BMBF-Projekt: Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung Konsentierter Katalog von Fluoreszenz-Cluster-Typen Abgeleitet aus Daten von 980 Proben,

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1 BMBF-Projekt: Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung Konsentierter Katalog von Fluoreszenz-Cluster-Typen Abgeleitet aus Daten von 980 Proben, genotypisiert auf Illumina HumanHap550k Genotyping BeadChips, im Konsens verabschiedet von der Projektgruppe „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ Thomas Bettecken und Esmeralda Vicedo-Jover Center for Applied Genotyping - CAGT Max-Planck-Institut für Psychiatrie, München 2008-2010

2 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 2 Nutzungshinweise Lizenzbedingung und Copyright: Dieses Werk ist einschließlich aller seiner Teile urheberrechtlich geschützt. Die Rechte liegen, sofern nicht anders angegeben, bei der TMF. Eine Gewähr für die Richtigkeit der Inhalte kann die TMF nicht übernehmen. Eine Vervielfältigung und Weiterleitung ist ausschließlich innerhalb Ihrer Organisation oder Firma sowie der TMF-Mitgliedschaft erlaubt, sofern keine anders lautende Vereinbarung mit der TMF besteht. Aus Gründen der Qualitätssicherung und der Transparenz bzgl. Verbreitung und Nutzung der TMF- Ergebnisse erfolgt die weitergehende Verbreitung ausschließlich über die TMF-Website oder die Geschäftsstelle der TMF. Dieses Werk wurde als Arbeitsmaterial konzipiert, weshalb Änderungen an Ausdrucken sowie an umbenannten Kopien der Originaldatei vorgenommen werden können, sofern diese angemessen gekennzeichnet werden, um eine Verwechslung mit dem Originaldokument auszuschließen. Die Nutzungsbedingungen sowie das TMF-Logo dürfen aus den geänderten Kopien entfernt werden. Die TMF empfiehlt, als Referenz stets das gedruckte Originaldokument oder die schreibgeschützte Originaldatei vorzuhalten. Auch die Vervielfältigung und Weiterleitung geänderter Versionen ist ausschließlich innerhalb Ihrer Organisation oder Firma sowie der TMF-Mitgliedschaft erlaubt, sofern keine anders lautende Vereinbarung mit der TMF besteht. Sofern geänderte Kopien oder mit Hilfe dieses Werks von Ihnen erstellten Dokumente in der Praxis zum Einsatz kommen, sollen diese per Email an die TMF Geschäftsstelle (info@tmf-ev.de) gesandt werden, sofern dem nicht gesetzliche oder vertragliche Regelungen (auch gegenüber Dritten) entgegenstehen. Diese zugesandten Dokumente werden von der TMF ausschließlich zum Zweck der Weiterentwicklung und Verbesserung der TMF-Ergebnisse genutzt und nicht publiziert. Die Texte und Grafiken in diesem Dokument können kopiert und unter Angabe der Quelle in Präsentationen, Berichten oder anderen wissenschaftlichen Arbeiten genutzt werden. Als Quelle sind nach Möglichkeit anzugeben: –TMF-Produktnummer: P999101 –TMF-Produktlink: www.tmf-ev.de/Produkte/Uebersicht.aspx#P999101www.tmf-ev.de/Produkte/Uebersicht.aspx#P999101 –Autoren: Dr. Thomas Bettecken und Esmeralda Vicedo-Jover, Center for Applied Genotyping - CAGT, Max-Planck-Institut für Psychiatrie, München

3 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 3 Hintergrund Aus den Daten von 980 DNA-Proben, die auf dem Illumina 550k-Bead Chip genotypisiert wurden, sind hier exemplarisch die unterscheidbaren Clustertypen zusammengestellt. Neben den „kanonischen“ Typen mit 1 Cluster (nur 1 Allel bzw. nur 1 Genotyp- Typus), 2 Clustern und 3 Clustern (Homozygote für das 1. Allel, Heterozygote, Homozygote für das 2. Allel) haben wir 11 weitere unterscheidbare Clustertypen definiert. Im beigefügtem Katalog befinden sich neben der Beschreibung des Clustertyps auch Bilder von Beispielen, in kartesischen und in Polarkoordinaten. Die Einteilung ist zum Teil von der Subjektivität des Betrachters abhängig. Die gezeigte Einteilung ist das Ergebnis des Versuchs, sich einen Überblick über die erkennbar unterschiedlichen Clustertypen zu verschaffen. Da die Firmen-Software (BeadStudio, GenomeStudio) die Genotypen aus den Fluoreszenzintensitäten allein auf der Basis der Modelle für 1-, 2- und 3-Cluster (die „kanonischen“) errechnet, ist die Aussage, ob das gesehene Cluster des jeweiligen SNPs zu den kanonischen gehört oder nicht, sehr viel wichtiger, als welchem Subtypus es zuzuordnen ist.

4 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 4 Cluster-Katalog Hinweis: Mit „Null-Allelen“ sind Punkte im Cluster-Plot gemeint, die weder für Farbe 1, noch für Farbe 2, Fluoreszenzsignal zeigen (eine von mehreren mögliche Erklärungen ist die Deletion der Oligo-Sequenz). Cluster-TypBeschreibung 0Breite Cluster 1Ein Cluster 2Zwei Cluster 3Drei Cluster 4Vier Cluster 5Fünf Cluster 6Sechs Cluster 11Schlechte Trennung 21Null-Allele plus 1 Cluster 22Null-Allele plus 2 Cluster 23Null-Allele plus 3 Cluster 24Null-Allele plus 4 Cluster 25Null-Allele plus 5 Cluster 99Andere

5 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 5 Beispiele: Clustertyp 0 und 1 Kartesische Koordinaten 0 PolarkoordinatenClustertyp 1

6 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 6 Beispiele: Clustertyp 2 und 3 Kartesische KoordinatenPolarkoordinaten 2 Clustertyp 3

7 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 7 Beispiele: Clustertyp 4 und 5 Kartesische KoordinatenPolarkoordinaten 4 Clustertyp 5

8 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 8 Beispiele: Clustertyp 6 und 11 Kartesische KoordinatenPolarkoordinaten 6 Clustertyp 11

9 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 9 Beispiele: Clustertyp 21 und 22 Kartesische KoordinatenPolarkoordinaten 21 Clustertyp 22

10 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 10 Beispiele: Clustertyp 23 und 24 Kartesische KoordinatenPolarkoordinaten 23 Clustertyp 24

11 BMBF-Projekt „Qualitätsmanagement für Hochdurchsatz-Genotypisierung“ (Förderkennzeichen 01EZ0874) http://genotypisierung.tmf-ev.de Folie 11 Beispiele: Clustertyp 25 und 99 Kartesische KoordinatenPolarkoordinaten 25 Clustertyp 99