschaftlichen Informationsstelle ) Für die Uni verfügbare Datenbanken: SciFinder (Chemical Abstracts und Medline) Web of Science BIOSIS, Zoological Record (OVID-Datenbanken) Datenbanken im Internet BioLIS Beim Datenbankanbieter STN International kann man sehr gut Recherchen zum Einstieg in eine neue Thematik durchführen. Generell muß man aber beachten, das die allerneuesten Publikationen ein wenig Zeit benötigen, um in den Datenbanken zu erscheinen. Auf den Verlagsseiten findet man die Publikationen oft schon mehrere Wochen vor dem Erscheinen des Originalartikels als Vorab-Version. Dieser Trend wird zunehmend auch in den Datenbanken berücksichtigt. Es werden hier vorab schon Artikel eingestellt, die z.B. noch nicht indexiert sind (in process). Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

29 http://biolis.ub.uni-frankfurt.de/ BIOLIS Archivdatenbank 1970-1996
BIOLIS ist für den Zeitraum die deutsche Ergänzung zu BIOSIS. Im genannten Zeitraum findet man die Publikationen entweder in BIOSIS oder in BIOLIS. Für ein vollständiges Ergebnis muss man somit in beiden Datenbanken recherchieren. BIOLOS ist im Internet frei verfügbar. Leider wurde die Datenbank nach 1996 nicht weitergeführt. Archivdatenbank Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

30 BioLIS (2) „ BioLIS weist über Artikel aus biologischen Zeitschriften und Reihen nach. Insgesamt wurden über verschiedene Zeitschriften und Reihen ausgewertet die wesentlichen Aufnahmekriterien waren: Erscheinungsort liegt im deutschen Sprachraum und die Zeitschrift bzw. Reihe fehlt in den Biological Abstracts. Das fachliche Spektrum von BioLIS umfaßt neben allgemeiner Zoologie und Botanik Gebiete wie Physiologie, Biochemie, Mikrobiologie sowie Bio- und Gentechnologie. Einen Schwerpunkt bilden Ökologie, Natur- und Umweltschutz, weiterhin wurden Zeitschriften aus Paläontologie und Medizin ausgewertet. Zu jedem Artikel in BioLIS sind neben den grundlegenden bibliographischen Angaben (Autor, Jahr, Titel, Zeitschrift, Band-/Seitenzahlen) umfassende inhaltsbeschreibende Daten abgelegt. Diese umfassen: Wissenschaftliche Namen behandelter Organismen (Mikroorganismen, Pflanzen, Tiere; ebenso Pflanzengesellschaften) Schlagwörter (in deutsch und englisch) Zuordnung zu Teildisziplinen der Biologie und Nachbargebiete (in deutsch und englisch) Die Zuordnung zu Teildisziplinen folgt dem in Biological Abstracts verwendeten Konzept. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

31 Datenbanken im Uni-Netz ( Auswahl )
Datenbankanbieter: OVID Biological Abstracts / BIOSIS - Biowissenschaften ab 1926 Nationallizenz BIOSIS Zoological Record Zoologie ! OVID-Kurzanleitung: Die Datenbank Zoological Record ist derzeit an der Friedrich-Schiller-Universität Jena als Lizenz nur bis 2012 vorhanden. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

32 Web of Science ab 1945 Für die Uni Jena sind im Web of Science freigeschaltet: Science Citation Index Expanded (1945-jetzt) Social Sciences Citation Index (1956-jetzt) Arts & Humanities Citation Index (1975-jetzt) Der Web of Science umfaßt den Zeitraum ab 1900, die Uni hat den Web of Science aber nur für die o.g. Zeiträume erworben! Beim Datenbankanbieter STN International heißt die Datenbank SCISEARCH. Zugang zu Web of Science: Die Datenbank „ Web of Science „ kann man im Direktzugriff nutzen. Unter dieser Adresse hat man außerdem die Möglichkeit, in den ISI Proceedings (ab 1990) oder dem Journal Citation Report zu recherchieren. Eine Anleitung zur Recherche im Web of Science findet man hier : Beim Web of Science handelt es sich im eine bibliographische Datenbank, d.h. sie beinhaltet bibliographische Angaben, eine Zusammenfassung zu jeder Literaturstelle und Stichwortfelder. Wenn vorhanden, findet man Links zum Volltext des entsprechenden Artikels. Aber: wenn man aus dieser (oder anderen) Datenbank(en) nicht zum Volltext gelangt, dann bedeutet dies nicht unbedingt, das ein Volltext für die jeweilige Einrichtung nicht vorhanden ist. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

33 Möglichkeiten der Recherche im Web of Science
Suche mit Stichworten Cited Reference Search (ausgehend von einer Publikation nach solchen, die diese zitieren) Auswahl von Datenbanken: Man kann mit dieser Oberfläche auch in MEDLINE recherchieren. Vorteil: Nutzung der Funktionen von Web of Science. Mit der vom Web of Science gewohnten Oberfläche kann man auch in anderen Datenbanken, z.B. in Medline, recherchieren. Neben der gewohnten Oberfläche ist von besonderer Bedeutung, das man damit alle Funktionalitäten die ISI Web of Knowledge bietet (z.B. zum Verfeinern der Suche) nutzen kann. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

34 Recherche im Web of Science: so geht es nicht…
Richtig: (plesiosauria or plesiosauridae or plesiosaurus) AND (morpholog* or locomotion or systematic*) Bei der einfachen Suche im Web of Science kann man weitere Felder hinzufügen. Allerdings ist es so nicht möglich, verschiedene Aspekte die aus mehreren Suchwörtern bestehen dann auch noch miteinander zu verknüpfen. Die obige Suche würde z.B. fälschlicherweise so lauten: Topic=(plesiosauria) OR Topic=(plesiosauridae) OR Topic=(plesiosaurus) AND Topic=(morpholog*) OR Topic=(locomotion) OR Topic=(systematic*) Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

35 Trefferliste im Web of Science
Auf der linken Seite der Trefferliste hat man die Möglichkeit zum Verfeinern der Recherche (Refine). In den einzelnen Kategorien kann man sich bei „More Options“ weitere Angaben zum Verfeinern anzeigen lassen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

36 Ausschnitt aus der Detailanzeige eines Dokuments
Möglichkeiten der Recherche im Web of Science: Search Die Suchmaske besteht aus mindestens 3 Zeilen, diese können beliebig ergänzt werden (Add Another Field) Topic Suche im Aufsatztitel, in der Zusammenfassung und den Stichwortfeldern Title Suche im Titel Author Nachname Leertaste Initiale, bis zu 5 Researcher ID Editor Suche nach dem Herausgebern Group Author Publication Name Suche nach dem Namen der Publikation DOI Suche nach dem Dokument Identifier Year Published Unterschied zu Zeitraum auf der Einstiegsseite ! Adress Institution, häufig in abgekürzter Form Language es erscheint eine Auswahlmaske Dokument Type es erscheint eine Auswahlmaske Funding Agency Grant Number Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

37 Erweiterte Suche (Advanced Search)
Bei der erweiterten Suche können vorangegangene Suchschritte miteinander verknüpft werden. Bei der erweiterten Suche kann man die einzelnen Suchschritte miteinander verknüpfen und sich somit eine optimale Suchstrategie erarbeiten. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

38 Speichern von Dokumenten und Export der Ergebnisse in EndNote
Die Trefferliste kann man ausdrucken, als verschicken, als Textdatei speichern oder in Literaturverwaltungs-Software exportieren( z.B. Endnote, Citavi ) Durch den EndNote-Button ist die Übernahme von Rechercheergebnissen aus dem Web of Science denkbar einfach. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

39 Export aus WOS EndNote-Datenbank auswählen in die die Treffer importiert werden sollen, dann im Web of Science die Treffer markieren und bei „Save to“ EndNote desktop anklicken. Wenn man Endnote desktop auswählt, dann werden die Rechercheergebnisse im lokalen EndNote des Nutzers gespeichert. Das Literaturverwaltungsprogramm EndNote ist als lokale Version kostenpflichtig bzw. steht als Landeslizenz zur Verfügung. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

40 Selbstständiges Suchen und Anfügen des Volltextes durch EndNote
Wenn man die obige URL in EndNote bei Edit Preferences/Find Full Text bei Open URL Path und URL einträgt, dann findet EndNote automatisch die Volltexte, auf die die Uni Zugriff hat. Bei „Find Full Text“ alle Häkchen setzen URL-Link zur Zugriffs-Autorisierung einfügen. WICHTIG! Man muss sich im IP- Bereich der Universität befinden oder über VPN mit dem Uni-Netz verbunden sein. Edit/Preferences auswählen URL: yq5uk2ps4v.search.serialssolution.com Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

41 Selbstständiges Suchen und Anfügen des Volltextes durch EndNote (2)
Man markiert dazu einfach die Einträge in EndNote, dann rechte Maustaste klicken und Find Full Text anklicken (bei vielen auf einmal ausgewählten Literaturstellen kann die Suche ein wenig dauern). Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

42 Erstellen einer Literaturliste in Word
Markieren Einfügen (Insert Citation) Mit Endnote kann man die Zitierungen ganz einfach an dieVorgaben der verschiedenen Zeitschriften anpassen. In der Ökolgie z.B. an die Zeitschriften Ecology oder Oikos. Es gibt vorgefertigte Zitierstile, die z.B. an die Vorgaben von Zeitschriften angepaßt sind. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

43 Literaturverzeichnis bearbeiten
Beispiel: Ecology.enl Literaturverzeichnis in Word In den Datenbanken stehen die bibliographischen Angaben nicht immer so, wie sie auch im Literaturverzeichnis der Abschlussarbeit stehen sollen. Wenn man ein Literaturverwaltungsprogramm benutzt und dort die Output-Styles editieren kann, dann erspart man sich viele manuelle Korrekturen. Einige Korrekturen per Hand sind aber manchmal dennoch erforderlich. Häufige Fehler sind: Falsche Schreibweise der Zeitschrift Beispiel: Bmc Molecular Biology statt BMC Molecular Biology Durchgängige Verwendung von Großbuchstaben im Titel Beispiel: Buers I, Hofnagel O, Lorkowski S, Robenek H. TIP47 IS INVOLVED IN MACROPHAGE FOAM CELL FORMATION. Atherosclerosis Supplements 2009; 10(2):e1439. Großschreiben des ersten Buchstaben eines Wortes im Titel Beispiel: Buers I, Robenek H, Lorkowski S, Nitschke Y, Severs NJ, Hofnagel O. TIP47, a Lipid Cargo Protein Involved in Macrophage Triglyceride Metabolism. Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology 2009; 29(5):767-U323. Fehlende Umlaute Beispiel: Wagner A, Mnich K, Jahreis G, Lorkowski S, Birringer M. Detection of alpha-tocopheryl phosphate in human plasma following intervention with natural alpha-tocopheryl phosphate or a dietary supplement. Free Radical Research 2009; 43:57. Schreibweise wie in einem Satz kann man in EndNote einstellen! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

44 Bearbeitung von EndNote Output Styles
1. Buers I, Robenek H, Lorkowski S, Nitschke Y, Severs NJ, Hofnagel O. Tip47, a lipid cargo protein involved in macrophage triglyceride metabolism. Arterioscler Thromb Vasc Biol 2009; 29(5):767-U323. Die Seitenzahlen lauten Die Schreibweise in Überschriften korrigiert EndNote, wenn man bei Edit/ Output Styles den Eintrag für Bibliography/Title Capitalization. z.B. auf Sentence style capitalization einstellt! Den Output-Style, den man editieren will, wählt man vorher in EndNote aus. Bei dem Artikel von Buers et al. stehen falsche Seitenzahlen in der Datenbank (Web of Science). Diese werden dann natürlich auch falsch in das Literaturverzeichnis übernommen und müssen per Hand korrigiert werden. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

45 Schulungen zu Literaturverwaltungsprogrammen
Mitarbeiter der Bibliothek bieten verschiedene Veranstaltungen zur Literaturverwaltung an. Anmelden kann man sich über Friedolin oder direkt per beim Kursleiter. Stand: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

46 Suche nach Volltexten im Internet und beim MPI
Gesucht wurde folgender Artikel : Where are Bottlenecks in NK Fitness Landscapes? Sebastien Verel, Philippe Collard and Manuel Clergue Evolutionary Computation, 2003, Die Uni hat keine Lizenz für die elektronische Ausgabe dieser Zeitschrift und das MPI in Jena ebenfalls nicht. Die Suche mit Google ergibt einen Link zum Volltext bei arXiv.org, der Artikel ist somit frei verfügbar. Es lohnt sich ! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

47 Hilfreiche Literatur Hans Friedrich Ebel, Claus Bliefert, ISBN:
Wiley-VCH, Weinheim, 2009 Ewald Standop, Matthias Meyer ISBN: Quelle & Meyer, 2008 Hans Friedrich Ebel, Claus Bliefert, Walter Greulich ISBN: Wiley-VCH, Weinheim, 2006 Nach weiteren Büchern u.a. zu diesen Themen kann man z.B. im Online Katalog der ThULB suchen: Als Ergänzung zum Thema Vorträge: Zitat: „das war mein Leitfaden für die Arbeit, super zu empfehlen, kostengünstig und schnell durchzuarbeiten, sehr ausführlich für experimentelle Arbeiten --> Ergebnisauswertung etc.“ Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

48 Hilfreiche Literatur (2)
The ACS Style Guide: Effective Communication of Scientific Information, 3rd ed. Edited by Anne M. Coghill and Lorrin R. Garson ISBN13: ISBN10: eISBN: Die Uni Jena hat Zugang zur elektronischen Ausgabe dieses Buches. The ACS Style Guide is the definitive source for all information needed to write, review, submit, and edit scholarly and scientific manuscripts. An established resource for the chemistry community, The ACS Style Guide is not just a resource for ACS authors, but is referenced by other publishers, even beyond chemistry, within their instructions to authors and is used as a resource in teaching students how to effectively communicate scientific information. Quelle: (1. November 2013) Im Rahmen einer Lizenz für die ACS Zeitschriften hat die Uni Jena Zugang zur elektronischen Ausgabe des ACS Style Guide. Unter kann man sämtliche Kapitel einzeln als pdf-Dateien herunterladen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

49 Danke für Ihre Aufmerksamkeit!
Eulen nach Athen tragen Die Redensart „Eulen nach Athen tragen“) geht auf den antiken griechischen Dichter Aristophanes zurück, der den Ausspruch in seiner satirischen Komödie Die Vögel um 400 v. Chr. prägte. Dort wird in Vers 301 eine herbeifliegende Eule mit den folgenden Worten kommentiert: „Wer hat die Eule nach Athen gebracht?“ Für Masterstudenten bedeutet eine „Einführung in die Möglichkeiten der Datenbankrecherche“ ja eigentlich „Eulen nach Athen tragen“, denn spätestens mit der Bachelorarbeit sollte man mit der Literaturrecherche und allem was dazu gehört schon ein wenig vertraut sein. Bildquelle zur Schnee-Eule: (Stand: ) Eule auf der Akropolis Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

50 5. Checkliste für die Recherche nach wissenschaftlicher Literatur
Auswahl geeigneter Stichworte anhand des Themas Recherche in SciFinder: CAPlus und Medline (natürlichsprachige Eingabe in Englisch möglich) – SciFinder ermittelt automatisch gängige Synonyme, berücksichtigt unterschiedliche Schreibweisen, benötigt keine Maskierungen = Vorrecherche zur Erweiterung der Stichwortliste 3. Recherche in Datenbanken von STN International durchführen lassen Termin in der Wissenschaftlichen Informationsstelle vereinbaren Stichworte in Englisch mitbringen 4. Weitere eigene Recherchen in geeigneten Datenbanken, z.B. BIOSIS/Biological Abstracts, Web of Science, Zoological Record Je besser die Vorbereitung einer Recherche ist, desto besser ist das Ergebnis! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

51 Checkliste (2) 5. Volltextbeschaffung
Direkt aus den bibliographischen Datenbanken (Volltext-Buttons) In der Elektronischen Zeitschriftenbibliothek (EZB) In der Zeitschriftendatenbank (ZDB): auch Bestände des MPI berücksichtigen Suche mit Titel des Artikels im Internet (Suchmaschine) zum Auffinden frei verfügbarer Artikel (Open Access oder ältere Artikel, die frei verfügbar sind) 6. Übertragen der Rechercheergebnisse in Literaturverwaltungsprogramme (z.B. Citavi, EndNote etc.) notwendig: Speichern der Ergebnisse aus den Datenbanken in geeigneten Formaten (z.B: Tagged-Format) Oder direkte Speicherung aus der Datenbank heraus, z.B. Web of Science  EndNote/ EndNote Online Auch Artikel, die nur elektronisch im Internet verfügbar sind, müssen so zitiert werden, das sie wieder auffindbar sind. Wenn möglich also den DOI (Digital Object Identifier) angeben. DOI schafft ein System, das ein Objekt selbst identifiziert – nicht den Ort oder die Ressource, unter der es (momentan) abgelegt ist. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

52 6. Kurse 2017 Das Kursangebot im aktuellen Semester findet man unter folgender Adresse Kurse werden u.a. zu folgenden Themen angeboten : Literatursuche an der FSU Jena SciFinder Recherche im Web of Science Blockkurs „Recherche in fachspezifischen Literatur- und Faktendatenbanken für Biologen, Biochemiker und Ernährungswissenschaftler für Bachelorstudenten (Friedolin Veranstaltungsnummer 76962, September 2016) Literatursuche für Zoologen (Friedolin Veranstaltungsnummer ) Für Bachelorstudenten wird ein Blockkurs „Recherche in fachspezifischen Literatur- und Faktendatenbanken für Biologen, Biochemiker und Ernährungswissenschaftler angeboten. Dieser Blockkurs umfasst 4 x 3 Stunden inklusive Rechercheübungen. Diese Übungen können mit dem eigenen Thema der Bachelorarbeit durchgeführt werden. Die Veranstaltung ist eine gute Einführung in die Suche nach wissenschaftlicher Literatur für die Bachelorarbeit. Über die Kurstermine kann man sich im Friedolin unter der Veranstaltungsnummer bzw erkundigen. Terminwünsche können aber auch jederzeit mit der Wissenschaftlichen Informationsstelle abgesprochen werden. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

53 Datenbanken und weitere Suchstrategien Zugang zu SciFinder
7. Anhang: weiterführende Informationen zu Datenbanken und dem Zugang zu Volltexten Datenbanken und weitere Suchstrategien Zugang zu SciFinder Elektronische Zeitschriftenbibliothek Zeitschriftendatenbank (ZDB) Volltextbestellungen bei Subito (einem Dokumentenlieferdienst) Zur Vervollständigung sind ab hier noch einige Informationen zusammengestellt, die zum Thema Literatursuche gehören. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

54 Wo finde ich geeignete Literaturdatenbanken?
PubMed: PubMed  Medline  SciFinder DBIS Fachgebiet Biologie Datenbanken im Uni-Netz Das Datenbank-Infosystem (DBIS) ist ein kooperativer Service zur Nutzung wissenschaftlicher Datenbanken. Dieser Dienst wurde mit finanzieller Unterstützung des Bayerischen Staatsministeriums für Wissenschaft, Forschung und Kunst und der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) von der Universitätsbibliothek Regensburg entwickelt. Inzwischen wird das Datenbank-Infosystem als Nutzerservice in 239 Bibliotheken genutzt. Stand: 2. Dezember 2016 Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

55 Synonyme beachten und Relevanz prüfen !
Was suche ich ? - Stichworte Deutsche, englische oder lateinische Begriffe ? die meisten Datenbanken sind in Englisch, daher benötigt man Stichworte in Englisch manchmal gibt es für einen Begriff kein englisches Wort ( ist zwar eher die Ausnahme, kommt aber vor ) Beispiel : stammzellen, zeitgeber, aufwuchs entscheidungsproblem zuweilen ist es ratsam, nur die lateinischen Begriffe zu verwenden: Habicht ( hawk, goshawk, accipiter gentilis ), Habichtsmotte : hawk moths ( hawkmoths) bei deutschen Begriffen sind Umlaute zu beachten, generell ist es von der Datenbank und/oder dem Verlag abhängig, ob Umlaute verwendet werden oder nicht ( z.B. bei Autorennamen ) im Zweifelsfall also beide Schreibweisen anwenden : mueller or muller Synonyme beachten und Relevanz prüfen ! Die bibliographischen Datenbanken sind zumeist in englischer Sprache verfaßt und daher wird generell mit Stichworten in Englisch gesucht. Es gibt aber ein paar Ausnahmen und in manchen Datenbanken sind die Titelfelder auch in der Originalsprache vorhanden. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

56 Gewusst, wie es formuliert wird, z.B. Life-dinner-principle
Aus: Ökologie kompakt (2009)  Von Wolfgang Nentwig,Sven Bacher,Roland Brandl In den einzelnen Fachgebieten gibt es ganz spezielle Formulierungen für bestimmte Sachverhalte. Diese erschließen sich nur mit einer vertieften Kenntnis des Themas. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

57 Beispiel zu „life-dinner-principle“
Diese speziellen Begriffe (hier „life-dinner principle“) findet man dann auch in den Fachpublikationen, z.B. in der Zusammenfassung. Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

58 Die etwas andere Habichtsmotte…
Bei jeder Art von Literaturrecherche ist es unabdingbar, den Unterschied zwischen Stichwort und Schlagwort genau zu kennen und zu verstehen. Stichwörter sind Wörter, die im Titel des Aufsatzes, im Abstract, in der Autorenangabe etc. vorkommen. Darunter befinden sich viele Synonyme, die ein und dieselbe Sache bezeichnen. (heart cancer, heart tumor, cardiac cancer, cardiac tumor, ...) Schlagwörter dagegen gibt es nur wenige und vor allem nur ein genau definiertes für jeden Sachverhalt. Schlagwörter stehen nicht im Titel oder Abstract, sondern in einem speziellen Feld - dem MeSH-Feld. (heart neoplasms = heart/cardiac cancer/tumor, ...) Begriffe in einem ganz bestimmten Fachgebiet (z.B. der Ökologie) oder Zusammenhang, können in einem anderen Gebiet (Technik, Mikrobiologie, Bioinformatik etc.) unter Umständen eine ganz andere Bedeutung haben! Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

59 Die Datenbanken in SciFinder
CAplus Bibliografische Datenbank > 42 Mio. Einträge ab 1840 (inkl. Patente) MEDLINE Biomedizinische Informationen > 22 Mio Einträge ab 1949 CASreact > 71,9 Mio. Einstufen- und Mehrstufen-Reaktionen ab 1840 Registry > 108 Mio. organische und anorganische Verbindungen ab > 66 Mio. Sequenzen Chemcats > 102 Mio Käufliche Substanzen, > 975 Händler Chemlist Regulated CHEMicals LISTing > , Informationen zu chemischen Substanzen aus nationalen, US-amerikanischen und internationalen Verzeichnissen und Regelwerken Informationsquellen für die CAS-Datenbanken Artikel aus über Zeitschriften: - rund 1500 wichtige chemische Zeitschriften werden cover-to-cover ausgewertet . CAplus Core Journal Coverage List: CAPlus enthält auch Patente von derzeit 63 Patentämtern, Informationen zu den Modalitäten der Patentaufnahme findet man hier: Artikel sind in ca. 60 Sprachen publiziert Artikel aus verschiedenen Medien (Bücher, Hochschulschriften, Elektronische Zeitschriften, E-Preprints etc.) täglich werden ca neue Referenzen in CAplus eingetragen Medline wird 4 x pro Woche aktualisiert Eine Übersicht über die aktuellen Inhalte der einzelnen CAS-Datenbanken bekommt man hier : Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 59

60 SciFinder-Updates Die aktuellen Neuerungen kann man sich jederzeit über den Link “Help/What’s New” ansehen. Bei den regelmäßigen Updates von SciFinder gibt es immer neue Verbesserungen. Über alle aktuelle Entwicklungen kann man sich auf den Seiten von CAS informieren: https://www.cas.org/support/scifi/new.html Umfangreiche Informationen findet man auch auf dieser Seite: Die ausführliche SciFinder-Anleitung findet man hier: Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 55

61 Abmeldung über Sign Out
Zugang zu SciFinder über das Internet …weil es so schön aussieht: Sign In: https://scifinder.cas.org/scifinder SciFinder kann man jetzt direkt über einen Browser nutzen. Diese Version ermöglicht die Nutzung von SciFinder an allen Computern der Einrichtung bzw. außerhalb der Uni über den VPN-Client ohne Installation eines separaten Clients für SciFinder. Die Nutzung erfolgt im Rahmen einer Lizenzvereinbarung der Einrichtung. Vor der allerersten Nutzung dieser Version ist eine einmalige Registrierung bei CAS erforderlich. Die Registrierungsprozedur wird auf den folgenden Folien näher beschrieben. Abmeldung über Sign Out Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 61

62 Dieser Link führt zur Registrierung bei CAS:
https://scifinder.cas.org/registration/index.html?corpKey=C F3-F00A BA0191B9037 Achtung: Falls das Kopieren des Links aus dem Material nicht funktionieren sollte, dann klicken Sie den Link bitte über die Startseite der Wissenschaftlichen Informationsstelle oder das Fachinformations-portal an! Die fettgedruckten Felder müssen ausgefüllt werden. Für Username und Password bitte keine Umlaute verwenden! Für die Registrierung muß man sich im Uni-Netz befinden bzw. über den VPN-Client mit der Uni verbunden sein und eine Uni- - Adresse verwenden! Dieser Link führt zum Registrierungsformular: https://scifinder.cas.org/registration/index.html?corpKey=C F3-F00A BA0191B9037 Die fettgedruckten Angaben müssen ausgefüllt werden. Mit einer -Adresse kann man sich nur 1x als Benutzer anmelden. Bitte die Sicherheitsfrage und die Antwort darauf unbedingt notieren oder merken! Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 62

63 Registrierung bei CAS (2)
Die Registrierung und die anschließende Verifizierung (nach Erhalt eines -Links) müssen innerhalb von 48 h und am selben PC gemacht werden! Nach der Registrierung bekommt man automatisch eine Bestätigungs- von CAS. In der ist ein Link angegeben. Mit diesem wird die Registrierung vervollständigt. Damit ist der Benutzername und das Paßwort freigeschaltet und man kann dann damit unter dieser Adresse SciFinder aufrufen: https://scifinder.cas.org/scifinder Hinweise für das Passwort: - Bitte keine Umlaute verwenden!!! - Mindestens 7 Zeichen, höchstens 15, muss mindestens zwei Zeichen enthalten die nicht im Nutzernamen vorkommen und drei dieser vier Bedingungen erfüllen: enthält Buchstaben - Groß- und Kleinschreibung - enthält Zahlen - enthält mindestens ein Sonderzeichen Dr. Ina Weiß, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik und Heike Göbel, IVS der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät

64 Elektronische Zeitschriftenbibliothek
Volltexte von Zeitschriften sind für die Uni elektronisch verfügbar wenn: es entsprechende Lizenzvereinbarungen mit der Uni gibt die Zeitschriften generell oder im Rahmen von Nationallizenzen frei zur Verfügung stehen Im Fachinformationsportal findet man unter dem Menüpunkt Elektronische Zeitschriften und Volltextbestellung auch den Zugang zur Elektronischen Zeitschriftenbibliothek der FSU Jena. Elektronische Zeitschriftenbibliothek der FSU: - Volltexte von Zeitschriften elektronisch verfügbar - bestimmte Zeitschriften, abhängig von den jeweiligen Lizenzverträgen der ThULB - unterschiedliche Jahrgänge verfügbar Ob eine Zeitschrift elektronisch verfügbar ist, muß von Zeit zu Zeit überprüft werden, da sich Lizenzverträge immer mal ändern. Nationallizenzen: Für eine Reihe von älteren Zeitschriftenjahrgängen besteht seit Sommer 2006 der elektronische Zugriff über eine Nationallizenz. Nationallizenzen gibt es darüber hinaus u.a. auch für bibliographische Datenbanken ( z.B. Biological Abstracts ). Stand: 1. Oktober 2012 Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

65 Zeitschriftendatenbank ( ZDB Subito )
Zur Bestellung von Artikeln muß man sich bei Subito registrieren. Zur Recherche in der ZDB genügt das kostenlose Login (subito als Benutzername und als Paßwort). Wie nutzt man SUBITO ? Unter der Adresse muss man sich als Nutzer registrieren lassen und kann dann die Dienste von Subito nutzen. Ohne Registrierung kann man für die Suche auch diesen Zugang verwenden: Login: subito Passwort: subito Man kann in der Zeitschriftendatenbank recherchieren und anschließend die bibliographischen Daten des gewünschten Artikels in ein Bestellformular eintragen. Die Dokumente bekommt man über SUBITO per , Post oder Fax. Im Normaldienst kostet ein Artikel per Post oder Fax 7,50 EUR und 5,- bzw. 6,- EUR per . Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

66 Zeitschriftensuche Neben Zeitschriftenstandorten kann man bei SUBITO auch nach Büchern und einzelnen Aufsätzen (z.B. aus einer Monografie) suchen. Aus Büchern kann man auch Teilkopien bestellen. Neben der „Einfachen Suche“ gibt es auch die „Erweiterte Suche“. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

67 Zeitschriftendatenbank: Trefferliste
Man kommt bei der Suche entweder direkt zur gesuchten Zeitschrift oder zu einer Liste. Aus dieser Liste kann man dann die gewünschte Zeitschrift auswählen. Bei elektronischen Zeitschriften wählt man die „ Regensburger Liste „ : Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

68 Kopienversand mit DRM (Digital Rights Management)
Für jede Zeitschrift gibt es neben der Normalanzeige auch die Vollanzeige. Bei der Vollanzeige bekommt man umfangreiche Angaben zur jeweiligen Zeitschrift, z.B. zur Sprache der Zeitschrift etc.. Das Neue Urheberrecht seine Konsequenzen und Auswirkungen Das zweite Gesetz zur Regelung des Urheberrechts in der Informationsgesellschaft („2. Korb“) wurde vom Bundesrat am 21. September 2007 gebilligt und tritt zum 1. Januar 2008 in Kraft. Mit dem Inkrafttreten des Gesetzes wird subito die Dokumentlieferung den neuen gesetzlichen Bestimmungen anpassen. In Deutschland ist dann auf gesetzlicher Basis für alle Kundengruppen grundsätzlich nur noch die Dokumentlieferung auf dem Post- und Faxwege möglich. Die Lieferung einer Grafik-Datei (PDF-Datei) ist nur noch dann zulässig, wenn der Verlag keinen Onlinezugang zu diesem Artikel anbietet. Maßgeblich verantwortlich für diese Einschränkung ist der neu gefasste Artikel 53a UrhG, der zur Regelung der Privatkopie (§53 UrhG) ergänzt wurde. Erweiterung: Seit dem 4. Feburar 2008 können Aufsatzkopien einzelner Verlage wieder als PDF oder über das DRM-System (Digital Rights Management) geliefert werden. Dafür wurden entsprechende Lizenzverträge mit den Verlagen abgeschlossen. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

69 Hohe Lizenzgebühren beim Verlag Taylor and Francis
Seit Juli 2016 verlangt der Verlag auch für Nutzer an Hochschulen Lizenzgebühren von bis zu 65,- EURO bei DRM/pdf-Dokumenten. Solche hohen Lizenzgebühren sind zwar eher die Ausnahme, gelten aber leider auch für Studenten. Verlage, die Lizenzgebühren über 100,- EURO verlangen, werden bei Subito nicht gelistet. Wenn ein geschütztes Dokument (DRM) so hohe Lizenzgebühren hat, dann lohnt sich die Bestellung per Post oder Fax. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

70 Literaturverwaltungsprogramme
Programme mit Landeslizenzen (http://www.uni-jena.de/URZ_Software_Lizenz_Service.html) EndNote X7 Citavi 5 Citavi_LV.html Es gibt auch kostenfreie Literaturverwaltungsprogramme, z.B.: Citavi Free Litw3 JabRef Programme wie Citavi dienen nicht nur zur Literaturverwaltung, sonder darüber hinaus auch zur Wissensorganisation. Literatur – und andere Sammlungen werden verwaltet und strukturiert. Der Anwender wird in allen Schritten bis hin zur Publikation unterstützt. Aus einzelnen Programmen sind auch Recherchen in entsprechenden Datenbanken oder Katalogen möglich. Citavi ist für Dissertationen, Publikationen und auch für anspruchsvolle Examensarbeiten geeignet. Es unterstützt Studierende und Forschende bei Vorarbeiten (Recherche, Titelerfassung, Auswertung der Texte) und erleichtert kreative Arbeit: die Wissensorganisation, die Ordnung von Ideen und Zitaten und den flexiblen Auf- und Ausbau der inhaltlichen Struktur. (Zitat der Universität Zürich zur Campuslizenz für Citavi) JabRef ist ein Open-Source-Literaturverwaltungsprogramm, es setzt das BibTeX-Format ein, welches das Standardformat für Literaturdatenbanken für LaTeX darstellt. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

71 Jabref Open-Source-Literaturverwaltungsprogramm, es setzt das BibTeX-Format ein, welches das Standardformat für Literaturdatenbanken für LaTeX darstellt. JabRef bietet eine bedienerfreundliche Oberfläche zur Bearbeitung von BibTeX-Dateien, zum Import von Daten aus wissenschaftlichen Online-Datenbanken und zum Verwalten und Suchen in BibTeX-Dateien. JabRef wird unter der GNU General Public License veröffentlicht. Die Anwendung ist in JAVA programmiert und wird für Windows, Linux und Mac bereitgestellt. Die erste Version von JabRef wurde 2003 veröffentlicht JabRef bietet unter anderem folgende Funktionen: Erzeugt BibTeX-kompatible Ausgabe Einfaches Bearbeiten, Suchen und Anzeigen von Einträgen Moderne Gruppierfunktion zum Organisieren von Einträgen basierend auf festen Vorgaben oder durch Suche nach Schlüsselworten (auch mithilfe von regulären Ausdrücken) Automatische Erzeugung des BibTeX-Schlüssels, Formatierung vom Benutzer einstellbar Importfilter anderer Bibliotheksverwaltungen, derzeit 15 Formate (u. a. Endnote, Medline, SciFinder) Direkte Suche und Download aus PubMed und IEEEXplore. Direkter Download aus CiteSeer Export in Standardformate wie DokBook, HTML oder Open Office sowie durch den Anwender anpassbare Exportfilter Deutsches Handbuch: Stand: Dr. Ina Weiß, Lehrstuhl Bioinformatik, Wissenschaftliche Informationsstelle, Biologisch-Pharm. Fakultät

72 Anleitungen zu Literaturverwaltungsprogrammen
Endnote X7-Anleitung (Heike Hotzel, ThULB) https://www.db-thueringen.de/receive/dbt_mods_ Kurzanleitung zu Endnote X7: Schulungen zu Literaturverwaltungsprogrammen führen auch Mitarbeiter der ThULB durch. Informationen dazu findet man hier: Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

73 Handbuch „Informationsmanagement mit EndNote“
Für den Zugang zu diesem Handbuchs ist eine vorherige Registrierung erforderlich über Nach der Anmeldung wird eine Aktivierungsmail zugesandt, die bestätigt werden muss.   Dieses Handbuch ist sehr informativ und erläutert ausführlich die Funktionalitäten von EndNote. Leider kann man Details nicht einfach ausdrucken. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

74 Import von Daten aus SciFinder in EndNote
Treffer in SciFinder im Tagged-Format speichern - siehe SciFinder-Anleitung: In EndNote File/Import/File anklicken In SciFinder kann man die Ergebnisse mit Export lokal speichern. Für den Import in Literaturvetwaltungsprogramme muß man beim Export das Tagged-Format wählen. Voreingestellt ist das Citation export format (*.ris). Hierbei werden aber nicht alle Felder, die es in SciFinder gibt, übertragen (siehe : https://scifinder.cas.org/help/scifinder/R14/ris_format.htm). Wer alle Informationen aus der Datenbank im Literaturverwaltungsprogramm haben möchte, der sollte lieber auf das Tagged-Format zurückgreifen (https://scifinder.cas.org/help/scifinder/R14/tagged.htm). Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

75 Installation des Shrew VPN-Client
https://www.uni-jena.de/WindowsShrewClient.html Bei jedem Rechnerneustart muß auch der VPN-Client neu gestartet werden, um sich mit der Uni zu verbinden und somit alle Funktionalitäten des IP-Adress-Bereiches der Uni nutzen zu können! Hinweis zu Windows10: Unter Win10 funktioniert der bereitgestellte Cisco-VPN-Client nicht mehr! Es muss der Windows Shrew VPN-Client benutzt werden. Dieser funktioniert auch mit Windows 7 und 8! Fachinformationsportal/ Datenbanken im Uni-Netz / VPN-Zugang und Installationshinweise: https://www.uni-jena.de/WindowsShrewClient.html Wenn man als Uni-Angehöriger Artikel von außerhalb des Uni-Netzes herunterladen möchte, dann muss man sich über die Uni einwählen, z.B. über VPN ( Virtuell Private Network ). Bei Fragen und Problemen: Notebooksprechstunde: https://www.uni-jena.de/Notebooksprechstunde.html Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik

76 Zugriff mit Shrew VPN-Client der Uni
Installation des Shrew VPN-Client (funktioniert für die Betriebssysteme Windows 7, 8 und 19) Verbindungsaufbau durch Provider Shrew VPN starten Dateien: vpn-client release.exe, stargate.uni-jena.de.vpn, Universitaet-Jena-CA-G01-chain.pem Shrew VPN-Client installiert und … es geht nicht. Mögliche Fehlerquellen : Keine Verbindung zum Provider hergestellt - die eigene Hardware ist nicht vollständig oder fehlerhaft installiert - Loginname endet nicht - eine alte VPN-Installation wurde vor der Neuinstallation nicht entfernt Abhilfe : Experten aus den eigenen Reihen befragen oder Notebooksprechstunde Das Universitätsrechenzentrum/Multimediazentrum bietet Hilfe bei Problemen an. Dr. Ina Weiß, Biol.-Pharm. Fakultät , Wissenschaftliche Informationsstelle am Lehrstuhl für Bioinformatik


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